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万見
- EMDB-8070: Yeast V-ATPase average of densities, a subunit segment -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8070
タイトルYeast V-ATPase average of densities, a subunit segment
マップデータNone
試料
  • 複合体: V-ATPase
    • 複合体: V-ATPase a subunit
      • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform
キーワードV-ATPase / Vo region / membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to alkaline pH / Insulin receptor recycling / Transferrin endocytosis and recycling / polyphosphate metabolic process / ROS and RNS production in phagocytes / Amino acids regulate mTORC1 / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / fungal-type vacuole / cellular hyperosmotic response / fungal-type vacuole membrane ...cellular response to alkaline pH / Insulin receptor recycling / Transferrin endocytosis and recycling / polyphosphate metabolic process / ROS and RNS production in phagocytes / Amino acids regulate mTORC1 / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / fungal-type vacuole / cellular hyperosmotic response / fungal-type vacuole membrane / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / vacuolar acidification / proton transmembrane transport / Neutrophil degranulation / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / ATPase binding / protein-containing complex assembly / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ATPase, V0 complex, subunit 116kDa, eukaryotic / V-type ATPase, V0 complex, 116kDa subunit family / V-type ATPase 116kDa subunit family
類似検索 - ドメイン・相同性
V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.0 Å
データ登録者Schep DG / Zhao J
資金援助 カナダ, 1件
OrganizationGrant number国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP 81294 カナダ
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2016
タイトル: Models for the a subunits of the Thermus thermophilus V/A-ATPase and Saccharomyces cerevisiae V-ATPase enzymes by cryo-EM and evolutionary covariance.
著者: Daniel G Schep / Jianhua Zhao / John L Rubinstein /
要旨: Rotary ATPases couple ATP synthesis or hydrolysis to proton translocation across a membrane. However, understanding proton translocation has been hampered by a lack of structural information for the ...Rotary ATPases couple ATP synthesis or hydrolysis to proton translocation across a membrane. However, understanding proton translocation has been hampered by a lack of structural information for the membrane-embedded a subunit. The V/A-ATPase from the eubacterium Thermus thermophilus is similar in structure to the eukaryotic V-ATPase but has a simpler subunit composition and functions in vivo to synthesize ATP rather than pump protons. We determined the T. thermophilus V/A-ATPase structure by cryo-EM at 6.4 Å resolution. Evolutionary covariance analysis allowed tracing of the a subunit sequence within the map, providing a complete model of the rotary ATPase. Comparing the membrane-embedded regions of the T. thermophilus V/A-ATPase and eukaryotic V-ATPase from Saccharomyces cerevisiae allowed identification of the α-helices that belong to the a subunit and revealed the existence of previously unknown subunits in the eukaryotic enzyme. Subsequent evolutionary covariance analysis enabled construction of a model of the a subunit in the S. cerevisae V-ATPase that explains numerous biochemical studies of that enzyme. Comparing the two a subunit structures determined here with a structure of the distantly related a subunit from the bovine F-type ATP synthase revealed a conserved pattern of residues, suggesting a common mechanism for proton transport in all rotary ATPases.
履歴
登録2016年2月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年3月9日-
マップ公開2016年3月9日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5i1m
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5i1m
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-5i1m
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8070.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8070.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈None
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.45 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.015 / ムービー #1: 0.015
最小 - 最大-0.0059027663 - 0.03360682
平均 (標準偏差)0.00010624225 (±0.0025233699)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 464.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.451.451.45
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z464.000464.000464.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ129141209
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.0060.0340.000

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添付データ

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追加マップ: None

ファイルemd_8070_additional.map
注釈None
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : V-ATPase

全体名称: V-ATPase
要素
  • 複合体: V-ATPase
    • 複合体: V-ATPase a subunit
      • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform

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超分子 #1: V-ATPase

超分子名称: V-ATPase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Six maps of the V-ATPase, averaged with the Vo regions aligned
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: JTY2

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超分子 #2: V-ATPase a subunit

超分子名称: V-ATPase a subunit / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: all
詳細: Segment of averaged densities from six maps of the V-ATPase, aligned to the a subunit. This does not contain the c ring or micelle, but has some densities that are not assigned to the a ...詳細: Segment of averaged densities from six maps of the V-ATPase, aligned to the a subunit. This does not contain the c ring or micelle, but has some densities that are not assigned to the a subunit and likely represent unknown subunits.
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: JTY2

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分子 #1: V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform

分子名称: V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: JTY2
分子量理論値: 51.548867 KDa
配列文字列: TNKFTAGFQS ICDCYGIAQY REINAGLPTI VTFPFMFAIM FGDMGHGFLM TLAALSLVLN EKKINKMKRG EIFDMAFTGR YIILLMGVF SMYTGFLYND IFSKTMTIFK SGWKWPDHWK KGESITATSV GTYPIGLDWA WHGTENALLF SNSYKMKLSI L MGFIHMTY ...文字列:
TNKFTAGFQS ICDCYGIAQY REINAGLPTI VTFPFMFAIM FGDMGHGFLM TLAALSLVLN EKKINKMKRG EIFDMAFTGR YIILLMGVF SMYTGFLYND IFSKTMTIFK SGWKWPDHWK KGESITATSV GTYPIGLDWA WHGTENALLF SNSYKMKLSI L MGFIHMTY SYFFSLANHL YFNSMIDIIG NFIPGLLFMQ GIFGYLSVCI VYKWAVDWVK DGKPAPGLLN MLINMFLSPG TI DDELYPH QAKVQVFLLL MALVCIPWLL LVKPLHFKFT HKKKSHEPLP STEADASSED LEAQQLISAM DADDAEEEEV GSG SHGEDF GDIMIHQVIH TIEFCLNCVS HTASYLRLWA LSLAHAQLSS VLWTMTIQIA FGFRGFVGVF MTVALFAMWF ALTC AVLVL MEGTSAMLHS LRLHWVESMS KFFVGEGLPY EPFAFEYKDM EVAVASASSS ASS

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 35.7 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.0 Å / 解像度の算出法: OTHER
詳細: Resolution is approximated from the resolutions of the aligned and averaged maps that yielded the density.
使用した粒子像数: 269377
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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