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万見
- EMDB-9231: Cryo-EM structure of membrane-bound Synaptotagmin 1 C2AB domains ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9231
タイトルCryo-EM structure of membrane-bound Synaptotagmin 1 C2AB domains in a complex with the SNAREpin assembly in presence of Mg2+
マップデータCryo-EM map of Syt1-C2AB-SNAREpin complexes on the surface of negatively charged lipid nanotube flipped along z-axis. 10.4A resolution.
試料
  • 複合体: Synaptotagmin 1 C2AB in a complex with the SNAREpin assembly bound to the negatively charged phospholipid nanotube in presence of Mg2+.
    • タンパク質・ペプチド: Synaptotagmin 1
    • タンパク質・ペプチド: Vesicle-associated membrane protein 2
    • タンパク質・ペプチド: Syntaxin-1A
    • タンパク質・ペプチド: Synaptosomal-associated protein 25
    • タンパク質・ペプチド: Synaptosomal-associated protein 25
機能・相同性
機能・相同性情報


trans-Golgi Network Vesicle Budding / BLOC-1 complex / regulation of delayed rectifier potassium channel activity / myosin head/neck binding / synchronous neurotransmitter secretion / fast, calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / syntaxin-3 binding / exocytic insertion of neurotransmitter receptor to postsynaptic membrane / Other interleukin signaling ...trans-Golgi Network Vesicle Budding / BLOC-1 complex / regulation of delayed rectifier potassium channel activity / myosin head/neck binding / synchronous neurotransmitter secretion / fast, calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / syntaxin-3 binding / exocytic insertion of neurotransmitter receptor to postsynaptic membrane / Other interleukin signaling / calcium-dependent activation of synaptic vesicle fusion / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a-complexin II complex / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a complex / extrinsic component of presynaptic membrane / regulation of regulated secretory pathway / synaptic vesicle fusion to presynaptic active zone membrane / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a-complexin I complex / spontaneous neurotransmitter secretion / positive regulation of norepinephrine secretion / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle / positive regulation of catecholamine secretion / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / Lysosome Vesicle Biogenesis / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / GABA synthesis, release, reuptake and degradation / positive regulation of vesicle fusion / chromaffin granule membrane / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / zymogen granule membrane / dense core granule / regulated exocytosis / ribbon synapse / presynaptic dense core vesicle exocytosis / synaptic vesicle docking / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / regulation of synaptic vesicle priming / calcium ion sensor activity / storage vacuole / regulation of establishment of protein localization / regulation of calcium ion-dependent exocytosis / response to gravity / vesicle-mediated transport in synapse / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / calcium ion-regulated exocytosis of neurotransmitter / vesicle fusion / eosinophil degranulation / vesicle docking / exocytic vesicle / secretion by cell / SNARE complex / chloride channel inhibitor activity / SNAP receptor activity / positive regulation of dopamine secretion / protein heterooligomerization / regulation of exocytosis / regulation of vesicle-mediated transport / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / LGI-ADAM interactions / Clathrin-mediated endocytosis / calcium-ion regulated exocytosis / hormone secretion / actomyosin / positive regulation of intracellular protein transport / Golgi to plasma membrane protein transport / positive regulation of dendrite extension / positive regulation of hormone secretion / neurotransmitter secretion / neurotransmitter receptor internalization / calcium-dependent phospholipid binding / protein localization to membrane / ATP-dependent protein binding / neuron projection terminus / presynaptic cytosol / regulation of synaptic vesicle recycling / insulin secretion / syntaxin binding / neurotransmitter transport / syntaxin-1 binding / clathrin-coated vesicle / SNARE complex assembly / positive regulation of neurotransmitter secretion / Neutrophil degranulation / endosomal transport / regulation of synaptic vesicle exocytosis / synaptic vesicle priming / regulation of synapse assembly / low-density lipoprotein particle receptor binding / postsynaptic cytosol / clathrin binding / myosin binding / regulation of dopamine secretion / regulation of neuron projection development / phosphatidylserine binding / presynaptic active zone / modulation of excitatory postsynaptic potential / exocytosis / synaptic vesicle exocytosis / positive regulation of exocytosis
類似検索 - 分子機能
Synaptobrevin/Vesicle-associated membrane protein / Synaptosomal-associated protein 25 / SNAP-25 domain / SNAP-25 family / Synaptobrevin signature. / Syntaxin / Syntaxin N-terminal domain / Syntaxin, N-terminal domain / SNARE domain / Synaptobrevin-like ...Synaptobrevin/Vesicle-associated membrane protein / Synaptosomal-associated protein 25 / SNAP-25 domain / SNAP-25 family / Synaptobrevin signature. / Syntaxin / Syntaxin N-terminal domain / Syntaxin, N-terminal domain / SNARE domain / Synaptobrevin-like / Syntaxin/epimorphin, conserved site / Syntaxin / Synaptobrevin / Syntaxin / epimorphin family signature. / v-SNARE, coiled-coil homology domain / v-SNARE coiled-coil homology domain profile. / SNARE / Synaptotagmin / Helical region found in SNAREs / t-SNARE coiled-coil homology domain profile. / Target SNARE coiled-coil homology domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Synaptotagmin-1 / Syntaxin-1A / Synaptosomal-associated protein 25 / Vesicle-associated membrane protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.4 Å
データ登録者Grushin K / Wang J / Coleman J / Rothman J / Sindelar C / Krishnakumar S
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney DiseaseDK027044 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Structural basis for the clamping and Ca activation of SNARE-mediated fusion by synaptotagmin.
著者: Kirill Grushin / Jing Wang / Jeff Coleman / James E Rothman / Charles V Sindelar / Shyam S Krishnakumar /
要旨: Synapotagmin-1 (Syt1) interacts with both SNARE proteins and lipid membranes to synchronize neurotransmitter release to calcium (Ca) influx. Here we report the cryo-electron microscopy structure of ...Synapotagmin-1 (Syt1) interacts with both SNARE proteins and lipid membranes to synchronize neurotransmitter release to calcium (Ca) influx. Here we report the cryo-electron microscopy structure of the Syt1-SNARE complex on anionic-lipid containing membranes. Under resting conditions, the Syt1 C2 domains bind the membrane with a magnesium (Mg)-mediated partial insertion of the aliphatic loops, alongside weak interactions with the anionic lipid headgroups. The C2B domain concurrently interacts the SNARE bundle via the 'primary' interface and is positioned between the SNAREpins and the membrane. In this configuration, Syt1 is projected to sterically delay the complete assembly of the associated SNAREpins and thus, contribute to clamping fusion. This Syt1-SNARE organization is disrupted upon Ca-influx as Syt1 reorients into the membrane, likely displacing the attached SNAREpins and reversing the fusion clamp. We thus conclude that the cation (Mg/Ca) dependent membrane interaction is a key determinant of the dual clamp/activator function of Synaptotagmin-1.
履歴
登録2018年10月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年11月14日-
マップ公開2019年4月24日-
更新2019年11月6日-
現状2019年11月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0134
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0134
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6mti
  • 表面レベル: 0.0134
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6mti
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9231.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9231.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM map of Syt1-C2AB-SNAREpin complexes on the surface of negatively charged lipid nanotube flipped along z-axis. 10.4A resolution.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.49 Å/pix.
x 420 pix.
= 625.8 Å		1.49 Å/pix.
x 420 pix.
= 625.8 Å		1.49 Å/pix.
x 420 pix.
= 625.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.49 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0134 / ムービー #1: 0.0134
最小 - 最大-0.025424857 - 0.0494302
平均 (標準偏差)0.0031392234 (±0.008239124)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ420420420
Spacing420420420
セルA=B=C: 625.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.491.491.49
M x/y/z420420420
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z625.800625.800625.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS420420420
D min/max/mean-0.0250.0490.003

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_9231_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map 1 used for FSC calculation

ファイルemd_9231_half_map_1.map
注釈Half-map 1 used for FSC calculation
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map 2 used for FSC calculation

ファイルemd_9231_half_map_2.map
注釈Half-map 2 used for FSC calculation
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Synaptotagmin 1 C2AB in a complex with the SNAREpin assembly boun...

全体名称: Synaptotagmin 1 C2AB in a complex with the SNAREpin assembly bound to the negatively charged phospholipid nanotube in presence of Mg2+.
要素
  • 複合体: Synaptotagmin 1 C2AB in a complex with the SNAREpin assembly bound to the negatively charged phospholipid nanotube in presence of Mg2+.
    • タンパク質・ペプチド: Synaptotagmin 1
    • タンパク質・ペプチド: Vesicle-associated membrane protein 2
    • タンパク質・ペプチド: Syntaxin-1A
    • タンパク質・ペプチド: Synaptosomal-associated protein 25
    • タンパク質・ペプチド: Synaptosomal-associated protein 25

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超分子 #1: Synaptotagmin 1 C2AB in a complex with the SNAREpin assembly boun...

超分子名称: Synaptotagmin 1 C2AB in a complex with the SNAREpin assembly bound to the negatively charged phospholipid nanotube in presence of Mg2+.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)

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分子 #1: Synaptotagmin 1

分子名称: Synaptotagmin 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
配列文字列: KLGKLQYSLD YDFQNNQLLV GIIQAAELPA LDMGGTSDPY VKVFLLPDKK KKFETKVHRK TLNPVFNEQF TFKVPYSELG GKTLVMAVYD FDRFSKHDII GEFKVPMNTV DFGHVTEEWR DLQSAEKEEQ EKLGDICFSL RYVPTAGKLT VVILEAKNLK KMDVGGLSDP ...文字列:
KLGKLQYSLD YDFQNNQLLV GIIQAAELPA LDMGGTSDPY VKVFLLPDKK KKFETKVHRK TLNPVFNEQF TFKVPYSELG GKTLVMAVYD FDRFSKHDII GEFKVPMNTV DFGHVTEEWR DLQSAEKEEQ EKLGDICFSL RYVPTAGKLT VVILEAKNLK KMDVGGLSDP YVKIHLMQNG KRLKKKKTTI KKNTLNPYYN ESFSFEVPFE QIQKVQVVVT VLDYDKIGKN DAIGKVFVGY NSTGAELRHW SDMLANPRRP IAQWHTLQVE EEVDAMLAVK K

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分子 #2: Vesicle-associated membrane protein 2

分子名称: Vesicle-associated membrane protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
配列文字列:
GSNRRLQQTQ AQVDEVVDIM RVNVDKVLER DQKLSELDDR ADALQAGASQ FETSAAKLKR KYW

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分子 #3: Syntaxin-1A

分子名称: Syntaxin-1A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
配列文字列:
MALSEIETRH SEIIKLENSI RELHDMFMDM AMLVESQGEM IDRIEYNVEH AVDYVERAVS DTKKAVK

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分子 #4: Synaptosomal-associated protein 25

分子名称: Synaptosomal-associated protein 25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
配列文字列:
MRNELEEMQR RADQLADESL ESTRRMLQLV EESKDAGIRT LVMLDEQGEQ LDRVEEGMNH INQDMKEAEK NLKDLGK

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分子 #5: Synaptosomal-associated protein 25

分子名称: Synaptosomal-associated protein 25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
配列文字列:
MARENEMDEN LEQVSGIIGN LRHMALDMGN EIDTQNRQID RIMEKADSNK TRIDEANQRA TKMLG

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK III

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 9.9 sec. / 平均電子線量: 44.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 7.3 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 78.48 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 2082
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Featureless hollow cylinder
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-6mti:
Synaptotagmin-1 C2A, C2B domains and SNARE-pin proteins (5CCI) individually docked into Cryo-EM map of C2AB-SNARE complexes helically organized on lipid nanotube surface in presence of Mg2+

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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