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- EMDB-72779: Cryo-EM structure of MERS-CoV nsp10-nsp14 (E191A) in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-72779
タイトルCryo-EM structure of MERS-CoV nsp10-nsp14 (E191A) in complex with T20P14-G RNA
マップデータDeepEMhancer-processed map
試料
  • 複合体: MERS-CoV nsp10-nsp14 (E191A) in complex with T20P14-G RNA
    • タンパク質・ペプチド: Replicase polyprotein 1ab
    • タンパク質・ペプチド: Guanine-N7 methyltransferase nsp14
    • RNA: T20P14-G RNA
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードMERS-CoV / exoribonuclease / proofreading / coronavirus / RNA / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell membrane / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / 3'-5'-RNA exonuclease activity / 5'-3' DNA helicase activity / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation ...host cell membrane / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / 3'-5'-RNA exonuclease activity / 5'-3' DNA helicase activity / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / mRNA guanylyltransferase activity / omega peptidase activity / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / DNA helicase / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / methyltransferase cap1 activity / cysteine-type deubiquitinase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / lyase activity / single-stranded RNA binding / viral protein processing / host cell perinuclear region of cytoplasm / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / proteolysis / zinc ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
RNA-dependent RNA polymerase, Middle East respiratory syndrome-related coronavirus / Non-structural protein 2, MERS-CoV-like / NSP3, SUD-C domain, MERS-CoV-like / AAA domain / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. ...RNA-dependent RNA polymerase, Middle East respiratory syndrome-related coronavirus / Non-structural protein 2, MERS-CoV-like / NSP3, SUD-C domain, MERS-CoV-like / AAA domain / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / NSP12 RNA-dependent RNA polymerase, coronavirus / : / Coronavirus Nsp12 RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) domain profile. / Coronavirus Nsp12 Interface domain profile. / : / : / Coronavirus Nonstructural protein 13, 1B domain / Coronavirus Non-structural protein 13, zinc-binding domain / Coronavirus Nonstructural protein 13, stalk domain / Nidovirus 2-O-methyltransferase / Nidovirus 2'-O-methyltransferase (2'-O-MTase) domain profile. / Non-structural protein NSP15, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP15, middle domain superfamily / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerization / Nonstructural protein 15, middle domain, coronavirus / Nonstructural protein 13, 1B domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP15, middle domain / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerisation / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease domain / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease (ExoN) domain profile. / Non-structural protein NSP16, coronavirus-like / Non-structural protein 14, coronavirus / RNA polymerase, N-terminal, coronavirus / Coronavirus 2'-O-methyltransferase / Coronavirus proofreading exoribonuclease / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase, N-terminal / Nonstructural protein 13, zinc-binding domain, coronavirus-like / Coronaviridae zinc-binding (CV ZBD) domain profile. / Arterivirus Nsp11 N-terminal/Coronavirus NSP15 middle domain / Arterivirus Nsp11 N-terminal/coronavirus NSP15 middle (AV-Nsp11N/CoV-Nsp15M) domain profile. / Nidoviral uridylate-specific endoribonuclease (NendoU) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain profile. / Endoribonuclease EndoU-like / NendoU domain, nidovirus / Coronavirus replicase NSP15, uridylate-specific endoribonuclease / : / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Coronavirus Nsp6 transmembrane protein profile. / Coronavirus Nsp4 ectodomain (4Ecto) profile. / Betacoronavirus single-stranded poly(A) binding domain / Betacoronavirus Nsp3c-M domain profile. / NSP1, globular domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus replicase NSP1 / NSP1, C-terminal domain, betacoronavirus / Betacoronavirus (BetaCoV) Nsp1 C-terminal domain profile. / : / Betacoronavirus Nsp3e group 2-specific marker (G2M) domain profile. / Betacoronavirus Nsp3c-C domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e nucleic acid-binding (NAB) domain profile. / DPUP/SUD, C-terminal, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3A domain-like superfamily / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 6, betacoronavirus / Betacoronavirus nucleic acid-binding (NAB) / Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / Papain-like protease, N-terminal domain superfamily, coronavirus / : / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / Coronavirus (CoV) Nsp2 middle domain profile. / NSP1, globular domain, alpha/betacoronavirus / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 N-terminal domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 C-terminal domain profile. / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / NSP3, second ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Peptidase family C16 domain profile. / Coronavirus replicase NSP7 / : / : / Coronavirus Nsp3 ectodomain (3Ecto) profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp7 cofactor domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp8 cofactor domain profile. / Coronavirus Nsp9 single-stranded RNA (ssRNA)-binding domain profile. / Coronavirus (CoV) ExoN/MTase coactivator domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp3 Y domain profile. / Coronavirus Nsp4 C-terminal (Nsp4C) domain profile. / Coronavirus main protease (M-pro) domain profile. / Peptidase C30, coronavirus
類似検索 - ドメイン・相同性
Replicase polyprotein 1ab
類似検索 - 構成要素
生物種Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.88 Å
データ登録者Yang Y / Liu C
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM150607 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural and catalytic diversity of coronavirus proofreading exoribonuclease.
著者: Yu Li / Xiaocong Cao / Lauren M Recker / Yang Yang / Chang Liu /
要旨: The coronavirus proofreading exoribonuclease (ExoN) is essential for genome fidelity and immune evasion of the viruses. Despite its critical roles in the viral life cycle, it is unclear how ExoNs ...The coronavirus proofreading exoribonuclease (ExoN) is essential for genome fidelity and immune evasion of the viruses. Despite its critical roles in the viral life cycle, it is unclear how ExoNs across different coronaviruses diverge in their structures and catalytic properties, which may lead to differences in viral genome mutation rates and, consequently, viral fitness, immune evasion, and resistance to antiviral drugs. Here, we present comparative structural and biochemical analyses of ExoNs between two most representative human coronaviruses, Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus (MERS-CoV) from the merbecovirus subgenus and SARS-CoV-2 from the sarbecovirus subgenus. Our results reveal a markedly lower catalytic activity of ExoN from MERS-CoV than that from SARS-CoV-2. The molecular basis of such a divergence across the two coronaviruses is unveiled by the cryo-EM structures of MERS-CoV ExoN in complex with RNA substrates bearing different 3'-end base pairs or mismatch, which represent the first set of ExoN structures from a coronavirus outside the sarbecovirus subgenus. Our findings also identify two highly conserved structural determinants that dictate efficient excision of different nucleotides at the 3' terminus of RNA substrates by coronavirus ExoNs, a property that is pivotal for their roles in both viral RNA proofreading and immune evasion.
履歴
登録2025年9月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月24日-
マップ公開2025年12月24日-
更新2026年1月28日-
現状2026年1月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_72779.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_72779.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 129.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈DeepEMhancer-processed map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.94 Å/pix.
x 324 pix.
= 303.037 Å		0.94 Å/pix.
x 324 pix.
= 303.037 Å		0.94 Å/pix.
x 324 pix.
= 303.037 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.9353 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0272
最小 - 最大-0.0018104084 - 1.709531
平均 (標準偏差)0.0003587152 (±0.013602237)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ324324324
Spacing324324324
セルA=B=C: 303.0372 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Raw map

ファイルemd_72779_additional_1.map
注釈Raw map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Resolve density-modified map

ファイルemd_72779_additional_2.map
注釈Resolve density-modified map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map A

ファイルemd_72779_half_map_1.map
注釈Half Map A
投影像・断面図
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ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map B

ファイルemd_72779_half_map_2.map
注釈Half Map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : MERS-CoV nsp10-nsp14 (E191A) in complex with T20P14-G RNA

全体名称: MERS-CoV nsp10-nsp14 (E191A) in complex with T20P14-G RNA
要素
  • 複合体: MERS-CoV nsp10-nsp14 (E191A) in complex with T20P14-G RNA
    • タンパク質・ペプチド: Replicase polyprotein 1ab
    • タンパク質・ペプチド: Guanine-N7 methyltransferase nsp14
    • RNA: T20P14-G RNA
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: MERS-CoV nsp10-nsp14 (E191A) in complex with T20P14-G RNA

超分子名称: MERS-CoV nsp10-nsp14 (E191A) in complex with T20P14-G RNA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス)

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分子 #1: Replicase polyprotein 1ab

分子名称: Replicase polyprotein 1ab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス)
分子量理論値: 14.902897 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
AGSNTEFASN SSVLSLVNFT VDPQKAYLDF VNAGGAPLTN CVKMLTPKTG TGIAISVKPE STADQETYGG ASVCLYCRAH IEHPDVSGV CKYKGKFVQI PAQCVRDPVG FCLSNTPCNV CQYWIGYGCN CDSLRQAALP Q

UniProtKB: Replicase polyprotein 1ab

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分子 #2: Guanine-N7 methyltransferase nsp14

分子名称: Guanine-N7 methyltransferase nsp14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: mRNA (guanine-N7)-methyltransferase
由来(天然)生物種: Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス)
分子量理論値: 59.190184 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SQIVTGLFKD CSRETSGLSP AYAPTYVSVD DKYKTSDELC VNLNLPANVP YSRVISRMGF KLDATVPGYP KLFITREEAV RQVRSWIGF DVEGAHASRN ACGTNVPLQL GFSTGVNFVV QPVGVVDTEW GNMLTGIAAR PPPGEQFKHL VPLMHKGAAW P IVRRRIVQ ...文字列:
SQIVTGLFKD CSRETSGLSP AYAPTYVSVD DKYKTSDELC VNLNLPANVP YSRVISRMGF KLDATVPGYP KLFITREEAV RQVRSWIGF DVEGAHASRN ACGTNVPLQL GFSTGVNFVV QPVGVVDTEW GNMLTGIAAR PPPGEQFKHL VPLMHKGAAW P IVRRRIVQ MLSDTLDKLS DYCTFVCWAH GFALTSASYF CKIGKEQKCC MCNRRAAAYS SPLQSYACWT HSCGYDYVYN PF FVDVQQW GYVGNLATNH DRYCSVHQGA HVASNDAIMT RCLAIHSCFI ERVDWDIEYP YISHEKKLNS CCRIVERNVV RAA LLAGSF DKVYDIGNPK GIPIVDDPVV DWHYFDAQPL TRKVQQLFYT EDMASRFADG LCLFWNCNVP KYPNNAIVCR FDTR VHSEF NLPGCDGGSL YVNKHAFHTP AYDVSAFRDL KPLPFFYYST TPCEVHGNGS MIEDIDYVPL KSAVCITACN LGGAV CRKH ATEYREYMEA YNLVSASGFR LWCYKTFDIY NLWSTFTKVQ

UniProtKB: Replicase polyprotein 1ab

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分子 #3: T20P14-G RNA

分子名称: T20P14-G RNA / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス)
分子量理論値: 12.532459 KDa
配列文字列:
GGGAACGGGA UUUUAAUAGC UUCGGCUAUU AAAAUCCCG

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分子 #4: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 5 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #5: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 296 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
平均電子線量: 43.03 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: Ab-initio reconstructed using cryoSPARC
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.88 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 192364
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

9yck


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9yco:
Cryo-EM structure of MERS-CoV nsp10-nsp14 (E191A) in complex with T20P14-G RNA

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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