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- EMDB-7314: Cryo-EM structure of BCL10 CARD filament -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7314
タイトルCryo-EM structure of BCL10 CARD filament
マップデータCryo-EM reconstruction of BCL10 CARD at 4A resolution
試料
  • 複合体: BCL10 CARD
    • タンパク質・ペプチド: B-cell lymphoma/leukemia 10
キーワードCARD / filament / signalosome / helical reconstruction / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of lymphotoxin A production / polkadots / CBM complex / protein kinase B binding / antifungal innate immune response / CARD domain binding / positive regulation of mast cell cytokine production / T cell apoptotic process / B cell apoptotic process / negative regulation of mature B cell apoptotic process ...positive regulation of lymphotoxin A production / polkadots / CBM complex / protein kinase B binding / antifungal innate immune response / CARD domain binding / positive regulation of mast cell cytokine production / T cell apoptotic process / B cell apoptotic process / negative regulation of mature B cell apoptotic process / programmed cell death / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / non-canonical NF-kappaB signal transduction / response to food / toll-like receptor signaling pathway / : / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / cytoplasmic microtubule / general transcription initiation factor binding / immunological synapse / NF-kappaB binding / immunoglobulin mediated immune response / cellular defense response / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of phosphorylation / positive regulation of protein ubiquitination / neural tube closure / positive regulation of interleukin-8 production / Activation of NF-kappaB in B cells / protein homooligomerization / CLEC7A (Dectin-1) signaling / cellular response to mechanical stimulus / FCERI mediated NF-kB activation / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of T cell activation / Downstream TCR signaling / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / T cell receptor signaling pathway / protein-macromolecule adaptor activity / cellular response to lipopolysaccharide / protease binding / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / adaptive immune response / transcription coactivator activity / lysosome / positive regulation of apoptotic process / membrane raft / innate immune response / ubiquitin protein ligase binding / protein-containing complex binding / positive regulation of DNA-templated transcription / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
B-cell lymphoma/leukemia 10/E10 / BCL10, CARD domain / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Death-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
B-cell lymphoma/leukemia 10
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者David L / Li Y / Ma J / Garner E / Zhang X / Wu H
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI089882 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2018
タイトル: Assembly mechanism of the CARMA1-BCL10-MALT1-TRAF6 signalosome.
著者: Liron David / Yang Li / Jun Ma / Ethan Garner / Xinzheng Zhang / Hao Wu /
要旨: The CARMA1-BCL10-MALT1 (CBM) signalosome is a central mediator of T cell receptor and B cell receptor-induced NF-κB signaling that regulates multiple lymphocyte functions. While caspase-recruitment ...The CARMA1-BCL10-MALT1 (CBM) signalosome is a central mediator of T cell receptor and B cell receptor-induced NF-κB signaling that regulates multiple lymphocyte functions. While caspase-recruitment domain (CARD) membrane-associated guanylate kinase (MAGUK) protein 1 (CARMA1) nucleates B cell lymphoma 10 (BCL10) filament formation through interactions between CARDs, mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1 (MALT1) is a paracaspase with structural similarity to caspases, which recruits TNF receptor-associated factor 6 (TRAF6) for K63-linked polyubiquitination. Here we present cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the BCL10 CARD filament at 4.0-Å resolution. The structure redefines CARD-CARD interactions compared with the previous EM structure determined from a negatively stained sample. Surprisingly, time-lapse confocal imaging shows that BCL10 polymerizes in a unidirectional manner. CARMA1, the BCL10 nucleator, serves as a hub for formation of star-shaped filamentous networks of BCL10 and significantly decreases the lag period of BCL10 polymerization. Cooperative MALT1 interaction with BCL10 filaments observed under EM suggests immediate dimerization of MALT1 in the BCL10 filamentous scaffold. In addition, TRAF6 cooperatively decorates CBM filaments to form higher-order assemblies, likely resulting in all-or-none activation of the downstream pathway. Collectively, these data reveal biophysical mechanisms in the assembly of the CARMA1-BCL10-MALT1-TRAF6 complex for signal transduction.
履歴
登録2017年12月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年2月14日-
マップ公開2018年2月14日-
更新2024年3月13日-
現状2024年3月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0485
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0485
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6bze
  • 表面レベル: 0.0485
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6bze
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7314.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7314.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM reconstruction of BCL10 CARD at 4A resolution
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.51 Å/pix.
x 100 pix.
= 151. Å		1.51 Å/pix.
x 100 pix.
= 151. Å		1.51 Å/pix.
x 100 pix.
= 151. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.51 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0485 / ムービー #1: 0.0485
最小 - 最大-0.08693058 - 0.1856001
平均 (標準偏差)0.006188636 (±0.020250324)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-50-50-50
サイズ100100100
Spacing100100100
セルA=B=C: 151.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.511.511.51
M x/y/z100100100
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z151.000151.000151.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ281156
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-50-50-50
NC/NR/NS100100100
D min/max/mean-0.0870.1860.006

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : BCL10 CARD

全体名称: BCL10 CARD
要素
  • 複合体: BCL10 CARD
    • タンパク質・ペプチド: B-cell lymphoma/leukemia 10

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超分子 #1: BCL10 CARD

超分子名称: BCL10 CARD / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: B-cell lymphoma/leukemia 10

分子名称: B-cell lymphoma/leukemia 10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.614566 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
EEDLTEVKKD ALENLRVYLC EKIIAERHFD HLRAKKILSR EDTEEISCRT SSRKRAGKLL DYLQENPKGL DTLVESIRRE KTQNFLIQK ITDEVLKLRN IKLEHLK

UniProtKB: B-cell lymphoma/leukemia 10

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC4H11NO3Tris
150.0 mMNaClSodium Chloride
1.0 mMC9H15O6PTCEP
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 4C / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 詳細: 5 second blotting time with force 3.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-16 (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 339 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 5.0 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -100.8 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PHENIX / ソフトウェア - 詳細: phenix refine / 使用した粒子像数: 39992
Segment selection選択した数: 103873 / ソフトウェア - 名称: EMAN2
ソフトウェア - 詳細: EMAN2 e2helixboxer was used to select filament segments
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Cylinder/negative stained EM model
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2mb9


Chain - Chain ID: A / Chain - Residue range: 10-115 / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-6bze:
Cryo-EM structure of BCL10 CARD filament

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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