+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7059 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | The cryo-EM structure of a bacterial class I transcription activation complex | |||||||||
マップデータ | Class I transcription activation complex | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | transcription / RNA polymerase / catabolite activator protein / cAMP / TRANSCRIPTION-TRANSFERASE-DNA-RNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sigma factor antagonist complex / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / cAMP binding / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase ...sigma factor antagonist complex / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / cAMP binding / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / response to heat / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) / Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / Escherichia coli O45:K1 (strain S88 / ExPEC) (大腸菌) / Escherichia coli O45:K1 (大腸菌) / Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Liu B / Hong C | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2017 タイトル: Structural basis of bacterial transcription activation. 著者: Bin Liu / Chuan Hong / Rick K Huang / Zhiheng Yu / Thomas A Steitz / 要旨: In bacteria, the activation of gene transcription at many promoters is simple and only involves a single activator. The cyclic adenosine 3',5'-monophosphate receptor protein (CAP), a classic ...In bacteria, the activation of gene transcription at many promoters is simple and only involves a single activator. The cyclic adenosine 3',5'-monophosphate receptor protein (CAP), a classic activator, is able to activate transcription independently through two different mechanisms. Understanding the class I mechanism requires an intact transcription activation complex (TAC) structure at a high resolution. Here we report a high-resolution cryo-electron microscopy structure of an intact class I TAC containing a CAP dimer, a σ-RNA polymerase (RNAP) holoenzyme, a complete class I CAP-dependent promoter DNA, and a de novo synthesized RNA oligonucleotide. The structure shows how CAP wraps the upstream DNA and how the interactions recruit RNAP. Our study provides a structural basis for understanding how activators activate transcription through the class I recruitment mechanism. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_7059.map.gz | 4.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-7059-v30.xml emd-7059.xml | 29.9 KB 29.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_7059_fsc.xml | 7.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_7059.png | 76.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-7059.cif.gz | 9.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7059 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7059 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_7059.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Class I transcription activation complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.35 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : The complex of class-I bacterial transcription activation complex
+超分子 #1: The complex of class-I bacterial transcription activation complex
+分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
+分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
+分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
+分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
+分子 #5: RNA polymerase sigma factor RpoD
+分子 #6: cAMP-activated global transcriptional regulator CRP
+分子 #7: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
+分子 #8: SYNTHETIC NONTEMPLATE STRAND DNA (88-MER)
+分子 #9: SYNTHETIC TEMPLATE STRAND DNA (88-MER)
+分子 #10: NASCENT RNA 3-MER
+分子 #11: ZINC ION
+分子 #12: MAGNESIUM ION
+分子 #13: ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 3 mg/mL | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
詳細: 20 mM TRIS pH 7.5, 50 mM sodium chloride, 0.1mM EDTA, 5 mM MgCl2, 5 mM DTT | ||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.038 kPa | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 3 second blotting. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
温度 | 最低: 80.0 K / 最高: 80.0 K |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20 eV |
詳細 | Cs corrector |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 7676 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 7420 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2382 / 平均露光時間: 0.25 sec. / 平均電子線量: 1.37 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 2.6 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 1.2 µm / 倍率(補正後): 37037 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.3 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient |
---|---|
得られたモデル | PDB-6b6h: |