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万見
- EMDB-9363: Structure of M. spretus Endogenous Virus Element (EVE) Virus-like... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9363
タイトルStructure of M. spretus Endogenous Virus Element (EVE) Virus-like particle (VLP)
マップデータIcosahedrally averaged density map of M. spretus Endogenous Virus Element (EVE) Virus-like particle (VLP)
試料
  • ウイルス: Parvoviridae (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Mus Spretus Endogenous Viral Element
キーワードMus spretus / VLP / EVE / VIRUS LIKE PARTICLE
生物種Mus spretus (アルジェリアハツカネズミ) / Parvoviridae (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.89 Å
データ登録者Callaway HM / Subramanian S
資金援助 米国, 英国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI092571 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)GM080533 米国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UU_12014/10 英国
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2019
タイトル: Examination and Reconstruction of Three Ancient Endogenous Parvovirus Capsid Protein Gene Remnants Found in Rodent Genomes.
著者: Heather M Callaway / Suriyasri Subramanian / Christian A Urbina / Karen N Barnard / Robert A Dick / Carol M Bator / Susan L Hafenstein / Robert J Gifford / Colin R Parrish /
要旨: Parvovirus-derived endogenous viral elements (EVEs) have been found in the genomes of many different animal species, resulting from integration events that may have occurred from more than 50 million ...Parvovirus-derived endogenous viral elements (EVEs) have been found in the genomes of many different animal species, resulting from integration events that may have occurred from more than 50 million years ago to much more recently. Here, we further investigate the properties of autonomous parvovirus EVEs and describe their relationships to contemporary viruses. While we did not find any intact capsid protein open reading frames in the integrated viral sequences, we examined three EVEs that were repaired to form full-length sequences with relatively few changes. These sequences were found in the genomes of (brown rat), (Algerian mouse), and (wood mouse). The sequence was not present in the genomes of the closely related species , , , and , indicating that it was less than 2 million years old, and the and sequences were not found in the published genomes of other mouse species, also indicating relatively recent insertions. The VP2 sequence assembled into capsids, which had high thermal stability, bound the sialic acid -acetylneuraminic acid, and entered murine L cells. The 3.89-Å structure of the virus-like particles (VLPs), determined using cryo-electron microscopy, showed similarities to rodent and porcine parvovirus capsids. The repaired VP2 sequences from and did not assemble as first prepared, but chimeras combining capsid surface loops from with canine parvovirus assembled, allowing some of that capsid's structures and functions to be examined. Parvovirus endogenous viral elements (EVEs) that have been incorporated into the genomes of different animals represent remnants of the DNA sequences of ancient viruses that infected the ancestors of those animals millions of years ago, but we know little about their properties or how they differ from currently circulating parvoviruses. By expressing the capsid proteins of different parvovirus EVEs that were found integrated into the genomes of three different rodents, we can examine their structures and functions. A VP2 (major capsid protein) EVE sequence from a mouse genome assembled into capsids that had a similar structure and biophysical properties to extant parvoviruses and also bound sialic acids and entered rodent cells. Chimeras formed from combinations of canine parvovirus and portions of the parvovirus sequences from the brown rat genome allowed us to examine the structures and functions of the surface loops of that EVE capsid.
履歴
登録2018年12月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年1月23日-
マップ公開2019年1月23日-
更新2024年3月20日-
現状2024年3月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6nf9
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6nf9
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9363.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9363.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 193.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Icosahedrally averaged density map of M. spretus Endogenous Virus Element (EVE) Virus-like particle (VLP)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.05 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.153098 - 0.2875262
平均 (標準偏差)0.0012813112 (±0.018605033)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-185-185-185
サイズ370370370
Spacing370370370
セルA=B=C: 399.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.081.081.08
M x/y/z370370370
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z399.600399.600399.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-185-185-185
NC/NR/NS370370370
D min/max/mean-0.1530.2880.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Parvoviridae

全体名称: Parvoviridae (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Parvoviridae (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Mus Spretus Endogenous Viral Element

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超分子 #1: Parvoviridae

超分子名称: Parvoviridae / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 10780 / 生物種: Parvoviridae / Sci species strain: Mus spretus endogenous viral element / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
宿主生物種: Mus spretus (アルジェリアハツカネズミ)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 250.0 Å / T番号(三角分割数): 1

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分子 #1: Mus Spretus Endogenous Viral Element

分子名称: Mus Spretus Endogenous Viral Element / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus spretus (アルジェリアハツカネズミ)
分子量理論値: 63.76059 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSHDAQPNEQ PNTGIELATG GNGSGSSGGG GRGAGGVGVS TGSFNNQTEF HYLGDGLVQI TAHASRLVHL NMPEHESYRR INVLNSEAG VAGQMVQDDA HSQMVTPWSL VDANAWGVWF NPGDWQLITN NMTELNLVSF EQEIFNVVLK TITESATTPP T KIYNNDLT ...文字列:
MSHDAQPNEQ PNTGIELATG GNGSGSSGGG GRGAGGVGVS TGSFNNQTEF HYLGDGLVQI TAHASRLVHL NMPEHESYRR INVLNSEAG VAGQMVQDDA HSQMVTPWSL VDANAWGVWF NPGDWQLITN NMTELNLVSF EQEIFNVVLK TITESATTPP T KIYNNDLT ASLMVALDTN NTLPYTPAAP RSETLGFYPW LPTKPTHYRY YMTCTRNLTP PTHTGQAGTI TNTISAPTHS DV MFYTIEN AVPIHLLRTG DEFSTGTYYF DTKPLKMTHS WQTNRSLGLP PKLATEPTTE GQQHTGTLKA ATDREGIHQT INN SYTEAT ALRPAQVGYN TPYMNFEYSD GGPFLTPIVP VYDTQYNADE PNGAYRITMG YQHGQITTAT ELGRYTLNPI SKGG RAPNQ EFNQSSPLQM ENTLNGTLLP TDPIGGKTDI HFTNTLNTYG PLTALNNTPP IYPNGQIWDK ELDADLKPRL HVTAP FVCK NNPPGQLFVK IAPNLTDDFN ADSPQQPRII TYSNFWWKGT LTFTARMRSS NMWNPIHQHT TTNDNIVNYM PSNIGG MRL YPEIPQLIPR KLY

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
137.0 mMNaClsodium chloride
1.7 mMKClpotassium chloride
10.0 mMNa2HPO4sodium phosphate dibasic
1.8 mMKH2PO4potassium phosphate monobasic

詳細: Phosphate buffered saline pH 7.4
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 実像数: 2082 / 平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 47
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.89 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 6342
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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