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基本情報
登録情報 | ![]() | ||||||||||||
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タイトル | Structure of Western equine encephalitis virus 71V1658 strain VLP in complex with human PCDH10 EC1 | ||||||||||||
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![]() | Western Equine Encephalitis virus / WEEV / PCDH10 / EC1 / receptor / complex / glycoprotein / VIRAL PROTEIN | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() T=4 icosahedral viral capsid / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / nervous system development / postsynaptic membrane / host cell cytoplasm / cell adhesion / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / calcium ion binding ...T=4 icosahedral viral capsid / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / nervous system development / postsynaptic membrane / host cell cytoplasm / cell adhesion / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / calcium ion binding / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / glutamatergic synapse / structural molecule activity / proteolysis / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||||||||
![]() | Cao D / Ma B / Cao Z / Zhang X / Xiang Y | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis for the recognition of two different types of receptors by Western equine encephalitis virus. 著者: Bingting Ma / Ziyi Cao / Weijia Ding / Xinzheng Zhang / Ye Xiang / Duanfang Cao / ![]() 要旨: Western equine encephalitis virus (WEEV) enters cells via various receptors. Here, we report the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of WEEV in complex with its receptors PCDH10 and very-low- ...Western equine encephalitis virus (WEEV) enters cells via various receptors. Here, we report the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of WEEV in complex with its receptors PCDH10 and very-low-density lipoprotein receptor (VLDLR). Structural analysis shows that PCDH10 binds in the cleft formed by adjacent E2-E1 heterodimers of WEEV through its EC1 ectodomain. Residues of viral envelope proteins involved in the interactions with PCDH10 EC1 are unique to WEEV. The strain-specific receptor VLDLR binds WEEV strain McMillan through two consecutive ecto-LDLR class A (LA) repeats. LA1-2, LA2-3, LA3-4, LA4-5, and LA5-6 of VLDLR all have detectable interactions with WEEV. Detailed structures of WEEV in complex with LA1-2 and LA2-3 show that the N-terminal LA repeat binds in the cleft and that the C-terminal LA repeat is attached to the E2 B domain. The acquisition of a single E2 mutation (V265F) allows WEEV strain 71V-1658, originally unable to bind VLDLR, to gain this receptor-binding ability. The binding of VLDLR to WEEV is in a mode different from those of other alphaviruses. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 4.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 21.1 KB 21.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 133.2 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 30.5 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 6.6 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 23.1 MB 23.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 825.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 825.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 9l1nMC ![]() 9l99C ![]() 9l9aC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.34 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_62749_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_62749_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Western equine encephalitis virus strain 71V1658 VLP in complex w...
全体 | 名称: Western equine encephalitis virus strain 71V1658 VLP in complex with its receptor PCDH10 EC1 at the asymmetric unit |
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要素 |
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-超分子 #1: Western equine encephalitis virus strain 71V1658 VLP in complex w...
超分子 | 名称: Western equine encephalitis virus strain 71V1658 VLP in complex with its receptor PCDH10 EC1 at the asymmetric unit タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() 株: strian 71V1658 |
-分子 #1: E1 glycoprotein
分子 | 名称: E1 glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() 株: 71V1658 |
分子量 | 理論値: 47.326781 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: FEHATTVPNV PGIPYKALVE RAGYAPLNLE ITVVSSELTP STNKEYVTCK FHTVIPSPQV KCCGSLECKA SSKADYTCRV FGGVYPFMW GGAQCFCDSE NTQLSEAYVE FAPDCTIDHA VALKVHTAAL KVGLRIVYGN TTAHLDTFVN GVTPGSSRDL K VIAGPISA ...文字列: FEHATTVPNV PGIPYKALVE RAGYAPLNLE ITVVSSELTP STNKEYVTCK FHTVIPSPQV KCCGSLECKA SSKADYTCRV FGGVYPFMW GGAQCFCDSE NTQLSEAYVE FAPDCTIDHA VALKVHTAAL KVGLRIVYGN TTAHLDTFVN GVTPGSSRDL K VIAGPISA AFSPFDHKVV IRKGLVYNYD FPEYGAMKPG AFGDIQASSL DATDIVARTD IRLLKPSVKN IHVPYTQAVS GY EMWKNNS GRPLQETAPF GCKIEVEPLR ASNCAYGHIP ISIDIPDAAF VRSSESPTIL EVSCTVADCI YSADFGGSLT LQY KADREG HCPVHSHSTT AVLKEATTHV TAVGSITLHF STSSPQANFI VSLCGKKSTC NAECKPPADH IIGEPHKVDQ EFQA AVSKT SWNWLLALFG GASSLIVVGL IVLVCSSMLI NTRR UniProtKB: Structural polyprotein |
-分子 #2: E2 glycoprotein
分子 | 名称: E2 glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() 株: 71V1658 |
分子量 | 理論値: 46.218676 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: SITDDFTLTS PYLGFCPYCR HSTPCFSPIK IENVWDESDD GSIRIQVSAQ FGYNQAGTAD VTKFRYMSFD HDHDIKEDSM EKIAISTSG PCRRLGHKGY FLLAQCPPGD SVTVSITSGA SENSCTVEKK IRRKFVGREE YLFPPVHGKL VKCHVYDHLK E TSAGYITM ...文字列: SITDDFTLTS PYLGFCPYCR HSTPCFSPIK IENVWDESDD GSIRIQVSAQ FGYNQAGTAD VTKFRYMSFD HDHDIKEDSM EKIAISTSG PCRRLGHKGY FLLAQCPPGD SVTVSITSGA SENSCTVEKK IRRKFVGREE YLFPPVHGKL VKCHVYDHLK E TSAGYITM HRPGPHAYKS YLEEASGEVY IKPPSGKNVT YECKCGDYST GIVSTRTKMN GCTKAKQCIA YKSDQTKWVF NS PDLIRHT DHSVQGKLHI PFRLTPTVCP VPLAHTPTVT KWFKGITLHL TAMRPTLLTT RKLGLRADAT AEWITGSTSR NFS VGREGL EYVWGNHEPV RVWAQESAPG DPHGWPHEII IHYYHRHPVY TVIVLCGVAL AILVGTASSA ACIAKARRDC LTPY ALAPN ATVPTALAVL C UniProtKB: Structural polyprotein |
-分子 #3: Capsid glycoprotein
分子 | 名称: Capsid glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() 株: 71V1658 |
分子量 | 理論値: 16.409549 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: KTFPIMLNGQ VNGYACVVGG RLMKPLHVEG KIDNEQLAAV KLKKASMYDL EYGDVPQNMK SDTLQYTSDK PPGFYNWHHG AVQYENGRF TVPRGVGGKG DSGRPILDNR GRVVAIVLGG ANEGTRTALS VVTWNQKGVT IRDTPEGSEP W UniProtKB: Structural polyprotein |
-分子 #4: Protocadherin-10
分子 | 名称: Protocadherin-10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 10.866193 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: QLHYTVQEEQ EHGTFVGNIA EDLGLDITKL SARGFQTVPN SRTPYLDLNL ETGVLYVNEK IDREQICKQS PSCVLHLEVF LENPLELFQ VEIEVL UniProtKB: Protocadherin-10 |
-分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 8 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.7 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |