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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7439 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of E. coli RNAP sigma70 open complex | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM structure of E. coli RNAP sigma70 open complex | |||||||||
試料 |
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キーワード | Escherichia coli / RNA polymerase / TRANSCRIPTION / transcription-dna complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sigma factor antagonist complex / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility ...sigma factor antagonist complex / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription initiation / cell motility / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / response to heat / protein-containing complex assembly / intracellular iron ion homeostasis / protein dimerization activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) / Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.75 Å | |||||||||
データ登録者 | Narayanan A / Vago F | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2018 タイトル: Cryo-EM structure of σ RNA polymerase and promoter DNA complex revealed a role of σ non-conserved region during the open complex formation. 著者: Anoop Narayanan / Frank S Vago / Kunpeng Li / M Zuhaib Qayyum / Dinesh Yernool / Wen Jiang / Katsuhiko S Murakami / 要旨: First step of gene expression is transcribing the genetic information stored in DNA to RNA by the transcription machinery including RNA polymerase (RNAP). In , a primary σ factor forms the RNAP ...First step of gene expression is transcribing the genetic information stored in DNA to RNA by the transcription machinery including RNA polymerase (RNAP). In , a primary σ factor forms the RNAP holoenzyme to express housekeeping genes. The σ contains a large insertion between the conserved regions 1.2 and 2.1, the σ non-conserved region (σ), but its function remains to be elucidated. In this study, we determined the cryo-EM structures of the RNAP σ holoenzyme and its complex with promoter DNA (open complex, RPo) at 4.2 and 5.75 Å resolutions, respectively, to reveal native conformations of RNAP and DNA. The RPo structure presented here found an interaction between the σ and promoter DNA just upstream of the -10 element, which was not observed in a previously determined RNAP transcription initiation complex (RPo plus short RNA) structure by X-ray crystallography because of restraint of crystal packing effects. Disruption of the σ and DNA interaction by the amino acid substitutions (R157A/R157E) influences the DNA opening around the transcription start site and therefore decreases the transcription activity of RNAP. We propose that the σ and DNA interaction is conserved in proteobacteria, and RNAP in other bacteria replaces its role with a transcription factor. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_7439.map.gz | 48.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-7439-v30.xml emd-7439.xml | 22 KB 22 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_7439.png | 49.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-7439.cif.gz | 8.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7439 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7439 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_7439_validation.pdf.gz | 492.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_7439_full_validation.pdf.gz | 491.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_7439_validation.xml.gz | 5.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_7439_validation.cif.gz | 6.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7439 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7439 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_7439.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM structure of E. coli RNAP sigma70 open complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.316 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : DNA-directed RNA polymerase open complex
+超分子 #1: DNA-directed RNA polymerase open complex
+分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
+分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
+分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
+分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
+分子 #5: RNA polymerase sigma factor RpoD
+分子 #6: DNA (45-MER)
+分子 #7: DNA (35-MER)
+分子 #8: DNA (5'-D(P*TP*CP*TP*GP*AP*CP*GP*CP*GP*GP*C)-3')
+分子 #9: DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*GP*CP*GP*TP*CP*AP*GP*A)-3')
+分子 #10: MAGNESIUM ION
+分子 #11: ZINC ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 45.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.75 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 96067 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |