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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6877 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of polycystic kidney disease-like channel PKD2L1 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 detection of chemical stimulus involved in sensory perception of sour taste / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of taste / response to water / calcium-activated potassium channel activity / cellular response to pH / detection of mechanical stimulus / cation channel complex / muscle alpha-actinin binding / cellular response to acidic pH / sodium channel activity ...detection of chemical stimulus involved in sensory perception of sour taste / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of taste / response to water / calcium-activated potassium channel activity / cellular response to pH / detection of mechanical stimulus / cation channel complex / muscle alpha-actinin binding / cellular response to acidic pH / sodium channel activity / non-motile cilium / inorganic cation transmembrane transport / ciliary membrane / smoothened signaling pathway / monoatomic cation transport / monoatomic cation channel activity / potassium ion transmembrane transport / calcium channel complex / protein tetramerization / calcium channel activity / actin cytoskeleton / cytoplasmic vesicle / protein homotetramerization / transmembrane transporter binding / receptor complex / calcium ion binding / endoplasmic reticulum / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.38 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang YQ | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018 タイトル: Cryo-EM structure of the polycystic kidney disease-like channel PKD2L1. 著者: Qiang Su / Feizhuo Hu / Yuxia Liu / Xiaofei Ge / Changlin Mei / Shengqiang Yu / Aiwen Shen / Qiang Zhou / Chuangye Yan / Jianlin Lei / Yanqing Zhang / Xiaodong Liu / Tingliang Wang / 要旨: PKD2L1, also termed TRPP3 from the TRPP subfamily (polycystic TRP channels), is involved in the sour sensation and other pH-dependent processes. PKD2L1 is believed to be a nonselective cation channel ...PKD2L1, also termed TRPP3 from the TRPP subfamily (polycystic TRP channels), is involved in the sour sensation and other pH-dependent processes. PKD2L1 is believed to be a nonselective cation channel that can be regulated by voltage, protons, and calcium. Despite its considerable importance, the molecular mechanisms underlying PKD2L1 regulations are largely unknown. Here, we determine the PKD2L1 atomic structure at 3.38 Å resolution by cryo-electron microscopy, whereby side chains of nearly all residues are assigned. Unlike its ortholog PKD2, the pore helix (PH) and transmembrane segment 6 (S6) of PKD2L1, which are involved in upper and lower-gate opening, adopt an open conformation. Structural comparisons of PKD2L1 with a PKD2-based homologous model indicate that the pore domain dilation is coupled to conformational changes of voltage-sensing domains (VSDs) via a series of π-π interactions, suggesting a potential PKD2L1 gating mechanism. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6877.map.gz | 95.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-6877-v30.xml emd-6877.xml | 10.3 KB 10.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_6877.png | 97.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6877 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6877 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_6877_validation.pdf.gz | 502.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_6877_full_validation.pdf.gz | 501.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_6877_validation.xml.gz | 6.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_6877_validation.cif.gz | 7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6877 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6877 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6877.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.88 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : PKD2L1
全体 | 名称: PKD2L1 |
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要素 |
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-超分子 #1: PKD2L1
超分子 | 名称: PKD2L1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293F |
-分子 #1: Polycystic kidney disease 2-like 1 protein
分子 | 名称: Polycystic kidney disease 2-like 1 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 65.600883 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: TLVSSCCLHI CRSIRGLWGT TLTENTAENR ELYVKTTLRE LVVYIVFLVD ICLLTYGMTS SSAYYYTKVM SELFLHTPSD SGVSFQTIS SMSDFWDFAQ GPLLDSLYWT KWYNNQSLGR GSHSFIYYEN LLLGAPRLRQ LRVRNDSCVV HEDFREDILN C YDVYSPDK ...文字列: TLVSSCCLHI CRSIRGLWGT TLTENTAENR ELYVKTTLRE LVVYIVFLVD ICLLTYGMTS SSAYYYTKVM SELFLHTPSD SGVSFQTIS SMSDFWDFAQ GPLLDSLYWT KWYNNQSLGR GSHSFIYYEN LLLGAPRLRQ LRVRNDSCVV HEDFREDILN C YDVYSPDK EDQLPFGPQN GTAWTYHSQN ELGGSSHWGR LTSYSGGGYY LDLPGSRQAS AEALQGLQEG LWLDRGTRVV FI DFSVYNA NINLFCILRL VVEFPATGGT IPSWQIRTVK LIRYVNNWDF FIVGCEVVFC VFIFYYVVEE ILEIHLHRLR YLS SVWNIL DLVVILLSIV AVGFHIFRTL EVNRLMGKLL QQPDTYADFE FLAFWQTQYN NMNAVNLFFA WIKIFKYISF NKTM TQLSS TLARCAKDIL GFAIMFFIVF FAYAQLGYLL FGTQVENFST FVKCIFTQFR IILGDFDYNA IDNANRILGP VYFVT YVFF VFFVLLNMFL AIINDTYSEV KEELAGQKDQ LQLSDFLKQS YNKTLLRLRL RKERVSDVQK VLKGGEPEIQ FEDFTS TLR ELG |
-分子 #2: N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE
分子 | 名称: N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 12 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.001 mm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.38 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 22296 |
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初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |