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万見
- EMDB-6791: Cryo-EM structure of p300-p53 protein complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6791
タイトルCryo-EM structure of p300-p53 protein complex
マップデータCryo-EM map of p300-p53 complex. p53 protein is a homotetrameric tumor suppresor. Transcriptional coactivator p300 is a multidomain protein with HAT (histone acetyltransferase) activity.
試料
  • 複合体: p300-p53 complex
    • タンパク質・ペプチド: Histone acetyltransferase p300
    • タンパク質・ペプチド: Cellular tumor antigen p53
キーワードtranscription factor / autoacetylation / allosteric interaction / catalytically active form / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


behavioral defense response / peptidyl-lysine propionylation / histone lactyltransferase (CoA-dependent) activity / peptidyl-lysine crotonylation / peptidyl-lysine butyrylation / histone butyryltransferase activity / histone H3K122 acetyltransferase activity / swimming / peptide butyryltransferase activity / histone H2B acetyltransferase activity ...behavioral defense response / peptidyl-lysine propionylation / histone lactyltransferase (CoA-dependent) activity / peptidyl-lysine crotonylation / peptidyl-lysine butyrylation / histone butyryltransferase activity / histone H3K122 acetyltransferase activity / swimming / peptide butyryltransferase activity / histone H2B acetyltransferase activity / thigmotaxis / peptide 2-hydroxyisobutyryltransferase activity / histone crotonyltransferase activity / protein propionyltransferase activity / NOTCH2 intracellular domain regulates transcription / peptidyl-lysine acetylation / lysine N-acetyltransferase activity, acting on acetyl phosphate as donor / cellular response to L-leucine / histone H4 acetyltransferase activity / internal peptidyl-lysine acetylation / histone H3 acetyltransferase activity / NFE2L2 regulating ER-stress associated genes / peptide N-acetyltransferase activity / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / NFE2L2 regulating inflammation associated genes / acetylation-dependent protein binding / NGF-stimulated transcription / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / Polo-like kinase mediated events / histone H3K18 acetyltransferase activity / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / N-terminal peptidyl-lysine acetylation / histone H3K27 acetyltransferase activity / NFE2L2 regulates pentose phosphate pathway genes / NFE2L2 regulating MDR associated enzymes / regulation of androgen receptor signaling pathway / positive regulation by host of viral transcription / Loss of function of TP53 in cancer due to loss of tetramerization ability / Regulation of TP53 Expression / regulation of mitochondrion organization / signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of G1 to G0 transition / negative regulation of glucose catabolic process to lactate via pyruvate / Transcriptional activation of cell cycle inhibitor p21 / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / Activation of NOXA and translocation to mitochondria / negative regulation of pentose-phosphate shunt / ATP-dependent DNA/DNA annealing activity / negative regulation of helicase activity / regulation of cell cycle G2/M phase transition / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hypoxia / regulation of fibroblast apoptotic process / oxidative stress-induced premature senescence / oligodendrocyte apoptotic process / negative regulation of miRNA processing / positive regulation of thymocyte apoptotic process / glucose catabolic process to lactate via pyruvate / regulation of tissue remodeling / positive regulation of mitochondrial membrane permeability / Regulation of gene expression in late stage (branching morphogenesis) pancreatic bud precursor cells / negative regulation of mitophagy / RUNX3 regulates NOTCH signaling / positive regulation of programmed necrotic cell death / face morphogenesis / mRNA transcription / bone marrow development / circadian behavior / NOTCH4 Intracellular Domain Regulates Transcription / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / histone deacetylase regulator activity / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / RUNX3 regulates CDKN1A transcription / regulation of glycolytic process / germ cell nucleus / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / Nuclear events mediated by NFE2L2 / regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / Regulation of NFE2L2 gene expression / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / platelet formation / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / TRAF6 mediated IRF7 activation / megakaryocyte development / macrophage derived foam cell differentiation / FOXO-mediated transcription of cell death genes / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / nuclear androgen receptor binding / negative regulation of glial cell proliferation / peptide-lysine-N-acetyltransferase activity / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / negative regulation of neuroblast proliferation / regulation of tubulin deacetylation / STAT family protein binding / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / internal protein amino acid acetylation / mitochondrial DNA repair
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / Coactivator CBP, KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain ...Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / Coactivator CBP, KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / CBP/p300-type histone acetyltransferase domain / CBP/p300, atypical RING domain superfamily / KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / KIX domain profile. / CBP/p300-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / Histone acetyltransferase Rtt109/CBP / Coactivator CBP, KIX domain superfamily / Histone acetylation protein / Histone acetylation protein / Cellular tumor antigen p53, transactivation domain 2 / Transactivation domain 2 / p53 transactivation domain / P53 transactivation motif / Zinc finger ZZ-type signature. / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / Zinc finger, ZZ type / Zinc finger, ZZ-type / Zinc finger, ZZ-type superfamily / Zinc finger ZZ-type profile. / p53-like tetramerisation domain superfamily / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily / p53-like transcription factor, DNA-binding / Nuclear receptor coactivator, interlocking / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Cellular tumor antigen p53 / Histone acetyltransferase p300
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.7 Å
データ登録者Ghosh R / Roy S / Sengupta J
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2019
タイトル: Tumor Suppressor p53-Mediated Structural Reorganization of the Transcriptional Coactivator p300.
著者: Raka Ghosh / Stephanie Kaypee / Manidip Shasmal / Tapas K Kundu / Siddhartha Roy / Jayati Sengupta /
要旨: Transcriptional coactivator p300, a critical player in eukaryotic gene regulation, primarily functions as a histone acetyltransferase (HAT). It is also an important player in acetylation of a number ...Transcriptional coactivator p300, a critical player in eukaryotic gene regulation, primarily functions as a histone acetyltransferase (HAT). It is also an important player in acetylation of a number of nonhistone proteins, p53 being the most prominent one. Recruitment of p300 to p53 is pivotal in the regulation of p53-dependent genes. Emerging evidence suggests that p300 adopts an active conformation upon binding to the tetrameric p53, resulting in its enhanced acetylation activity. As a modular protein, p300 consists of multiple well-defined domains, where the structured domains are interlinked with unstructured linker regions. A crystal structure of the central domain of p300 encompassing Bromo, RING, PHD, and HAT domains demonstrates a compact module, where the HAT active site stays occluded by the RING domain. However, although p300 has a significant role in mediating the transcriptional activity of p53, only a few structural details on the complex of these two full-length proteins are available. Here, we present a cryo-electron microscopy (cryo-EM) study on the p300-p53 complex. The three-dimensional cryo-EM density map of the p300-p53 complex, when compared to the cryo-EM map of free p300, revealed that substantial change in the relative arrangement of Bromo and HAT domains occurs upon complex formation, which is likely required for exposing HAT active site and subsequent acetyltransferase activity. Our observation correlates well with previous studies showing that the presence of Bromodomain is obligatory for effective acetyltransferase activity of HAT. Thus, our result sheds new light on the mechanism whereby p300, following binding with p53, gets activated.
履歴
登録2017年7月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年1月23日-
マップ公開2019年1月23日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.89
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.89
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5xzc
  • 表面レベル: 1.89
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-5xzc
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6791.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6791.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM map of p300-p53 complex. p53 protein is a homotetrameric tumor suppresor. Transcriptional coactivator p300 is a multidomain protein with HAT (histone acetyltransferase) activity.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.89 Å/pix.
x 128 pix.
= 241.92 Å		1.89 Å/pix.
x 128 pix.
= 241.92 Å		1.89 Å/pix.
x 128 pix.
= 241.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.89 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.89 / ムービー #1: 1.89
最小 - 最大-2.5380216 - 6.996958
平均 (標準偏差)0.1593592 (±0.7202969)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 241.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.891.891.89
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z241.920241.920241.920
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-2.5386.9970.159

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : p300-p53 complex

全体名称: p300-p53 complex
要素
  • 複合体: p300-p53 complex
    • タンパク質・ペプチド: Histone acetyltransferase p300
    • タンパク質・ペプチド: Cellular tumor antigen p53

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超分子 #1: p300-p53 complex

超分子名称: p300-p53 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Proteins were purified separately and then complex was made for cryo-EM.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Histone acetyltransferase p300

分子名称: Histone acetyltransferase p300 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: histone acetyltransferase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 72.100062 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: KKIFKPEELR QALMPTLEAL YRQDPESLPF RQPVDPQLLG IPDYFDIVKS PMDLSTIKRK LDTGQYQEPW QYVDDIWLMF NNAWLYNRK TSRVYKYCSK LSEVFEQEID PVMQSLGYCC GRKLEFSPQT LCCYGKQLCT IPRDATYYSY QNRYHFCEKC F NEIQGESV ...文字列:
KKIFKPEELR QALMPTLEAL YRQDPESLPF RQPVDPQLLG IPDYFDIVKS PMDLSTIKRK LDTGQYQEPW QYVDDIWLMF NNAWLYNRK TSRVYKYCSK LSEVFEQEID PVMQSLGYCC GRKLEFSPQT LCCYGKQLCT IPRDATYYSY QNRYHFCEKC F NEIQGESV SLGDDPSQPQ TTINKEQFSK RKNDTLDPEL FVECTECGRK MHQICVLHHE IIWPAGFVCD GCLKKSARTR KE NKFSAKR LPSTRLGTFL ENRVNDFLRR QNHPESGEVT VRVVHASDKT VEVKPGMKAR FVDSGEMAES FPYRTKALFA FEE IDGVDL CFFGMHVQEY GSDCPPPNQR RVYISYLDSV HFFRPKCLRT AVYHEILIGY LEYVKKLGYT TGHIWACPPS EGDD YIFHC HPPDQKIPKP KRLQEWYKKM LDKAVSERIV HDYKDIFKQA TEDRLTSAKE LPYFEGDFWP NVLEESIKEL EQEEE ERKR EENTSNESTD VTKGDSKNAK KKNNKKTSKN KSSLSRGNKK KPGMPNVSND LSQKLYATME KHKEVFFVIR LIAGPA ANS LPPIVDPDPL IPCDLMDGRD AFLTLARDKH LEFSSLRRAQ WSTMCMLVEL HTQSQD

UniProtKB: Histone acetyltransferase p300

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分子 #2: Cellular tumor antigen p53

分子名称: Cellular tumor antigen p53 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 29.898908 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: PLSSSVPSQK TYQGSYGFRL GFLHSGTAKS VTCTYSPALN KMFCQLAKTC PVQLWVDSTP PPGTRVRAMA IYKQSQHMTE VVRRCPHHE RCSDSDGLAP PQHLIRVEGN LRVEYLDDRN TFRHSVVVPY EPPEVGSDCT TIHYNYMCNS SCMGGMNRRP I LTIITLED ...文字列:
PLSSSVPSQK TYQGSYGFRL GFLHSGTAKS VTCTYSPALN KMFCQLAKTC PVQLWVDSTP PPGTRVRAMA IYKQSQHMTE VVRRCPHHE RCSDSDGLAP PQHLIRVEGN LRVEYLDDRN TFRHSVVVPY EPPEVGSDCT TIHYNYMCNS SCMGGMNRRP I LTIITLED SSGNLLGRNS FEVRVCACPG RDRRTEEENL RKKGEPHHEL PPGSTKRALP NNTSSSPQPK KKPLDGEYFT LQ IRGRERF EMFRELNEAL ELKDAQAG

UniProtKB: Cellular tumor antigen p53

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称式
10.0 mMTris-Cl
150.0 mMNacl
5.0 mMMgCl2
20.0 microMZnCl2
2.0 mMPMSF
1.0 mMDTT
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 279 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 15.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 150.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 4.5 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.7 µm / 倍率（補正後）: 78894 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.7 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN 910 MULTI-SPECIMEN SINGLE TILT CRYO TRANSFER HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: Initial model was generate using EMAN2
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER / 使用した粒子像数: 10088
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: EMAN2 (ver. 2.12)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: SPIDER
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4bhw


Chain - Chain ID: A / Chain - Residue range: 1046-1664 / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
得られたモデル

PDB-5xzc:
Cryo-EM structure of p300-p53 protein complex

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原子モデル構築 2

初期モデル
PDB IDChain

3kmd

residue_range: 92-291, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

1c26

residue_range: 325-356, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
得られたモデル

PDB-5xzc:
Cryo-EM structure of p300-p53 protein complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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