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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6757 | |||||||||
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タイトル | Structure of Coxsackievirus A6 (CVA6) virus A-particle in complex with the neutralizing antibody fragment 1D5 | |||||||||
マップデータ | None | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / channel activity ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / channel activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / monoatomic ion transmembrane transport / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Coxsackievirus A6 (コクサッキーウイルス) / Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Zheng QB / He MZ / Xu LF / Yu H / Li SW / Cheng T | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017 タイトル: Atomic structures of Coxsackievirus A6 and its complex with a neutralizing antibody. 著者: Longfa Xu / Qingbing Zheng / Shaowei Li / Maozhou He / Yangtao Wu / Yongchao Li / Rui Zhu / Hai Yu / Qiyang Hong / Jie Jiang / Zizhen Li / Shuxuan Li / Huan Zhao / Lisheng Yang / Wangheng Hou ...著者: Longfa Xu / Qingbing Zheng / Shaowei Li / Maozhou He / Yangtao Wu / Yongchao Li / Rui Zhu / Hai Yu / Qiyang Hong / Jie Jiang / Zizhen Li / Shuxuan Li / Huan Zhao / Lisheng Yang / Wangheng Hou / Wei Wang / Xiangzhong Ye / Jun Zhang / Timothy S Baker / Tong Cheng / Z Hong Zhou / Xiaodong Yan / Ningshao Xia / 要旨: Coxsackievirus A6 (CVA6) has recently emerged as a major cause of hand, foot and mouth disease in children worldwide but no vaccine is available against CVA6 infections. Here, we demonstrate the ...Coxsackievirus A6 (CVA6) has recently emerged as a major cause of hand, foot and mouth disease in children worldwide but no vaccine is available against CVA6 infections. Here, we demonstrate the isolation of two forms of stable CVA6 particles-procapsid and A-particle-with excellent biochemical stability and natural antigenicity to serve as vaccine candidates. Despite the presence (in A-particle) or absence (in procapsid) of capsid-RNA interactions, the two CVA6 particles have essentially identical atomic capsid structures resembling the uncoating intermediates of other enteroviruses. Our near-atomic resolution structure of CVA6 A-particle complexed with a neutralizing antibody maps an immune-dominant neutralizing epitope to the surface loops of VP1. The structure-guided cell-based inhibition studies further demonstrate that these loops could serve as excellent targets for designing anti-CVA6 vaccines.Coxsackievirus A6 (CVA6) causes hand, foot and mouth disease in children. Here the authors present the CVA6 procapsid and A-particle cryo-EM structures and identify an immune-dominant neutralizing epitope, which can be exploited for vaccine development. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6757.map.gz | 768.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-6757-v30.xml emd-6757.xml | 18.8 KB 18.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_6757_fsc.xml | 20.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_6757.png | 275.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6757 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6757 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_6757_validation.pdf.gz | 604.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_6757_full_validation.pdf.gz | 603.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_6757_validation.xml.gz | 17.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_6757_validation.cif.gz | 24.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6757 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6757 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6757.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.128 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Structure of Coxsackievirus A6 (CVA6) virus A-particle in complex...
全体 | 名称: Structure of Coxsackievirus A6 (CVA6) virus A-particle in complex with the neutralizing antibody fragment 1D5 |
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要素 |
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-超分子 #1: Structure of Coxsackievirus A6 (CVA6) virus A-particle in complex...
超分子 | 名称: Structure of Coxsackievirus A6 (CVA6) virus A-particle in complex with the neutralizing antibody fragment 1D5 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Coxsackievirus A6 (コクサッキーウイルス) |
-分子 #1: Light chain of Fab 1D5
分子 | 名称: Light chain of Fab 1D5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: Bal b/c |
分子量 | 理論値: 11.984327 KDa |
配列 | 文字列: DIVMTQSHKF MSTSVGDRVS ITCKASQDVN TAVAWYQQRP GQSPKLLIYS ASYRYTGVPD RFTGSGSGTD FTFTISSVQA EDLAVYYCQ QHYTTPHTFG GGTKLEIKR |
-分子 #2: Heavy chain of Fab 1D5
分子 | 名称: Heavy chain of Fab 1D5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: Bal b/c |
分子量 | 理論値: 13.153761 KDa |
配列 | 文字列: EVQLVESGGG LVKPGGSLKL SCAASGFAFS TYDMSWVRQT PEKRLELVAH ISSGGGYIYY PDTVKGRFTI SRDNAKNTLY LQMSSLKSE DTAMYYCTRQ KGLYYGFDYW GQGTTLTVSS |
-分子 #3: Genome polyprotein
分子 | 名称: Genome polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Coxsackievirus A6 (コクサッキーウイルス) 株: TW-2007-00141 / 器官: Homo sapiens, human / 組織: muscle |
分子量 | 理論値: 33.467273 KDa |
配列 | 文字列: NDPIANAVES AVSALADTTI SRVTAANTTA STHSLGTGRV PALQAAETGA SSNASDENLV ETRCVMNRNG VNEASVEHFY SRAGLVGVV EVKDSGTSLD GYTVWPIDVM GFVQQRRKLE LSTYMRFDAE FTFVSNLSNS TTPGMLLQYM YVPPGAPKPD G RKSYQWQT ...文字列: NDPIANAVES AVSALADTTI SRVTAANTTA STHSLGTGRV PALQAAETGA SSNASDENLV ETRCVMNRNG VNEASVEHFY SRAGLVGVV EVKDSGTSLD GYTVWPIDVM GFVQQRRKLE LSTYMRFDAE FTFVSNLSNS TTPGMLLQYM YVPPGAPKPD G RKSYQWQT ATNPSVFAKL SDPPPQVSVP FMSPATAYQW FYDGYPTFGE HKQATNLQYG QCPNNMMGHF AIRTVSESTT GK NVHVRVY MRIKHVRAWV PRPLRSQAYM VKNYPTYSQT ITNTATDRAS ITTTDYEGGV PASPQRTS |
-分子 #4: Genome polyprotein
分子 | 名称: Genome polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Coxsackievirus A6 (コクサッキーウイルス) 株: TW-2007-00141 / 器官: Homo sapiens, human / 組織: muscle |
分子量 | 理論値: 28.095559 KDa |
配列 | 文字列: SPSVEACGYS DRVAQLTVGN STITTQEAAN IVLSYGEWPE YCPSTDATAV DKPTRPDVSV NRFYTLSTKS WKTESTGWYW KFPDVLNDT GVFGQNAQFH YLYRSGFCMH VQCNASKFHQ GALLVAAIPE FVIAASSPAT KPNGRGLYPD FAHTNPGKDG Q EFRDPYVL ...文字列: SPSVEACGYS DRVAQLTVGN STITTQEAAN IVLSYGEWPE YCPSTDATAV DKPTRPDVSV NRFYTLSTKS WKTESTGWYW KFPDVLNDT GVFGQNAQFH YLYRSGFCMH VQCNASKFHQ GALLVAAIPE FVIAASSPAT KPNGRGLYPD FAHTNPGKDG Q EFRDPYVL DAGIPLSQAL VFPHQWINLR TNNCATIIMP YVNALPFDSA LNHSNFGLVV IPISPLKYCN GATTEVPVTL TI APLNSEF SGLRQAIKQ |
-分子 #5: Genome polyprotein
分子 | 名称: Genome polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Coxsackievirus A6 (コクサッキーウイルス) 株: TW-2007-00141 / 器官: Homo sapiens, human / 組織: muscle |
分子量 | 理論値: 26.274836 KDa |
配列 | 文字列: GFPTELKPGT NQFLTTDDGT SPPILPGFEP TPLIHIPGEF TSLLDLCQIE TILEVNNTTG TIGVSRLLIP VRAQNNVDQL CASFQVDPG RNGPWQSTMV GQICRYYTQW SGSLKVTFMF TGSFMATGKM LIAYTPPGSA QPATREAAML GTHIVWDFGL Q SSVTLVIP ...文字列: GFPTELKPGT NQFLTTDDGT SPPILPGFEP TPLIHIPGEF TSLLDLCQIE TILEVNNTTG TIGVSRLLIP VRAQNNVDQL CASFQVDPG RNGPWQSTMV GQICRYYTQW SGSLKVTFMF TGSFMATGKM LIAYTPPGSA QPATREAAML GTHIVWDFGL Q SSVTLVIP WISNTHFRAV KIGGVYDYYA TGIVTIWYQT NFVVPPDTPT EANIIALGAA QKNFTLKLCK DTDEIQQTAA YQ |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 4.2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 構成要素 - 名称: PBS 詳細: NaCl 137mmol/L, KCl 2.7mmol/L, Na2HPO4 10mmol/L, KH2PO4 2mmol/L |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F30 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-7 / 撮影したグリッド数: 5 / 実像数: 2382 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 25.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 4.1 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.7 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.3 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 93000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 223.15 / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient |
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得られたモデル | PDB-5xs7: |