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- EMDB-63168: The structure of Lhcb8-C2S2 PSII-LHCII supercomplex from Arabidop... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63168
タイトルThe structure of Lhcb8-C2S2 PSII-LHCII supercomplex from Arabidopsis thaliana
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of the Lhcb8-C2S2 PSII-LHCII supercomplex from Arabidopsis thaliana
    • タンパク質・ペプチド: x 22種
  • リガンド: x 17種
キーワードPhotosystem II / light harvesting / photoacclimation / stress-induced antennae / cryo-EM / PHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


photosynthesis, light harvesting in photosystem II / photosystem II antenna complex / PSII associated light-harvesting complex II / response to desiccation / photoinhibition / nonphotochemical quenching / cellular response to abscisic acid stimulus / cellular response to water deprivation / response to red light / plastid thylakoid membrane ...photosynthesis, light harvesting in photosystem II / photosystem II antenna complex / PSII associated light-harvesting complex II / response to desiccation / photoinhibition / nonphotochemical quenching / cellular response to abscisic acid stimulus / cellular response to water deprivation / response to red light / plastid thylakoid membrane / chloroplast stromal thylakoid / response to low light intensity stimulus / thylakoid lumen / plastoglobule / regulation of stomatal closure / response to high light intensity / thylakoid membrane / response to far red light / chloroplast thylakoid / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / vacuolar transport / thylakoid / photosynthesis, light harvesting / chloroplast thylakoid lumen / apoplast / photosystem II oxygen evolving complex / photosystem II assembly / response to fructose / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / chloroplast envelope / photosystem II / plant-type vacuole / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosystem I / photosynthetic electron transport chain / photosystem II / response to herbicide / poly(U) RNA binding / plastid / chloroplast stroma / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis, light reaction / chloroplast thylakoid membrane / phosphate ion binding / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / : / response to light stimulus / photosynthesis / response to cold / chloroplast / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / protein domain specific binding / mRNA binding / heme binding / Golgi apparatus / mitochondrion / metal ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Photosystem II 5kDa protein, chloroplastic / Photosystem II PsbW, class 2 / Photosystem II reaction centre W protein (PsbW) / Snf7 family / Snf7 / Photosystem II PsbJ / Photosystem II PsbJ superfamily / PsbJ / Photosystem II PsbO, manganese-stabilising / Manganese-stabilising protein / photosystem II polypeptide ...Photosystem II 5kDa protein, chloroplastic / Photosystem II PsbW, class 2 / Photosystem II reaction centre W protein (PsbW) / Snf7 family / Snf7 / Photosystem II PsbJ / Photosystem II PsbJ superfamily / PsbJ / Photosystem II PsbO, manganese-stabilising / Manganese-stabilising protein / photosystem II polypeptide / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II PsbM superfamily / Photosystem II PsbM / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily / YCF9 / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) / Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily / Photosystem II PsbT superfamily / Photosystem II reaction centre T protein / PsbL protein / Photosystem II PsbK / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II PsbK superfamily / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II 4 kDa reaction centre component / Photosystem II PsbI / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II PsbI superfamily / Photosystem II reaction centre I protein (PSII 4.8 kDa protein) / Photosystem II reaction centre protein H / Photosystem II reaction centre protein H superfamily / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Photosystem II protein D1 / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / : / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
(thale cress) hypothetical protein / Chlorophyll a-b binding protein 2, chloroplastic / Oxygen-evolving enhancer protein 1-1, chloroplastic / Photosystem II D2 protein / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II CP43 reaction center protein / Cytochrome b559 subunit alpha / Photosystem II reaction center protein H / Photosystem II reaction center protein J / Photosystem II reaction center protein K ...(thale cress) hypothetical protein / Chlorophyll a-b binding protein 2, chloroplastic / Oxygen-evolving enhancer protein 1-1, chloroplastic / Photosystem II D2 protein / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II CP43 reaction center protein / Cytochrome b559 subunit alpha / Photosystem II reaction center protein H / Photosystem II reaction center protein J / Photosystem II reaction center protein K / Photosystem II reaction center protein Z / Photosystem II reaction center protein L / Photosystem II reaction center protein T / Cytochrome b559 subunit beta / Photosystem II reaction center protein I / Photosystem II reaction center protein M / Photosystem II protein D1 / Photosystem II reaction center W protein, chloroplastic / Photosystem II 5 kDa protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein 2.2, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein CP29.3, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein CP26, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Zhou Q / Caferri R / Shan JY / Amelii A / Bassi R / Liu ZF
資金援助European Union, 中国, 3件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)European Union
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
Chinese Academy of Sciences 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: A stress-induced paralog of Lhcb4 controls the photosystem II functional architecture in Arabidopsis thaliana.
著者: Roberto Caferri / Qian Zhou / Luca Dall'Osto / Antonello Amelii / Jianyu Shan / Zhenfeng Liu / Roberto Bassi /
要旨: Photosystem II (PSII) is the pigment-protein complex catalysing light-induced water oxidation. In Arabidopsis thaliana, it includes three Lhcb4-6 proteins linking the core complex to peripheral ...Photosystem II (PSII) is the pigment-protein complex catalysing light-induced water oxidation. In Arabidopsis thaliana, it includes three Lhcb4-6 proteins linking the core complex to peripheral trimeric antennae. While Lhcb5 and Lhcb6 are encoded by single genes, Lhcb4 is encoded by three isoforms: Lhcb4.1 and Lhcb4.2, constitutively expressed, and Lhcb4.3 (Lhcb8), which accumulates under prolonged abiotic stress. Lhcb8 substitutes for Lhcb4, preventing Lhcb6 accumulation and resulting in a smaller PSII with high quantum yield. Cryo-electron microscopy reveals that Lhcb8 has a shorter carboxy-terminal domain, lacks two chlorophylls, and interacts more tightly with the PSII core, inducing structural changes in the PSII antenna system, ultimately inhibiting the formation of PSII arrays and favouring plastoquinone diffusion. We suggest that dynamic Lhcb4 vs Lhcb8 expression allows for PSII acclimation to contrasting light conditions, offering the potential for engineering crops with improved light use efficiency.
履歴
登録2025年1月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月18日-
マップ公開2025年6月18日-
更新2025年8月13日-
現状2025年8月13日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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添付画像

emd_63168.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63168.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.06 Å/pix.
x 360 pix.
= 381.6 Å		1.06 Å/pix.
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= 381.6 Å		1.06 Å/pix.
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表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.0
最小 - 最大-16.318643999999999 - 28.356195
平均 (標準偏差)-0.012282694 (±1.0484877)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 381.59998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of the Lhcb8-C2S2 PSII-LHCII supercomplex from ...

全体名称: Cryo-EM structure of the Lhcb8-C2S2 PSII-LHCII supercomplex from Arabidopsis thaliana
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of the Lhcb8-C2S2 PSII-LHCII supercomplex from Arabidopsis thaliana
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II protein D1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II CP47 reaction center protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II CP43 reaction center protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II D2 protein
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b559 subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b559 subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein 2, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein H
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein J
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein K
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein L
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein M
    • タンパク質・ペプチド: Oxygen-evolving enhancer protein 1-1, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein CP26, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein T
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II 5 kDa protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center W protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: (thale cress) hypothetical protein
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein 2.2, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein Z
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein CP29.3, chloroplastic
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: PHEOPHYTIN A
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
  • リガンド: BICARBONATE ION
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: FE (II) ION
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE
  • リガンド: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: CHLOROPHYLL B
  • リガンド: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL
  • リガンド: RRR-ALPHA-TOCOPHERYLQUINONE

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超分子 #1: Cryo-EM structure of the Lhcb8-C2S2 PSII-LHCII supercomplex from ...

超分子名称: Cryo-EM structure of the Lhcb8-C2S2 PSII-LHCII supercomplex from Arabidopsis thaliana
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#22
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

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分子 #1: Photosystem II protein D1

分子名称: Photosystem II protein D1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem II
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 38.961277 KDa
配列文字列: MTAILERRES ESLWGRFCNW ITSTENRLYI GWFGVLMIPT LLTATSVFII AFIAAPPVDI DGIREPVSGS LLYGNNIISG AIIPTSAAI GLHFYPIWEA ASVDEWLYNG GPYELIVLHF LLGVACYMGR EWELSFRLGM RPWIAVAYSA PVAAATAVFL I YPIGQGSF ...文字列:
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UniProtKB: Photosystem II protein D1

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分子 #2: Photosystem II CP47 reaction center protein

分子名称: Photosystem II CP47 reaction center protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 56.091824 KDa
配列文字列: MGLPWYRVHT VVLNDPGRLL AVHIMHTALV AGWAGSMALY ELAVFDPSDP VLDPMWRQGM FVIPFMTRLG ITNSWGGWNI TGGTITNPG LWSYEGVAGA HIVFSGLCFL AAIWHWVYWD LEIFCDERTG KPSLDLPKIF GIHLFLSGVA CFGFGAFHVT G LYGPGIWV ...文字列:
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UniProtKB: Photosystem II CP47 reaction center protein

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分子 #3: Photosystem II CP43 reaction center protein

分子名称: Photosystem II CP43 reaction center protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 51.9155 KDa
配列文字列: MKTLYSLRRF YHVETLFNGT LALAGRDQET TGFAWWAGNA RLINLSGKLL GAHVAHAGLI VFWAGAMNLF EVAHFVPEKP MYEQGLILL PHLATLGWGV GPGGEVIDTF PYFVSGVLHL ISSAVLGFGG IYHALLGPET LEESFPFFGY VWKDRNKMTT I LGIHLILL ...文字列:
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UniProtKB: Photosystem II CP43 reaction center protein

+
分子 #4: Photosystem II D2 protein

分子名称: Photosystem II D2 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem II
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 39.575281 KDa
配列文字列: MTIALGKFTK DEKDLFDIMD DWLRRDRFVF VGWSGLLLFP CAYFALGGWF TGTTFVTSWY THGLASSYLE GCNFLTAAVS TPANSLAHS LLLLWGPEAQ GDFTRWCQLG GLWAFVALHG AFALIGFMLR QFELARSVQL RPYNAIAFSG PIAVFVSVFL I YPLGQSGW ...文字列:
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UniProtKB: Photosystem II D2 protein

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分子 #5: Cytochrome b559 subunit alpha

分子名称: Cytochrome b559 subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 9.393501 KDa
配列文字列:
MSGSTGERSF ADIITSIRYW VIHSITIPSL FIAGWLFVST GLAYDVFGSP RPNEYFTESR QGIPLITGRF DSLEQLDEFS RSF

UniProtKB: Cytochrome b559 subunit alpha

+
分子 #6: Cytochrome b559 subunit beta

分子名称: Cytochrome b559 subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 4.428228 KDa
配列文字列:
MTIDRTYPIF TVRWLAVHGL AVPTVSFLGS ISAMQFIQR

UniProtKB: Cytochrome b559 subunit beta

+
分子 #7: Chlorophyll a-b binding protein 2, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein 2, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 28.250984 KDa
配列文字列: MAASTMALSS PAFAGKAVNL SPAASEVLGS GRVTMRKTVA KPKGPSGSPW YGSDRVKYLG PFSGESPSYL TGEFPGDYGW DTAGLSADP ETFARNRELE VIHSRWAMLG ALGCVFPELL ARNGVKFGEA VWFKAGSQIF SDGGLDYLGN PSLVHAQSIL A IWATQVIL ...文字列:
MAASTMALSS PAFAGKAVNL SPAASEVLGS GRVTMRKTVA KPKGPSGSPW YGSDRVKYLG PFSGESPSYL TGEFPGDYGW DTAGLSADP ETFARNRELE VIHSRWAMLG ALGCVFPELL ARNGVKFGEA VWFKAGSQIF SDGGLDYLGN PSLVHAQSIL A IWATQVIL MGAVEGYRVA GNGPLGEAED LLYPGGSFDP LGLATDPEAF AELKVKELKN GRLAMFSMFG FFVQAIVTGK GP IENLADH LADPVNNNAW AFATNFVPGK

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein 2, chloroplastic

+
分子 #8: Photosystem II reaction center protein H

分子名称: Photosystem II reaction center protein H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 7.706887 KDa
配列文字列:
MATQTVEDSS RSGPRSTTVG KLLKPLNSEY GKVAPGWGTT PLMGVAMALF AVFLSIILEI YNSSVLLDGI SVN

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein H

+
分子 #9: Photosystem II reaction center protein I

分子名称: Photosystem II reaction center protein I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 4.170891 KDa
配列文字列:
MLTLKLFVYT VVIFFVSLFI FGFLSNDPGR NPGREE

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein I

+
分子 #10: Photosystem II reaction center protein J

分子名称: Photosystem II reaction center protein J / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 4.117832 KDa
配列文字列:
MADTTGRIPL WVIGTVAGIL VIGLIGIFFY GSYSGLGSSL

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein J

+
分子 #11: Photosystem II reaction center protein K

分子名称: Photosystem II reaction center protein K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 6.977381 KDa
配列文字列:
MLNIFNLICI FFNSTLFSST FLVAKLPEAY AFLNPIVDVM PVIPLFFLLL AFVWQAAVSF R

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein K

+
分子 #12: Photosystem II reaction center protein L

分子名称: Photosystem II reaction center protein L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 4.471075 KDa
配列文字列:
MTQSNPNEQS VELNRTSLYW GLLLIFVLAV LFSNYFFN

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein L

+
分子 #13: Photosystem II reaction center protein M

分子名称: Photosystem II reaction center protein M / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 3.783538 KDa
配列文字列:
MEVNILAFIA TALFILVPTA FLLIIYVKTV SQND

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein M

+
分子 #14: Oxygen-evolving enhancer protein 1-1, chloroplastic

分子名称: Oxygen-evolving enhancer protein 1-1, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 35.180262 KDa
配列文字列: MAASLQSTAT FLQSAKIATA PSRGSSHLRS TQAVGKSFGL ETSSARLTCS FQSDFKDFTG KCSDAVKIAG FALATSALVV SGASAEGAP KRLTYDEIQS KTYMEVKGTG TANQCPTIDG GSETFSFKPG KYAGKKFCFE PTSFTVKADS VSKNAPPEFQ N TKLMTRLT ...文字列:
MAASLQSTAT FLQSAKIATA PSRGSSHLRS TQAVGKSFGL ETSSARLTCS FQSDFKDFTG KCSDAVKIAG FALATSALVV SGASAEGAP KRLTYDEIQS KTYMEVKGTG TANQCPTIDG GSETFSFKPG KYAGKKFCFE PTSFTVKADS VSKNAPPEFQ N TKLMTRLT YTLDEIEGPF EVASDGSVNF KEEDGIDYAA VTVQLPGGER VPFLFTVKQL DASGKPDSFT GKFLVPSYRG SS FLDPKGR GGSTGYDNAV ALPAGGRGDE EELVKENVKN TAASVGEITL KVTKSKPETG EVIGVFESLQ PSDTDLGAKV PKD VKIQGV WYGQLE

UniProtKB: Oxygen-evolving enhancer protein 1-1, chloroplastic

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分子 #15: Chlorophyll a-b binding protein CP26, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein CP26, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 30.187576 KDa
配列文字列: MASLGVSEML GTPLNFRAVS RSSAPLASSP STFKTVALFS KKKPAPAKSK AVSETSDELA KWYGPDRRIF LPDGLLDRSE IPEYLNGEV AGDYGYDPFG LGKKPENFAK YQAFELIHAR WAMLGAAGFI IPEALNKYGA NCGPEAVWFK TGALLLDGNT L NYFGKNIP ...文字列:
MASLGVSEML GTPLNFRAVS RSSAPLASSP STFKTVALFS KKKPAPAKSK AVSETSDELA KWYGPDRRIF LPDGLLDRSE IPEYLNGEV AGDYGYDPFG LGKKPENFAK YQAFELIHAR WAMLGAAGFI IPEALNKYGA NCGPEAVWFK TGALLLDGNT L NYFGKNIP INLVLAVVAE VVLLGGAEYY RITNGLDFED KLHPGGPFDP LGLAKDPEQG ALLKVKEIKN GRLAMFAMLG FF IQAYVTG EGPVENLAKH LSDPFGNNLL TVIAGTAERA PTL

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein CP26, chloroplastic

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分子 #16: Photosystem II reaction center protein T

分子名称: Photosystem II reaction center protein T / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 3.825642 KDa
配列文字列:
MEALVYTFLL VSTLGIIFFA IFFREPPKIS TKK

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein T

+
分子 #17: Photosystem II 5 kDa protein, chloroplastic

分子名称: Photosystem II 5 kDa protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 11.042852 KDa
配列文字列:
MASMTMTATF FPAVAKVPSA TGGRRLSVVR ASTSDNTPSL EVKEQSSTTM RRDLMFTAAA AAVCSLAKVA MAEEEEPKRG TEAAKKKYA QVCVTMPTAK ICRY

UniProtKB: Photosystem II 5 kDa protein, chloroplastic

+
分子 #18: Photosystem II reaction center W protein, chloroplastic

分子名称: Photosystem II reaction center W protein, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 13.685823 KDa
配列文字列:
MASFTASAST VSAARPALLL KPTVAISAPV LGLPPMGKKK GGVRCSMETK QGNVSVMGAG VSAAATAALT AVMSNPAMAL VDERMSTEG TGLPFGLSNN LLGWILFGVF GLIWTFFFVY TSSLEEDEES GLSL

UniProtKB: Photosystem II reaction center W protein, chloroplastic

+
分子 #19: (thale cress) hypothetical protein

分子名称: (thale cress) hypothetical protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 11.826013 KDa
配列文字列:
MASTSAMSLV TPLNQTRSSP FLKPLPLKPS KALVATGGRA QRLQVKALKM DKALTGISAA ALTASMVIPE IAEAAGSGIS PSLKNFLLS IASGGLVLTV IIGVVVGVSN FDPVKRT

UniProtKB: (thale cress) hypothetical protein

+
分子 #20: Chlorophyll a-b binding protein 2.2, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein 2.2, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 28.644432 KDa
配列文字列: MATSAIQQSS FAGQTALKPS SDLIQKVGVL GGGRVTMRRT VKSTPQSIWY GPDRPKYLGP FSENTPSYLT GEYPGDYGWD TAGLSADPE TFAKNRELEV IHSRWAMLGA LGCTFPEILS KNGVKFGEAV WFKAGSQIFS EGGLDYLGNP NLIHAQSILA I WAVQVVLM ...文字列:
MATSAIQQSS FAGQTALKPS SDLIQKVGVL GGGRVTMRRT VKSTPQSIWY GPDRPKYLGP FSENTPSYLT GEYPGDYGWD TAGLSADPE TFAKNRELEV IHSRWAMLGA LGCTFPEILS KNGVKFGEAV WFKAGSQIFS EGGLDYLGNP NLIHAQSILA I WAVQVVLM GFIEGYRIGG GPLGEGLDPL YPGGAFDPLN LAEDPEAFSE LKVKELKNGR LAMFSMFGFF VQAIVTGKGP IE NLFDHLA DPVANNAWSY ATNFVPGK

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein 2.2, chloroplastic

+
分子 #21: Photosystem II reaction center protein Z

分子名称: Photosystem II reaction center protein Z / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 6.569768 KDa
配列文字列:
MTIAFQLAVF ALIITSSILL ISVPVVFASP DGWSSNKNVV FSGTSLWIGL VFLVGILNSL IS

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein Z

+
分子 #22: Chlorophyll a-b binding protein CP29.3, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein CP29.3, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 22
詳細: A 4*glycine followed by a 6*HisTAG was added to the C-terminal of the protein
コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 31.297531 KDa
組換発現生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
配列文字列: MATTTAAAAS GIFGIRIQDP RPGTGRVQAR FGFSFGKKKP APPPKKSRQV QDDGDRLVWF PGANPPEWLD GSMIGDRGFD PFGLGKPAE YLQYDFDGLD QNLAKNVAGD IIGIIQESSE IKPTPFQPYT EVFGIQRFRE CELIHGRWAM LGTLGAIAVE A LTGIAWQD ...文字列:
MATTTAAAAS GIFGIRIQDP RPGTGRVQAR FGFSFGKKKP APPPKKSRQV QDDGDRLVWF PGANPPEWLD GSMIGDRGFD PFGLGKPAE YLQYDFDGLD QNLAKNVAGD IIGIIQESSE IKPTPFQPYT EVFGIQRFRE CELIHGRWAM LGTLGAIAVE A LTGIAWQD AGKVELVEGS SYLGQPLPFS LTTLIWIEVL VVGYIEFQRN SELDPEKRIY PGGYFDPLGL AADPEKLDTL KL AEIKHSR LAMVAFLIFA LQAAFTGKGP VSFLATFNNG GGGHHHHHH

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein CP29.3, chloroplastic

+
分子 #23: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 154 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #24: PHEOPHYTIN A

分子名称: PHEOPHYTIN A / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 4 / 式: PHO
分子量理論値: 871.2 Da
Chemical component information

ChemComp-PHO:
PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略)

+
分子 #25: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 20 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / 9,13-cis-β-カロテン

+
分子 #26: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

分子名称: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 8 / 式: SQD
分子量理論値: 795.116 Da
Chemical component information

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル

+
分子 #27: BICARBONATE ION

分子名称: BICARBONATE ION / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 2 / 式: BCT
分子量理論値: 61.017 Da
Chemical component information

ChemComp-BCT:
BICARBONATE ION / オキシラトぎ酸 / pH緩衝剤*YM

+
分子 #28: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 8 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
分子 #29: FE (II) ION

分子名称: FE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 2 / 式: FE2
分子量理論値: 55.845 Da

+
分子 #30: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 14 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #31: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 28 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

+
分子 #32: DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE

分子名称: DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE / タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 6 / 式: DMU
分子量理論値: 482.562 Da
Chemical component information

ChemComp-DMU:
DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE / デシルβ-マルトシド / 可溶化剤*YM

+
分子 #33: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,...

分子名称: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE
タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 2 / 式: PL9
分子量理論値: 749.201 Da
Chemical component information

ChemComp-PL9:
2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE

+
分子 #34: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 2 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

+
分子 #35: CHLOROPHYLL B

分子名称: CHLOROPHYLL B / タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 50 / 式: CHL
分子量理論値: 907.472 Da
Chemical component information

ChemComp-CHL:
CHLOROPHYLL B

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分子 #36: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

分子名称: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 18 / 式: LUT
分子量理論値: 568.871 Da
Chemical component information

ChemComp-LUT:
(3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

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分子 #37: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BE...

分子名称: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 8 / 式: XAT
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-XAT:
(3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / 13-cis-ビオラキサンチン

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分子 #38: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY...

分子名称: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5- ...名称: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL
タイプ: ligand / ID: 38 / コピー数: 10 / 式: NEX
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-NEX:
(1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL

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分子 #39: RRR-ALPHA-TOCOPHERYLQUINONE

分子名称: RRR-ALPHA-TOCOPHERYLQUINONE / タイプ: ligand / ID: 39 / コピー数: 2 / 式: VTQ
分子量理論値: 446.706 Da
Chemical component information

ChemComp-VTQ:
RRR-ALPHA-TOCOPHERYLQUINONE / α-トコフェロ-ルキノン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7oui

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 104217
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る