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- PDB-9lk4: Cryo-EM structure of Lhcb4.1-C2S2 PSII-LHCII supercomplex from Ar... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 9lk4
タイトルCryo-EM structure of Lhcb4.1-C2S2 PSII-LHCII supercomplex from Arabidopsis thaliana
要素
  • (Chlorophyll a-b binding protein ...) x 4
  • (Cytochrome b559 subunit ...) x 2
  • (Photosystem II ...) x 14
  • (thale cress) hypothetical protein
  • Oxygen-evolving enhancer protein 1-1, chloroplastic
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Photosystem II / light harvesting / photoacclimation / stress-induced antennae / cryo-EM
機能・相同性
機能・相同性情報


photosynthesis, light harvesting in photosystem II / photosystem II antenna complex / PSII associated light-harvesting complex II / response to desiccation / photoinhibition / nonphotochemical quenching / cellular response to abscisic acid stimulus / cellular response to water deprivation / response to red light / plastid thylakoid membrane ...photosynthesis, light harvesting in photosystem II / photosystem II antenna complex / PSII associated light-harvesting complex II / response to desiccation / photoinhibition / nonphotochemical quenching / cellular response to abscisic acid stimulus / cellular response to water deprivation / response to red light / plastid thylakoid membrane / chloroplast stromal thylakoid / response to low light intensity stimulus / thylakoid lumen / plastoglobule / regulation of stomatal closure / response to high light intensity / thylakoid membrane / response to far red light / chloroplast thylakoid / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / vacuolar transport / thylakoid / photosynthesis, light harvesting / chloroplast thylakoid lumen / apoplast / photosystem II oxygen evolving complex / photosystem II assembly / response to fructose / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / chloroplast envelope / photosystem II / plant-type vacuole / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosystem I / photosynthetic electron transport chain / photosystem II / response to herbicide / poly(U) RNA binding / plastid / chloroplast stroma / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis, light reaction / chloroplast thylakoid membrane / phosphate ion binding / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / : / response to light stimulus / photosynthesis / response to cold / chloroplast / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / protein domain specific binding / mRNA binding / heme binding / mitochondrion / metal ion binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Photosystem II 5kDa protein, chloroplastic / Photosystem II PsbW, class 2 / Photosystem II reaction centre W protein (PsbW) / Snf7 family / Snf7 / Photosystem II PsbJ / Photosystem II PsbJ superfamily / PsbJ / Photosystem II PsbO, manganese-stabilising / Manganese-stabilising protein / photosystem II polypeptide ...Photosystem II 5kDa protein, chloroplastic / Photosystem II PsbW, class 2 / Photosystem II reaction centre W protein (PsbW) / Snf7 family / Snf7 / Photosystem II PsbJ / Photosystem II PsbJ superfamily / PsbJ / Photosystem II PsbO, manganese-stabilising / Manganese-stabilising protein / photosystem II polypeptide / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II PsbM superfamily / Photosystem II PsbM / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily / YCF9 / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) / Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily / Photosystem II PsbT superfamily / Photosystem II reaction centre T protein / PsbL protein / Photosystem II PsbK / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II PsbK superfamily / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II 4 kDa reaction centre component / Photosystem II PsbI / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II PsbI superfamily / Photosystem II reaction centre I protein (PSII 4.8 kDa protein) / Photosystem II reaction centre protein H / Photosystem II reaction centre protein H superfamily / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Photosystem II protein D1 / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / : / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-CAROTENE / BICARBONATE ION / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-LUT ...BETA-CAROTENE / BICARBONATE ION / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-LUT / Chem-NEX / PHEOPHYTIN A / Chem-PL9 / Chem-SQD / Chem-XAT / (thale cress) hypothetical protein / Chlorophyll a-b binding protein 2, chloroplastic / Oxygen-evolving enhancer protein 1-1, chloroplastic / Photosystem II D2 protein / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II CP43 reaction center protein / Cytochrome b559 subunit alpha / Photosystem II reaction center protein H / Photosystem II reaction center protein J / Photosystem II reaction center protein K / Photosystem II reaction center protein Z / Photosystem II reaction center protein L / Photosystem II reaction center protein T / Cytochrome b559 subunit beta / Photosystem II reaction center protein I / Photosystem II reaction center protein M / Photosystem II protein D1 / Chlorophyll a-b binding protein CP29.1, chloroplastic / Photosystem II reaction center W protein, chloroplastic / Photosystem II 5 kDa protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein 2.2, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein CP26, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Zhou, Q. / Caferri, R. / Shan, J.Y. / Amelii, A. / Bassi, R. / Liu, Z.F.
資金援助European Union, 中国, 3件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)European Union
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
Chinese Academy of Sciences 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: A stress-induced paralog of Lhcb4 controls the photosystem II functional architecture in Arabidopsis thaliana.
著者: Roberto Caferri / Qian Zhou / Luca Dall'Osto / Antonello Amelii / Jianyu Shan / Zhenfeng Liu / Roberto Bassi /
要旨: Photosystem II (PSII) is the pigment-protein complex catalysing light-induced water oxidation. In Arabidopsis thaliana, it includes three Lhcb4-6 proteins linking the core complex to peripheral ...Photosystem II (PSII) is the pigment-protein complex catalysing light-induced water oxidation. In Arabidopsis thaliana, it includes three Lhcb4-6 proteins linking the core complex to peripheral trimeric antennae. While Lhcb5 and Lhcb6 are encoded by single genes, Lhcb4 is encoded by three isoforms: Lhcb4.1 and Lhcb4.2, constitutively expressed, and Lhcb4.3 (Lhcb8), which accumulates under prolonged abiotic stress. Lhcb8 substitutes for Lhcb4, preventing Lhcb6 accumulation and resulting in a smaller PSII with high quantum yield. Cryo-electron microscopy reveals that Lhcb8 has a shorter carboxy-terminal domain, lacks two chlorophylls, and interacts more tightly with the PSII core, inducing structural changes in the PSII antenna system, ultimately inhibiting the formation of PSII arrays and favouring plastoquinone diffusion. We suggest that dynamic Lhcb4 vs Lhcb8 expression allows for PSII acclimation to contrasting light conditions, offering the potential for engineering crops with improved light use efficiency.
履歴
登録2025年1月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月18日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月18日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月18日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年8月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _em_admin.last_update
改定 1.22025年8月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Photosystem II protein D1
B: Photosystem II CP47 reaction center protein
C: Photosystem II CP43 reaction center protein
D: Photosystem II D2 protein
E: Cytochrome b559 subunit alpha
F: Cytochrome b559 subunit beta
G: Chlorophyll a-b binding protein 2, chloroplastic
H: Photosystem II reaction center protein H
I: Photosystem II reaction center protein I
J: Photosystem II reaction center protein J
K: Photosystem II reaction center protein K
L: Photosystem II reaction center protein L
M: Photosystem II reaction center protein M
N: Chlorophyll a-b binding protein 2, chloroplastic
O: Oxygen-evolving enhancer protein 1-1, chloroplastic
R: Chlorophyll a-b binding protein CP29.1, chloroplastic
T: Photosystem II reaction center protein T
U: Photosystem II 5 kDa protein, chloroplastic
W: Photosystem II reaction center W protein, chloroplastic
X: (thale cress) hypothetical protein
Y: Chlorophyll a-b binding protein 2.2, chloroplastic
Z: Photosystem II reaction center protein Z
a: Photosystem II protein D1
b: Photosystem II CP47 reaction center protein
c: Photosystem II CP43 reaction center protein
d: Photosystem II D2 protein
e: Cytochrome b559 subunit alpha
f: Cytochrome b559 subunit beta
g: Chlorophyll a-b binding protein 2, chloroplastic
h: Photosystem II reaction center protein H
i: Photosystem II reaction center protein I
j: Photosystem II reaction center protein J
k: Photosystem II reaction center protein K
l: Photosystem II reaction center protein L
m: Photosystem II reaction center protein M
n: Chlorophyll a-b binding protein 2, chloroplastic
o: Oxygen-evolving enhancer protein 1-1, chloroplastic
r: Chlorophyll a-b binding protein CP29.1, chloroplastic
t: Photosystem II reaction center protein T
u: Photosystem II 5 kDa protein, chloroplastic
w: Photosystem II reaction center W protein, chloroplastic
x: (thale cress) hypothetical protein
y: Chlorophyll a-b binding protein 2.2, chloroplastic
z: Photosystem II reaction center protein Z
S: Chlorophyll a-b binding protein CP26, chloroplastic
s: Chlorophyll a-b binding protein CP26, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,182,946368
ポリマ－922,57046
非ポリマー260,377322
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

-
Photosystem II ... , 14種, 28分子 AaBbCcDdHhIiJjKkLlMmTtUuWwZz

#1: タンパク質 Photosystem II protein D1 / PSII D1 protein / Photosystem II Q(B) protein


分子量: 38961.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P83755, photosystem II
#2: タンパク質 Photosystem II CP47 reaction center protein / PSII 47 kDa protein / Protein CP-47


分子量: 56091.824 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P56777
#3: タンパク質 Photosystem II CP43 reaction center protein / PSII 43 kDa protein / Protein CP-43


分子量: 51915.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P56778
#4: タンパク質 Photosystem II D2 protein / PSII D2 protein / Photosystem Q(A) protein


分子量: 39575.281 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P56761, photosystem II
#8: タンパク質 Photosystem II reaction center protein H / PSII-H / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein


分子量: 7706.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P56780
#9: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein I / PSII-I / PSII 4.8 kDa protein


分子量: 4170.891 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P62100
#10: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein J / PSII-J


分子量: 4117.832 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P56781
#11: タンパク質 Photosystem II reaction center protein K / PSII-K


分子量: 6977.381 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P56782
#12: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein L / PSII-L


分子量: 4471.075 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P60129
#13: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein M / PSII-M


分子量: 3783.538 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P62109
#16: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein T / PSII-T


分子量: 3825.642 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P61839
#17: タンパク質 Photosystem II 5 kDa protein, chloroplastic / PSII-T / Nuclear encoded psbT / PsbTn


分子量: 11042.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q39195
#18: タンパク質 Photosystem II reaction center W protein, chloroplastic / PSII 6.1 kDa protein


分子量: 13685.823 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q39194
#21: タンパク質 Photosystem II reaction center protein Z / PSII-Z


分子量: 6569.768 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P56790

-
Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 4分子 EeFf

#5: タンパク質 Cytochrome b559 subunit alpha / PSII reaction center subunit V


分子量: 9393.501 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P56779
#6: タンパク質・ペプチド Cytochrome b559 subunit beta / PSII reaction center subunit VI


分子量: 4428.228 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P62095

-
Chlorophyll a-b binding protein ... , 4種, 10分子 GNgnRrYySs

#7: タンパク質
Chlorophyll a-b binding protein 2, chloroplastic / Chlorophyll a-b protein 165 / CAB-165 / LHCII type I CAB-2


分子量: 28250.984 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P0CJ48
#15: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein CP29.1, chloroplastic / LHCB4.1 / LHCII protein 4.1


分子量: 32227.412 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: A 4*glycine followed by a 6*HisTAG was added to the C-terminal of the protein
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: LHCB4.1, At5g01530, F7A7_50 / 発現宿主: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) / 参照: UniProt: Q07473
#20: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein 2.2, chloroplastic / Photosystem II light harvesting complex gene 2.2 / Protein LIGHT-HARVESTING CHLOROPHYLL B-BINDING 2.2


分子量: 28644.432 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9S7J7
#22: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein CP26, chloroplastic / LHCB5 / LHCIIc / Light-harvesting complex II protein 5


分子量: 30187.576 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9XF89

-
タンパク質 , 2種, 4分子 OoXx

#14: タンパク質 Oxygen-evolving enhancer protein 1-1, chloroplastic / OEE1 / 33 kDa subunit of oxygen evolving system of photosystem II / 33 kDa thylakoid membrane ...OEE1 / 33 kDa subunit of oxygen evolving system of photosystem II / 33 kDa thylakoid membrane protein / Manganese-stabilizing protein 1 / MSP-1 / OEC 33 kDa subunit


分子量: 35180.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P23321
#19: タンパク質 (thale cress) hypothetical protein


分子量: 11826.013 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: A0A7G2E9B1

-
糖 , 1種, 6分子

#28: 糖
ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15

-
非ポリマー , 14種, 316分子

#23: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#24: 化合物
ChemComp-PHO / PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略)


分子量: 871.200 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74N4O5
#25: 化合物
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / 9,13-cis-β-カロテン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#26: 化合物
ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル


分子量: 795.116 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S
#27: 化合物
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#29: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#30: 化合物...
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#31: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / オキシラトぎ酸


分子量: 61.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#32: 化合物 ChemComp-PL9 / 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE / PLASTOQUINONE 9


分子量: 749.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C53H80O2
#33: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#34: 化合物...
ChemComp-CHL / CHLOROPHYLL B


分子量: 907.472 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H70MgN4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#35: 化合物
ChemComp-LUT / (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / (3R,3'R)-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / LUTEIN


分子量: 568.871 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#36: 化合物
ChemComp-NEX / (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL / (3S,5R,6R,3'S,5'R,6'S)-5',6'-EPOXY-6,7-DIDEHYDRO- 5,6,5',6'-TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,5,3'-TRIOL / 9'-CIS-NEOXANTHIN


分子量: 600.870 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#37: 化合物
ChemComp-XAT / (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / VIOLAXANTHIN / 13-cis-ビオラキサンチン


分子量: 600.870 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Cryo-EM structure of the Lhcb8-C2S2 PSII-LHCII supercomplex from Arabidopsis thaliana
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#21 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 67864 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 3.1 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00773724
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.428103196
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d18.84912818
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0989446
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0113460

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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