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万見
- EMDB-64367: mouse PDCD5-TRiC complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-64367
タイトルmouse PDCD5-TRiC complex
マップデータ
試料
  • 複合体: mouse PDCD5-TRiC complex
    • タンパク質・ペプチド: Programmed cell death protein 5
  • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit alpha
  • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit beta
  • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit gamma
  • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit delta
  • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit epsilon
  • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit zeta
  • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit eta
  • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit theta
キーワードComplex / cofactor / CHAPERONE
機能・相同性
機能・相同性情報


Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / RHOBTB1 GTPase cycle / negative regulation of protein folding / RHOBTB2 GTPase cycle / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / zona pellucida receptor complex / positive regulation of establishment of protein localization to telomere / scaRNA localization to Cajal body / positive regulation of telomerase RNA localization to Cajal body / chaperonin-containing T-complex ...Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / RHOBTB1 GTPase cycle / negative regulation of protein folding / RHOBTB2 GTPase cycle / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / zona pellucida receptor complex / positive regulation of establishment of protein localization to telomere / scaRNA localization to Cajal body / positive regulation of telomerase RNA localization to Cajal body / chaperonin-containing T-complex / acetyltransferase activator activity / binding of sperm to zona pellucida / WD40-repeat domain binding / pericentriolar material / microtubule organizing center / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / chaperone-mediated protein complex assembly / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / beta-tubulin binding / heterochromatin / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / Neutrophil degranulation / protein folding chaperone / acrosomal vesicle / mRNA 3'-UTR binding / ATP-dependent protein folding chaperone / mRNA 5'-UTR binding / response to virus / : / melanosome / myelin sheath / heparin binding / G-protein beta-subunit binding / protein folding / cell body / regulation of apoptotic process / microtubule / protein stabilization / positive regulation of apoptotic process / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of gene expression / centrosome / Golgi apparatus / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
PDCD5-like / PDCD5-like superfamily / Double-stranded DNA-binding domain / T-complex protein 1, alpha subunit / T-complex protein 1, eta subunit / T-complex protein 1, theta subunit / T-complex protein 1, zeta subunit / T-complex protein 1, delta subunit / T-complex protein 1, gamma subunit / T-complex protein 1, epsilon subunit ...PDCD5-like / PDCD5-like superfamily / Double-stranded DNA-binding domain / T-complex protein 1, alpha subunit / T-complex protein 1, eta subunit / T-complex protein 1, theta subunit / T-complex protein 1, zeta subunit / T-complex protein 1, delta subunit / T-complex protein 1, gamma subunit / T-complex protein 1, epsilon subunit / T-complex protein 1, beta subunit / : / Chaperonins TCP-1 signature 1. / : / Chaperonins TCP-1 signature 2. / Chaperonin TCP-1, conserved site / Chaperonins TCP-1 signature 3. / Chaperone tailless complex polypeptide 1 (TCP-1) / GroEL-like equatorial domain superfamily / TCP-1-like chaperonin intermediate domain superfamily / GroEL-like apical domain superfamily / TCP-1/cpn60 chaperonin family / Chaperonin Cpn60/GroEL/TCP-1 family
類似検索 - ドメイン・相同性
T-complex protein 1 subunit alpha / T-complex protein 1 subunit theta / Programmed cell death protein 5 / T-complex protein 1 subunit eta / T-complex protein 1 subunit beta / T-complex protein 1 subunit delta / T-complex protein 1 subunit epsilon / T-complex protein 1 subunit zeta / T-complex protein 1 subunit gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.55 Å
データ登録者Song QQ / Cong Y
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2026
タイトル: PDCD5 promotes substrate release from the TRiC complex in cilia and flagella.
著者: Huafang Wei / Qianqian Song / Liying Wang / Qiong Deng / Bingbing Wu / Yinghong Chen / Tingting Han / Yueshuai Guo / Zuyang Li / Fucheng Dong / Shuang Ma / Qiaoyu Zhao / Xiangyi Shi / Chen ...著者: Huafang Wei / Qianqian Song / Liying Wang / Qiong Deng / Bingbing Wu / Yinghong Chen / Tingting Han / Yueshuai Guo / Zuyang Li / Fucheng Dong / Shuang Ma / Qiaoyu Zhao / Xiangyi Shi / Chen Pan / Wanying Jiang / Xiaofei Liu / Yingyu Chen / Renjie Jiao / Li Yuan / Chao Liu / Xuejiang Guo / Yao Cong / Wei Li /
要旨: Approximately 10% of eukaryotic proteins are folded by the TRiC/CCT complex (TCP1-ring complex, also called CCT for cytosolic chaperonin containing TCP1), and only open-state TRiC can bind with ...Approximately 10% of eukaryotic proteins are folded by the TRiC/CCT complex (TCP1-ring complex, also called CCT for cytosolic chaperonin containing TCP1), and only open-state TRiC can bind with programmed cell death 5 (PDCD5). However, the physiological role of the PDCD5-TRiC interaction remains elusive. Here, we show that PDCD5 is required for flagellum biogenesis and ciliogenesis and present the PDCD5-TRiC structures in their open states at near-atomic resolution. Mechanically, we find that PDCD5 promotes substrates release by competing with PhLP2A to interact with TRiC, and the depletion of PDCD5 traps flagellum- and cilium-associated proteins within TRiC, finally leading to malformed flagella of spermatids and cilia in mouse ciliated cells. Moreover, we demonstrate that the function of PDCD5 in flagellum biogenesis and ciliogenesis depends on the interaction with TRiC by its C terminus. These findings identify PDCD5 as a TRiC regulator to promote a subset of proteins release.
履歴
登録2025年4月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年3月25日-
マップ公開2026年3月25日-
更新2026年3月25日-
現状2026年3月25日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_64367.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_64367.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.87 Å/pix.
x 400 pix.
= 348. Å		0.87 Å/pix.
x 400 pix.
= 348. Å		0.87 Å/pix.
x 400 pix.
= 348. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.87 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.56
最小 - 最大0.0 - 15.151498
平均 (標準偏差)0.07283124 (±0.57756215)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 348.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : mouse PDCD5-TRiC complex

全体名称: mouse PDCD5-TRiC complex
要素
  • 複合体: mouse PDCD5-TRiC complex
    • タンパク質・ペプチド: Programmed cell death protein 5
  • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit alpha
  • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit beta
  • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit gamma
  • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit delta
  • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit epsilon
  • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit zeta
  • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit eta
  • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit theta

+
超分子 #1: mouse PDCD5-TRiC complex

超分子名称: mouse PDCD5-TRiC complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #9
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

+
分子 #1: T-complex protein 1 subunit alpha

分子名称: T-complex protein 1 subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 60.524516 KDa
配列文字列: MEGPLSVFGD RSTGEAVRSQ NVMAAASIAN IVKSSFGPVG LDKMLVDDIG DVTITNDGAT ILKLLEVEHP AAKVLCELAD LQDKEVGDG TTSVVIIAAE LLKNADELVK QKIHPTSVIS GYRLACKEAV RYINENLIIN TDELGRDCLI NAAKTSMSSK I IGINGDYF ...文字列:
MEGPLSVFGD RSTGEAVRSQ NVMAAASIAN IVKSSFGPVG LDKMLVDDIG DVTITNDGAT ILKLLEVEHP AAKVLCELAD LQDKEVGDG TTSVVIIAAE LLKNADELVK QKIHPTSVIS GYRLACKEAV RYINENLIIN TDELGRDCLI NAAKTSMSSK I IGINGDYF ANMVVDAVLA VKYTDARGQP RYPVNSVNIL KAHGRSQIES MLINGYALNC VVGSQGMPKR IVNAKIACLD FS LQKTKMK LGVQVVITDP EKLDQIRQRE SDITKERIQK ILATGANVIL TTGGIDDMYL KYFVEAGAMA VRRVLKRDLK HVA KASGAS ILSTLANLEG EETFEVTMLG QAEEVVQERI CDDELILIKN TKARTSASII LRGANDFMCD EMERSLHDAL CVVK RVLEL KSVVPGGGAV EAALSIYLEN YATSMGSREQ LAIAEFARSL LVIPNTLAVN AAQDSTDLVA KLRAFHNEAQ VNPER KNLK WIGLDLVHGK PRDNKQAGVF EPTIVKVKSL KFATEAAITI LRIDDLIKLH PESKDDKHGS YENAVHSGAL DD

UniProtKB: T-complex protein 1 subunit alpha

+
分子 #2: T-complex protein 1 subunit beta

分子名称: T-complex protein 1 subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 57.556148 KDa
配列文字列: MASLSLAPVN IFKAGADEER AETARLSSFI GAIAIGDLVK STLGPKGMDK ILLSSGRDAA LMVTNDGATI LKNIGVDNPA AKVLVDMSR VQDDEVGDGT TSVTVLAAEL LREAESLIAK KIHPQTIISG WREATKAARE ALLSSAVDHG SDEARFWQDL M NIAGTTLS ...文字列:
MASLSLAPVN IFKAGADEER AETARLSSFI GAIAIGDLVK STLGPKGMDK ILLSSGRDAA LMVTNDGATI LKNIGVDNPA AKVLVDMSR VQDDEVGDGT TSVTVLAAEL LREAESLIAK KIHPQTIISG WREATKAARE ALLSSAVDHG SDEARFWQDL M NIAGTTLS SKLLTHHKDH FTKLAVEAVL RLKGSGNLEA IHVIKKLGGS LADSYLDEGF LLDKKIGVNQ PKRIENAKIL IA NTGMDTD KIKIFGSRVR VDSTAKVAEI EHAEKEKMKE KVERILKHGI NCFINRQLIY NYPEQLFGAA GVMAIEHADF AGV ERLALV TGGEIASTFD HPELVKLGSC KLIEEVMIGE DKLIHFSGVA LGEACTIVLR GATQQILDEA ERSLHDALCV LAQT VKDPR TVYGGGCSEM LMAHAVTQLA NRTPGKEAVA MESFAKALRM LPTIIADNAG YDSADLVAQL RAAHSEGHIT AGLDM KEGT IGDMAVLGIT ESFQVKRQVL LSAAEAAEVI LRVDNIIKAA PRKRVPDHHP C

UniProtKB: T-complex protein 1 subunit beta

+
分子 #3: T-complex protein 1 subunit gamma

分子名称: T-complex protein 1 subunit gamma / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 60.710934 KDa
配列文字列: MMGHRPVLVL SQNTKRESGR KVQSGNINAA KTIADIIRTC LGPKSMMKML LDPMGGIVMT NDGNAILREI QVQHPAAKSM IEISRTQDE EVGDGTTSVI ILAGEMLSVA EHFLEQQMHP TVVISAYRMA LDDMISTLKK ISTPVDVNNR EMMLSIINSS I TTKVISRW ...文字列:
MMGHRPVLVL SQNTKRESGR KVQSGNINAA KTIADIIRTC LGPKSMMKML LDPMGGIVMT NDGNAILREI QVQHPAAKSM IEISRTQDE EVGDGTTSVI ILAGEMLSVA EHFLEQQMHP TVVISAYRMA LDDMISTLKK ISTPVDVNNR EMMLSIINSS I TTKVISRW SSLACNIALD AVKTVQFEEN GRKEIDIKKY ARVEKIPGGI IEDSCVLRGV MINKDVTHPR MRRYIKNPRI VL LDSSLEY KKGESQTDIE ITREEDFTRI LQMEEEYIHQ LCEDIIQLKP DVVITEKGIS DLAQHYLMRA NVTAIRRVRK TDN NRIARA CGARIVSRPE ELREDDVGTG AGLLEIKKIG DEYFTFITDC KDPKACTILL RGASKEILSE VERNLQDAMQ VCRN VLLDP QLVPGGGASE MAVAHALTEK SKAMTGVEQW PYRAVAQALE VIPRTLIQNC GASTIRLLTS LRAKHTQESC ETWGV NGET GTLVDMKELG IWEPLAVKLQ TYKTAVETAV LLLRIDDIVS GHKKKGDDQN RQTGAPDAGQ E

UniProtKB: T-complex protein 1 subunit gamma

+
分子 #4: T-complex protein 1 subunit delta

分子名称: T-complex protein 1 subunit delta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 58.138238 KDa
配列文字列: MPENVASRSG APTAGPGSRG KSAYQDRDKP AQIRFSNISA AKAVADAIRT SLGPKGMDKM IQDGKGDVTI TNDGATILKQ MQVLHPAAR MLVELSKAQD IEAGDGTTSV VIIAGSLLDS CTKLLQKGIH PTIISESFQK ALEKGLEILT DMSRPVQLSD R ETLLNSAT ...文字列:
MPENVASRSG APTAGPGSRG KSAYQDRDKP AQIRFSNISA AKAVADAIRT SLGPKGMDKM IQDGKGDVTI TNDGATILKQ MQVLHPAAR MLVELSKAQD IEAGDGTTSV VIIAGSLLDS CTKLLQKGIH PTIISESFQK ALEKGLEILT DMSRPVQLSD R ETLLNSAT TSLNSKVVSQ YSSLLSPMSV NAVMKVIDPA TATSVDLRDI KIVKKLGGTI DDCELVEGLV LTQKVANSGI TR VEKAKIG LIQFCLSAPK TDMDNQIVVS DYAQMDRVLR EERAYILNLV KQIKKTGCNV LLIQKSILRD ALSDLALHFL NKM KIMVVK DVEREDIEFI CKTIGTKPVA HIDQFTADML GSAELAEEVS LNGSGKLFKI TGCTSPGKTV TIVVRGSNKL VIEE AERSI HDALCVIRCL VKKRALIAGG GAPEIELALR LTEYSRTLSG MESYCVRAFA DAMEVIPSTL AENAGLNPIS TVTEL RNRH AQGEKTTGIN VRKGGISNIL EEMVVQPLLV SVSALTLATE TVRSILKIDD VVNTR

UniProtKB: T-complex protein 1 subunit delta

+
分子 #5: T-complex protein 1 subunit epsilon

分子名称: T-complex protein 1 subunit epsilon / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 59.70402 KDa
配列文字列: MASVGTLAFD EYGRPFLIIK DQDRKSRLMG LEALKSHIMA AKAVANTMRT SLGPNGLDKM MVDKDGDVTI TNDGATILSM MDVDHQIAK LMVELSKSQD DEIGDGTTGV VVLAGALLEE AEQLLDRGIH PIRIADGYEQ AARIAIQHLD KISDKVLVDI N NPEPLIQT ...文字列:
MASVGTLAFD EYGRPFLIIK DQDRKSRLMG LEALKSHIMA AKAVANTMRT SLGPNGLDKM MVDKDGDVTI TNDGATILSM MDVDHQIAK LMVELSKSQD DEIGDGTTGV VVLAGALLEE AEQLLDRGIH PIRIADGYEQ AARIAIQHLD KISDKVLVDI N NPEPLIQT AKTTLGSKVI NSCHRQMAEI AVNAVLTVAD MERRDVDFEL IKVEGKVGGR LEDTKLIKGV IVDKDFSHPQ MP KKVVDAK IAILTCPFEP PKPKTKHKLD VMSVEDYKAL QKYEKEKFEE MIKQIKETGA NLAICQWGFD DEANHLLLQN GLP AVRWVG GPEIELIAIA TGGRIVPRFS ELTSEKLGFA GVVQEISFGT TKDKMLVIEK CKNSRAVTIF IRGGNKMIIE EAKR SLHDA LCVIRNLIRD NRVVYGGGAA EISCALAVSQ EADKCPTLEQ YAMRAFADAL EVIPMALSEN SGMNPIQTMT EVRAR QVKE SNPALGIDCL HKGSNDMQYQ HVIETLIGKK QQISLATQMV RMILKIDDIR KPGESEE

UniProtKB: T-complex protein 1 subunit epsilon

+
分子 #6: T-complex protein 1 subunit zeta

分子名称: T-complex protein 1 subunit zeta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 58.08618 KDa
配列文字列: MAAVKTLNPK AEVARAQAAL AVNISAARGL QDVLRTNLGP KGTMKMLVSG AGDIKLTKDG NVLLHEMQIQ HPTASLIAKV ATAQDDITG DGTTSNVLII GELLKQADLY ISEGLHPRII TEGFEAAKEK ALQFLEQVKV SKEMDRETLI DVARTSLRTK V HAELADVL ...文字列:
MAAVKTLNPK AEVARAQAAL AVNISAARGL QDVLRTNLGP KGTMKMLVSG AGDIKLTKDG NVLLHEMQIQ HPTASLIAKV ATAQDDITG DGTTSNVLII GELLKQADLY ISEGLHPRII TEGFEAAKEK ALQFLEQVKV SKEMDRETLI DVARTSLRTK V HAELADVL TEAVVDSILA IRKKDEPIDL FMVEIMEMKH KSETDTSLIR GLVLDHGARH PDMKKRVENA YILTCNVSLE YE KTEVNSG FFYKSAEERE KLVKAERKFI EDRVKKIIEL KKKVCGDSDK GFVVINQKGI DPFSLDALAK EGIVALRRAK RRN MERLTL ACGGIALNSF DDLNPDCLGH AGLVYEYTLG EEKFTFIEKC NNPRSVTLLV KGPNKHTLTQ IKDAIRDGLR AVKN AIDDG CVVPGAGAVE VALAEALIKY KPSVKGRAQL GVQAFADALL IIPKVLAQNS GFDLQETLVK VQAEHSESGQ LVGVD LSTG EPMVAAEMGV WDNYCVKKQL LHSCTVIATN ILLVDEIMRA GMSSLKG

UniProtKB: T-complex protein 1 subunit zeta

+
分子 #7: T-complex protein 1 subunit eta

分子名称: T-complex protein 1 subunit eta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 59.727059 KDa
配列文字列: MMPTPVILLK EGTDSSQGIP QLVSNISACQ VIAEAVRTTL GPRGMDKLIV DGRGKATISN DGATILKLLD VVHPAAKTLV DIAKSQDAE VGDGTTSVTL LAAEFLKQVK PYVEEGLHPQ IIIRAFRTAT QLAVNKIKEI AVTVKKQDKV EQRKMLEKCA M TALSSKLI ...文字列:
MMPTPVILLK EGTDSSQGIP QLVSNISACQ VIAEAVRTTL GPRGMDKLIV DGRGKATISN DGATILKLLD VVHPAAKTLV DIAKSQDAE VGDGTTSVTL LAAEFLKQVK PYVEEGLHPQ IIIRAFRTAT QLAVNKIKEI AVTVKKQDKV EQRKMLEKCA M TALSSKLI SQQKVFFAKM VVDAVMMLDE LLQLKMIGIK KVQGGALEES QLVAGVAFKK TFSYAGFEMQ PKKYKNPKIA LL NVELELK AEKDNAEIRV HTVEDYQAIV DAEWNILYDK LEKIHQSGAK VILSKLPIGD VATQYFADRD MFCAGRVPEE DLK RTMMAC GGSIQTSVNA LVPDVLGHCQ VFEETQIGGE RYNFFTGCPK AKTCTIILRG GAEQFMEETE RSLHDAIMIV RRAI KNDSV VAGGGAIEME LSKYLRDYSR TIPGKQQLLI GAYAKALEII PRQLCDNAGF DATNILNKLR ARHAQGGMWY GVDIN NENI ADNFQAFVWE PAMVRINALT AASEAACLIV SVDETIKNPR STVDPPAPSA GRGRGQARFH

UniProtKB: T-complex protein 1 subunit eta

+
分子 #8: T-complex protein 1 subunit theta

分子名称: T-complex protein 1 subunit theta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 59.625312 KDa
配列文字列: MALHVPKAPG FAQMLKDGAK HFSGLEEAVY RNIQACKELA QTTRTAYGPN GMNKMVINRL EKLFVTNDAA TILRELEVQH PAAKMIVMA SHMQEQEVGD GTNFVLVFAG ALLELAEELL RIGLSVSEVI SGYEIACKKA HEILPELVCC SAKNLRDVDE V SSLLRTSI ...文字列:
MALHVPKAPG FAQMLKDGAK HFSGLEEAVY RNIQACKELA QTTRTAYGPN GMNKMVINRL EKLFVTNDAA TILRELEVQH PAAKMIVMA SHMQEQEVGD GTNFVLVFAG ALLELAEELL RIGLSVSEVI SGYEIACKKA HEILPELVCC SAKNLRDVDE V SSLLRTSI MSKQYGSETF LAKLIAQACV SIFPDSGNFN VDNIRVCKIL GSGIYSSSVL HGMVFKKETE GDVTSVKDAK IA VYSCPFD GMITETKGTV LIKTAEELMN FSKGEENLMD AQVKAIAGTG ANVIVTGGKV ADIALHYANK YNIMLVRLNS KWD LRRLCK TVGATALPKL TPPVQEEMGH CDSVYLSEVG DTQVVVFKHE KEDGAISTIV LRGSTDNLMD DIERAVDDGV NTFK VLTRD KRLVPGGGAT EIELAKQITS YGETCPGLEQ YAIKKFAEAF EAIPRALAEN SGVKANEVIS KLYSVHQEGN KNVGL DIEA EVPAVKDMLE ASILDTYLGK YWAIKLATNA AVTVLRVDQI IMAKPAGGPK PPSGKKDWDD DQND

UniProtKB: T-complex protein 1 subunit theta

+
分子 #9: Programmed cell death protein 5

分子名称: Programmed cell death protein 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 19.048205 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MASMTGGQQM GRGSMADEEL EALRKQRLAE LQAKHGDPGD AAQQEAKQRE AEMRNSILAQ VLDQSARAR LSNLALVKPE KTKAVENYLI QMARYGQLSG KVSEQGLIEI LEKVSQQTEK KTTVKFNRRK VMDSDEDDAD Y GSGDYKDD DDK

UniProtKB: Programmed cell death protein 5

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 57.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 15.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 9.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

32922

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.55 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 659930
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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