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- EMDB-62691: The local refined map of SARS-CoV-2 EG.5.1 Variant Spike protein ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-62691
タイトルThe local refined map of SARS-CoV-2 EG.5.1 Variant Spike protein complexed with antibody XGi-203
マップデータ
試料
  • 複合体: EG.5.1 spike protein (S) in complex with antibody XGi-203
    • 複合体: XGi-203 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: XGi-203 heavy chain
    • 複合体: XGi-203 light chain
      • タンパク質・ペプチド: XGi-203 light chain
    • 複合体: EG.5.1 Spike glycoprotein
      • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
キーワードSpike-antibody complex / VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated disruption of host tissue / Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular region / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / positive regulation of viral entry into host cell ...symbiont-mediated disruption of host tissue / Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular region / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / positive regulation of viral entry into host cell / membrane fusion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / Attachment and Entry / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / endocytosis involved in viral entry into host cell / receptor ligand activity / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / virion membrane / membrane / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.28 Å
データ登録者Qiu YN / Sun L
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
National Key Research and Development Program2021YFC2302500 中国
R&D Program of Guangzhou LaboratorySRPG22-003 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Orphan broadly RBD-binding antibodies annotate three remaining conserved RBD epitopes along SARS-CoV-2 evolution.
著者: Minxiang Xie / Yinong Qiu / Xiaoyu Zhao / Jialu Shi / Yuanchen Liu / Qingsong Zhang / Jiaying He / Jiayan Li / Luotian Liu / Siyuan Sun / Yuzhen Zhu / Qiyu Mao / Yiming Long / Thiago Y ...著者: Minxiang Xie / Yinong Qiu / Xiaoyu Zhao / Jialu Shi / Yuanchen Liu / Qingsong Zhang / Jiaying He / Jiayan Li / Luotian Liu / Siyuan Sun / Yuzhen Zhu / Qiyu Mao / Yiming Long / Thiago Y Oliveira / Zijun Wang / Yunjiao Zhou / Yan Yan / Anqi Xia / Wenjing Zai / Christian T Mayer / Youhua Xie / Shibo Jiang / Lu Lu / Rong Xia / Fan Wu / Lei Sun / Pengfei Wang / Hin Chu / Qiao Wang /
要旨: The receptor-binding domain (RBD) of the SARS-CoV-2 spike (S) protein continues to evolve, facilitating antibody evasion. It remains unclear whether any conserved RBD epitopes persist across SARS-CoV- ...The receptor-binding domain (RBD) of the SARS-CoV-2 spike (S) protein continues to evolve, facilitating antibody evasion. It remains unclear whether any conserved RBD epitopes persist across SARS-CoV-2 variants and whether vaccination and/or breakthrough infection (BTI) can elicit antibodies capable of targeting these conserved regions to counter future variants. Here, using a heterogeneous double-bait single B-cell sorting strategy, we identify a subset of antibodies with broad-spectrum RBD binding, including recognition of SARS-CoV-1 and emerging variants such as EG.5.1, BA.2.86, JN.1, and KP.2/3. These broadly binding antibodies (bbAbs) exhibit elevated levels of somatic hypermutation but are infrequently derived from clonally expanded B lymphocytes. Passive transfer of representative bbAbs reduces viral infection in a male hamster model. Structural analyses reveals that these bbAbs primarily target three distinct, highly conserved RBD epitopes, suggesting potential regions of future mutational pressure and highlighting the presence of conserved and immunogenic RBD conformations that may serve as a foundation for the development of broadly protective vaccines.
履歴
登録2024年12月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月10日-
マップ公開2025年12月10日-
更新2025年12月10日-
現状2025年12月10日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_62691.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_62691.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.93 Å/pix.
x 320 pix.
= 298.24 Å		0.93 Å/pix.
x 320 pix.
= 298.24 Å		0.93 Å/pix.
x 320 pix.
= 298.24 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.932 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.01
最小 - 最大-0.0028077313 - 2.0461957
平均 (標準偏差)0.0011208254 (±0.022022657)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 298.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_62691_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_62691_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : EG.5.1 spike protein (S) in complex with antibody XGi-203

全体名称: EG.5.1 spike protein (S) in complex with antibody XGi-203
要素
  • 複合体: EG.5.1 spike protein (S) in complex with antibody XGi-203
    • 複合体: XGi-203 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: XGi-203 heavy chain
    • 複合体: XGi-203 light chain
      • タンパク質・ペプチド: XGi-203 light chain
    • 複合体: EG.5.1 Spike glycoprotein
      • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein

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超分子 #1: EG.5.1 spike protein (S) in complex with antibody XGi-203

超分子名称: EG.5.1 spike protein (S) in complex with antibody XGi-203
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

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超分子 #2: XGi-203 heavy chain

超分子名称: XGi-203 heavy chain / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: XGi-203 light chain

超分子名称: XGi-203 light chain / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #4: EG.5.1 Spike glycoprotein

超分子名称: EG.5.1 Spike glycoprotein / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

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分子 #1: Spike glycoprotein

分子名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
株: Omicron/EG.5.1
分子量理論値: 143.147594 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MPMGSLQPLA TLYLLGMLVA SVLAQCVNLI TRTQSYTNSF TRGVYYPDKV FRSSVLHSTH DLFLPFFSNV TWFHAIHVSG TNGTKRFDN PALPFNDGVY FASTEKSNII RGWIFGTTLD SKTQSLLIVN NATNVVIKVC EFQFCNDPFL DVYQKNNKSW M ESEFRVYS ...文字列:
MPMGSLQPLA TLYLLGMLVA SVLAQCVNLI TRTQSYTNSF TRGVYYPDKV FRSSVLHSTH DLFLPFFSNV TWFHAIHVSG TNGTKRFDN PALPFNDGVY FASTEKSNII RGWIFGTTLD SKTQSLLIVN NATNVVIKVC EFQFCNDPFL DVYQKNNKSW M ESEFRVYS SANNCTFEYV SQPFLMDLEG KEGNFKNLRE FVFKNIDGYF KIYSKHTPIN LERDLPQGFS ALEPLVDLPI GI NITRFQT LLALHRSYLT PVDSSSGWTA GAAAYYVGYL QPRTFLLKYN ENGTITDAVD CALDPLSETK CTLKSFTVEK GIY QTSNFR VQPTESIVRF PNITNLCPFH EVFNATTFAS VYAWNRKRIS NCVADYSVIY NFAPFFAFKC YGVSPTKLND LCFT NVYAD SFVIRGNEVS QIAPGQTGNI ADYNYKLPDD FTGCVIAWNS NKLDSKPSGN YNYLYRLLRK SKLKPFERDI STEIY QAGN KPCNGVAGPN CYSPLQSYGF RPTYGVGHQP YRVVVLSFEL LHAPATVCGP KKSTNLVKNK CVNFNFNGLT GTGVLT ESN KKFLPFQQFG RDIADTTDAV RDPQTLEILD ITPCSFGGVS VITPGTNTSN QVAVLYQGVN CTEVPVAIHA DQLTPTW RV YSTGSNVFQT RAGCLIGAEY VNNSYECDIP IGAGICASYQ TQTKSHGSAS SVASQSIIAY TMSLGAENSV AYSNNSIA I PTNFTISVTT EILPVSMTKT SVDCTMYICG DSTECSNLLL QYGSFCTQLK RALTGIAVEQ DKNTQEVFAQ VKQIYKTPP IKYFGGFNFS QILPDPSKPS KRSPIEDLLF NKVTLADAGF IKQYGDCLGD IAARDLICAQ KFNGLTVLPP LLTDEMIAQY TSALLAGTI TSGWTFGAGP ALQIPFPMQM AYRFNGIGVT QNVLYENQKL IANQFNSAIG KIQDSLSSTP SALGKLQDVV N HNAQALNT LVKQLSSKFG AISSVLNDIL SRLDPPEAEV QIDRLITGRL QSLQTYVTQQ LIRAAEIRAS ANLAATKMSE CV LGQSKRV DFCGKGYHLM SFPQSAPHGV VFLHVTYVPA QEKNFTTAPA ICHDGKAHFP REGVFVSNGT HWFVTQRNFY EPQ IITTDN TFVSGNCDVV IGIVNNTVYD PLQPELDSFK EELDKYFKNH TSPDVDLGDI SGINASVVNI QKEIDRLNEV AKNL NESLI DLQELGKYEQ GSGYIPEAPR DGQAYVRKDG EWVFLSTFLS GLEVLFQGPG GWSHPQFEKG GGSGGGSGGS AWSHP QFEK GGSHHHHHHH H

UniProtKB: Spike glycoprotein

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分子 #2: XGi-203 light chain

分子名称: XGi-203 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.255408 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EFMLTQPHSV SESPEMTVTI SCTGSSGSIA DNYVQWYQQR PGSAPTTVIY ENYQRPSGVP NRFSGSIDSS SNSASLTISG LKTEDEADY YCQSYDNSNV AVFGGGTQLT VLGQPKAAPS VTLFPPSSEE LQANKATLVC LISDFYPGAV TVAWKADSSP V KAGVETTT ...文字列:
EFMLTQPHSV SESPEMTVTI SCTGSSGSIA DNYVQWYQQR PGSAPTTVIY ENYQRPSGVP NRFSGSIDSS SNSASLTISG LKTEDEADY YCQSYDNSNV AVFGGGTQLT VLGQPKAAPS VTLFPPSSEE LQANKATLVC LISDFYPGAV TVAWKADSSP V KAGVETTT PSKQSNNKYA ASSYLSLTPE QWKSHRSYSC QVTHEGSTVE KTVAPTECS

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分子 #3: XGi-203 heavy chain

分子名称: XGi-203 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 49.637832 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLQESGPG LVSPSQTLSL TCTVSGGSIR NEVYYWSWIR QPPGKGLEWI GYIHYSGNTY YNPSLKSRVA ISVDTSKNQF SLKLNSVTA ADTAVYYCAR VSVGGRLVST FDYWGQGTLV TVASASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA ...文字列:
QVQLQESGPG LVSPSQTLSL TCTVSGGSIR NEVYYWSWIR QPPGKGLEWI GYIHYSGNTY YNPSLKSRVA ISVDTSKNQF SLKLNSVTA ADTAVYYCAR VSVGGRLVST FDYWGQGTLV TVASASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA LTSGVHTFPA VLQSSGLYSL SSVVTVPSSS LGTQTYICNV NHKPSNTKVD KRVEPKSCDK THTCPPCPAP EL LGGPSVF LFPPKPKDTL MISRTPEVTC VVVDVSHEDP EVKFNWYVDG VEVHNAKTKP REEQYNSTYR VVSVLTVLHQ DWL NGKEYK CKVSNKALPA PIEKTISKAK GQPREPQVYT LPPSREEMTK NQVSLTCLVK GFYPSDIAVE WESNGQPENN YKTT PPVLD SDGSFFLYSK LTVDKSRWQQ GNVFSCSVMH EALHNHYTQK SLSLSPGK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.28 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 32232
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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