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- EMDB-7476: Cdc48-Npl4 complex in the presence of ATP-gamma-S -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7476
タイトルCdc48-Npl4 complex in the presence of ATP-gamma-S
マップデータprimary map
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Cdc48-Npl4/Ufd1 complex
    • タンパク質・ペプチド: Npl4
    • タンパク質・ペプチド: Putative cell division control protein
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードAAA+ / ERAD / zinc finger / ubiquitin-binding protein / MOTOR PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


: / endoplasmic reticulum polarization => GO:0061163 / mitotic sister chromatid separation / mitotic spindle midzone / protein localization to Golgi apparatus / mitotic spindle disassembly / mRNA transport / ubiquitin binding / protein transport / ubiquitin-dependent protein catabolic process ...: / endoplasmic reticulum polarization => GO:0061163 / mitotic sister chromatid separation / mitotic spindle midzone / protein localization to Golgi apparatus / mitotic spindle disassembly / mRNA transport / ubiquitin binding / protein transport / ubiquitin-dependent protein catabolic process / nuclear membrane / cell division / ubiquitin protein ligase binding / perinuclear region of cytoplasm / ATP hydrolysis activity / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
NPL4, zinc-binding putative / Nuclear protein localization protein 4 / NPL4 family, putative zinc binding region / Nuclear pore localisation protein NPL4, C-terminal / NPL4 family / Vps4 oligomerisation, C-terminal / Vps4 C terminal oligomerisation domain / AAA ATPase, CDC48 family / Cell division protein 48 (CDC48), N-terminal domain / CDC48, N-terminal subdomain ...NPL4, zinc-binding putative / Nuclear protein localization protein 4 / NPL4 family, putative zinc binding region / Nuclear pore localisation protein NPL4, C-terminal / NPL4 family / Vps4 oligomerisation, C-terminal / Vps4 C terminal oligomerisation domain / AAA ATPase, CDC48 family / Cell division protein 48 (CDC48), N-terminal domain / CDC48, N-terminal subdomain / Cell division protein 48 (CDC48) N-terminal domain / CDC48, domain 2 / Cell division protein 48 (CDC48), domain 2 / Cell division protein 48 (CDC48) domain 2 / CDC48 domain 2-like superfamily / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / MPN domain / MPN domain profile. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / Ubiquitin-like domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclear protein localization protein 4 / Putative cell division control protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類) / Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Kim KH / Bodnar NO
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2018
タイトル: Structure of the Cdc48 ATPase with its ubiquitin-binding cofactor Ufd1-Npl4.
著者: Nicholas O Bodnar / Kelly H Kim / Zhejian Ji / Thomas E Wales / Vladimir Svetlov / Evgeny Nudler / John R Engen / Thomas Walz / Tom A Rapoport /
要旨: Many polyubiquitinated proteins are extracted from membranes or complexes by the conserved ATPase Cdc48 (in yeast; p97 or VCP in mammals) before proteasomal degradation. Each Cdc48 hexamer contains ...Many polyubiquitinated proteins are extracted from membranes or complexes by the conserved ATPase Cdc48 (in yeast; p97 or VCP in mammals) before proteasomal degradation. Each Cdc48 hexamer contains two stacked ATPase rings (D1 and D2) and six N-terminal (N) domains. Cdc48 binds various cofactors, including the Ufd1-Npl4 heterodimer. Here, we report structures of the Cdc48-Ufd1-Npl4 complex from Chaetomium thermophilum. Npl4 interacts through its UBX-like domain with a Cdc48 N domain, and it uses two Zn-finger domains to anchor the enzymatically inactive Mpr1-Pad1 N-terminal (MPN) domain, homologous to domains found in several isopeptidases, to the top of the D1 ATPase ring. The MPN domain of Npl4 is located above Cdc48's central pore, a position similar to the MPN domain from deubiquitinase Rpn11 in the proteasome. Our results indicate that Npl4 is unique among Cdc48 cofactors and suggest a mechanism for binding and translocation of polyubiquitinated substrates into the ATPase.
履歴
登録2018年2月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年3月7日-
マップ公開2018年7月4日-
更新2024年3月13日-
現状2024年3月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6chs
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7476.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7476.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈primary map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.3 Å/pix.
x 256 pix.
= 332.8 Å		1.3 Å/pix.
x 256 pix.
= 332.8 Å		1.3 Å/pix.
x 256 pix.
= 332.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.3 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.065897405 - 0.16063109
平均 (標準偏差)0.0005993301 (±0.005306914)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 332.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.31.31.3
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z332.800332.800332.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.0660.1610.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cdc48-Npl4/Ufd1 complex

全体名称: Cdc48-Npl4/Ufd1 complex
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Cdc48-Npl4/Ufd1 complex
    • タンパク質・ペプチド: Npl4
    • タンパク質・ペプチド: Putative cell division control protein
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Cdc48-Npl4/Ufd1 complex

超分子名称: Cdc48-Npl4/Ufd1 complex / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)

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分子 #1: Npl4

分子名称: Npl4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
分子量理論値: 73.880391 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MLLRMRCPDG MFRLTVEKDD TFGELVRQLV PKLPPTVDPK SITLSNHPSG GDSKRIDEIA RFKIGQVGHG DLIFVRYQTS DTVANGRSV DISSQTAGLS SSANRLNGKP VLPTEDHPID PPPNTSAERI KNPWEVVRQS PLDDRLDKLD GKIPRKRGAM C RHGPKGMC ...文字列:
MLLRMRCPDG MFRLTVEKDD TFGELVRQLV PKLPPTVDPK SITLSNHPSG GDSKRIDEIA RFKIGQVGHG DLIFVRYQTS DTVANGRSV DISSQTAGLS SSANRLNGKP VLPTEDHPID PPPNTSAERI KNPWEVVRQS PLDDRLDKLD GKIPRKRGAM C RHGPKGMC DYCTPLDPFN PQYLEEKKIK YMSVHAYMRK INSATNRPEL GSSFIPPLVE PYYRVKRDCP SGHPQWPEGI CT KCQPSAI TLQPQPFRMV DHVEFASPQI IDRFLDAWRR TGVQRLGILY GRYLEYDAVP LGIKAVVEAI YEPPQVDEID GIT LNPWEN EQEVNQVAKY CGLEQVGVIW TDLLDAGKGD GSVVCKRHAD SYFLAAQEIV FAARLQAQHP KPSKWSDTGR FGSN FVTCV VSGNEQGEIS ISAYQMSNDA VEMVRADIIE PSADPTLMLV REEEEDDGSP SKTRYIPEVF YRKINEYGAN VLENA KPAF PVEYLFVTLT HGFPDSPSPL FTDNIFPIEN REYVGEAQEV SAVAKALKVH EADAPMNVSD FHLLCFIHQM SVLSKE EEA LLCRVATLHD LAESFQLRST TGWQTLHMIL QSTGERVPKR PRFSDNVPSS SQDTQEALGG NNLDPGEPLA KRFAAVR LN ENNQSSPKPY APSRWNL

UniProtKB: Nuclear protein localization protein 4

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分子 #2: Putative cell division control protein

分子名称: Putative cell division control protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
分子量理論値: 90.432516 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAPESKDHKK KVNLTDPSGA EHREENDTAT AILKKKKKPN QLMVTDAVND DNSIIALSNN TMEALQLFRG DTVLVRGKKR RDTVLIVLA DDDLDDGSAR INRVVRHNLR VKHGDMITIH PCPDIKYAKR IAVLPIADTV EGLTGSLFDV FLAPYFREAY R PVRQGDLF ...文字列:
MAPESKDHKK KVNLTDPSGA EHREENDTAT AILKKKKKPN QLMVTDAVND DNSIIALSNN TMEALQLFRG DTVLVRGKKR RDTVLIVLA DDDLDDGSAR INRVVRHNLR VKHGDMITIH PCPDIKYAKR IAVLPIADTV EGLTGSLFDV FLAPYFREAY R PVRQGDLF TVRGGMRQVE FKVVEVDPPE YGIVAQDTII HCEGEPIPRE EEENNLNEVG YDDIGGCRKQ LAQIREMVEL PL RHPQLFK SIGIKPPRGV LLYGPPGTGK TLMARAVANE TGAFFFLING PEIMSKMAGE SESNLRKAFE EAEKNSPAII FID EIDSIA PKREKTNGEV ERRVVSQLLT LMDGMKARSN VVVMAATNRP NSIDPALRRF GRFDREVDIG IPDPTGRLEI LQIH TKNMK LADDVDLEQI AAETHGYVGS DLAALCSEAA MQQIREKMDL IDLDEDTIDA EVLDSLGVTM DNFRYALGVS NPSAL REVA VVEVPNVRWE DIGGLEQVKQ ELKEQVQYPV DHPEKFLKFG LSPSRGVLFY GPPGTGKTML AKAVANECAA NFISVK GPE LLSMWFGESE SNIRDIFDKA RAAAPCVVFL DELDSIAKAR GGSIGDAGGA SDRVVNQLLT EMDGMTSKKN VFVIGAT NR PEQLDPALCR PGRLDQLIYV PLPDEAGRLS ILKAQLRKTP VSKDVDLAYI ASKTHGFSGA DLAFITQRAV KLAIKESI A AEIERQKARE AAGEDVNMED DEDPVPELTK RHFEEAMRDA RRSVSDVEIR RYEAFAQQMK NAGPGAFFKF PDSTTDNSA SNAAGNSFGD AGNDDDLYT

UniProtKB: Putative cell division control protein

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分子 #3: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #4: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 12 / 式: AGS
分子量理論値: 523.247 Da
Chemical component information

ChemComp-AGS:
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-γ-S / ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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分子 #5: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 12 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称式
50.0 mMHEPES
150.0 mMsodium chlorideNaCl
5.0 mMmagnesium chlorideMgCl2
0.5 mMTCEP
100.0 uMATPgS
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 実像数: 9299 / 平均露光時間: 15.0 sec. / 平均電子線量: 1.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
最大 デフォーカス（公称値）: 2.8000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 22500
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 808059
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 91883
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-6chs:
Cdc48-Npl4 complex in the presence of ATP-gamma-S

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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