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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8011 | |||||||||
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タイトル | Foot region of the yeast spliceosomal U4/U6.U5 tri-snRNP | |||||||||
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![]() | Transcription / pre-mRNA splicing / snRNP / GTPase / U5 snRNA / Prp8 / spliceosome | |||||||||
機能・相同性 | ![]() generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / splicing factor binding / U4/U6 snRNP / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / 7-methylguanosine cap hypermethylation / pICln-Sm protein complex / small nuclear ribonucleoprotein complex / SMN-Sm protein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / poly(U) RNA binding ...generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / splicing factor binding / U4/U6 snRNP / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / 7-methylguanosine cap hypermethylation / pICln-Sm protein complex / small nuclear ribonucleoprotein complex / SMN-Sm protein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / poly(U) RNA binding / commitment complex / U2-type prespliceosome assembly / U2-type catalytic step 2 spliceosome / U4 snRNP / U2 snRNP / U1 snRNP / U2-type prespliceosome / precatalytic spliceosome / generation of catalytic spliceosome for second transesterification step / spliceosomal complex assembly / mRNA 5'-splice site recognition / mRNA 3'-splice site recognition / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / U5 snRNA binding / U5 snRNP / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / spliceosomal snRNP assembly / pre-mRNA intronic binding / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / metallopeptidase activity / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / RNA binding / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||
![]() | Nguyen THD / Galej WP | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The architecture of the spliceosomal U4/U6.U5 tri-snRNP. 著者: Thi Hoang Duong Nguyen / Wojciech P Galej / Xiao-chen Bai / Christos G Savva / Andrew J Newman / Sjors H W Scheres / Kiyoshi Nagai / ![]() 要旨: U4/U6.U5 tri-snRNP is a 1.5-megadalton pre-assembled spliceosomal complex comprising U5 small nuclear RNA (snRNA), extensively base-paired U4/U6 snRNAs and more than 30 proteins, including the key ...U4/U6.U5 tri-snRNP is a 1.5-megadalton pre-assembled spliceosomal complex comprising U5 small nuclear RNA (snRNA), extensively base-paired U4/U6 snRNAs and more than 30 proteins, including the key components Prp8, Brr2 and Snu114. The tri-snRNP combines with a precursor messenger RNA substrate bound to U1 and U2 small nuclear ribonucleoprotein particles (snRNPs), and transforms into a catalytically active spliceosome after extensive compositional and conformational changes triggered by unwinding of the U4 and U6 (U4/U6) snRNAs. Here we use cryo-electron microscopy single-particle reconstruction of Saccharomyces cerevisiae tri-snRNP at 5.9 Å resolution to reveal the essentially complete organization of its RNA and protein components. The single-stranded region of U4 snRNA between its 3' stem-loop and the U4/U6 snRNA stem I is loaded into the Brr2 helicase active site ready for unwinding. Snu114 and the amino-terminal domain of Prp8 position U5 snRNA to insert its loop I, which aligns the exons for splicing, into the Prp8 active site cavity. The structure provides crucial insights into the activation process and the active site of the spliceosome. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 196.1 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 27.6 KB 27.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 13.3 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 150.6 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 8.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5gamMC ![]() 8006C ![]() 8007C ![]() 8008C ![]() 8009C ![]() 8010C ![]() 8012C ![]() 8013C ![]() 8014C ![]() 5ganC ![]() 5gaoC ![]() 5gapC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.43 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
+全体 : Foot region of the yeast spliceosomal U4/U6.U5 tri-snRNP
+超分子 #1: Foot region of the yeast spliceosomal U4/U6.U5 tri-snRNP
+分子 #1: U5 snRNA
+分子 #4: U6 snRNA, 5' end
+分子 #2: Pre-mRNA-splicing factor 8
+分子 #3: Pre-mRNA-splicing factor SNU114
+分子 #5: Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
+分子 #6: Small nuclear ribonucleoprotein E
+分子 #7: Small nuclear ribonucleoprotein F
+分子 #8: Small nuclear ribonucleoprotein G
+分子 #9: Unknown polypeptide
+分子 #10: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
+分子 #11: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
+分子 #12: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
+分子 #13: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
-実験情報
-構造解析
![]() | 単粒子再構成法 |
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試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.2 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.9 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 6 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 70 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER 詳細: Grids are made of holey carbon, carbon-coated and glow discharged in N-amylamine. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-20 / 実像数: 2477 / 平均露光時間: 16.0 sec. / 平均電子線量: 38.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 倍率(補正後): 35714 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: RECIPROCAL |
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得られたモデル | ![]() PDB-5gam: |