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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9891
タイトルCryo-EM structure of spike protein of feline infectious peritonitis virus strain UU4
マップデータFIPV-UU4 spike protein (sharpened)
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Feline Infectious Peritonitis Virus Spike Protein
    • タンパク質・ペプチド: Feline Infectious Peritonitis Virus Spike Protein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: alpha-D-mannopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


: / endocytosis involved in viral entry into host cell / membrane => GO:0016020 / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Spike glycoprotein, Alphacoronavirus / Spike glycoprotein S1, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Feline infectious peritonitis virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.31 Å
データ登録者Hsu STD / Yang TJ / Ko TP / Draczkowski P
資金援助 台湾, 3件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (Taiwan)106-2311-B-002-028-MY3 台湾
Academia Sinica (Taiwan)AS-KPQ-105-TPP 台湾
Ministry of Science and Technology (Taiwan)107-2628-M-001-005-MY3 台湾
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM analysis of a feline coronavirus spike protein reveals a unique structure and camouflaging glycans.
著者: Tzu-Jing Yang / Yen-Chen Chang / Tzu-Ping Ko / Piotr Draczkowski / Yu-Chun Chien / Yuan-Chih Chang / Kuen-Phon Wu / Kay-Hooi Khoo / Hui-Wen Chang / Shang-Te Danny Hsu /
要旨: Feline infectious peritonitis virus (FIPV) is an alphacoronavirus that causes a nearly 100% mortality rate without effective treatment. Here we report a 3.3-Å cryoelectron microscopy (cryo-EM) ...Feline infectious peritonitis virus (FIPV) is an alphacoronavirus that causes a nearly 100% mortality rate without effective treatment. Here we report a 3.3-Å cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of the serotype I FIPV spike (S) protein, which is responsible for host recognition and viral entry. Mass spectrometry provided site-specific compositions of densely distributed high-mannose and complex-type Nglycans that account for 1/4 of the total molecular mass; most of the N-glycans could be visualized by cryo-EM. Specifically, the N-glycans that wedge between 2 galectin-like domains within the S1 subunit of FIPV S protein result in a unique propeller-like conformation, underscoring the importance of glycosylation in maintaining protein structures. The cleavage site within the S2 subunit responsible for activation also showed distinct structural features and glycosylation. These structural insights provide a blueprint for a better molecular understanding of the pathogenesis of FIP.
履歴
登録2019年4月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年1月15日-
マップ公開2020年1月15日-
更新2020年12月9日-
現状2020年12月9日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6jx7
  • 表面レベル: 5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9891.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9891.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈FIPV-UU4 spike protein (sharpened)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.87 Å
密度
表面レベル登録者による: 5 / ムービー #1: 5
最小 - 最大-16.75697 - 31.220509
平均 (標準偏差)-0.008156647 (±0.89499307)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 382.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.870.870.87
M x/y/z440440440
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z382.800382.800382.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ300300300
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS440440440
D min/max/mean-16.75731.221-0.008

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添付データ

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追加マップ: FIPV-UU4 spike protein (unsharpened)

ファイルemd_9891_additional.map
注釈FIPV-UU4 spike protein (unsharpened)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: FIPV-UU4 spike protein (unsharpened)

ファイルemd_9891_additional_1.map
注釈FIPV-UU4 spike protein (unsharpened)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_9891_half_map_1.map
注釈Half_map_1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2

ファイルemd_9891_half_map_2.map
注釈Half_map_2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Feline Infectious Peritonitis Virus Spike Protein

全体名称: Feline Infectious Peritonitis Virus Spike Protein
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Feline Infectious Peritonitis Virus Spike Protein
    • タンパク質・ペプチド: Feline Infectious Peritonitis Virus Spike Protein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: alpha-D-mannopyranose

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超分子 #1: Feline Infectious Peritonitis Virus Spike Protein

超分子名称: Feline Infectious Peritonitis Virus Spike Protein / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Feline infectious peritonitis virus (ウイルス)
分子量実験値: 720 kDa/nm
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Feline Infectious Peritonitis Virus Spike Protein

分子名称: Feline Infectious Peritonitis Virus Spike Protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Feline infectious peritonitis virus (ウイルス)
分子量理論値: 163.829844 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DAPHGVTLPH FNTSHNNSKF ELNFYNFLQT WDIPPNTETI LGGYLPYCDH EDNCGWYNFV YNNKVGPNAK YSYINTQNLN IPNVHGVYF DVREHNSDGV WDQIDRVGLL IAIHGTSHYS LLMVLQDGVE ASQPHVAVKI CHWNPGNIST YHQFDVNLGD G GQCVFNQR ...文字列:
DAPHGVTLPH FNTSHNNSKF ELNFYNFLQT WDIPPNTETI LGGYLPYCDH EDNCGWYNFV YNNKVGPNAK YSYINTQNLN IPNVHGVYF DVREHNSDGV WDQIDRVGLL IAIHGTSHYS LLMVLQDGVE ASQPHVAVKI CHWNPGNIST YHQFDVNLGD G GQCVFNQR FSLDTVLTAN DFYGFQWTDT YVDIYLGGTI TKVWVVNDWS VVEASISSHW NALNYGYYIQ FVNRTTYYAY NS TGGSNYT HLQLTECHTD YCAGYAKNVF VPIDGKIPEG FSFSNWFLLT DKSTLVQGRV LSSQPVFVQC LRPVPTWSNN TAV VHFKND VFCPNVTADV LRFNLNFSDT DVYTDSTTDD QLHFTFEDNT TASITCYSSA NVTDNQPASG SISHTPFVSN SYLC FANFS HSSVSRQFLG ILPPTVREFA FGRDGSIFVN GYKYFSLQPI KSVNFSISSV ENYGFWTIAY TNYTDVMVDV NGTVI TRLF YCDSPLNRIK CQQLKHELPD GFYSASMLVK KDLPKTFVTM PQFYNWMNVT LHVVLNDIEK KADIILAGAP ELASLA DIH FEIAQANGSV VNVTSVCVQA RQLALFYKYT SLQGLYTYSN LVQLQNYDCP FSPQQFNNYL QFETLCFDVS PAVAGCK WS LVHDVKWRTQ FATITVSYKD GAMITTMPKA QLGFQDISNI VKDECTDYNI YGFQGTGIIR STTSRLVAGL YYTSASGD L LGFKISTTGE IFTVVPCDLT AQAAVINDEI VGAITATNQT DLFEFVNHTW SRSARGSSPS TVNTYTMPQF YYITKWNNG TSSNCTSVIT YSSFAICNTG EIKYVNVTHV EIVDDSVGVI KPVSTGNITI PKNFTVAVQA EYVQIQVKPV AVDCAKYVCN GNRHCLNLL TQYTSACQTI ENSLNLGARL ESLMLNDMIT VSDRSLEFAT VDKFNTTALG GEKLGGLYFD GLSSLLPPRV G MRSAVEDL LFNKVVTSGL GTVDDDYKKC SAGTDVADLV CAQYYNGIMV LPGVVDYNKM AMYTASLIGG MALGSITSAV AV PFSMQVQ ARLNYVALQT DVLQENQKIL ANAFNNAIGN ITLALGKVSN AITTVSDGFN SMASALTKIQ SVVNQQGEAL SHL ISQLQK NFQAISSSIA EIYNRLEKVE ADAQVDRLIT GRLAALNAYV AQTLTQYAEV KASRQLAMEK VNECVKSQSD RYGF CGNGT HLFSLVNSAP DGLLFFHTVL LPTEWEEVTA WSGICVNDTY AYLLKDFDHS IFSYNGTYMV TPRNMFQPRK PQMSD FVQI TSCEVTFLNT THTTFQEIVI DYIDINKTIA DMLEQYHSNY TTPELDLQLE IFNQTKLNLT AEIDQLEQRA DNLTNI AHE LQQYIDNLNK TIVDLEWLNR IETYVKWPGS GGYIPEAPRD GQAYVRKDGE WVLLSTFLKG QDNSADIQHS GGRSSLE GP RFEGKPIPNP LLGLDSTRTG HHHHHH

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分子 #9: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 27 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #10: alpha-D-mannopyranose

分子名称: alpha-D-mannopyranose / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 6 / 式: MAN
分子量理論値: 180.156 Da
Chemical component information

ChemComp-MAN:
alpha-D-mannopyranose / α-D-マンノピラノ-ス

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 1X D-PBS
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: blot for 3 seconds before plunging; blot force: 0; waiting time: 10s.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 実像数: 2436 / 平均露光時間: 2.5 sec. / 平均電子線量: 1.5 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 442004
CTF補正ソフトウェア: (名称: cisTEM, RELION)
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / 詳細: Generated by cisTEM
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.31 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cisTEM / 使用した粒子像数: 102586
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア: (名称: cisTEM, RELION)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア: (名称: cisTEM, RELION)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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