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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8070 | |||||||||
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タイトル | Yeast V-ATPase average of densities, a subunit segment | |||||||||
マップデータ | None | |||||||||
試料 |
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キーワード | V-ATPase / Vo region / membrane protein | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein localization to vacuolar membrane / cellular response to alkaline pH / Insulin receptor recycling / Transferrin endocytosis and recycling / polyphosphate metabolic process / ROS and RNS production in phagocytes / Amino acids regulate mTORC1 / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / cellular hyperosmotic response / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex ...protein localization to vacuolar membrane / cellular response to alkaline pH / Insulin receptor recycling / Transferrin endocytosis and recycling / polyphosphate metabolic process / ROS and RNS production in phagocytes / Amino acids regulate mTORC1 / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / cellular hyperosmotic response / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / fungal-type vacuole / vacuolar acidification / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / fungal-type vacuole membrane / Neutrophil degranulation / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton transmembrane transport / ATPase binding / protein-containing complex assembly / membrane raft 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Schep DG / Zhao J | |||||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2016 タイトル: Models for the a subunits of the Thermus thermophilus V/A-ATPase and Saccharomyces cerevisiae V-ATPase enzymes by cryo-EM and evolutionary covariance. 著者: Daniel G Schep / Jianhua Zhao / John L Rubinstein / 要旨: Rotary ATPases couple ATP synthesis or hydrolysis to proton translocation across a membrane. However, understanding proton translocation has been hampered by a lack of structural information for the ...Rotary ATPases couple ATP synthesis or hydrolysis to proton translocation across a membrane. However, understanding proton translocation has been hampered by a lack of structural information for the membrane-embedded a subunit. The V/A-ATPase from the eubacterium Thermus thermophilus is similar in structure to the eukaryotic V-ATPase but has a simpler subunit composition and functions in vivo to synthesize ATP rather than pump protons. We determined the T. thermophilus V/A-ATPase structure by cryo-EM at 6.4 Å resolution. Evolutionary covariance analysis allowed tracing of the a subunit sequence within the map, providing a complete model of the rotary ATPase. Comparing the membrane-embedded regions of the T. thermophilus V/A-ATPase and eukaryotic V-ATPase from Saccharomyces cerevisiae allowed identification of the α-helices that belong to the a subunit and revealed the existence of previously unknown subunits in the eukaryotic enzyme. Subsequent evolutionary covariance analysis enabled construction of a model of the a subunit in the S. cerevisae V-ATPase that explains numerous biochemical studies of that enzyme. Comparing the two a subunit structures determined here with a structure of the distantly related a subunit from the bovine F-type ATP synthase revealed a conserved pattern of residues, suggesting a common mechanism for proton transport in all rotary ATPases. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8070.map.gz | 112.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8070-v30.xml emd-8070.xml | 12.9 KB 12.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_8070.png | 49.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-8070.cif.gz | 5.4 KB | ||
その他 | emd_8070_additional.map.gz | 603.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8070 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8070 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_8070_validation.pdf.gz | 529.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_8070_full_validation.pdf.gz | 528.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_8070_validation.xml.gz | 6.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_8070_validation.cif.gz | 7.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8070 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8070 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8070.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.45 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: None
ファイル | emd_8070_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | None | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : V-ATPase
全体 | 名称: V-ATPase |
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要素 |
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-超分子 #1: V-ATPase
超分子 | 名称: V-ATPase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Six maps of the V-ATPase, averaged with the Vo regions aligned |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: JTY2 |
-超分子 #2: V-ATPase a subunit
超分子 | 名称: V-ATPase a subunit / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: all 詳細: Segment of averaged densities from six maps of the V-ATPase, aligned to the a subunit. This does not contain the c ring or micelle, but has some densities that are not assigned to the a ...詳細: Segment of averaged densities from six maps of the V-ATPase, aligned to the a subunit. This does not contain the c ring or micelle, but has some densities that are not assigned to the a subunit and likely represent unknown subunits. |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: JTY2 |
-分子 #1: V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform
分子 | 名称: V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: JTY2 |
分子量 | 理論値: 51.548867 KDa |
配列 | 文字列: TNKFTAGFQS ICDCYGIAQY REINAGLPTI VTFPFMFAIM FGDMGHGFLM TLAALSLVLN EKKINKMKRG EIFDMAFTGR YIILLMGVF SMYTGFLYND IFSKTMTIFK SGWKWPDHWK KGESITATSV GTYPIGLDWA WHGTENALLF SNSYKMKLSI L MGFIHMTY ...文字列: TNKFTAGFQS ICDCYGIAQY REINAGLPTI VTFPFMFAIM FGDMGHGFLM TLAALSLVLN EKKINKMKRG EIFDMAFTGR YIILLMGVF SMYTGFLYND IFSKTMTIFK SGWKWPDHWK KGESITATSV GTYPIGLDWA WHGTENALLF SNSYKMKLSI L MGFIHMTY SYFFSLANHL YFNSMIDIIG NFIPGLLFMQ GIFGYLSVCI VYKWAVDWVK DGKPAPGLLN MLINMFLSPG TI DDELYPH QAKVQVFLLL MALVCIPWLL LVKPLHFKFT HKKKSHEPLP STEADASSED LEAQQLISAM DADDAEEEEV GSG SHGEDF GDIMIHQVIH TIEFCLNCVS HTASYLRLWA LSLAHAQLSS VLWTMTIQIA FGFRGFVGVF MTVALFAMWF ALTC AVLVL MEGTSAMLHS LRLHWVESMS KFFVGEGLPY EPFAFEYKDM EVAVASASSS ASS UniProtKB: V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 35.7 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.0 Å / 解像度の算出法: OTHER 詳細: Resolution is approximated from the resolutions of the aligned and averaged maps that yielded the density. 使用した粒子像数: 269377 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |