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- EMDB-63612: Arabidopsis thaliana CDC48A-NPL4-UFD1B (AtCNU) complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63612
タイトルArabidopsis thaliana CDC48A-NPL4-UFD1B (AtCNU) complex
マップデータSharpened map from Relion PostProcess. Used for final model refinements.
試料
  • 複合体: Ternary Complex of Arabidopsis thaliana CDC48A with NPL4 and UFD1
    • タンパク質・ペプチド: Cell division control protein 48 homolog A
    • タンパク質・ペプチド: NPL4-like protein 2
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
キーワードp97/VCP/CDC48 / AAA+ ATPase / Ubiquitin-proteasome / Unfoldase / PLANT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


pollen germination / pollen tube growth / regulation of response to oxidative stress / negative regulation of defense response / chloroplast outer membrane / phragmoplast / chloroplast membrane / plant-type cell wall / plasmodesma / mitotic spindle disassembly ...pollen germination / pollen tube growth / regulation of response to oxidative stress / negative regulation of defense response / chloroplast outer membrane / phragmoplast / chloroplast membrane / plant-type cell wall / plasmodesma / mitotic spindle disassembly / VCP-NPL4-UFD1 AAA ATPase complex / retrograde protein transport, ER to cytosol / regulation of proteolysis / autophagosome maturation / polyubiquitin modification-dependent protein binding / proteasomal protein catabolic process / lipid droplet / cytosolic ribosome / cellular response to reactive oxygen species / ubiquitin binding / protein destabilization / spindle / nuclear envelope / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / cell division / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / Golgi apparatus / ATP hydrolysis activity / protein-containing complex / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nuclear pore localisation protein Npl4, ubiquitin-like domain / Nuclear pore localisation protein NPL4 / Nuclear pore localisation protein NPL4, C-terminal / Nuclear protein localization protein 4 / NPL4 family / AAA ATPase, CDC48 family / Cell division protein 48 (CDC48), N-terminal domain / : / CDC48, N-terminal subdomain / Cell division protein 48 (CDC48) N-terminal domain ...Nuclear pore localisation protein Npl4, ubiquitin-like domain / Nuclear pore localisation protein NPL4 / Nuclear pore localisation protein NPL4, C-terminal / Nuclear protein localization protein 4 / NPL4 family / AAA ATPase, CDC48 family / Cell division protein 48 (CDC48), N-terminal domain / : / CDC48, N-terminal subdomain / Cell division protein 48 (CDC48) N-terminal domain / CDC48, domain 2 / Cell division protein 48 (CDC48), domain 2 / Cell division protein 48 (CDC48) domain 2 / CDC48 domain 2-like superfamily / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / MPN domain / MPN domain profile. / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / Ubiquitin-like domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
NPL4-like protein A / Cell division control protein 48 homolog A
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Huntington B / Arold ST
資金援助 サウジアラビア, 2件
OrganizationGrant number国
Other privateURF/1/4039-01-01 サウジアラビア
Other privateURF/1/4080-01-01 サウジアラビア
引用ジャーナル: Plant Commun / 年: 2026
タイトル: Cryo-EM structural analyses reveal plant-specific adaptations of the CDC48 unfoldase.
著者: Brandon Huntington / Anandsukeerthi Sandholu / Jun Wang / Junrui Zhang / Lingyun Zhao / Bilal M Qureshi / Umar F Shahul Hameed / Stefan T Arold /
要旨: Targeted protein degradation through the CDC48 unfoldase enables the maintenance and rapid adaptation of proteomes across eukaryotes. However, the substantial differences among animals, fungi, and ...Targeted protein degradation through the CDC48 unfoldase enables the maintenance and rapid adaptation of proteomes across eukaryotes. However, the substantial differences among animals, fungi, and plants presumably drove extensive adaptation of CDC48-mediated degradation. Although animal and fungal CDC48 systems have shown structural and functional preservation, comparable analysis has been lacking for plants. We determined the structural and functional characteristics of Arabidopsis thaliana CDC48A in multiple states and in complex with the target-identifying cofactors UFD1 and NPL4. Our analysis revealed several features that distinguish AtCDC48A from its animal and yeast counterparts despite 80% sequence identity. Key findings include that AtCDC48A exhibits distinct domain dynamics and engages AtNPL4 in a unique manner. Moreover, AtNPL4 and AtUFD1 do not form an obligate heterodimer; instead, AtNPL4 can independently bind to AtCDC48A and mediate target degradation, although their combined action is synergistic. An evolutionary analysis indicates that these Arabidopsis features are conserved across plants and represent the ancestral state of eukaryotic CDC48 systems. Collectively, our findings suggest that plant CDC48 retains a more modular and combinatorial mode of cofactor usage, highlighting a specific adaptation of targeted protein degradation in plants.
履歴
登録2025年3月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月29日-
マップ公開2025年10月29日-
更新2026年1月28日-
現状2026年1月28日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_63612.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63612.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map from Relion PostProcess. Used for final model refinements.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.17 Å/pix.
x 360 pix.
= 422.399 Å		1.17 Å/pix.
x 360 pix.
= 422.399 Å		1.17 Å/pix.
x 360 pix.
= 422.399 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.17333 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.005
最小 - 最大-0.050015908 - 0.07893134
平均 (標準偏差)0.00006719155 (±0.001024008)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 422.39877 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_63612_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: EMReady post-processed map for initial model building.

ファイルemd_63612_additional_1.map
注釈EMReady post-processed map for initial model building.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unsharpened map from Relion Refine3D

ファイルemd_63612_additional_2.map
注釈Unsharpened map from Relion Refine3D
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map 1

ファイルemd_63612_half_map_1.map
注釈Half Map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map 2

ファイルemd_63612_half_map_2.map
注釈Half Map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ternary Complex of Arabidopsis thaliana CDC48A with NPL4 and UFD1

全体名称: Ternary Complex of Arabidopsis thaliana CDC48A with NPL4 and UFD1
要素
  • 複合体: Ternary Complex of Arabidopsis thaliana CDC48A with NPL4 and UFD1
    • タンパク質・ペプチド: Cell division control protein 48 homolog A
    • タンパク質・ペプチド: NPL4-like protein 2
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

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超分子 #1: Ternary Complex of Arabidopsis thaliana CDC48A with NPL4 and UFD1

超分子名称: Ternary Complex of Arabidopsis thaliana CDC48A with NPL4 and UFD1
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
詳細: Equimolar concentrations of CDC48A, NPL4, and UFD1B were incubated with AMPPNP, crosslinked with glutaraldehyde, and purified through SEC with a buffer containing ATP.
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

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分子 #1: Cell division control protein 48 homolog A

分子名称: Cell division control protein 48 homolog A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 89.922844 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: GPLGSMSTPA ESSDSKSKKD FSTAILERKK SPNRLVVDEA INDDNSVVSL HPATMEKLQL FRGDTILIKG KKRKDTVCIA LADETCEEP KIRMNKVVRS NLRVRLGDVI SVHQCPDVKY GKRVHILPVD DTVEGVTGNL FDAYLKPYFL EAYRPVRKGD L FLVRGGMR ...文字列:
GPLGSMSTPA ESSDSKSKKD FSTAILERKK SPNRLVVDEA INDDNSVVSL HPATMEKLQL FRGDTILIKG KKRKDTVCIA LADETCEEP KIRMNKVVRS NLRVRLGDVI SVHQCPDVKY GKRVHILPVD DTVEGVTGNL FDAYLKPYFL EAYRPVRKGD L FLVRGGMR SVEFKVIETD PAEYCVVAPD TEIFCEGEPV KREDEERLDD VGYDDVGGVR KQMAQIRELV ELPLRHPQLF KS IGVKPPK GILLYGPPGS GKTLIARAVA NETGAFFFCI NGPEIMSKLA GESESNLRKA FEEAEKNAPS IIFIDEIDSI APK REKTNG EVERRIVSQL LTLMDGLKSR AHVIVMGATN RPNSIDPALR RFGRFDREID IGVPDEIGRL EVLRIHTKNM KLAE DVDLE RISKDTHGYV GADLAALCTE AALQCIREKM DVIDLEDDSI DAEILNSMAV TNEHFHTALG NSNPSALRET VVEVP NVSW NDIGGLENVK RELQETVQYP VEHPEKFEKF GMSPSKGVLF YGPPGCGKTL LAKAIANECQ ANFISVKGPE LLTMWF GES EANVREIFDK ARQSAPCVLF FDELDSIATQ RGGGSGGDGG GAADRVLNQL LTEMDGMNAK KTVFIIGATN RPDIIDS AL LRPGRLDQLI YIPLPDEDSR LNIFKAALRK SPIAKDVDIG ALAKYTQGFS GADITEICQR ACKYAIRENI EKDIEKEK R RSENPEAMEE DGVDEVSEIK AAHFEESMKY ARRSVSDADI RKYQAFAQTL QQSRGFGSEF RFENSAGSGA TTGVADPFA TSAAAAGDDD DLYN

UniProtKB: Cell division control protein 48 homolog A

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分子 #2: NPL4-like protein 2

分子名称: NPL4-like protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 46.634145 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: GPLGSMMMLR IRSRDGLERV TAEGAHITVS QLKTLIADQL QIPLHKQTLS TNRDLLLAKT PADLLAFTDL TDPNLPLSSL NLGHGSMLY LAYDGERSIP GAPPVTPAGS FGRKMTVDDL IARQMRVTRQ ETSHCDSVSF DRDAANAFQH YVNESLAFAV K RGGFMYGT ...文字列:
GPLGSMMMLR IRSRDGLERV TAEGAHITVS QLKTLIADQL QIPLHKQTLS TNRDLLLAKT PADLLAFTDL TDPNLPLSSL NLGHGSMLY LAYDGERSIP GAPPVTPAGS FGRKMTVDDL IARQMRVTRQ ETSHCDSVSF DRDAANAFQH YVNESLAFAV K RGGFMYGT VTEEGQVEVD FIYEPPQQGT EANLILMRDA DEEKRVDAIA MGLGMRRVGF IFNQTVVQDK TEYTLSNAEV LQ AAELHAE SELKEWVTAV VKLEVNEDGG ADVHFEAFQM SDMCIRLFKE EWFETEIMPD DDPKLSKMKK EVVVGVKDLK EVD NDFFLV LVRILDHQGP LSSTFPIENR SSRATMRALK THLDRAKSLP LVKKMSDFHL LLFVAQFLDV SSDVPALAEC VRLQ SPVPE GYALLIESMA NTC

UniProtKB: NPL4-like protein A

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分子 #3: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 6 / 式: ANP
分子量理論値: 506.196 Da
Chemical component information

ChemComp-ANP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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分子 #4: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 6 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #5: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 6 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMHEPESHEPES
150.0 mMNaClSodium Chloride
1.0 mMTCEPTCEP
100.0 uMATPAdenosine triphosphate
2.0 mMMgCl2Magnesium Chloride

詳細: Buffer for complex formation: 20 mM HEPES, 150 mM NaCl, 1 mM TCEP, 2 mM MgCl2, 2 mM AMPPNP. Buffer for SEC:20 mM HEPES, 150 mM NaCl, 1 mM TCEP, 2 mM MgCl2, 100 uM ATP.
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Equimolar concentrations of CDC48A, NPL4, and UFD1B were incubated with 2 mM AMPPNP, crosslinked with 0.025% glutaraldehyde, and purified through SEC with a buffer containing 100 uM ATP.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 15984 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 66.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 3421602
CTF補正ソフトウェア - 名称: RELION / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 199000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / ソフトウェア - 詳細: NU-Refinement / 詳細: NU-Refinement with C6 symmetry relaxation
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION / ソフトウェア - 詳細: Class3D w/o image alignments / 詳細: 3D Classification without alignment
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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