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- EMDB-7036: Cryo-EM structure of the dimeric FO region of yeast mitochondrial... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7036
タイトルCryo-EM structure of the dimeric FO region of yeast mitochondrial ATP synthase
マップデータSharpened map of the dimeric FO region of yeast mitochondrial ATP synthase
試料
  • 複合体: Yeast mitochondrial ATP synthase FO complex
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit c, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase protein 8
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit a
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit b
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit d, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit e, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit f, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit g
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit j, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit k, mitochondrial
キーワードComplex / Dimer / Mitochondrial inner membrane / Proton translocation / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex assembly / : / : / : / proton motive force-driven ATP synthesis / proton transmembrane transporter activity / proton transmembrane transport ...: / : / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex assembly / : / : / : / proton motive force-driven ATP synthesis / proton transmembrane transporter activity / proton transmembrane transport / mitochondrial intermembrane space / protein-containing complex assembly / mitochondrial inner membrane / lipid binding / mitochondrion / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
ATP synthase subunit K / ATP synthase subunit K / ATP synthase, F0 complex, subunit J / ATP synthase protein 8, fungal type / ATP synthase, F0 complex, subunit F, mitochondria, fungi / ATP synthase j chain / Fungal ATP synthase protein 8 (A6L) / Mitochondrial F1-F0 ATP synthase subunit F of fungi / ATP synthase, F0 complex, subunit B/MI25 / ATP synthase, F0 complex, subunit B ...ATP synthase subunit K / ATP synthase subunit K / ATP synthase, F0 complex, subunit J / ATP synthase protein 8, fungal type / ATP synthase, F0 complex, subunit F, mitochondria, fungi / ATP synthase j chain / Fungal ATP synthase protein 8 (A6L) / Mitochondrial F1-F0 ATP synthase subunit F of fungi / ATP synthase, F0 complex, subunit B/MI25 / ATP synthase, F0 complex, subunit B / Mitochondrial ATP synthase B chain precursor (ATP-synt_B) / ATP synthase, F0 complex, subunit D, mitochondrial / ATP synthase D chain, mitochondrial (ATP5H) / ATP synthase, F0 complex, subunit D superfamily, mitochondrial / ATP synthase, F0 complex, subunit A, bacterial/mitochondria / ATP synthase, F0 complex, subunit A / ATP synthase, F0 complex, subunit A, active site / ATP synthase, F0 complex, subunit A superfamily / ATP synthase A chain / ATP synthase a subunit signature. / ATP synthase, F0 complex, subunit C / F1F0 ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase, F0 complex, subunit C, DCCD-binding site / ATP synthase c subunit signature. / V-ATPase proteolipid subunit C-like domain / F/V-ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase subunit C
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP synthase subunit a / ATP synthase protein 8 / ATP synthase subunit 4, mitochondrial / ATP synthase subunit d, mitochondrial / ATP synthase subunit 9, mitochondrial / ATP synthase subunit J, mitochondrial / ATP synthase subunit K, mitochondrial / ATP synthase subunit f, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Guo H / Rubinstein JL
資金援助 カナダ, 米国, 3件
OrganizationGrant number
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP 81294 カナダ
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM103310 米国
Simons Foundation349247 米国
引用ジャーナル: Science / : 2017
タイトル: Atomic model for the dimeric F region of mitochondrial ATP synthase.
著者: Hui Guo / Stephanie A Bueler / John L Rubinstein /
要旨: Mitochondrial adenosine triphosphate (ATP) synthase produces the majority of ATP in eukaryotic cells, and its dimerization is necessary to create the inner membrane folds, or cristae, characteristic ...Mitochondrial adenosine triphosphate (ATP) synthase produces the majority of ATP in eukaryotic cells, and its dimerization is necessary to create the inner membrane folds, or cristae, characteristic of mitochondria. Proton translocation through the membrane-embedded F region turns the rotor that drives ATP synthesis in the soluble F region. Although crystal structures of the F region have illustrated how this rotation leads to ATP synthesis, understanding how proton translocation produces the rotation has been impeded by the lack of an experimental atomic model for the F region. Using cryo-electron microscopy, we determined the structure of the dimeric F complex from at a resolution of 3.6 angstroms. The structure clarifies how the protons travel through the complex, how the complex dimerizes, and how the dimers bend the membrane to produce cristae.
履歴
登録2017年9月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年11月8日-
マップ公開2017年11月8日-
更新2024年3月13日-
現状2024年3月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.19
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(円筒半径に従い着色)
  • 表面レベル: 0.19
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6b2z
  • 表面レベル: 0.19
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7036.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map of the dimeric FO region of yeast mitochondrial ATP synthase
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 320 pix.
= 339.2 Å
1.06 Å/pix.
x 320 pix.
= 339.2 Å
1.06 Å/pix.
x 320 pix.
= 339.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.165 / ムービー #1: 0.19
最小 - 最大-0.7367223 - 1.1907687
平均 (標準偏差)0.0009854478 (±0.03345717)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 339.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.061.061.06
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z339.200339.200339.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.7371.1910.001

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_7036_msk_1.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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追加マップ: Half map A of the dimeric FO region...

ファイルemd_7036_additional_1.map
注釈Half map A of the dimeric FO region of yeast mitochondrial ATP synthase
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

-
追加マップ: Half map B of the dimeric FO region...

ファイルemd_7036_additional_2.map
注釈Half map B of the dimeric FO region of yeast mitochondrial ATP synthase
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

-
追加マップ: Unsharpened map of the dimeric FO region of...

ファイルemd_7036_additional_3.map
注釈Unsharpened map of the dimeric FO region of yeast mitochondrial ATP synthase
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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試料の構成要素

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全体 : Yeast mitochondrial ATP synthase FO complex

全体名称: Yeast mitochondrial ATP synthase FO complex
要素
  • 複合体: Yeast mitochondrial ATP synthase FO complex
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit c, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase protein 8
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit a
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit b
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit d, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit e, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit f, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit g
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit j, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit k, mitochondrial

+
超分子 #1: Yeast mitochondrial ATP synthase FO complex

超分子名称: Yeast mitochondrial ATP synthase FO complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / : W303-1A / Organelle: Mitochondria / 細胞中の位置: Inner membrane of mitochondria
分子量理論値: 400 KDa

+
分子 #1: ATP synthase subunit c, mitochondrial

分子名称: ATP synthase subunit c, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 20 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 7.762375 KDa
配列文字列:
MQLVLAAKYI GAGISTIGLL GAGIGIAIVF AALINGVSRN PSIKDTVFPM AILGFALSEA TGLFCLMVSF LLLFGV

UniProtKB: ATP synthase subunit 9, mitochondrial

+
分子 #2: ATP synthase protein 8

分子名称: ATP synthase protein 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 5.825215 KDa
配列文字列:
MPQLVPFYFM NQLTYGFLLM ITLLILFSQF FLPMILRLYV SRLFISKL

UniProtKB: ATP synthase protein 8

+
分子 #3: ATP synthase subunit a

分子名称: ATP synthase subunit a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 27.90043 KDa
配列文字列: SPLDQFEIRT LFGLQSSFID LSCLNLTTFS LYTIIVLLVI TSLYTLTNNN NKIIGSRWLI SQEAIYDTIM NMTKGQIGGK NWGLYFPMI FTLFMFIFIA NLISMIPYSF ALSAHLVFII SLSIVIWLGN TILGLYKHGW VFFSLFVPAG TPLPLVPLLV I IETLSYFA ...文字列:
SPLDQFEIRT LFGLQSSFID LSCLNLTTFS LYTIIVLLVI TSLYTLTNNN NKIIGSRWLI SQEAIYDTIM NMTKGQIGGK NWGLYFPMI FTLFMFIFIA NLISMIPYSF ALSAHLVFII SLSIVIWLGN TILGLYKHGW VFFSLFVPAG TPLPLVPLLV I IETLSYFA RAISLGLRLG SNILAGHLLM VILAGLTFNF MLINLFTLVF GFVPLAMILA IMMLEFAIGI IQGYVWAILT AS YLKDAVY LH

UniProtKB: ATP synthase subunit a

+
分子 #4: ATP synthase subunit b

分子名称: ATP synthase subunit b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / : W303-1A
分子量理論値: 23.194498 KDa
配列文字列: MSSTPEKQTD PKAKANSIIN AIPGNNILTK TGVLGTSAAA VIYAISNELY VINDESILLL TFLGFTGLVA KYLAPAYKDF ADARMKKVS DVLNASRNKH VEAVKDRIDS VSQLQNVAET TKVLFDVSKE TVELESEAFE LKQKVELAHE AKAVLDSWVR Y EASLRQLE ...文字列:
MSSTPEKQTD PKAKANSIIN AIPGNNILTK TGVLGTSAAA VIYAISNELY VINDESILLL TFLGFTGLVA KYLAPAYKDF ADARMKKVS DVLNASRNKH VEAVKDRIDS VSQLQNVAET TKVLFDVSKE TVELESEAFE LKQKVELAHE AKAVLDSWVR Y EASLRQLE QRQLAKSVIS RVQSELGNPK FQEKVLQQSI SEIEQLLSKL K

UniProtKB: ATP synthase subunit 4, mitochondrial

+
分子 #5: ATP synthase subunit d, mitochondrial

分子名称: ATP synthase subunit d, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 19.709424 KDa
配列文字列:
SLAKSAANKL DWAKVISSLR ITGSTATQLS SFKKRNDEAR RQLLELQSQP TEVDFSHYRS VLKNTSVIDK IESYVKQYKP VKIDASKQL QVIESFEKHA MTNAKETESL VSKELKDLQS TLDNIQSARP FDELTVDDLT KIKPEIDAKV EEMVKKGKWD V PGYKDRFG NLNVM

UniProtKB: ATP synthase subunit d, mitochondrial

+
分子 #6: ATP synthase subunit e, mitochondrial

分子名称: ATP synthase subunit e, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 4.188154 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
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+
分子 #7: ATP synthase subunit f, mitochondrial

分子名称: ATP synthase subunit f, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 10.584166 KDa
配列文字列:
VSTLIPPKVV SSKNIGSAPN AKRIANVVHF YKSLPQGPAP AIKANTRLAR YKAKYFDGDN ASGKPLWHFA LGIIAFGYSM EYYFHLRHH KGAEEH

UniProtKB: ATP synthase subunit f, mitochondrial

+
分子 #8: ATP synthase subunit g

分子名称: ATP synthase subunit g / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / : W303-1A
分子量理論値: 9.039134 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
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+
分子 #9: ATP synthase subunit j, mitochondrial

分子名称: ATP synthase subunit j, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 6.696771 KDa
配列文字列:
MLKRFPTPIL KVYWPFFVAG AAVYYGMSKA ADLSSNTKEF INDPRNPRFA KGGKFVEVD

UniProtKB: ATP synthase subunit J, mitochondrial

+
分子 #10: ATP synthase subunit k, mitochondrial

分子名称: ATP synthase subunit k, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 7.546778 KDa
配列文字列:
MGAAYHFMGK AIPPHQLAIG TLGLLGLLVV PNPFKSAKPK TVDIKTDNKD EEKFIENYLK KHSEKQDA

UniProtKB: ATP synthase subunit K, mitochondrial

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Homemade / 材質: COPPER/RHODIUM / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 120 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 詳細: blot for 26 seconds before plunging.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-50 / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 3023 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 71.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス(補正後): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.5 µm / 倍率(補正後): 47170 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 446259
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Starting model generated by ab initial 3D reconstruction with cryoSPARC.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 0.4.1) / 使用した粒子像数: 238848
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-6b2z:
Cryo-EM structure of the dimeric FO region of yeast mitochondrial ATP synthase

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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