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- EMDB-6731: Anti-CRISPR proteins AcrF1/2 bound to Csy surveillance complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6731
タイトルAnti-CRISPR proteins AcrF1/2 bound to Csy surveillance complex with a 20nt spacer crRNA backbone region
マップデータanti-CRISPR proteins AcrF1/2 bound to Csy surveillance complex with 20nt spacer crRNA backbone region
試料
  • 複合体: anti-CRISPR proteins AcrF1/2 bound to Csy surveillance complex with a 20nt spacer sequence backbone region
    • 複合体: man CRISPR-associated protein Csy3
      • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein Csy3
    • 複合体: RNA
      • RNA: crRNA with 20nt spacer sequence
    • 複合体: AcrF1
      • タンパク質・ペプチド: Uncharacterized protein AcrF1
キーワードanti-CRISPR proteins / Csy complex / Type I-F CRISPR/Cas system / IMMUNE SYSTEM-RNA complex
機能・相同性: / Anti-CRISPR protein Acr30-35/AcrF1 / CRISPR-associated protein Csy3 / CRISPR-associated protein (Cas_Csy3) / defense response to virus / Uncharacterized protein / CRISPR-associated protein Csy3
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14) (緑膿菌) / Pseudomonas phage JBD30 (ファージ) / Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Peng R / Shi Y
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
China Ministry of Science and Technology National 973 Project2013CB531502 中国
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2017
タイトル: Alternate binding modes of anti-CRISPR viral suppressors AcrF1/2 to Csy surveillance complex revealed by cryo-EM structures.
著者: Ruchao Peng / Ying Xu / Tengfei Zhu / Ningning Li / Jianxun Qi / Yan Chai / Min Wu / Xinzheng Zhang / Yi Shi / Peiyi Wang / Jiawei Wang / Ning Gao / George Fu Gao /
要旨: Bacteriophages encode anti-CRISPR suppressors to counteract the CRISPR/Cas immunity of their bacterial hosts, thus facilitating their survival and replication. Previous studies have shown that two ...Bacteriophages encode anti-CRISPR suppressors to counteract the CRISPR/Cas immunity of their bacterial hosts, thus facilitating their survival and replication. Previous studies have shown that two phage-encoded anti-CRISPR proteins, AcrF1 and AcrF2, suppress the type I-F CRISPR/Cas system of Pseudomonas aeruginosa by preventing target DNA recognition by the Csy surveillance complex, but the precise underlying mechanism was unknown. Here we present the structure of AcrF1/2 bound to the Csy complex determined by cryo-EM single-particle reconstruction. By structural analysis, we found that AcrF1 inhibits target DNA recognition of the Csy complex by interfering with base pairing between the DNA target strand and crRNA spacer. In addition, multiple copies of AcrF1 bind to the Csy complex with different modes when working individually or cooperating with AcrF2, which might exclude target DNA binding through different mechanisms. Together with previous reports, we provide a comprehensive working scenario for the two anti-CRISPR suppressors, AcrF1 and AcrF2, which silence CRISPR/Cas immunity by targeting the Csy surveillance complex.
履歴
登録2017年5月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年1月10日-
マップ公開2018年1月10日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5xlp
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-5xlp
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6731.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6731.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈anti-CRISPR proteins AcrF1/2 bound to Csy surveillance complex with 20nt spacer crRNA backbone region
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.31 Å/pix.
x 200 pix.
= 262. Å		1.31 Å/pix.
x 200 pix.
= 262. Å		1.31 Å/pix.
x 200 pix.
= 262. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.31 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.036 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.21832982 - 0.45560113
平均 (標準偏差)0.0007661512 (±0.009792682)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 262.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.311.311.31
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z262.000262.000262.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.2180.4560.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : anti-CRISPR proteins AcrF1/2 bound to Csy surveillance complex wi...

全体名称: anti-CRISPR proteins AcrF1/2 bound to Csy surveillance complex with a 20nt spacer sequence backbone region
要素
  • 複合体: anti-CRISPR proteins AcrF1/2 bound to Csy surveillance complex with a 20nt spacer sequence backbone region
    • 複合体: man CRISPR-associated protein Csy3
      • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein Csy3
    • 複合体: RNA
      • RNA: crRNA with 20nt spacer sequence
    • 複合体: AcrF1
      • タンパク質・ペプチド: Uncharacterized protein AcrF1

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超分子 #1: anti-CRISPR proteins AcrF1/2 bound to Csy surveillance complex wi...

超分子名称: anti-CRISPR proteins AcrF1/2 bound to Csy surveillance complex with a 20nt spacer sequence backbone region
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14) (緑膿菌)
株: UCBPP-PA14
分子量理論値: 300 KDa

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超分子 #2: man CRISPR-associated protein Csy3

超分子名称: man CRISPR-associated protein Csy3 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1

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超分子 #3: RNA

超分子名称: RNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2

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超分子 #4: AcrF1

超分子名称: AcrF1 / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3

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分子 #1: CRISPR-associated protein Csy3

分子名称: CRISPR-associated protein Csy3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14) (緑膿菌)
株: UCBPP-PA14
分子量理論値: 37.579273 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列: MSKPILSTAS VLAFERKLDP SDALMSAGAW AQRDASQEWP AVTVREKSVR GTISNRLKTK DRDPAKLDAS IQSPNLQTVD VANLPSDAD TLKVRFTLRV LGGAGTPSAC NDAAYRDKLL QTVATYVNDQ GFAELARRYA HNLANARFLW RNRVGAEAVE V RINHIRQG ...文字列:
MSKPILSTAS VLAFERKLDP SDALMSAGAW AQRDASQEWP AVTVREKSVR GTISNRLKTK DRDPAKLDAS IQSPNLQTVD VANLPSDAD TLKVRFTLRV LGGAGTPSAC NDAAYRDKLL QTVATYVNDQ GFAELARRYA HNLANARFLW RNRVGAEAVE V RINHIRQG EVARAWRFDA LAIGLRDFKA DAELDALAEL IASGLSGSGH VLLEVVAFAR IGDGQEVFPS QELILDKGDK KG QKSKTLY SVRDAAAIHS QKIGNALRTI DTWYPDEDGL GPIAVEPYGS VTSQGKAYRQ PKQKLDFYTL LDNWVLRDEA PAV EQQHYV IANLIRGGVF GEAEEK

UniProtKB: CRISPR-associated protein Csy3

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分子 #3: Uncharacterized protein AcrF1

分子名称: Uncharacterized protein AcrF1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas phage JBD30 (ファージ)
分子量理論値: 8.824931 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列:
MKFIKYLSTA HLNYMNIAVY ENGSKIKARV ENVVNGKSVG ARDFDSTEQL ESWFYGLPGS GLGRIENAMN EISRRENP

UniProtKB: Uncharacterized protein

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分子 #2: crRNA with 20nt spacer sequence

分子名称: crRNA with 20nt spacer sequence / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 15.456173 KDa
配列文字列:
CUAAGAAAUU CACGGCGGGC UUGAUGUCGU UCACUGCCGU GUAGGCAG

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.7 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均露光時間: 0.35 sec. / 平均電子線量: 1.55 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) / 使用した粒子像数: 154095
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-5xlp:
Anti-CRISPR proteins AcrF1/2 bound to Csy surveillance complex with a 20nt spacer crRNA backbone region

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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