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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7017 | |||||||||
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タイトル | Segment from bank vole prion protein 168-176 QYNNQNNFV | |||||||||
マップデータ | protein segment | |||||||||
試料 |
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キーワード | polar clasp / amyloid fibril / prion / PROTEIN FIBRIL | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 side of membrane / protein homooligomerization / Golgi apparatus / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Myodes glareolus (ネズミ) | |||||||||
手法 | 電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 | |||||||||
データ登録者 | Glynn C / Rodriguez JA | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2018 タイトル: Sub-ångström cryo-EM structure of a prion protofibril reveals a polar clasp. 著者: Marcus Gallagher-Jones / Calina Glynn / David R Boyer / Michael W Martynowycz / Evelyn Hernandez / Jennifer Miao / Chih-Te Zee / Irina V Novikova / Lukasz Goldschmidt / Heather T McFarlane / ...著者: Marcus Gallagher-Jones / Calina Glynn / David R Boyer / Michael W Martynowycz / Evelyn Hernandez / Jennifer Miao / Chih-Te Zee / Irina V Novikova / Lukasz Goldschmidt / Heather T McFarlane / Gustavo F Helguera / James E Evans / Michael R Sawaya / Duilio Cascio / David S Eisenberg / Tamir Gonen / Jose A Rodriguez / 要旨: The atomic structure of the infectious, protease-resistant, β-sheet-rich and fibrillar mammalian prion remains unknown. Through the cryo-EM method MicroED, we reveal the sub-ångström-resolution ...The atomic structure of the infectious, protease-resistant, β-sheet-rich and fibrillar mammalian prion remains unknown. Through the cryo-EM method MicroED, we reveal the sub-ångström-resolution structure of a protofibril formed by a wild-type segment from the β2-α2 loop of the bank vole prion protein. The structure of this protofibril reveals a stabilizing network of hydrogen bonds that link polar zippers within a sheet, producing motifs we have named 'polar clasps'. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_7017.map.gz | 448.6 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-7017-v30.xml emd-7017.xml | 10.5 KB 10.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_7017.png | 185.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-7017.cif.gz | 4.3 KB | ||
Filedesc structureFactors | emd_7017_sf.cif.gz | 123 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7017 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7017 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_7017_validation.pdf.gz | 332.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_7017_full_validation.pdf.gz | 332.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_7017_validation.xml.gz | 4.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_7017_validation.cif.gz | 4.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7017 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7017 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6axzMC 7287C 6btkC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_7017.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 484.4 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | protein segment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X: 0.22455 Å / Y: 0.235 Å / Z: 0.24336 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : bank vole prion 168-176
全体 | 名称: bank vole prion 168-176 |
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要素 |
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-超分子 #1: bank vole prion 168-176
超分子 | 名称: bank vole prion 168-176 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Myodes glareolus (ネズミ) |
分子量 | 理論値: 4.6 KDa |
-分子 #1: Major prion protein
分子 | 名称: Major prion protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Myodes glareolus (ネズミ) |
分子量 | 理論値: 1.140162 KDa |
配列 | 文字列: QYNNQNNFV UniProtKB: Major prion protein |
-分子 #2: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 電子線結晶学 |
試料の集合状態 | 3D array |
-試料調製
緩衝液 | pH: 6 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) 平均電子線量: 0.025 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION / カメラ長: 950 mm |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES |
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Crystallography statistics | Number intensities measured: 43252 / Number structure factors: 7474 / Fourier space coverage: 97.1 / R sym: 23.2 / R merge: 23.2 / Overall phase error: 0.01 / Overall phase residual: 0.01 / Phase error rejection criteria: 0 / High resolution: 0.75 Å / 殻 - Shell ID: 1 / 殻 - High resolution: 0.75 Å / 殻 - Low resolution: 0.77 Å / 殻 - Number structure factors: 532 / 殻 - Phase residual: 0.01 / 殻 - Fourier space coverage: 96.2 / 殻 - Multiplicity: 4.4 |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: RECIPROCAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 6.068 / 当てはまり具合の基準: maximum likelihood |
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得られたモデル | PDB-6axz: |