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- EMDB-6975: 3.3 angstrom structure of mouse TRPM7 with EDTA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6975
タイトル3.3 angstrom structure of mouse TRPM7 with EDTA
マップデータ
試料
  • 細胞: Membrane Protein, Transient Receptor Potential ion channel
    • タンパク質・ペプチド: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 7
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
キーワードCryoEM / Truncated mouse TRPM7 / MEMBRANE PROTEIN / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellular magnesium ion homeostasis / calcium-dependent cell-matrix adhesion / varicosity / TRP channels / actomyosin structure organization / myosin binding / monoatomic cation transmembrane transport / necroptotic process / monoatomic cation channel activity / ruffle ...intracellular magnesium ion homeostasis / calcium-dependent cell-matrix adhesion / varicosity / TRP channels / actomyosin structure organization / myosin binding / monoatomic cation transmembrane transport / necroptotic process / monoatomic cation channel activity / ruffle / protein tetramerization / calcium channel activity / memory / synaptic vesicle membrane / calcium ion transport / kinase activity / actin binding / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / positive regulation of apoptotic process / phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / neuronal cell body / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Transient receptor potential cation channel subfamily M member 7 / MHCK/EF2 kinase / Alpha-kinase family / Alpha-type protein kinase domain profile. / Alpha-kinase family / TRPM, tetramerisation domain / TRPM, tetramerisation domain superfamily / Tetramerisation domain of TRPM / TRPM, SLOG domain / SLOG in TRPM ...Transient receptor potential cation channel subfamily M member 7 / MHCK/EF2 kinase / Alpha-kinase family / Alpha-type protein kinase domain profile. / Alpha-kinase family / TRPM, tetramerisation domain / TRPM, tetramerisation domain superfamily / Tetramerisation domain of TRPM / TRPM, SLOG domain / SLOG in TRPM / Ion transport domain / Ion transport protein / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Transient receptor potential cation channel subfamily M member 7
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.28 Å
データ登録者Zhang J / Li Z
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2018
タイトル: Structure of the mammalian TRPM7, a magnesium channel required during embryonic development.
著者: Jingjing Duan / Zongli Li / Jian Li / Raymond E Hulse / Ana Santa-Cruz / William C Valinsky / Sunday A Abiria / Grigory Krapivinsky / Jin Zhang / David E Clapham /
要旨: The transient receptor potential ion channel subfamily M, member 7 (TRPM7), is a ubiquitously expressed protein that is required for mouse embryonic development. TRPM7 contains both an ion channel ...The transient receptor potential ion channel subfamily M, member 7 (TRPM7), is a ubiquitously expressed protein that is required for mouse embryonic development. TRPM7 contains both an ion channel and an α-kinase. The channel domain comprises a nonselective cation channel with notable permeability to Mg and Zn Here, we report the closed state structures of the mouse TRPM7 channel domain in three different ionic conditions to overall resolutions of 3.3, 3.7, and 4.1 Å. The structures reveal key residues for an ion binding site in the selectivity filter, with proposed partially hydrated Mg ions occupying the center of the conduction pore. In high [Mg], a prominent external disulfide bond is found in the pore helix, which is essential for ion channel function. Our results provide a structural framework for understanding the TRPM1/3/6/7 subfamily and extend the knowledge base upon which to study the diversity and evolution of TRP channels.
履歴
登録2018年5月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年10月17日-
マップ公開2018年10月17日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5zx5
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6975.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6975.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.23 Å/pix.
x 256 pix.
= 314.88 Å		1.23 Å/pix.
x 256 pix.
= 314.88 Å		1.23 Å/pix.
x 256 pix.
= 314.88 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.23 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.013 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.20629883 - 0.37686768
平均 (標準偏差)0.0005016515 (±0.009046897)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 314.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.231.231.23
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z314.880314.880314.880
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ450450450
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.2060.3770.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Membrane Protein, Transient Receptor Potential ion channel

全体名称: Membrane Protein, Transient Receptor Potential ion channel
要素
  • 細胞: Membrane Protein, Transient Receptor Potential ion channel
    • タンパク質・ペプチド: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 7
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

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超分子 #1: Membrane Protein, Transient Receptor Potential ion channel

超分子名称: Membrane Protein, Transient Receptor Potential ion channel
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 7

分子名称: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 7
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-specific serine/threonine protein kinase
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 141.417719 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: SQKSWIESTL TKRECVYIIP SSKDPHRCLP GCQICQQLVR CFCGRLVKQH ACFTASLAMK YSDVKLGEHF NQAIEEWSVE KHTEQSPTD AYGVINFQGG SHSYRAKYVR LSYDTKPEII LQLLLKEWQM ELPKLVISVH GGMQKFELHP RIKQLLGKGL I KAAVTTGA ...文字列:
SQKSWIESTL TKRECVYIIP SSKDPHRCLP GCQICQQLVR CFCGRLVKQH ACFTASLAMK YSDVKLGEHF NQAIEEWSVE KHTEQSPTD AYGVINFQGG SHSYRAKYVR LSYDTKPEII LQLLLKEWQM ELPKLVISVH GGMQKFELHP RIKQLLGKGL I KAAVTTGA WILTGGVNTG VAKHVGDALK EHASRSSRKI CTIGIAPWGV IENRNDLVGR DVVAPYQTLL NPLSKLNVLN NL HSHFILV DDGTVGKYGA EVRLRRELEK TINQQRIHAR IGQGVPVVAL IFEGGPNVIL TVLEYLQESP PVPVVVCEGT GRA ADLLAY IHKQTEEGGN LPDAAEPDII STIKKTFNFG QSEAVHLFQT MMECMKKKEL ITVFHIGSED HQDIDVAILT ALLK GTNAS AFDQLILTLA WDRVDIAKNH VFVYGQQWLV GSLEQAMLDA LVMDRVSFVK LLIENGVSMH KFLTIPRLEE LYNTK QGPT NPMLFHLIRD VKQGNLPPGY KITLIDIGLV IEYLMGGTYR CTYTRKRFRL IYNSLGGNNR RSGRNTSSST PQLRKS HET FGNRADKKEK MRHNHFIKTA QPYRPKMDAS MEEGKKKRTK DEIVDIDDPE TKRFPYPLNE LLIWACLMKR QVMARFL WQ HGEESMAKAL VACKIYRSMA YEAKQSDLVD DTSEELKQYS NDFGQLAVEL LEQSFRQDET MAMKLLTYEL KNWSNSTC L KLAVSSRLRP FVAHTCTQML LSDMWMGRLN MRKNSWYKVI LSILVPPAIL MLEYKTKAEM SHIPQSQDAH QMTMEDSEN NFHNITEEIP MEVFKEVKIL DSSDGKNEME IHIKSKKLPI TRKFYAFYHA PIVKFWFNTL AYLGFLMLYT FVVLVKMEQL PSVQEWIVI AYIFTYAIEK VREVFMSEAG KISQKIKVWF SDYFNVSDTI AIISFFVGFG LRFGAKWNYI NAYDNHVFVA G RLIYCLNI IFWYVRLLDF LAVNQQAGPY VMMIGKMVAN MFYIVVIMAL VLLSFGVPRK AILYPHEEPS WSLAKDIVFH PY WMIFGEV YAYEIDVCAN DSTLPTICGP GTWLTPFLQA VYLFVQYIIM VNLLIAFFNN VYLQVKAISN IVWKYQRYHF IMA YHEKPV LPPPLIILSH IVSLFCCVCK RRKKDKTSDG PKLFLTEEDQ KKLHDFEEQC VEMYFDEKDD KFNSGSEERI RVTF ERVEQ MSIQIKEVGD RVNYIKRSLQ SLDS

UniProtKB: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 7

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分子 #2: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

分子名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 12 / 式: Y01
分子量理論値: 486.726 Da
Chemical component information

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK I

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k)
平均電子線量: 56.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細TRPM7 image stacks were recorded on Gatan K2 Summit (Gatan) direct detector set in super-resolution counting mode using SerialEM
粒子像選択選択した数: 2068004
詳細: Particle picking and subsequent bad particle elimination through 2D classification was performed using Python scripts/programs developed by Maofu Liao (Ru et al., 2015) with minor ...詳細: Particle picking and subsequent bad particle elimination through 2D classification was performed using Python scripts/programs developed by Maofu Liao (Ru et al., 2015) with minor modifications in the 8x binned images.
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.28 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1039775
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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