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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6689 | |||||||||
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タイトル | Structure of a Pancreatic ATP-sensitive Potassium Channel | |||||||||
マップデータ | B factor sharpend map | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 ATP sensitive Potassium channels / response to resveratrol / ATP-activated inward rectifier potassium channel activity / inward rectifying potassium channel / cell body fiber / Regulation of insulin secretion / sulfonylurea receptor activity / ventricular cardiac muscle tissue development / CAMKK-AMPK signaling cascade / ABC-family proteins mediated transport ...ATP sensitive Potassium channels / response to resveratrol / ATP-activated inward rectifier potassium channel activity / inward rectifying potassium channel / cell body fiber / Regulation of insulin secretion / sulfonylurea receptor activity / ventricular cardiac muscle tissue development / CAMKK-AMPK signaling cascade / ABC-family proteins mediated transport / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / response to stress / Ion homeostasis / inward rectifier potassium channel activity / ATPase-coupled monoatomic cation transmembrane transporter activity / nervous system process / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / inorganic cation transmembrane transport / ankyrin binding / response to ATP / response to testosterone / potassium ion import across plasma membrane / action potential / potassium ion binding / intercalated disc / axolemma / ABC-type transporter activity / cellular response to nutrient levels / negative regulation of insulin secretion / T-tubule / heat shock protein binding / positive regulation of protein localization to plasma membrane / potassium ion transport / acrosomal vesicle / response to ischemia / determination of adult lifespan / cellular response to glucose stimulus / sarcolemma / cellular response to nicotine / glucose metabolic process / nuclear envelope / response to estradiol / cellular response to tumor necrosis factor / presynaptic membrane / transmembrane transporter binding / endosome / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / neuronal cell body / glutamatergic synapse / apoptotic process / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) / synthetic construct (人工物) / Mesocricetus auratus (ネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Li N / Wu J-X / Chen L / Gao N | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2017 タイトル: Structure of a Pancreatic ATP-Sensitive Potassium Channel. 著者: Ningning Li / Jing-Xiang Wu / Dian Ding / Jiaxuan Cheng / Ning Gao / Lei Chen / 要旨: ATP-sensitive potassium channels (K) couple intracellular ATP levels with membrane excitability. These channels play crucial roles in many essential physiological processes and have been implicated ...ATP-sensitive potassium channels (K) couple intracellular ATP levels with membrane excitability. These channels play crucial roles in many essential physiological processes and have been implicated extensively in a spectrum of metabolic diseases and disorders. To gain insight into the mechanism of K, we elucidated the structure of a hetero-octameric pancreatic K channel in complex with a non-competitive inhibitor glibenclamide by single-particle cryoelectron microscopy to 5.6-Å resolution. The structure shows that four SUR1 regulatory subunits locate peripherally and dock onto the central Kir6.2 channel tetramer through the SUR1 TMD0-L0 fragment. Glibenclamide-bound SUR1 uses TMD0-L0 fragment to stabilize Kir6.2 channel in a closed conformation. In another structural population, a putative co-purified phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate (PIP) molecule uncouples Kir6.2 from glibenclamide-bound SUR1. These structural observations suggest a molecular mechanism for K regulation by anti-diabetic sulfonylurea drugs, intracellular adenosine nucleotide concentrations, and PIP lipid. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6689.map.gz | 13.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-6689-v30.xml emd-6689.xml | 17.6 KB 17.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_6689_fsc.xml | 10.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_6689.png | 176.4 KB | ||
その他 | emd_6689_half_map_1.map.gz emd_6689_half_map_2.map.gz | 75.9 MB 76 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6689 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6689 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6689.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | B factor sharpend map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_6689_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_6689_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : ATP sensitive potassium
全体 | 名称: ATP sensitive potassium |
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要素 |
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-超分子 #1: ATP sensitive potassium
超分子 | 名称: ATP sensitive potassium / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK / 組換プラスミド: BacMam |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK |
分子量 | 理論値: 880 kDa/nm |
-超分子 #2: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 11
超分子 | 名称: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 11 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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-超分子 #3: SUR1
超分子 | 名称: SUR1 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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-分子 #1: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 11,superfolder GFP
分子 | 名称: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 11,superfolder GFP タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 11 with C-terminal synthetic superfolder GFP and affinity tags added コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 76.339242 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MLSRKGIIPE EYVLTRLAED PAEPRYRTRE RRARFVSKKG NCNVAHKNIR EQGRFLQDVF TTLVDLKWPH TLLIFTMSFL CSWLLFAMV WWLIAFAHGD LAPGEGTNVP CVTSIHSFSS AFLFSIEVQV TIGFGGRMVT EECPLAILIL IVQNIVGLMI N AIMLGCIF ...文字列: MLSRKGIIPE EYVLTRLAED PAEPRYRTRE RRARFVSKKG NCNVAHKNIR EQGRFLQDVF TTLVDLKWPH TLLIFTMSFL CSWLLFAMV WWLIAFAHGD LAPGEGTNVP CVTSIHSFSS AFLFSIEVQV TIGFGGRMVT EECPLAILIL IVQNIVGLMI N AIMLGCIF MKTAQAHRRA ETLIFSKHAV ITLRHGRLCF MLRVGDLRKS MIISATIHMQ VVRKTTSPEG EVVPLHQVDI PM ENGVGGN GIFLVAPLII YHVIDSNSPL YDLAPSDLHH HQDLEIIVIL EGVVETTGIT TQARTSYLAD EILWGQRFVP IVA EEDGRY SVDYSKFGNT IKVPTPLCTA RQLDEDRSLL DALTLASSRG PLRKRSVAVA KAKPKFSISP DSLSLELEVL FQGP GGKMS KGEELFTGVV PILVELDGDV NGHKFSVRGE GEGDATIGKL TLKFICTTGK LPVPWPTLVT TLTYGVQCFS RYPDH MKRH DFFKSAMPEG YVQERTISFK DDGKYKTRAV VKFEGDTLVN RIELKGTDFK EDGNILGHKL EYNFNSHNVY ITADKQ KNG IKANFTVRHN VEDGSVQLAD HYQQNTPIGD GPVLLPDNHY LSTQTKLSKD PNEKRDHMVL HEYVNAAGIT HHHHHHH HS SGLVPRGSGW SHPQFEKGSG DYKDDDDKGS GWSHPQFEK |
-分子 #2: SUR1
分子 | 名称: SUR1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mesocricetus auratus (ネズミ) |
分子量 | 理論値: 177.296578 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MPLAFCGTEN HSAAYRVDQG VLNNGCFVDA LNVVPHVFLL FITFPILFIG WGSQSSKVHI HHSTWLHFPG HNLRWILTFI LLFVLVCEI AEGILSDGVT ESRHLHLYMP AGMAFMAAIT SVVYYHNIET SNFPKLLIAL LIYWTLAFIT KTIKFVKFYD H AIGFSQLR ...文字列: MPLAFCGTEN HSAAYRVDQG VLNNGCFVDA LNVVPHVFLL FITFPILFIG WGSQSSKVHI HHSTWLHFPG HNLRWILTFI LLFVLVCEI AEGILSDGVT ESRHLHLYMP AGMAFMAAIT SVVYYHNIET SNFPKLLIAL LIYWTLAFIT KTIKFVKFYD H AIGFSQLR FCLTGLLVIL YGMLLLVEVN VIRVRRYIFF KTPREVKPPE DLQDLGVRFL QPFVNLLSKG TYWWMNAFIK TA HKKPIDL RAIGKLPIAM RALTNYQRLC VAFDAQARKD TQSPQGARAI WRALCHAFGR RLILSSTFRI LADLLGFAGP LCI FGIVDH LGKENHVFQP KTQFLGVYFV SSQEFLGNAY VLAVLLFLAL LLQRTFLQAS YYVAIETGIN LRGAIQTKIY NKIM HLSTS NLSMGEMTAG QICNLVAIDT NQLMWFFFLC PNLWAMPVQI IVGVILLYYI LGVSALIGAA VIILLAPVQY FVATK LSQA QRSTLEHSNE RLKQTNEMLR GMKLLKLYAW ESIFCSRVEV TRRKEMTSLR AFAVYTSISI FMNTAIPIAA VLITFV GHV SFFKESDLSP SVAFASLSLF HILVTPLFLL SSVVRSTVKA LVSVKKLSEF LSSAEIREEQ CAPREPAPQG QAGKYQA VP LKVVNRKRPA REEVRDLLGP LQRLAPSMDG DADNFCVQII GGFFTWTPDG IPTLSNITIR IPRGQLTMIV GQVGCGKS S LLLATLGEMQ KVSGAVFWNS NLPDSEGEDP SSPERETAAG SDIRSRGPVA YASQKPWLLN ATVEENITFE SPFNKQRYK MVIEACSLQP DIDILPHGDQ TQIGERGINL SGGQRQRISV ARALYQQTNV VFLDDPFSAL DVHLSDHLMQ AGILELLRDD KRTVVLVTH KLQYLPHADW IIAMKDGTIQ REGTLKDFQR SECQLFEHWK TLMNRQDQEL EKETVMERKA SEPSQGLPRA M SSRDGLLL DEEEEEEEAA ESEEDDNLSS VLHQRAKIPW RACTKYLSSA GILLLSLLVF SQLLKHMVLV AIDYWLAKWT DS ALVLSPA ARNCSLSQEC DLDQSVYAMV FTLLCSLGIV LCLVTSVTVE WTGLKVAKRL HRSLLNRIIL APMRFFETTP LGS ILNRFS SDCNTIDQHI PSTLECLSRS TLLCVSALTV ISYVTPVFLV ALLPLAVVCY FIQKYFRVAS RDLQQLDDTT QLPL LSHFA ETVEGLTTIR AFRYEARFQQ KLLEYTDSNN IASLFLTAAN RWLEVRMEYI GACVVLIAAA TSISNSLHRE LSAGL VGLG LTYALMVSNY LNWMVRNLAD MEIQLGAVKR IHALLKTEAE SYEGLLAPSL IPKNWPDQGK IQIQNLSVRY DSSLKP VLK HVNALISPGQ KIGICGRTGS GKSSFSLAFF RMVDMFEGRI IIDGIDIAKL PLHTLRSRLS IILQDPVLFS GTIRFNL DP EKKCSDSTLW EALEIAQLKL VVKALPGGLD AIITEGGENF SQGQRQLFCL ARAFVRKTSI FIMDEATASI DMATENIL Q KVVMTAFADR TVVTIAHRVH TILSADLVMV LKRGAILEFD KPETLLSQKD SVFASFVRAD K |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |