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万見
- EMDB-65644: ratTRPV1 bound with antagonist AMG9810 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-65644
タイトルratTRPV1 bound with antagonist AMG9810
マップデータ
試料
  • 複合体: ratTRPV1 bound with antagonist AMG9810
    • タンパク質・ペプチド: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1
  • リガンド: (~{Z})-3-(4-~{tert}-butylphenyl)-~{N}-(2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-6-yl)prop-2-enamide
  • リガンド: SODIUM ION
キーワードantagonist / complex / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of establishment of blood-brain barrier / response to capsazepine / sensory perception of mechanical stimulus / peptide secretion / cellular response to temperature stimulus / excitatory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / temperature-gated ion channel activity / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of pain / TRP channels / smooth muscle contraction involved in micturition ...negative regulation of establishment of blood-brain barrier / response to capsazepine / sensory perception of mechanical stimulus / peptide secretion / cellular response to temperature stimulus / excitatory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / temperature-gated ion channel activity / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of pain / TRP channels / smooth muscle contraction involved in micturition / fever generation / urinary bladder smooth muscle contraction / detection of temperature stimulus involved in thermoception / thermoception / cellular response to acidic pH / negative regulation of systemic arterial blood pressure / response to pH / chloride channel regulator activity / dendritic spine membrane / glutamate secretion / monoatomic cation transmembrane transporter activity / ligand-gated monoatomic ion channel activity / negative regulation of heart rate / response to pain / temperature homeostasis / diet induced thermogenesis / detection of maltose stimulus / cellular response to alkaloid / maltose transport complex / cellular response to ATP / cellular response to cytokine stimulus / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / carbohydrate transport / intracellularly gated calcium channel activity / behavioral response to pain / negative regulation of mitochondrial membrane potential / calcium ion import across plasma membrane / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / monoatomic cation channel activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / sensory perception of pain / phosphatidylinositol binding / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / phosphoprotein binding / microglial cell activation / cellular response to nerve growth factor stimulus / response to peptide hormone / calcium ion transmembrane transport / GABA-ergic synapse / cellular response to growth factor stimulus / lipid metabolic process / calcium channel activity / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / cellular response to tumor necrosis factor / calcium ion transport / transmembrane signaling receptor activity / sensory perception of taste / cellular response to heat / outer membrane-bounded periplasmic space / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / response to heat / monoatomic ion transmembrane transport / protein homotetramerization / postsynaptic membrane / calmodulin binding / periplasmic space / neuron projection / positive regulation of apoptotic process / external side of plasma membrane / neuronal cell body / DNA damage response / dendrite / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1-4 / Transient receptor potential cation channel subfamily V / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. ...Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1-4 / Transient receptor potential cation channel subfamily V / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1 / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.87 Å
データ登録者Gao YH / Li ZX
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2021ZD0203400 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: ratTRPV1 bound with antagonist AMG9810
著者: Gao YH / Li ZX
履歴
登録2025年8月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月26日-
マップ公開2025年11月26日-
更新2025年11月26日-
現状2025年11月26日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_65644.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_65644.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.96 Å/pix.
x 256 pix.
= 245.76 Å		0.96 Å/pix.
x 256 pix.
= 245.76 Å		0.96 Å/pix.
x 256 pix.
= 245.76 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.96 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0932
最小 - 最大-0.001737758 - 1.894748
平均 (標準偏差)0.0023967673 (±0.031706374)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 245.76 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_65644_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_65644_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_65644_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : ratTRPV1 bound with antagonist AMG9810

全体名称: ratTRPV1 bound with antagonist AMG9810
要素
  • 複合体: ratTRPV1 bound with antagonist AMG9810
    • タンパク質・ペプチド: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1
  • リガンド: (~{Z})-3-(4-~{tert}-butylphenyl)-~{N}-(2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-6-yl)prop-2-enamide
  • リガンド: SODIUM ION

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超分子 #1: ratTRPV1 bound with antagonist AMG9810

超分子名称: ratTRPV1 bound with antagonist AMG9810 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)

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分子 #1: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Transient recept...

分子名称: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 140.466562 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MKIEEGKLVI WINGDKGYNG LAEVGKKFEK DTGIKVTVEH PDKLEEKFPQ VAATGDGPDI IFWAHDRFGG YAQSGLLAEI TPDKAFQDK LYPFTWDAVR YNGKLIAYPI AVEALSLIYN KDLLPNPPKT WEEIPALDKE LKAKGKSALM FNLQEPYFTW P LIAADGGY ...文字列:
MKIEEGKLVI WINGDKGYNG LAEVGKKFEK DTGIKVTVEH PDKLEEKFPQ VAATGDGPDI IFWAHDRFGG YAQSGLLAEI TPDKAFQDK LYPFTWDAVR YNGKLIAYPI AVEALSLIYN KDLLPNPPKT WEEIPALDKE LKAKGKSALM FNLQEPYFTW P LIAADGGY AFKYENGKYD IKDVGVDNAG AKAGLTFLVD LIKNKHMNAD TDYSIAEAAF NKGETAMTIN GPWAWSNIDT SK VNYGVTV LPTFKGQPSK PFVGVLSAGI NAASPNKELA KEFLENYLLT DEGLEAVNKD KPLGAVALKS YEEELAKDPR IAA TMENAQ KGEIMPNIPQ MSAFWYAVRT AVINAASGRQ TVDEALKDAQ TNSGTGGGSG DDDDKSPMGS HHHHHHHHGS DYDI PTTEN LYFQGAMDPM EQRASLDSEE SESPPQENSC LDPPDRDPNC KPPPVKPHIF TTRSRTRLFG KGDSEEASPL DCPYE EGGL ASCPIITVSS VLTIQRPGDG PASVRPSSQD SVSAGEKPPR LYDRRSIFDA VAQSNCQELE SLLPFLQRSK KRLTDS EFK DPETGKTCLL KAMLNLHNGQ NDTIALLLDV ARKTDSLKQF VNASYTDSYY KGQTALHIAI ERRNMTLVTL LVENGAD VQ AAANGDFFKK TKGRPGFYFG ELPLSLAACT NQLAIVKFLL QNSWQPADIS ARDSVGNTVL HALVEVADNT VDNTKFVT S MYNEILILGA KLHPTLKLEE ITNRKGLTPL ALAASSGKIG VLAYILQREI HEPECRHLSR KFTEWAYGPV HSSLYDLSC IDTCEKNSVL EVIAYSSSET PNRHDMLLVE PLNRLLQDKW DRFVKRIFYF NFFVYCLYMI IFTAAAYYRP VEGLPPYKLK NTVGDYFRV TGEILSVSGG VYFFFRGIQY FLQRRPSLKS LFVDSYSEIL FFVQSLFMLV SVVLYFSQRK EYVASMVFSL A MGWTNMLY YTRGFQQMGI YAVMIEKMIL RDLCRFMFVY LVFLFGFSTA VVTLIEDGKN NSLPMESTPH KCRGSACKPG NS YNSLYST CLELFKFTIG MGDLEFTENY DFKAVFIILL LAYVILTYIL LLNMLIALMG ETVNKIAQES KNIWKLQRAI TIL DTEKSF LKCMRKAFRS GKLLQVGFTP DGKDDYRWCF RVDEVNWTTW NTNVGIINED PGNCEGVKRT LSFSLRSGRV SGRN WKNFA LVPLLRDAST RDRHATQQEE VQLKHYTGSL KPEDAEVFKD SMVPGEK

UniProtKB: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein, Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1

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分子 #2: (~{Z})-3-(4-~{tert}-butylphenyl)-~{N}-(2,3-dihydro-1,4-benzodioxi...

分子名称: (~{Z})-3-(4-~{tert}-butylphenyl)-~{N}-(2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-6-yl)prop-2-enamide
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: A1D6W
分子量理論値: 337.412 Da

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分子 #3: SODIUM ION

分子名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1
分子量理論値: 22.99 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.87 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PHENIX / 使用した粒子像数: 115503
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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