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- EMDB-8273: Human Islet Amyloid Polypeptide Segment 15-FLVHSSNNFGA-25 Determi... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8273
タイトルHuman Islet Amyloid Polypeptide Segment 15-FLVHSSNNFGA-25 Determined by MicroED
マップデータSigma-A-weighted 2Fo-Fc map
試料
  • 複合体: Amyloid fiber
    • タンパク質・ペプチド: hIAPP(15-25)WT
  • リガンド: THIOCYANATE ION
  • リガンド: water
キーワードAmyloid / islet amyloid polypeptide / Type II Diabetes / Toxic Spine / MicroED / PROTEIN FIBRIL
機能・相同性
機能・相同性情報


amylin receptor 3 signaling pathway / amylin receptor 2 signaling pathway / amylin receptor 1 signaling pathway / amylin receptor signaling pathway / Calcitonin-like ligand receptors / negative regulation of amyloid fibril formation / negative regulation of bone resorption / eating behavior / positive regulation of cAMP/PKA signal transduction / negative regulation of osteoclast differentiation ...amylin receptor 3 signaling pathway / amylin receptor 2 signaling pathway / amylin receptor 1 signaling pathway / amylin receptor signaling pathway / Calcitonin-like ligand receptors / negative regulation of amyloid fibril formation / negative regulation of bone resorption / eating behavior / positive regulation of cAMP/PKA signal transduction / negative regulation of osteoclast differentiation / Regulation of gene expression in beta cells / bone resorption / negative regulation of protein-containing complex assembly / sensory perception of pain / positive regulation of calcium-mediated signaling / osteoclast differentiation / hormone activity / cell-cell signaling / amyloid-beta binding / G alpha (s) signalling events / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of apoptotic process / receptor ligand activity / Amyloid fiber formation / signaling receptor binding / neuronal cell body / lipid binding / apoptotic process / signal transduction / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Islet amyloid polypeptide / Calcitonin-like / Calcitonin peptide-like / Calcitonin, conserved site / Calcitonin / CGRP / IAPP family signature. / calcitonin / Calcitonin/adrenomedullin / Calcitonin / CGRP / IAPP family
類似検索 - ドメイン・相同性
Islet amyloid polypeptide
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Krotee PAL / Rodriguez JA
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)R01 AG029430 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: Atomic structures of fibrillar segments of hIAPP suggest tightly mated β-sheets are important for cytotoxicity.
著者: Pascal Krotee / Jose A Rodriguez / Michael R Sawaya / Duilio Cascio / Francis E Reyes / Dan Shi / Johan Hattne / Brent L Nannenga / Marie E Oskarsson / Stephan Philipp / Sarah Griner / Lin ...著者: Pascal Krotee / Jose A Rodriguez / Michael R Sawaya / Duilio Cascio / Francis E Reyes / Dan Shi / Johan Hattne / Brent L Nannenga / Marie E Oskarsson / Stephan Philipp / Sarah Griner / Lin Jiang / Charles G Glabe / Gunilla T Westermark / Tamir Gonen / David S Eisenberg /
要旨: hIAPP fibrils are associated with Type-II Diabetes, but the link of hIAPP structure to islet cell death remains elusive. Here we observe that hIAPP fibrils are cytotoxic to cultured pancreatic β- ...hIAPP fibrils are associated with Type-II Diabetes, but the link of hIAPP structure to islet cell death remains elusive. Here we observe that hIAPP fibrils are cytotoxic to cultured pancreatic β-cells, leading us to determine the structure and cytotoxicity of protein segments composing the amyloid spine of hIAPP. Using the cryoEM method MicroED, we discover that one segment, 19-29 S20G, forms pairs of β-sheets mated by a dry interface that share structural features with and are similarly cytotoxic to full-length hIAPP fibrils. In contrast, a second segment, 15-25 WT, forms non-toxic labile β-sheets. These segments possess different structures and cytotoxic effects, however, both can seed full-length hIAPP, and cause hIAPP to take on the cytotoxic and structural features of that segment. These results suggest that protein segment structures represent polymorphs of their parent protein and that segment 19-29 S20G may serve as a model for the toxic spine of hIAPP.
履歴
登録2016年6月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年10月5日-
マップ公開2016年12月21日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5ko0
  • 表面レベル: 0.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8273.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8273.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 179.7 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sigma-A-weighted 2Fo-Fc map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Y (Sec.)X (Row.)Z (Col.)
0.46 Å/pix.
x 40 pix.
= 20.02 Å		0.45 Å/pix.
x 26 pix.
= 17.96 Å		0.45 Å/pix.
x 44 pix.
= 11.778 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX: 0.449 Å / Y: 0.455 Å / Z: 0.453 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 0.14 / ムービー #1: 0.3
最小 - 最大-0.53375727 - 1.3294561
平均 (標準偏差)0.000000000259126 (±0.22236347)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZXY
Origin-2600
サイズ264440
Spacing404426
セルA: 17.96 Å / B: 20.02 Å / C: 11.778 Å
α: 62.843 ° / β: 88.9 ° / γ: 87.603 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.4490.4550.453
M x/y/z404426
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z17.96020.02011.778
α/β/γ62.84388.90087.603
start NX/NY/NZ-2600
NX/NY/NZ264044
MAP C/R/S312
start NC/NR/NS0-260
NC/NR/NS442640
D min/max/mean-0.5341.3290.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Amyloid fiber

全体名称: Amyloid fiber
要素
  • 複合体: Amyloid fiber
    • タンパク質・ペプチド: hIAPP(15-25)WT
  • リガンド: THIOCYANATE ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: Amyloid fiber

超分子名称: Amyloid fiber / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
分子量理論値: 4.075 kDa/nm

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分子 #1: hIAPP(15-25)WT

分子名称: hIAPP(15-25)WT / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: islet amyloid / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 1.193289 KDa
配列文字列:
FLVHSSNNFG A

UniProtKB: Islet amyloid polypeptide

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分子 #2: THIOCYANATE ION

分子名称: THIOCYANATE ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: SCN
分子量理論値: 58.082 Da
Chemical component information

ChemComp-SCN:
THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン

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分子 #3: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 6 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線結晶学
試料の集合状態3D array

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試料調製

濃度20 mg/mL
緩衝液pH: 7
構成要素:
濃度式名称
0.35 MNaSCNsodium thiocyanate
35.0 %MPD
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 支持フィルム - Film thickness: 30 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE
結晶化装置: Hanging Drop Vapor Diffusion Tray / 雰囲気: Air, sealed chamber / 温度: 277.0 K / 時間: 7.0 DAY
詳細: 20 mg/mL Lyophilized peptide in ice-cold water. Crystals were grown using the hanging drop vapor diffusion method at 4 degrees C in 0.35 M sodium thiocyanate and 35% MPD.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 20
温度最低: 100.0 K / 最高: 100.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 2 / 回折像の数: 879 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 0.01 e/Å2
詳細: The detector was operated in rolling shutter mode with 2x2 pixel binning.
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION / カメラ長: 1840 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 1.4 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY / 詳細: 5.0E+61
Molecular replacementソフトウェア - 名称: Phaser (ver. 2.5.6)
Crystallography statisticsNumber intensities measured: 9014 / Number structure factors: 2180 / Fourier space coverage: 75 / R sym: 0.193 / R merge: 0.193 / Overall phase error: 0.01 / Overall phase residual: 0.01 / Phase error rejection criteria: 0 / High resolution: 1.4 Å
詳細: Phasing statistics are not applicable. No imaging was used. The phases were obtained using molecular replacement.
殻 - Shell ID: 1 / 殻 - High resolution: 1.4 Å / 殻 - Low resolution: 22.0 Å / 殻 - Number structure factors: 2180 / 殻 - Phase residual: 0.01 / 殻 - Fourier space coverage: 75 / 殻 - Multiplicity: 4.1

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原子モデル構築 1

精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 9.03 / 当てはまり具合の基準: maximum likelihood
得られたモデル

PDB-5ko0:
Human Islet Amyloid Polypeptide Segment 15-FLVHSSNNFGA-25 Determined by MicroED

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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