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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8574 | |||||||||
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タイトル | Single particle reconstruction of chimeric adeno-associated virus-DJ with a Heparanoid Pentasaccharide | |||||||||
マップデータ | chimeric adeno-associated virus-DJ with a Heparanoid Pentasaccharide | |||||||||
試料 |
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生物種 | Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Xie Q / Noble AJ / Sousa DR / Meyer NL / Davulcu O / Zhang FM / Linhardt RJ / Stagg SM / Chapman MS | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Mol Ther Methods Clin Dev / 年: 2017 タイトル: The 2.8 Å Electron Microscopy Structure of Adeno-Associated Virus-DJ Bound by a Heparinoid Pentasaccharide. 著者: Qing Xie / John M Spear / Alex J Noble / Duncan R Sousa / Nancy L Meyer / Omar Davulcu / Fuming Zhang / Robert J Linhardt / Scott M Stagg / Michael S Chapman / 要旨: Atomic structures of adeno-associated virus (AAV)-DJ, alone and in complex with fondaparinux, have been determined by cryoelectron microscopy at 3 Å resolution. The gene therapy vector, AAV-DJ, is ...Atomic structures of adeno-associated virus (AAV)-DJ, alone and in complex with fondaparinux, have been determined by cryoelectron microscopy at 3 Å resolution. The gene therapy vector, AAV-DJ, is a hybrid of natural serotypes that was previously derived by directed evolution, selecting for hepatocyte entry and resistance to neutralization by human serum. The structure of AAV-DJ differs from that of parental serotypes in two regions where neutralizing antibodies bind, so immune escape appears to have been the primary driver of AAV-DJ's directed evolution. Fondaparinux is an analog of cell surface heparan sulfate to which several AAVs bind during entry. Fondaparinux interacts with viral arginines at a known heparin binding site, without the large conformational changes whose presence was controversial in low-resolution imaging of AAV2-heparin complexes. The glycan density suggests multi-modal binding that could accommodate sequence variation and multivalent binding along a glycan polymer, consistent with a role in attachment, prior to more specific interactions with a receptor protein mediating entry. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8574.map.gz | 67.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8574-v30.xml emd-8574.xml | 17.7 KB 17.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_8574.png | 628.7 KB | ||
その他 | emd_8574_additional_1.map.gz emd_8574_additional_2.map.gz | 66.6 MB 68.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8574 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8574 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_8574_validation.pdf.gz | 423 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_8574_full_validation.pdf.gz | 422.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_8574_validation.xml.gz | 6.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8574 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8574 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8574.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 76.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | chimeric adeno-associated virus-DJ with a Heparanoid Pentasaccharide | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.2159 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Adeno-Associated Virus-DJ Bound by a Heparanoid Pentasaccharide, native...
ファイル | emd_8574_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Adeno-Associated Virus-DJ Bound by a Heparanoid Pentasaccharide, native map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Adeno-Associated Virus-DJ Bound by a Heparanoid Pentasaccharide, difference...
ファイル | emd_8574_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Adeno-Associated Virus-DJ Bound by a Heparanoid Pentasaccharide, difference map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Adeno-associated virus
全体 | 名称: Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Adeno-associated virus
超分子 | 名称: Adeno-associated virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / NCBI-ID: 272636 / 生物種: Adeno-associated virus / Sci species strain: hybrid of serotypes 2, 8, and 9 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes |
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Host system | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 組換株: SF9 / 組換プラスミド: pFBDDJM11 |
分子量 | 理論値: 3.75 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.60 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: OTHER | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: blot force = 1, blot time = 3 seconds, total blots = 1. | ||||||||||||
詳細 | 60 viral subunits form the icosahedral capsid |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-20 (5k x 3k) 検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-45 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1051 / 平均露光時間: 1.4 sec. / 平均電子線量: 66.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.75 µm / 倍率(公称値): 29000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |