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- EMDB-63608: Arabidopsis thaliana CDC48A, nucleotide-free (Apo) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63608
タイトルArabidopsis thaliana CDC48A, nucleotide-free (Apo)
マップデータSharpened map from Relion PostProcess. Used for final model refinements.
試料
  • 複合体: Arabidopsis thaliana CDC48A, nucleotide-free (Apo)
    • タンパク質・ペプチド: Cell division control protein 48 homolog A
キーワードTargeted protein degradation / plant protein quality control / AAA+ ATPase / cryo-EM / adaptation / ubiquitin-proteasome system / PLANT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


pollen germination / pollen tube growth / regulation of response to oxidative stress / negative regulation of defense response / chloroplast outer membrane / phragmoplast / chloroplast membrane / plant-type cell wall / plasmodesma / mitotic spindle disassembly ...pollen germination / pollen tube growth / regulation of response to oxidative stress / negative regulation of defense response / chloroplast outer membrane / phragmoplast / chloroplast membrane / plant-type cell wall / plasmodesma / mitotic spindle disassembly / VCP-NPL4-UFD1 AAA ATPase complex / retrograde protein transport, ER to cytosol / regulation of proteolysis / autophagosome maturation / polyubiquitin modification-dependent protein binding / proteasomal protein catabolic process / lipid droplet / cytosolic ribosome / cellular response to reactive oxygen species / protein destabilization / spindle / nuclear envelope / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / cell division / nucleolus / Golgi apparatus / ATP hydrolysis activity / protein-containing complex / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
AAA ATPase, CDC48 family / Cell division protein 48 (CDC48), N-terminal domain / : / CDC48, N-terminal subdomain / Cell division protein 48 (CDC48) N-terminal domain / CDC48, domain 2 / Cell division protein 48 (CDC48), domain 2 / Cell division protein 48 (CDC48) domain 2 / CDC48 domain 2-like superfamily / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily ...AAA ATPase, CDC48 family / Cell division protein 48 (CDC48), N-terminal domain / : / CDC48, N-terminal subdomain / Cell division protein 48 (CDC48) N-terminal domain / CDC48, domain 2 / Cell division protein 48 (CDC48), domain 2 / Cell division protein 48 (CDC48) domain 2 / CDC48 domain 2-like superfamily / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell division control protein 48 homolog A
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Huntington B / Arold ST
資金援助 サウジアラビア, 2件
OrganizationGrant number国
Other privateURF/1/4039-01-01 サウジアラビア
Other privateURF/1/4080-01-01 サウジアラビア
引用ジャーナル: Plant Commun / 年: 2026
タイトル: Cryo-EM structural analyses reveal plant-specific adaptations of the CDC48 unfoldase.
著者: Brandon Huntington / Anandsukeerthi Sandholu / Jun Wang / Junrui Zhang / Lingyun Zhao / Bilal M Qureshi / Umar F Shahul Hameed / Stefan T Arold /
要旨: Targeted protein degradation through the CDC48 unfoldase enables the maintenance and rapid adaptation of proteomes across eukaryotes. However, the substantial differences among animals, fungi, and ...Targeted protein degradation through the CDC48 unfoldase enables the maintenance and rapid adaptation of proteomes across eukaryotes. However, the substantial differences among animals, fungi, and plants presumably drove extensive adaptation of CDC48-mediated degradation. Although animal and fungal CDC48 systems have shown structural and functional preservation, comparable analysis has been lacking for plants. We determined the structural and functional characteristics of Arabidopsis thaliana CDC48A in multiple states and in complex with the target-identifying cofactors UFD1 and NPL4. Our analysis revealed several features that distinguish AtCDC48A from its animal and yeast counterparts despite 80% sequence identity. Key findings include that AtCDC48A exhibits distinct domain dynamics and engages AtNPL4 in a unique manner. Moreover, AtNPL4 and AtUFD1 do not form an obligate heterodimer; instead, AtNPL4 can independently bind to AtCDC48A and mediate target degradation, although their combined action is synergistic. An evolutionary analysis indicates that these Arabidopsis features are conserved across plants and represent the ancestral state of eukaryotic CDC48 systems. Collectively, our findings suggest that plant CDC48 retains a more modular and combinatorial mode of cofactor usage, highlighting a specific adaptation of targeted protein degradation in plants.
履歴
登録2025年3月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月29日-
マップ公開2025年10月29日-
更新2026年1月28日-
現状2026年1月28日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_63608.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63608.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map from Relion PostProcess. Used for final model refinements.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 320 pix.
= 332.8 Å		1.04 Å/pix.
x 320 pix.
= 332.8 Å		1.04 Å/pix.
x 320 pix.
= 332.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.004
最小 - 最大-0.029720299 - 0.05270368
平均 (標準偏差)0.00008109617 (±0.0010323644)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 332.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_63608_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: EMReady post-processed map for initial model building

ファイルemd_63608_additional_1.map
注釈EMReady post-processed map for initial model building
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map 1

ファイルemd_63608_half_map_1.map
注釈Half Map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map 2

ファイルemd_63608_half_map_2.map
注釈Half Map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Arabidopsis thaliana CDC48A, nucleotide-free (Apo)

全体名称: Arabidopsis thaliana CDC48A, nucleotide-free (Apo)
要素
  • 複合体: Arabidopsis thaliana CDC48A, nucleotide-free (Apo)
    • タンパク質・ペプチド: Cell division control protein 48 homolog A

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超分子 #1: Arabidopsis thaliana CDC48A, nucleotide-free (Apo)

超分子名称: Arabidopsis thaliana CDC48A, nucleotide-free (Apo) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

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分子 #1: Cell division control protein 48 homolog A

分子名称: Cell division control protein 48 homolog A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: GST Tag / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 89.922844 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: GPLGSMSTPA ESSDSKSKKD FSTAILERKK SPNRLVVDEA INDDNSVVSL HPATMEKLQL FRGDTILIKG KKRKDTVCIA LADETCEEP KIRMNKVVRS NLRVRLGDVI SVHQCPDVKY GKRVHILPVD DTVEGVTGNL FDAYLKPYFL EAYRPVRKGD L FLVRGGMR ...文字列:
GPLGSMSTPA ESSDSKSKKD FSTAILERKK SPNRLVVDEA INDDNSVVSL HPATMEKLQL FRGDTILIKG KKRKDTVCIA LADETCEEP KIRMNKVVRS NLRVRLGDVI SVHQCPDVKY GKRVHILPVD DTVEGVTGNL FDAYLKPYFL EAYRPVRKGD L FLVRGGMR SVEFKVIETD PAEYCVVAPD TEIFCEGEPV KREDEERLDD VGYDDVGGVR KQMAQIRELV ELPLRHPQLF KS IGVKPPK GILLYGPPGS GKTLIARAVA NETGAFFFCI NGPEIMSKLA GESESNLRKA FEEAEKNAPS IIFIDEIDSI APK REKTNG EVERRIVSQL LTLMDGLKSR AHVIVMGATN RPNSIDPALR RFGRFDREID IGVPDEIGRL EVLRIHTKNM KLAE DVDLE RISKDTHGYV GADLAALCTE AALQCIREKM DVIDLEDDSI DAEILNSMAV TNEHFHTALG NSNPSALRET VVEVP NVSW NDIGGLENVK RELQETVQYP VEHPEKFEKF GMSPSKGVLF YGPPGCGKTL LAKAIANECQ ANFISVKGPE LLTMWF GES EANVREIFDK ARQSAPCVLF FDELDSIATQ RGGGSGGDGG GAADRVLNQL LTEMDGMNAK KTVFIIGATN RPDIIDS AL LRPGRLDQLI YIPLPDEDSR LNIFKAALRK SPIAKDVDIG ALAKYTQGFS GADITEICQR ACKYAIRENI EKDIEKEK R RSENPEAMEE DGVDEVSEIK AAHFEESMKY ARRSVSDADI RKYQAFAQTL QQSRGFGSEF RFENSAGSGA TTGVADPFA TSAAAAGDDD DLYN

UniProtKB: Cell division control protein 48 homolog A

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMHEPESHEPES
150.0 mMNaClSodium Chloride
1.0 mMTCEPTCEP
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1263 / 平均露光時間: 5.6 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 210000
CTF補正ソフトウェア - 名称: RELION / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: CryoSPARC Ab initio
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 73000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類クラス数: 6 / 詳細: 3D Classification without Alignment
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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