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万見
- EMDB-72761: Mutant human uPAR bound to the Fab fragment of the targeted cance... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-72761
タイトルMutant human uPAR bound to the Fab fragment of the targeted cancer therapeutic antibody FL1
マップデータ
試料
  • 複合体: Binary complex of mutant human uPAR and Fab fragment of anti-uPAR antibody FL1
    • タンパク質・ペプチド: Anti-uPAR antibody FL1 Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: Urokinase plasminogen activator surface receptor
    • タンパク質・ペプチド: Anti-uPAR antibody FL1 Fab heavy chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードComplex / Targeted cancer therapy / Monoclonal anti-uPAR antibody FL1 / Antibody-drug conjugate / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


urokinase plasminogen activator receptor activity / Attachment of GPI anchor to uPAR / urokinase plasminogen activator signaling pathway / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / regulation of plasminogen activation / regulation of fibrinolysis / protein complex involved in cell-matrix adhesion / serine-type endopeptidase complex / Dissolution of Fibrin Clot / extrinsic component of membrane ...urokinase plasminogen activator receptor activity / Attachment of GPI anchor to uPAR / urokinase plasminogen activator signaling pathway / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / regulation of plasminogen activation / regulation of fibrinolysis / protein complex involved in cell-matrix adhesion / serine-type endopeptidase complex / Dissolution of Fibrin Clot / extrinsic component of membrane / positive regulation of DNA binding / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / regulation of proteolysis / regulation of cell adhesion / specific granule membrane / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / cell projection / positive regulation of protein phosphorylation / chemotaxis / blood coagulation / signaling receptor activity / endoplasmic reticulum lumen / signaling receptor binding / external side of plasma membrane / protein domain specific binding / focal adhesion / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / cell surface / signal transduction / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD59 antigen, conserved site / Ly-6 / u-PAR domain signature. / u-PAR/Ly-6 domain / Ly-6 antigen / uPA receptor -like domain / Ly-6 antigen/uPA receptor-like / Snake toxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Urokinase plasminogen activator surface receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.8 Å
データ登録者Anane RF / Whisstock JC / Engelholm LH / Law RHP / Ploug M
資金援助 オーストラリア, 4件
OrganizationGrant number国
Other private
Other governmentR231-A13832 R352-A20542
Australian Research Council (ARC)FL180100019 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP2000728 オーストラリア
引用ジャーナル: Protein Sci / 年: 2026
タイトル: Structural basis for uPAR binding to an antibody developed for targeted cancer therapy. Mechanistic insights into flexibility, ligand recognition, and molecular imaging.
著者: Rex F Anane / Anni Kumari / Hari Venugopal / Sylvain Trépout / James C Whisstock / Lars H Engelholm / Ruby H P Law / Michael Ploug /
要旨: The urokinase-type plasminogen activator receptor (uPAR) is currently gaining momentum as a promising molecular target for treatment of various solid cancers. For patient stratification, we developed ...The urokinase-type plasminogen activator receptor (uPAR) is currently gaining momentum as a promising molecular target for treatment of various solid cancers. For patient stratification, we developed a high-affinity uPAR-targeting peptide (AE105) detecting primary cancer lesions as well as occult metastasis by positron emission tomography (PET) imaging. uPAR-targeting by AE105 is also used for optical imaging in fluorescence-guided surgery of, for example, head-and-neck cancers. Recently, we showed that a monoclonal anti-uPAR antibody (FL1), in the form of an antibody-drug conjugate (FL1-ADC), efficiently eradicate pancreatic ductal carcinomas in surrogate mouse models leading to long-term remissions. In the current study, we solved high-resolution cryo-EM structures of FL1 in complex with two different conformational states of uPAR. Combined with comprehensive kinetic data from surface plasmon resonance studies, our cryo-EM structures provide essential insights into how FL1 binding impacts the interdomain flexibility of uPAR by restricting the movement of its N-terminal LU domain. This constraint from the bound FL1 drives uPAR into its open conformation, which leads to a pronounced reduction in the binding affinity for both its natural protease ligand (300-fold) and the PET imaging probe AE105 (25-fold). Collectively, these consequences of FL1-binding on uPAR conformation are considered beneficial for both targeted cancer treatment with FL1-ADCs and for the accompanying evaluation of treatment efficacy by longitudinal AE105-based PET imaging.
履歴
登録2025年9月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年2月4日-
マップ公開2026年2月4日-
更新2026年2月11日-
現状2026年2月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_72761.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_72761.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.75 Å/pix.
x 360 pix.
= 270. Å		0.75 Å/pix.
x 360 pix.
= 270. Å		0.75 Å/pix.
x 360 pix.
= 270. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.75 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.08
最小 - 最大-0.52656204 - 0.42939013
平均 (標準偏差)0.001471229 (±0.018643325)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 270.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_72761_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_72761_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_72761_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Binary complex of mutant human uPAR and Fab fragment of anti-uPAR...

全体名称: Binary complex of mutant human uPAR and Fab fragment of anti-uPAR antibody FL1
要素
  • 複合体: Binary complex of mutant human uPAR and Fab fragment of anti-uPAR antibody FL1
    • タンパク質・ペプチド: Anti-uPAR antibody FL1 Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: Urokinase plasminogen activator surface receptor
    • タンパク質・ペプチド: Anti-uPAR antibody FL1 Fab heavy chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Binary complex of mutant human uPAR and Fab fragment of anti-uPAR...

超分子名称: Binary complex of mutant human uPAR and Fab fragment of anti-uPAR antibody FL1
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
詳細: Full-length mutant human uPAR, and full-length antibody FL1 (IgG) were mixed to form the protein complex which was used for EM sample.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Anti-uPAR antibody FL1 Fab light chain

分子名称: Anti-uPAR antibody FL1 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 24.168818 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: DIVMTQTPLS LPVSLGDQAS ISCRSSQSVV SNNGKTYLEW YLQKPGQSPK LLIYKVSNRF SGVPDRFSGS GSGTDFTLKI SRVEAEDLG VYYCFQGSHV PWTFGGGTKL EVKRADAAPT VSIFPPSSEQ LTSGGASVVC FLNNFYPKDI NVKWKIDGSE R QNGVLNSW ...文字列:
DIVMTQTPLS LPVSLGDQAS ISCRSSQSVV SNNGKTYLEW YLQKPGQSPK LLIYKVSNRF SGVPDRFSGS GSGTDFTLKI SRVEAEDLG VYYCFQGSHV PWTFGGGTKL EVKRADAAPT VSIFPPSSEQ LTSGGASVVC FLNNFYPKDI NVKWKIDGSE R QNGVLNSW TDQDSKDSTY SMSSTLTLTK DEYERHNSYT CEATHKTSTS PIVKSFNRNE C

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分子 #2: Urokinase plasminogen activator surface receptor

分子名称: Urokinase plasminogen activator surface receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 31.455377 KDa
組換発現生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
配列文字列: LRCMQCKTNG DCRVEECALG QDLCRTTIVR LWEEGEELEL VEKSCTCSEK TNRTLSYRTG LKITSLTEVV CGLDLCNQGN SGRAVTYSR SRYLECISCG SSDMSCERGR HQSLQCRSPE EQCLDVVTHW IQEGEEGRPK DDRHLRGCGY LPGCPGSNGF H NNDTFHFL ...文字列:
LRCMQCKTNG DCRVEECALG QDLCRTTIVR LWEEGEELEL VEKSCTCSEK TNRTLSYRTG LKITSLTEVV CGLDLCNQGN SGRAVTYSR SRYLECISCG SSDMSCERGR HQSLQCRSPE EQCLDVVTHW IQEGEEGRPK DDRHLRGCGY LPGCPGSNGF H NNDTFHFL KCCNTTKCNE GPILELENLP QNGRQCYSCK GNSTHGCSSE ETFLIDCRGP MNQCLVATGT HEPKNQSYMV RG CATASMC QHAHLGDAFS MCHIDVSCCT KSGCNHPDLD VQYRSG

UniProtKB: Urokinase plasminogen activator surface receptor

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分子 #3: Anti-uPAR antibody FL1 Fab heavy chain

分子名称: Anti-uPAR antibody FL1 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.581258 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: EVQLQQSGSV LVRPGTSVNL SCKASGYTFT SYWMSWVKQR PGQGLEWIGE IFPKSGRINS NENFRGKATL TVDTSSSTAY INLSSLTSE DSAVYYCSPI YSGDYGFADW GQGTLVTVSA AKTTPPSVYP LAPGSAAQTN SMVTLGCLVK GYFPEPVTVT W NSGSLSSG ...文字列:
EVQLQQSGSV LVRPGTSVNL SCKASGYTFT SYWMSWVKQR PGQGLEWIGE IFPKSGRINS NENFRGKATL TVDTSSSTAY INLSSLTSE DSAVYYCSPI YSGDYGFADW GQGTLVTVSA AKTTPPSVYP LAPGSAAQTN SMVTLGCLVK GYFPEPVTVT W NSGSLSSG VHTFPAVLQS DLYTLSSSVT VPSSTWPSET VTCNVAHPAS STKVDKKIVP RDC

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分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC4H11NO3Tris(hydroxymethyl)aminomethane
150.0 mMNaClSodium chloride
2.5 %C3H8O3Glycerol
1.0 mMC10H16N2O8EDTA

詳細: 20mM Tris, 150mM NaCl, 2.5% Glycerol, 1mM EDTA, pH 7.4
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Full-length mutant human uPAR, and full-length antibody FL1 (IgG) were mixed in 2:1 molar ratio to form the protein complex which was used for EM sample.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE / エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4092 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6669 / 平均電子線量: 12.06 e/Å2 / 詳細: Images were collected at a pixel size of 0.75
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 165000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Following motion correction, 4668 images were selected for particle picking
粒子像選択選択した数: 8296036
詳細: The 8296036 particles were picked by automated particle picking using blob picker. Several rounds of 2D classification were performed to discard particles of low quality, producing 86404 ...詳細: The 8296036 particles were picked by automated particle picking using blob picker. Several rounds of 2D classification were performed to discard particles of low quality, producing 86404 particles of good quality which were used for 3D reconstruction.
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3)
詳細: CTF corrections were performed after 3D reconstruction to improve the final resolution
タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 14 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3) / 使用した粒子像数: 86404
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3)
最終 3次元分類クラス数: 16 / 平均メンバー数/クラス: 11540 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3u74


Chain - Residue range: 23-301 / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
詳細An initial local fitting was performed with ISOLDE implemented in ChimeraX prior to real-space refinement in phenix.
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 92
当てはまり具合の基準: cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-9yc6:
Mutant human uPAR bound to the Fab fragment of the targeted cancer therapeutic antibody FL1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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