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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7036 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the dimeric FO region of yeast mitochondrial ATP synthase | ||||||||||||
マップデータ | Sharpened map of the dimeric FO region of yeast mitochondrial ATP synthase | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | Complex / Dimer / Mitochondrial inner membrane / Proton translocation / MEMBRANE PROTEIN | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / : / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex assembly / : / : / : / proton motive force-driven ATP synthesis / proton transmembrane transporter activity / proton transmembrane transport ...: / : / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex assembly / : / : / : / proton motive force-driven ATP synthesis / proton transmembrane transporter activity / proton transmembrane transport / mitochondrial intermembrane space / protein-containing complex assembly / mitochondrial inner membrane / lipid binding / mitochondrion / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Guo H / Rubinstein JL | ||||||||||||
資金援助 | カナダ, 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2017 タイトル: Atomic model for the dimeric F region of mitochondrial ATP synthase. 著者: Hui Guo / Stephanie A Bueler / John L Rubinstein / 要旨: Mitochondrial adenosine triphosphate (ATP) synthase produces the majority of ATP in eukaryotic cells, and its dimerization is necessary to create the inner membrane folds, or cristae, characteristic ...Mitochondrial adenosine triphosphate (ATP) synthase produces the majority of ATP in eukaryotic cells, and its dimerization is necessary to create the inner membrane folds, or cristae, characteristic of mitochondria. Proton translocation through the membrane-embedded F region turns the rotor that drives ATP synthesis in the soluble F region. Although crystal structures of the F region have illustrated how this rotation leads to ATP synthesis, understanding how proton translocation produces the rotation has been impeded by the lack of an experimental atomic model for the F region. Using cryo-electron microscopy, we determined the structure of the dimeric F complex from at a resolution of 3.6 angstroms. The structure clarifies how the protons travel through the complex, how the complex dimerizes, and how the dimers bend the membrane to produce cristae. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_7036.map.gz | 117.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-7036-v30.xml emd-7036.xml | 30.2 KB 30.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_7036.png | 138.4 KB | ||
マスクデータ | emd_7036_msk_1.map | 125 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-7036.cif.gz | 6.8 KB | ||
その他 | emd_7036_additional_1.map.gz emd_7036_additional_2.map.gz emd_7036_additional_3.map.gz | 115.6 MB 115.6 MB 62.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7036 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7036 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_7036_validation.pdf.gz | 599.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_7036_full_validation.pdf.gz | 599.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_7036_validation.xml.gz | 6.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_7036_validation.cif.gz | 7.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7036 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7036 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_7036.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpened map of the dimeric FO region of yeast mitochondrial ATP synthase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_7036_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Half map A of the dimeric FO region...
ファイル | emd_7036_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A of the dimeric FO region of yeast mitochondrial ATP synthase | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Half map B of the dimeric FO region...
ファイル | emd_7036_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B of the dimeric FO region of yeast mitochondrial ATP synthase | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unsharpened map of the dimeric FO region of...
ファイル | emd_7036_additional_3.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened map of the dimeric FO region of yeast mitochondrial ATP synthase | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Yeast mitochondrial ATP synthase FO complex
+超分子 #1: Yeast mitochondrial ATP synthase FO complex
+分子 #1: ATP synthase subunit c, mitochondrial
+分子 #2: ATP synthase protein 8
+分子 #3: ATP synthase subunit a
+分子 #4: ATP synthase subunit b
+分子 #5: ATP synthase subunit d, mitochondrial
+分子 #6: ATP synthase subunit e, mitochondrial
+分子 #7: ATP synthase subunit f, mitochondrial
+分子 #8: ATP synthase subunit g
+分子 #9: ATP synthase subunit j, mitochondrial
+分子 #10: ATP synthase subunit k, mitochondrial
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
グリッド | モデル: Homemade / 材質: COPPER/RHODIUM / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 120 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 詳細: blot for 26 seconds before plunging. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-50 / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 3023 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 71.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 最大 デフォーカス(補正後): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.5 µm / 倍率(補正後): 47170 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | PDB-6b2z: |