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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8272 | |||||||||
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タイトル | Human Islet Amyloid Polypeptide Segment 19-SGNNFGAILSS-29 with Early Onset S20G Mutation Determined by MicroED | |||||||||
マップデータ | Sigma-A-weighted 2Fo-Fc map | |||||||||
試料 |
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キーワード | Amyloid / islet amyloid polypeptide / Type II Diabetes / Toxic Spine / MicroED / PROTEIN FIBRIL | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / amylin receptor signaling pathway / Calcitonin-like ligand receptors / negative regulation of amyloid fibril formation / negative regulation of bone resorption / eating behavior / negative regulation of osteoclast differentiation / positive regulation of protein kinase A signaling / Regulation of gene expression in beta cells / negative regulation of protein-containing complex assembly ...: / amylin receptor signaling pathway / Calcitonin-like ligand receptors / negative regulation of amyloid fibril formation / negative regulation of bone resorption / eating behavior / negative regulation of osteoclast differentiation / positive regulation of protein kinase A signaling / Regulation of gene expression in beta cells / negative regulation of protein-containing complex assembly / bone resorption / positive regulation of calcium-mediated signaling / sensory perception of pain / osteoclast differentiation / hormone activity / cell-cell signaling / amyloid-beta binding / G alpha (s) signalling events / positive regulation of MAPK cascade / receptor ligand activity / positive regulation of apoptotic process / Amyloid fiber formation / signaling receptor binding / lipid binding / apoptotic process / signal transduction / extracellular space / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Krotee PAL / Rodriguez JA | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2017 タイトル: Atomic structures of fibrillar segments of hIAPP suggest tightly mated β-sheets are important for cytotoxicity. 著者: Pascal Krotee / Jose A Rodriguez / Michael R Sawaya / Duilio Cascio / Francis E Reyes / Dan Shi / Johan Hattne / Brent L Nannenga / Marie E Oskarsson / Stephan Philipp / Sarah Griner / Lin ...著者: Pascal Krotee / Jose A Rodriguez / Michael R Sawaya / Duilio Cascio / Francis E Reyes / Dan Shi / Johan Hattne / Brent L Nannenga / Marie E Oskarsson / Stephan Philipp / Sarah Griner / Lin Jiang / Charles G Glabe / Gunilla T Westermark / Tamir Gonen / David S Eisenberg / 要旨: hIAPP fibrils are associated with Type-II Diabetes, but the link of hIAPP structure to islet cell death remains elusive. Here we observe that hIAPP fibrils are cytotoxic to cultured pancreatic β- ...hIAPP fibrils are associated with Type-II Diabetes, but the link of hIAPP structure to islet cell death remains elusive. Here we observe that hIAPP fibrils are cytotoxic to cultured pancreatic β-cells, leading us to determine the structure and cytotoxicity of protein segments composing the amyloid spine of hIAPP. Using the cryoEM method MicroED, we discover that one segment, 19-29 S20G, forms pairs of β-sheets mated by a dry interface that share structural features with and are similarly cytotoxic to full-length hIAPP fibrils. In contrast, a second segment, 15-25 WT, forms non-toxic labile β-sheets. These segments possess different structures and cytotoxic effects, however, both can seed full-length hIAPP, and cause hIAPP to take on the cytotoxic and structural features of that segment. These results suggest that protein segment structures represent polymorphs of their parent protein and that segment 19-29 S20G may serve as a model for the toxic spine of hIAPP. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8272.map.gz | 130.1 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8272-v30.xml emd-8272.xml | 16.8 KB 16.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_8272.png | 95.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-8272.cif.gz | 5.5 KB | ||
Filedesc structureFactors | emd_8272_sf.cif.gz | 10.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8272 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8272 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_8272_validation.pdf.gz | 376.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_8272_full_validation.pdf.gz | 376.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_8272_validation.xml.gz | 4.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_8272_validation.cif.gz | 4.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8272 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8272 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5knzMC 8273C 5ko0C C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8272.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 291 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Sigma-A-weighted 2Fo-Fc map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 これらの図は立方格子座標系で作成されたものです | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X: 0.3983 Å / Y: 0.5813 Å / Z: 0.6321 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Amyloid fiber
全体 | 名称: Amyloid fiber |
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要素 |
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-超分子 #1: Amyloid fiber
超分子 | 名称: Amyloid fiber / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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分子量 | 理論値: 4.441 kDa/nm |
-分子 #1: hIAPP(residues 19-29)S20G
分子 | 名称: hIAPP(residues 19-29)S20G / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: islet amyloid / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 1.066125 KDa |
配列 | 文字列: SGNNFGAILS S UniProtKB: Islet amyloid polypeptide |
-分子 #2: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 電子線結晶学 |
試料の集合状態 | 3D array |
-試料調製
濃度 | 1.066 mg/mL | ||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 支持フィルム - Film thickness: 30 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR | ||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE | ||||||
結晶化 | 装置: 1.5 mL Eppendorf tube / 雰囲気: Air, sealed chamber. / 温度: 298.0 K / 時間: 2.0 DAY 詳細: 1 mM lyophilized peptide in PBS with 1% DMSO at room temperature under quiescent conditions. Crystals grew in a few hours and reached full size within 15 hours. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI 20 |
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温度 | 最低: 100.0 K / 最高: 100.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 2 / 回折像の数: 879 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 0.01 e/Å2 詳細: The detector was operated in rolling shutter mode with 2x2 pixel binning. |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION / カメラ長: 1840 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 1.9 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL / 詳細: idealized 7-residue polyalanine beta-strand | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular replacement | ソフトウェア - 名称: Phaser (ver. 2.5.6) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Crystallography statistics | Number intensities measured: 1380 / Number structure factors: 548 / Fourier space coverage: 83 / R sym: 0.106 / R merge: 0.106 / Overall phase error: 0.01 / Overall phase residual: 0.01 / Phase error rejection criteria: 0 / High resolution: 1.9 Å 詳細: Phasing statistics are not applicable. No imaging was used. The phases were obtained using molecular replacement. 殻:
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-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: RECIPROCAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 14.512 / 当てはまり具合の基準: maximum likelihood |
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得られたモデル | PDB-5knz: |