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万見
- EMDB-62749: Structure of Western equine encephalitis virus 71V1658 strain VLP... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-62749
タイトルStructure of Western equine encephalitis virus 71V1658 strain VLP in complex with human PCDH10 EC1
マップデータ
試料
  • 複合体: Western equine encephalitis virus strain 71V1658 VLP in complex with its receptor PCDH10 EC1 at the asymmetric unit
    • タンパク質・ペプチド: E1 glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: E2 glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Capsid glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Protocadherin-10
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードWestern Equine Encephalitis virus / WEEV / PCDH10 / EC1 / receptor / complex / glycoprotein / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


T=4 icosahedral viral capsid / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / nervous system development / postsynaptic membrane / host cell cytoplasm / cell adhesion / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / calcium ion binding ...T=4 icosahedral viral capsid / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / nervous system development / postsynaptic membrane / host cell cytoplasm / cell adhesion / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / calcium ion binding / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / glutamatergic synapse / proteolysis / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cadherin, cytoplasmic C-terminal domain / Cadherin cytoplasmic C-terminal / Cadherin, N-terminal / Cadherin-like / : / Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein ...Cadherin, cytoplasmic C-terminal domain / Cadherin cytoplasmic C-terminal / Cadherin, N-terminal / Cadherin-like / : / Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus core protein (CP) domain profile. / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / Cadherin repeats. / Cadherin domain / Cadherin-like / Cadherins domain profile. / Cadherin-like superfamily / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Immunoglobulin E-set / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Structural polyprotein / Protocadherin-10
類似検索 - 構成要素
生物種Western equine encephalitis virus (西部ウマ脳炎ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Cao D / Ma B / Cao Z / Zhang X / Xiang Y
資金援助 中国, 3件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China) 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
Chinese Academy of Sciences 中国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2025
タイトル: Structural basis for the recognition of two different types of receptors by Western equine encephalitis virus.
著者: Bingting Ma / Ziyi Cao / Weijia Ding / Xinzheng Zhang / Ye Xiang / Duanfang Cao /
要旨: Western equine encephalitis virus (WEEV) enters cells via various receptors. Here, we report the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of WEEV in complex with its receptors PCDH10 and very-low- ...Western equine encephalitis virus (WEEV) enters cells via various receptors. Here, we report the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of WEEV in complex with its receptors PCDH10 and very-low-density lipoprotein receptor (VLDLR). Structural analysis shows that PCDH10 binds in the cleft formed by adjacent E2-E1 heterodimers of WEEV through its EC1 ectodomain. Residues of viral envelope proteins involved in the interactions with PCDH10 EC1 are unique to WEEV. The strain-specific receptor VLDLR binds WEEV strain McMillan through two consecutive ecto-LDLR class A (LA) repeats. LA1-2, LA2-3, LA3-4, LA4-5, and LA5-6 of VLDLR all have detectable interactions with WEEV. Detailed structures of WEEV in complex with LA1-2 and LA2-3 show that the N-terminal LA repeat binds in the cleft and that the C-terminal LA repeat is attached to the E2 B domain. The acquisition of a single E2 mutation (V265F) allows WEEV strain 71V-1658, originally unable to bind VLDLR, to gain this receptor-binding ability. The binding of VLDLR to WEEV is in a mode different from those of other alphaviruses.
履歴
登録2024年12月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月4日-
マップ公開2025年6月4日-
更新2025年7月16日-
現状2025年7月16日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_62749.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_62749.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.34 Å/pix.
x 200 pix.
= 268. Å		1.34 Å/pix.
x 200 pix.
= 268. Å		1.34 Å/pix.
x 200 pix.
= 268. Å

表面

投影像

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断面 (2/3)

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.34 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.015
最小 - 最大-0.21461155 - 0.30328432
平均 (標準偏差)0.0003529073 (±0.00827676)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 268.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_62749_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_62749_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_62749_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Western equine encephalitis virus strain 71V1658 VLP in complex w...

全体名称: Western equine encephalitis virus strain 71V1658 VLP in complex with its receptor PCDH10 EC1 at the asymmetric unit
要素
  • 複合体: Western equine encephalitis virus strain 71V1658 VLP in complex with its receptor PCDH10 EC1 at the asymmetric unit
    • タンパク質・ペプチド: E1 glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: E2 glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Capsid glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Protocadherin-10
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Western equine encephalitis virus strain 71V1658 VLP in complex w...

超分子名称: Western equine encephalitis virus strain 71V1658 VLP in complex with its receptor PCDH10 EC1 at the asymmetric unit
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Western equine encephalitis virus (西部ウマ脳炎ウイルス)
株: strian 71V1658

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分子 #1: E1 glycoprotein

分子名称: E1 glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Western equine encephalitis virus (西部ウマ脳炎ウイルス)
株: 71V1658
分子量理論値: 47.326781 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: FEHATTVPNV PGIPYKALVE RAGYAPLNLE ITVVSSELTP STNKEYVTCK FHTVIPSPQV KCCGSLECKA SSKADYTCRV FGGVYPFMW GGAQCFCDSE NTQLSEAYVE FAPDCTIDHA VALKVHTAAL KVGLRIVYGN TTAHLDTFVN GVTPGSSRDL K VIAGPISA ...文字列:
FEHATTVPNV PGIPYKALVE RAGYAPLNLE ITVVSSELTP STNKEYVTCK FHTVIPSPQV KCCGSLECKA SSKADYTCRV FGGVYPFMW GGAQCFCDSE NTQLSEAYVE FAPDCTIDHA VALKVHTAAL KVGLRIVYGN TTAHLDTFVN GVTPGSSRDL K VIAGPISA AFSPFDHKVV IRKGLVYNYD FPEYGAMKPG AFGDIQASSL DATDIVARTD IRLLKPSVKN IHVPYTQAVS GY EMWKNNS GRPLQETAPF GCKIEVEPLR ASNCAYGHIP ISIDIPDAAF VRSSESPTIL EVSCTVADCI YSADFGGSLT LQY KADREG HCPVHSHSTT AVLKEATTHV TAVGSITLHF STSSPQANFI VSLCGKKSTC NAECKPPADH IIGEPHKVDQ EFQA AVSKT SWNWLLALFG GASSLIVVGL IVLVCSSMLI NTRR

UniProtKB: Structural polyprotein

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分子 #2: E2 glycoprotein

分子名称: E2 glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Western equine encephalitis virus (西部ウマ脳炎ウイルス)
株: 71V1658
分子量理論値: 46.218676 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: SITDDFTLTS PYLGFCPYCR HSTPCFSPIK IENVWDESDD GSIRIQVSAQ FGYNQAGTAD VTKFRYMSFD HDHDIKEDSM EKIAISTSG PCRRLGHKGY FLLAQCPPGD SVTVSITSGA SENSCTVEKK IRRKFVGREE YLFPPVHGKL VKCHVYDHLK E TSAGYITM ...文字列:
SITDDFTLTS PYLGFCPYCR HSTPCFSPIK IENVWDESDD GSIRIQVSAQ FGYNQAGTAD VTKFRYMSFD HDHDIKEDSM EKIAISTSG PCRRLGHKGY FLLAQCPPGD SVTVSITSGA SENSCTVEKK IRRKFVGREE YLFPPVHGKL VKCHVYDHLK E TSAGYITM HRPGPHAYKS YLEEASGEVY IKPPSGKNVT YECKCGDYST GIVSTRTKMN GCTKAKQCIA YKSDQTKWVF NS PDLIRHT DHSVQGKLHI PFRLTPTVCP VPLAHTPTVT KWFKGITLHL TAMRPTLLTT RKLGLRADAT AEWITGSTSR NFS VGREGL EYVWGNHEPV RVWAQESAPG DPHGWPHEII IHYYHRHPVY TVIVLCGVAL AILVGTASSA ACIAKARRDC LTPY ALAPN ATVPTALAVL C

UniProtKB: Structural polyprotein

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分子 #3: Capsid glycoprotein

分子名称: Capsid glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Western equine encephalitis virus (西部ウマ脳炎ウイルス)
株: 71V1658
分子量理論値: 16.409549 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
KTFPIMLNGQ VNGYACVVGG RLMKPLHVEG KIDNEQLAAV KLKKASMYDL EYGDVPQNMK SDTLQYTSDK PPGFYNWHHG AVQYENGRF TVPRGVGGKG DSGRPILDNR GRVVAIVLGG ANEGTRTALS VVTWNQKGVT IRDTPEGSEP W

UniProtKB: Structural polyprotein

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分子 #4: Protocadherin-10

分子名称: Protocadherin-10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 10.866193 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QLHYTVQEEQ EHGTFVGNIA EDLGLDITKL SARGFQTVPN SRTPYLDLNL ETGVLYVNEK IDREQICKQS PSCVLHLEVF LENPLELFQ VEIEVL

UniProtKB: Protocadherin-10

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 8 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 516874
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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