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万見
- EMDB-7828: Cryo-EM structure of the mitochondrial calcium uniporter from N. ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7828
タイトルCryo-EM structure of the mitochondrial calcium uniporter from N. fischeri bound to saposin
マップデータCryo-EM structure of MCU from N. fischeri low pass-filtered to 5.0 Angstrom resolution to show saposin molecules
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Mitochondrial calcium uniporter / saposin complex
    • 細胞器官・細胞要素: Mitochondrial calcium uniporter
      • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial calcium uniporter
    • 複合体: saposin
      • タンパク質・ペプチド: Saposin A
  • リガンド: CALCIUM ION
キーワードMitochondria / calcium channel / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性uniporter activity / Calcium uniporter protein, C-terminal / MCU family / Mitochondrial calcium uniporter / uniplex complex / calcium import into the mitochondrion / mitochondrial calcium ion homeostasis / calcium channel activity / Calcium uniporter protein
機能・相同性情報
生物種Aspergillus fischeri (カビ) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.0 Å
データ登録者Nguyen NX / Armache J-P
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM079179 米国
Welch FoundationI-1578 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Cryo-EM structure of a fungal mitochondrial calcium uniporter.
著者: Nam X Nguyen / Jean-Paul Armache / Changkeun Lee / Yi Yang / Weizhong Zeng / Vamsi K Mootha / Yifan Cheng / Xiao-Chen Bai / Youxing Jiang /
要旨: The mitochondrial calcium uniporter (MCU) is a highly selective calcium channel localized to the inner mitochondrial membrane. Here, we describe the structure of an MCU orthologue from the fungus ...The mitochondrial calcium uniporter (MCU) is a highly selective calcium channel localized to the inner mitochondrial membrane. Here, we describe the structure of an MCU orthologue from the fungus Neosartorya fischeri (NfMCU) determined to 3.8 Å resolution by phase-plate cryo-electron microscopy. The channel is a homotetramer with two-fold symmetry in its amino-terminal domain (NTD) that adopts a similar structure to that of human MCU. The NTD assembles as a dimer of dimers to form a tetrameric ring that connects to the transmembrane domain through an elongated coiled-coil domain. The ion-conducting pore domain maintains four-fold symmetry, with the selectivity filter positioned at the start of the pore-forming TM2 helix. The aspartate and glutamate sidechains of the conserved DIME motif are oriented towards the central axis and separated by one helical turn. The structure of NfMCU offers insights into channel assembly, selective calcium permeation, and inhibitor binding.
履歴
登録2018年4月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年5月9日-
マップ公開2018年7月11日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.009
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.009
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6d80
  • 表面レベル: 0.009
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7828.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7828.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of MCU from N. fischeri low pass-filtered to 5.0 Angstrom resolution to show saposin molecules
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 220 pix.
= 184.8 Å		0.84 Å/pix.
x 220 pix.
= 184.8 Å		0.84 Å/pix.
x 220 pix.
= 184.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.84 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.009 / ムービー #1: 0.009
最小 - 最大-0.006093651 - 0.021429818
平均 (標準偏差)0.0003616772 (±0.0017737029)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ220220220
Spacing220220220
セルA=B=C: 184.79999 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.840.840.84
M x/y/z220220220
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z184.800184.800184.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ887264
NX/NY/NZ104112143
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS220220220
D min/max/mean-0.0060.0210.000

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添付データ

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追加マップ: Cryo-EM structure of MCU from N. fischeri at 3.8 Angstrom resolution

ファイルemd_7828_additional.map
注釈Cryo-EM structure of MCU from N. fischeri at 3.8 Angstrom resolution
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Cryo-EM structure of MCU from N. fischeri at 3.8 Angstrom resolution

ファイルemd_7828_additional_1.map
注釈Cryo-EM structure of MCU from N. fischeri at 3.8 Angstrom resolution
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Mitochondrial calcium uniporter / saposin complex

全体名称: Mitochondrial calcium uniporter / saposin complex
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Mitochondrial calcium uniporter / saposin complex
    • 細胞器官・細胞要素: Mitochondrial calcium uniporter
      • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial calcium uniporter
    • 複合体: saposin
      • タンパク質・ペプチド: Saposin A
  • リガンド: CALCIUM ION

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超分子 #1: Mitochondrial calcium uniporter / saposin complex

超分子名称: Mitochondrial calcium uniporter / saposin complex / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2

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超分子 #3: Mitochondrial calcium uniporter

超分子名称: Mitochondrial calcium uniporter / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Aspergillus fischeri (カビ)

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超分子 #2: saposin

超分子名称: saposin / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Saposin A

分子名称: Saposin A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 6.911511 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)

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分子 #2: Mitochondrial calcium uniporter

分子名称: Mitochondrial calcium uniporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Aspergillus fischeri (カビ)
分子量理論値: 47.928004 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: GSDKRGPQSA EPDPLERLEV KKVQQQHENE KDDSGRDTKS GGKVAKAMTK GDTIAGKLLT TPSRLFKLLI PLTTINRKDI EQIAILIHP QQPLSHLERL IQSEVPPIED ENGQKRPPFV SFIALQLEQD AIRPKRGMYE GTDAEIHRVE GGKDDATVAK R GEDFQEVD ...文字列:
GSDKRGPQSA EPDPLERLEV KKVQQQHENE KDDSGRDTKS GGKVAKAMTK GDTIAGKLLT TPSRLFKLLI PLTTINRKDI EQIAILIHP QQPLSHLERL IQSEVPPIED ENGQKRPPFV SFIALQLEQD AIRPKRGMYE GTDAEIHRVE GGKDDATVAK R GEDFQEVD ETFSYLRRPG PGQGDKEQRF IRWSQSTEIG DFIRDAARAK EFIVTIEGAP AGLEQIHVAV PSFDERTYFL RM RLRKISR RIQGLAEIKH ECDALAHRGA QRVALGGFGI LAFWWYIVYK LTFETDLGWD TMEPVTYLVS LSTLMGGYLW FLY HNREIS YRSALDFTIN ARQKKLYQMK GIDLQVWESL IDEANAIRRE IKNIAAEYDV DWDERKDEQD DRVTEALKKE RRLK NGSQK EERPKDDRDD D

UniProtKB: Calcium uniporter protein

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分子 #3: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.6 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
詳細: 20 mM HEPES, pH 7.5, 300 mM sodium chloride, 1 mM calcium chloride, 2% glycerol
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細N. fischeri MCU was reconstituted into lipid using E. coli total lipids and human saposin A as the membrane scaffolding protein.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: An initial model was generated by RELION.
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 83343
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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