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- EMDB-9501: Three-dimensional reconstruction of human LRP6 ectodomain complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9501
タイトルThree-dimensional reconstruction of human LRP6 ectodomain complexed with Dkk1
マップデータ
試料
  • 複合体: Human LRP6 ectodomain complexed with full length of Dkk1
    • 複合体: LRP6 ectodomain
      • タンパク質・ペプチド: Low-density lipoprotein receptor-related protein 6
      • タンパク質・ペプチド: Low-density lipoprotein receptor-related protein 6
    • 複合体: Human Dickkopf-related protein1
      • タンパク質・ペプチド: Dickkopf-related protein 1
  • リガンド: N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE
  • リガンド: PHOSPHATE ION
  • リガンド: ALPHA-L-FUCOSE
  • リガンド: GLYCEROL
  • リガンド: water
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of mesodermal cell fate specification / regulation of endodermal cell fate specification / positive regulation of Wnt signaling pathway, calcium modulating pathway / negative regulation of Wnt-Frizzled-LRP5/6 complex assembly / positive regulation of midbrain dopaminergic neuron differentiation / negative regulation of presynapse assembly / Signaling by LRP5 mutants / Wnt signaling pathway involved in somitogenesis / regulation of dopaminergic neuron differentiation / negative regulation of cardiac muscle cell differentiation ...negative regulation of mesodermal cell fate specification / regulation of endodermal cell fate specification / positive regulation of Wnt signaling pathway, calcium modulating pathway / negative regulation of Wnt-Frizzled-LRP5/6 complex assembly / positive regulation of midbrain dopaminergic neuron differentiation / negative regulation of presynapse assembly / Signaling by LRP5 mutants / Wnt signaling pathway involved in somitogenesis / regulation of dopaminergic neuron differentiation / negative regulation of cardiac muscle cell differentiation / Wnt-Frizzled-LRP5/6 complex / motor learning / Negative regulation of TCF-dependent signaling by WNT ligand antagonists / endoderm formation / synapse pruning / Signaling by RNF43 mutants / neural crest formation / receptor-mediated endocytosis involved in cholesterol transport / endocardial cushion development / regulation of receptor internalization / heart induction / receptor antagonist activity / kinase inhibitor activity / toxin transmembrane transporter activity / low-density lipoprotein particle receptor activity / co-receptor binding / Wnt receptor activity / positive regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / cellular response to cholesterol / midbrain dopaminergic neuron differentiation / Wnt-protein binding / negative regulation of protein serine/threonine kinase activity / dopaminergic neuron differentiation / heart valve development / frizzled binding / negative regulation of ossification / Wnt signalosome / neural crest cell differentiation / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / embryonic limb morphogenesis / face morphogenesis / limb development / low-density lipoprotein particle receptor binding / negative regulation of SMAD protein signal transduction / negative regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / mesoderm formation / negative regulation of BMP signaling pathway / hair follicle development / canonical Wnt signaling pathway / coreceptor activity / positive regulation of cell cycle / regulation of neuron apoptotic process / response to retinoic acid / forebrain development / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / Regulation of FZD by ubiquitination / negative regulation of protein binding / TCF dependent signaling in response to WNT / protein localization to plasma membrane / positive regulation of JNK cascade / growth factor activity / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / cell morphogenesis / Wnt signaling pathway / response to peptide hormone / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / cell-cell adhesion / negative regulation of neuron projection development / early endosome membrane / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / cytoplasmic vesicle / chemical synaptic transmission / learning or memory / membrane raft / signaling receptor binding / neuronal cell body / synapse / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / cell surface / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / : / : / Dickkopf-related protein 1/2/4, C-terminal subdomain 2 / Dickkopf-related protein 1/2/4, C-terminal subdomain 1 / Dickkopf, N-terminal cysteine-rich / Dickkopf-like protein / Dickkopf N-terminal cysteine-rich region / Low density lipoprotein receptor-related protein 5/6 ...: / : / : / : / Dickkopf-related protein 1/2/4, C-terminal subdomain 2 / Dickkopf-related protein 1/2/4, C-terminal subdomain 1 / Dickkopf, N-terminal cysteine-rich / Dickkopf-like protein / Dickkopf N-terminal cysteine-rich region / Low density lipoprotein receptor-related protein 5/6 / Low-density lipoprotein receptor repeat class B / LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile. / LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Coagulation Factor Xa inhibitory site / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Low-density lipoprotein receptor-related protein 6 / Dickkopf-related protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 21.0 Å
データ登録者Matoba K / Mihara E / Tamura-Kawakami K / Hirai H / Thompson S / Iwasaki K / Takagi J
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2017
タイトル: Conformational Freedom of the LRP6 Ectodomain Is Regulated by N-glycosylation and the Binding of the Wnt Antagonist Dkk1.
著者: Kyoko Matoba / Emiko Mihara / Keiko Tamura-Kawakami / Naoyuki Miyazaki / Shintaro Maeda / Hidenori Hirai / Samuel Thompson / Kenji Iwasaki / Junichi Takagi /
要旨: LDL-receptor-related protein 6 (LRP6) is a single-pass membrane glycoprotein with a large modular ectodomain and forms a higher order signaling platform upon binding Wnt ligands on the cell surface. ...LDL-receptor-related protein 6 (LRP6) is a single-pass membrane glycoprotein with a large modular ectodomain and forms a higher order signaling platform upon binding Wnt ligands on the cell surface. Although multiple crystal structures are available for fragments of the LRP6 ectodomain, we lack a consensus view on the overall molecular architecture of the full-length LRP6 and its dynamic aspects. Here, we used negative-stain electron microscopy to probe conformational states of the entire ectodomain of LRP6 in solution and found that the four-module ectodomain undergoes a large bending motion hinged at the junction between the second and the third modules. Importantly, the extent of inter-domain motion is modulated by evolutionarily conserved N-glycan chains proximal to the joint. We also found that the LRP6 ectodomain becomes highly compact upon complexation with the Wnt antagonist Dkk1, suggesting a potential role for the ectodomain conformational change in the regulation of receptor oligomerization and signaling.
履歴
登録2016年6月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年11月2日-
マップ公開2017年1月18日-
更新2017年1月18日-
現状2017年1月18日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5gje
  • 表面レベル: 0.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9501.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9501.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.2 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.198 / ムービー #1: 0.3
最小 - 最大-0.079741 - 1.0378006
平均 (標準偏差)0.00088656624 (±0.036129534)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 440.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.22.22.2
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z440.000440.000440.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-190-190-190
NX/NY/NZ380380380
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.0801.0380.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human LRP6 ectodomain complexed with full length of Dkk1

全体名称: Human LRP6 ectodomain complexed with full length of Dkk1
要素
  • 複合体: Human LRP6 ectodomain complexed with full length of Dkk1
    • 複合体: LRP6 ectodomain
      • タンパク質・ペプチド: Low-density lipoprotein receptor-related protein 6
      • タンパク質・ペプチド: Low-density lipoprotein receptor-related protein 6
    • 複合体: Human Dickkopf-related protein1
      • タンパク質・ペプチド: Dickkopf-related protein 1
  • リガンド: N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE
  • リガンド: PHOSPHATE ION
  • リガンド: ALPHA-L-FUCOSE
  • リガンド: GLYCEROL
  • リガンド: water

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超分子 #1: Human LRP6 ectodomain complexed with full length of Dkk1

超分子名称: Human LRP6 ectodomain complexed with full length of Dkk1
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
詳細: Human Dkk1 fused with human growth hormone at the N-terminal (hGH-Dkk1) was co-expressed with LRP6ec in the HEK293S GnT1- cells.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293S GnTI- / 組換プラスミド: pCDNA3.1/pEBMulti-Hyg
分子量理論値: 210 KDa

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超分子 #2: LRP6 ectodomain

超分子名称: LRP6 ectodomain / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293S GnTI- / 組換プラスミド: pCDNA3.1

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超分子 #3: Human Dickkopf-related protein1

超分子名称: Human Dickkopf-related protein1 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
詳細: N-terminal human growth hormone fused full length of Dkk1
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293S GnTI- / 組換プラスミド: pEBMulti-Hyg

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分子 #1: Low-density lipoprotein receptor-related protein 6

分子名称: Low-density lipoprotein receptor-related protein 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 69.034883 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: APLLLYANRR DLRLVDATNG KENATIVVGG LEDAAAVDFV FSHGLIYWSD VSEEAIKRTE FNKTESVQNV VVSGLLSPDG LACDWLGEK LYWTDSETNR IEVSNLDGSL RKVLFWQELD QPRAIALDPS SGFMYWTDWG EVPKIERAGM DGSSRFIIIN S EIYWPNGL ...文字列:
APLLLYANRR DLRLVDATNG KENATIVVGG LEDAAAVDFV FSHGLIYWSD VSEEAIKRTE FNKTESVQNV VVSGLLSPDG LACDWLGEK LYWTDSETNR IEVSNLDGSL RKVLFWQELD QPRAIALDPS SGFMYWTDWG EVPKIERAGM DGSSRFIIIN S EIYWPNGL TLDYEEQKLY WADAKLNFIH KSNLDGTNRQ AVVKGSLPHP FALTLFEDIL YWTDWSTHSI LACNKYTGEG LR EIHSDIF SPMDIHAFSQ QRQPNATNPC GIDNGGCSHL CLMSPVKPFY QCACPTGVKL LENGKTCKDG ATELLLLARR TDL RRISLD TPDFTDIVLQ LEDIRHAIAI DYDPVEGYIY WTDDEVRAIR RSFIDGSGSQ FVVTAQIAHP DGIAVDWVAR NLYW TDTGT DRIEVTRLNG TMRKILISED LEEPRAIVLD PMVGYMYWTD WGEIPKIERA ALDGSDRVVL VNTSLGWPNG LALDY DEGK IYWGDAKTDK IEVMNTDGTG RRVLVEDKIP HIFGFTLLGD YVYWTDWQRR SIERVHKRSA EREVIIDQLP DLMGLK ATN VHRVIGSNPC AEENGGCSHL CLYRPQGLRC ACPIGFELIS DMKTCIVP

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分子 #2: Low-density lipoprotein receptor-related protein 6

分子名称: Low-density lipoprotein receptor-related protein 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 69.810609 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: EAFLLFSRRA DIRRISLETN NNNVAIPLTG VKEASALDFD VTDNRIYWTD ISLKTISRAF MNGSALEHVV EFGLDYPEGM AVDWLGKNL YWADTGTNRI EVSKLDGQHR QVLVWKDLDS PRALALDPAE GFMYWTEWGG KPKIDRAAMD GSERTTLVPN V GRANGLTI ...文字列:
EAFLLFSRRA DIRRISLETN NNNVAIPLTG VKEASALDFD VTDNRIYWTD ISLKTISRAF MNGSALEHVV EFGLDYPEGM AVDWLGKNL YWADTGTNRI EVSKLDGQHR QVLVWKDLDS PRALALDPAE GFMYWTEWGG KPKIDRAAMD GSERTTLVPN V GRANGLTI DYAKRRLYWT DLDTNLIESS NMLGLNREVI ADDLPHPFGL TQYQDYIYWT DWSRRSIERA NKTSGQNRTI IQ GHLDYVM DILVFHSSRQ SGWNECASSN GHCSHLCLAV PVGGFVCGCP AHYSLNADNR TCSAPTTFLL FSQKSAINRM VID EQQSPD IILPIHSLRN VRAIDYDPLD KQLYWIDSRQ NMIRKAQEDG SQGFTVVVSS VPSQNLEIQP YDLSIDIYSR YIYW TCEAT NVINVTRLDG RSVGVVLKGE QDRPRAIVVN PEKGYMYFTN LQERSPKIER AALDGTEREV LFFSGLSKPI ALALD SRLG KLFWADSDLR RIESSDLSGA NRIVLEDSNI LQPVGLTVFE NWLYWIDKQQ QMIEKIDMTG REGRTKVQAR IAQLSD IHA VKELNLQEYR QHPCAQDNGG CSHICLVKGD GTTRCSCPMH LVLLQDELSC GEP

+
分子 #3: Dickkopf-related protein 1

分子名称: Dickkopf-related protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 9.607076 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
KGQEGSVCLR SSDCASGLCC ARHFWSKICK PVLKEGQVCT KHRRKGSHGL EIFQRCYCGE GLSCRIQKDH HQASNSSRLH TCQRH

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分子 #4: N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE

分子名称: N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 13 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da

+
分子 #5: PHOSPHATE ION

分子名称: PHOSPHATE ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: PO4
分子量理論値: 94.971 Da
Chemical component information

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

+
分子 #6: ALPHA-L-FUCOSE

分子名称: ALPHA-L-FUCOSE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: FUC
分子量理論値: 164.156 Da
Chemical component information

ChemComp-AFL:
ALPHA-L-FUCOSE

+
分子 #7: GLYCEROL

分子名称: GLYCEROL / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: GOL
分子量理論値: 92.094 Da
Chemical component information

ChemComp-GOL:
GLYCEROL / グリセロ-ル

+
分子 #8: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 13 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.2
染色タイプ: NONE / 材質: Uranyl acetate
グリッド材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
詳細This sample was monodisperse.

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電子顕微鏡法

顕微鏡HITACHI H-9500SD
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F224 (2k x 2k)
デジタル化 - サイズ - 横: 2048 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 2048 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 24.0 µm / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 20.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.8 mm / 倍率（公称値）: 80000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC

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画像解析

詳細The selected images were band-pass filtered.
粒子像選択詳細: 10974 tilt pairs for RCT
CTF補正ソフトウェア - 名称: spider
詳細: This was not done for RCT but for following single-particle reconstruction
初期モデルモデルのタイプ: RANDOM CONICAL TILT / Random conical tilt - Number images: 10974
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 21.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: spider / 使用した粒子像数: 5390
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
Projection matching processing - Number reference projections: 83
ソフトウェア - 名称: spider
詳細: The projections generated from RCT were used for initial angle assignment
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
Projection matching processing - Number reference projections: 83
ソフトウェア - 名称: spider

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

4dg6

chain_id: A, residue_range: 1-611

3s2k

chain_id: B, residue_range: 631-1243

3s2k

chain_id: C, residue_range: 182-266
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-5gje:
Three-dimensional reconstruction of human LRP6 ectodomain complexed with Dkk1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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