+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7078 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Model for extended volume of truncated monomeric Cytohesin-3 (Grp1; amino acids 63-399) E161A Arf6 Q67L fusion protein | |||||||||
マップデータ | Extended volume for truncated monomeric Cytohesin-3 (Grp1; amino acids 63-399) E161A 6GS Arf6 Q67L fusion protein, | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | Guanine nucleotide exchange factor / Arf GTPase / Fusion protein / Inositol 1 / 3 / 4 / 5-tetrakisphosphate / LIPID BINDING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 erythrocyte apoptotic process / Intra-Golgi traffic / protein localization to cleavage furrow / maintenance of postsynaptic density structure / positive regulation of mitotic cytokinetic process / Golgi vesicle transport / regulation of dendritic spine development / protein localization to endosome / establishment of epithelial cell polarity / negative regulation of protein localization to cell surface ...erythrocyte apoptotic process / Intra-Golgi traffic / protein localization to cleavage furrow / maintenance of postsynaptic density structure / positive regulation of mitotic cytokinetic process / Golgi vesicle transport / regulation of dendritic spine development / protein localization to endosome / establishment of epithelial cell polarity / negative regulation of protein localization to cell surface / negative regulation of dendrite development / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / regulation of Rac protein signal transduction / ruffle assembly / regulation of ARF protein signal transduction / positive regulation of keratinocyte migration / positive regulation of focal adhesion disassembly / regulation of filopodium assembly / endocytic recycling / MET receptor recycling / thioesterase binding / Flemming body / TBC/RABGAPs / filopodium membrane / protein localization to cell surface / cortical actin cytoskeleton organization / positive regulation of actin filament polymerization / hepatocyte apoptotic process / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / cleavage furrow / endocytic vesicle / bicellular tight junction / synaptic vesicle endocytosis / regulation of presynapse assembly / signaling adaptor activity / vesicle-mediated transport / ruffle / positive regulation of cell adhesion / liver development / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cellular response to nerve growth factor stimulus / small monomeric GTPase / G protein activity / protein localization to plasma membrane / positive regulation of protein secretion / intracellular protein transport / positive regulation of protein localization to plasma membrane / adherens junction / positive regulation of neuron projection development / recycling endosome membrane / GDP binding / Clathrin-mediated endocytosis / presynapse / nervous system development / cell cortex / early endosome membrane / midbody / postsynapse / cell differentiation / cell adhesion / endosome / cell division / focal adhesion / GTPase activity / glutamatergic synapse / GTP binding / Golgi apparatus / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 35.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Das S / Malaby AW | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2018 タイトル: Structural Dynamics Control Allosteric Activation of Cytohesin Family Arf GTPase Exchange Factors. 著者: Andrew W Malaby / Sanchaita Das / Srinivas Chakravarthy / Thomas C Irving / Osman Bilsel / David G Lambright / 要旨: Membrane dynamic processes including vesicle biogenesis depend on Arf guanosine triphosphatase (GTPase) activation by guanine nucleotide exchange factors (GEFs) containing a catalytic Sec7 domain and ...Membrane dynamic processes including vesicle biogenesis depend on Arf guanosine triphosphatase (GTPase) activation by guanine nucleotide exchange factors (GEFs) containing a catalytic Sec7 domain and a membrane-targeting module such as a pleckstrin homology (PH) domain. The catalytic output of cytohesin family Arf GEFs is controlled by autoinhibitory interactions that impede accessibility of the exchange site in the Sec7 domain. These restraints can be relieved through activator Arf-GTP binding to an allosteric site comprising the PH domain and proximal autoinhibitory elements (Sec7-PH linker and C-terminal helix). Small-angle X-ray scattering and negative-stain electron microscopy were used to investigate the structural organization and conformational dynamics of cytohesin-3 (Grp1) in autoinhibited and active states. The results support a model in which hinge dynamics in the autoinhibited state expose the activator site for Arf-GTP binding, while subsequent C-terminal helix unlatching and repositioning unleash conformational entropy in the Sec7-PH linker to drive exposure of the exchange site. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_7078.map.gz | 328.9 KB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-7078-v30.xml emd-7078.xml | 13.9 KB 13.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_7078.png | 18.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-7078.cif.gz | 5.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7078 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7078 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_7078_validation.pdf.gz | 319.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_7078_full_validation.pdf.gz | 319.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_7078_validation.xml.gz | 4.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_7078_validation.cif.gz | 5.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7078 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7078 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_7078.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Extended volume for truncated monomeric Cytohesin-3 (Grp1; amino acids 63-399) E161A 6GS Arf6 Q67L fusion protein, | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.5 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Truncated monomeric Cytohesin-3 (Grp1; amino acids 63-399) E161A ...
全体 | 名称: Truncated monomeric Cytohesin-3 (Grp1; amino acids 63-399) E161A 6GS Arf6 Q67L fusion protein |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Truncated monomeric Cytohesin-3 (Grp1; amino acids 63-399) E161A ...
超分子 | 名称: Truncated monomeric Cytohesin-3 (Grp1; amino acids 63-399) E161A 6GS Arf6 Q67L fusion protein タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
-分子 #1: Cytohesin-3,ADP-ribosylation factor 6
分子 | 名称: Cytohesin-3,ADP-ribosylation factor 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 60.307855 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MGHHHHHHGS TTQRNKQIAM GRKKFNMDPK KGIQFLIEND LLQSSPEDVA QFLYKGEGLN KTVIGDYLGE RDDFNIKVLQ AFVELHEFA DLNLVQALRQ FLWSFRLPGE AQKIDRMMEA FASRYCLCNP GVFQSTDTCY VLSFAIIMLN TSLHNHNVRD K PTAERFIT ...文字列: MGHHHHHHGS TTQRNKQIAM GRKKFNMDPK KGIQFLIEND LLQSSPEDVA QFLYKGEGLN KTVIGDYLGE RDDFNIKVLQ AFVELHEFA DLNLVQALRQ FLWSFRLPGE AQKIDRMMEA FASRYCLCNP GVFQSTDTCY VLSFAIIMLN TSLHNHNVRD K PTAERFIT MNRGINEGGD LPEELLRNLY ESIKNEPFKI PEDDGNDLTH TFFNPDREGW LLKLGGRVKT WKRRWFILTD NC LYYFEYT TDKEPRGIIP LENLSIREVE DPRKPNCFEL YNPSHKGQVI KACKTEADGR VVEGNHVVYR ISAPSPEEKE EWM KSIKAS ISRDPFYDML ATRKRRIANK KGKVLSKIFG NKEMRILMLG LDAAGKTTIL YKLKLGQSVT TIPTVGFNVE TVTY KNVKF NVWDVGGLDK IRPLWRHYYT GTQGLIFVVD CADRDRIDEA RQELHRIIND REMRDAIILI FANKQDLPDA MKPHE IQEK LGLTRIRDRN WYVQPSCATS GDGLYEGLTW LTSNYK UniProtKB: Cytohesin-3, ADP-ribosylation factor 6 |
-分子 #2: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: GTP |
---|---|
分子量 | 理論値: 523.18 Da |
Chemical component information | ChemComp-GTP: |
-分子 #3: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: MG |
---|---|
分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #4: INOSITOL-(1,3,4,5)-TETRAKISPHOSPHATE
分子 | 名称: INOSITOL-(1,3,4,5)-TETRAKISPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: 4IP |
---|---|
分子量 | 理論値: 500.075 Da |
Chemical component information | ChemComp-4IP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 詳細: 20 mM Tris, pH 8.0, 150 mM NaCl, 2 mM MgCl2, 0.1% 2-mercaptoethanol, and 0.001 mM IP4 |
---|---|
染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Formate / 詳細: Stained with 0.75% (w/v) uranyl formate |
グリッド | 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI 12 |
---|---|
詳細 | Gatan Erlang Shen 785 camera used for collecting images |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: OTHER / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 369 / 平均電子線量: 20.0 e/Å2 詳細: Gatan Erlang Shen 785 camera used for collecting images |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 60000 |