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万見
- EMDB-9827: The cryo-EM structure of HAV bound to a neutralizing antibody-F4 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9827
タイトルThe cryo-EM structure of HAV bound to a neutralizing antibody-F4
マップデータmap of F4_Fab_HAV complex
試料
  • 複合体: Human hepatitis A virus Hu/Australia/HM175/1976 and antibody-F4
    • 複合体: antibody-F4
      • タンパク質・ペプチド: FAB Heavy Chain
      • タンパク質・ペプチド: FAB Light Chain
    • ウイルス: Human hepatitis A virus Hu/Australia/HM175/1976 (ウイルス)
      • タンパク質・ペプチド: VP1
      • タンパク質・ペプチド: VP2
      • タンパク質・ペプチド: VP3
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell mitochondrial outer membrane / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / picornain 3C / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / host multivesicular body / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport ...host cell mitochondrial outer membrane / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / picornain 3C / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / host multivesicular body / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / RNA helicase activity / symbiont entry into host cell / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Hepatitis A virus, protein VP1-2A / : / Hepatitis A virus viral protein VP / 2B protein soluble domain / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid ...Hepatitis A virus, protein VP1-2A / : / Hepatitis A virus viral protein VP / 2B protein soluble domain / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Human hepatitis A virus Hu/Australia/HM175/1976 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Cao L / Liu P / Yang P / Gao Q / Li H / Sun Y / Zhu L / Lin J / Su D / Rao Z / Wang X
資金援助 中国, 3件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (China)31570717 中国
National Science Foundation (China)31370735 中国
National Science Foundation (China)31800145 中国
引用ジャーナル: PLoS Biol / 年: 2019
タイトル: Structural basis for neutralization of hepatitis A virus informs a rational design of highly potent inhibitors.
著者: Lei Cao / Pi Liu / Pan Yang / Qiang Gao / Hong Li / Yao Sun / Ling Zhu / Jianping Lin / Dan Su / Zihe Rao / Xiangxi Wang /
要旨: Hepatitis A virus (HAV), an enigmatic and ancient pathogen, is a major causative agent of acute viral hepatitis worldwide. Although there are effective vaccines, antivirals against HAV infection are ...Hepatitis A virus (HAV), an enigmatic and ancient pathogen, is a major causative agent of acute viral hepatitis worldwide. Although there are effective vaccines, antivirals against HAV infection are still required, especially during fulminant hepatitis outbreaks. A more in-depth understanding of the antigenic characteristics of HAV and the mechanisms of neutralization could aid in the development of rationally designed antiviral drugs targeting HAV. In this paper, 4 new antibodies-F4, F6, F7, and F9-are reported that potently neutralize HAV at 50% neutralizing concentration values (neut50) ranging from 0.1 nM to 0.85 nM. High-resolution cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of HAV bound to F4, F6, F7, and F9, together with results of our previous studies on R10 fragment of antigen binding (Fab)-HAV complex, shed light on the locations and nature of the epitopes recognized by the 5 neutralizing monoclonal antibodies (NAbs). All the epitopes locate within the same patch and are highly conserved. The key structure-activity correlates based on the antigenic sites have been established. Based on the structural data of the single conserved antigenic site and key structure-activity correlates, one promising drug candidate named golvatinib was identified by in silico docking studies. Cell-based antiviral assays confirmed that golvatinib is capable of blocking HAV infection effectively with a 50% inhibitory concentration (IC50) of approximately 1 μM. These results suggest that the single conserved antigenic site from complete HAV capsid is a good antiviral target and that golvatinib could function as a lead compound for anti-HAV drug development.
履歴
登録2019年2月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年3月18日-
マップ公開2020年3月18日-
更新2020年3月18日-
現状2020年3月18日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.012
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.012
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6jhq
  • 表面レベル: 0.012
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6jhq
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9827.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9827.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 193.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈map of F4_Fab_HAV complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.35 Å/pix.
x 370 pix.
= 499.5 Å		1.35 Å/pix.
x 370 pix.
= 499.5 Å		1.35 Å/pix.
x 370 pix.
= 499.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.35 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0083 / ムービー #1: 0.012
最小 - 最大-0.05858959 - 0.11846903
平均 (標準偏差)0.00071690104 (±0.0077108066)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-186-186-186
サイズ370370370
Spacing370370370
セルA=B=C: 499.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.351.351.35
M x/y/z370370370
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z499.500499.500499.500
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-186-186-186
NC/NR/NS370370370
D min/max/mean-0.0590.1180.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human hepatitis A virus Hu/Australia/HM175/1976 and antibody-F4

全体名称: Human hepatitis A virus Hu/Australia/HM175/1976 and antibody-F4
要素
  • 複合体: Human hepatitis A virus Hu/Australia/HM175/1976 and antibody-F4
    • 複合体: antibody-F4
      • タンパク質・ペプチド: FAB Heavy Chain
      • タンパク質・ペプチド: FAB Light Chain
    • ウイルス: Human hepatitis A virus Hu/Australia/HM175/1976 (ウイルス)
      • タンパク質・ペプチド: VP1
      • タンパク質・ペプチド: VP2
      • タンパク質・ペプチド: VP3

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超分子 #1: Human hepatitis A virus Hu/Australia/HM175/1976 and antibody-F4

超分子名称: Human hepatitis A virus Hu/Australia/HM175/1976 and antibody-F4
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #3: antibody-F4

超分子名称: antibody-F4 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4-#5
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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超分子 #2: Human hepatitis A virus Hu/Australia/HM175/1976

超分子名称: Human hepatitis A virus Hu/Australia/HM175/1976 / タイプ: virus / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3 / NCBI-ID: 12098 / 生物種: Human hepatitis A virus Hu/Australia/HM175/1976 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: VP1

分子名称: VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human hepatitis A virus Hu/Australia/HM175/1976 (ウイルス)
分子量理論値: 30.820629 KDa
配列文字列: VGDDSGGFST TVSTEQNVPD PQVGITTMRD LKGKANRGKM DVSGVQAPVG AITTIEDPVL AKKVPETFPE LKPGESRHTS DHMSIYKFM GRSHFLCTFT FNSNNKEYTF PITLSSTSNP PHGLPSTLRW FFNLFQLYRG PLDLTIIITG ATDVDGMAWF T PVGLAVDT ...文字列:
VGDDSGGFST TVSTEQNVPD PQVGITTMRD LKGKANRGKM DVSGVQAPVG AITTIEDPVL AKKVPETFPE LKPGESRHTS DHMSIYKFM GRSHFLCTFT FNSNNKEYTF PITLSSTSNP PHGLPSTLRW FFNLFQLYRG PLDLTIIITG ATDVDGMAWF T PVGLAVDT PWVEKESALQ IDYKTALGAV RFNTRRTGNI QIRLPWYSYL YAVSGALDGL GDKTDSTFGL VSIQIANYNH SD EYLSFSC YLSVTEQSEF YFPRAPLNSN AMLSTESMMS R

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分子 #2: VP2

分子名称: VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human hepatitis A virus Hu/Australia/HM175/1976 (ウイルス)
分子量理論値: 24.898172 KDa
配列文字列: DIEEEQMIQS VDRTAVTGAS YFTSVDQSSV HTAEVGSHQI EPLKTSVDKP GSKKTQGEKF FLIHSARWLT THALFHEVAK LDVVKLLYN EQFAVQGLLR YHTYARFGIE IQVQINPTPF QQGGLICAMV PGDQSYGSIA SLTVYPHGLL NCNINNVVRI K VPFIYTRG ...文字列:
DIEEEQMIQS VDRTAVTGAS YFTSVDQSSV HTAEVGSHQI EPLKTSVDKP GSKKTQGEKF FLIHSARWLT THALFHEVAK LDVVKLLYN EQFAVQGLLR YHTYARFGIE IQVQINPTPF QQGGLICAMV PGDQSYGSIA SLTVYPHGLL NCNINNVVRI K VPFIYTRG AYHFKDPQYP VWELTIRVWS ELNIGTGTSA YTSLNVLARF TDLELHGLTP LSTQ

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分子 #3: VP3

分子名称: VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human hepatitis A virus Hu/Australia/HM175/1976 (ウイルス)
分子量理論値: 27.835693 KDa
配列文字列: MMRNETRVST TENVVNLSNY EDARAKMSFA LDQEDWKSDP SQGGGIKITH FTTWTSIPTL AAQFPFNASD SVGQQIKVIP VDPYFFQMT NTNPDQKCIT ALASICQMFC FWRGDLVFDF QVFPTKYHSG RLLFCFVPGN ELIDVTGITL KQATTAPCAV M DIAGVQST ...文字列:
MMRNETRVST TENVVNLSNY EDARAKMSFA LDQEDWKSDP SQGGGIKITH FTTWTSIPTL AAQFPFNASD SVGQQIKVIP VDPYFFQMT NTNPDQKCIT ALASICQMFC FWRGDLVFDF QVFPTKYHSG RLLFCFVPGN ELIDVTGITL KQATTAPCAV M DIAGVQST LRFRVPWISD TPYRVNRYTK EAHQKGEYTA IGKLIVYCYN RLTSPSNVAH HVRVNVYLSA INLECFAPLY HA MDVTTQ

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分子 #4: FAB Heavy Chain

分子名称: FAB Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.939873 KDa
配列文字列: EVKLVESGGG LVKPGGSLKL SCAASLFTHN NYGMSWVRQT PEKRLEWVAT INSTASYTYY PDSVKGRFTI SRDNAKNTLY LQMSSLRSG DTAIYYCARK NDTFSDYYFD YWGQGTTLTV SSPKTTPPSV YPLAPASAST AASMVTLGCL VKGYFPEPVT V TWNSGSLS ...文字列:
EVKLVESGGG LVKPGGSLKL SCAASLFTHN NYGMSWVRQT PEKRLEWVAT INSTASYTYY PDSVKGRFTI SRDNAKNTLY LQMSSLRSG DTAIYYCARK NDTFSDYYFD YWGQGTTLTV SSPKTTPPSV YPLAPASAST AASMVTLGCL VKGYFPEPVT V TWNSGSLS SGVHTFPAVL QSDLYTLSSS VTVPSSTWPS ETVTCNVAHP ASSTKVDKKI VPR

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分子 #5: FAB Light Chain

分子名称: FAB Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.592875 KDa
配列文字列: DIVLTQSPAI MSASPGERVT MTCSAHVSTD YMHWYQQKSG TSPKRWIYDT SKLASTVPDR FSGSGSGTSY SLTISSMEAE DAATYYCQQ WNNNAYTYGG GTKLEIKRAD AAPTVSIFPP SSEQLTSGGA SVVCFLNNFY PKDINVKWKI DGSERQNGVL N SWTDQDSK ...文字列:
DIVLTQSPAI MSASPGERVT MTCSAHVSTD YMHWYQQKSG TSPKRWIYDT SKLASTVPDR FSGSGSGTSY SLTISSMEAE DAATYYCQQ WNNNAYTYGG GTKLEIKRAD AAPTVSIFPP SSEQLTSGGA SVVCFLNNFY PKDINVKWKI DGSERQNGVL N SWTDQDSK DSTYSMSSTL TLTKDEYERH NSYTCEATHK TSTSPIVKSF NRNEC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k)
平均電子線量: 1.3 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

6688

最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PHENIX / 使用した粒子像数: 4536
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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