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万見
- EMDB-6258: Electron cryo-microscopy of the G protein effector, PDE6 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6258
タイトルElectron cryo-microscopy of the G protein effector, PDE6
マップデータ3D reconstruction of the complex of the phosphodiesterase of rod photoreceptor cells (PDE6) with Ros-1 Fab (PDE6-Fab). C2 symmetry was imposed during the reconstruction.
試料
  • 試料: Bovine rod PDE6 holoenzyme in complex with the Fab fragment from the ROS-1 monoclonal antibody
  • タンパク質・ペプチド: Rod cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase
  • タンパク質・ペプチド: monoclonal antibody Fab fragment of ROS-1
キーワードphosphodiesterase / photoreceptor.
機能・相同性
機能・相同性情報


cGMP effects / Smooth Muscle Contraction / RHOBTB1 GTPase cycle / cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / GMP catabolic process / cellular response to macrophage colony-stimulating factor stimulus / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase / cellular response to cGMP / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade ...cGMP effects / Smooth Muscle Contraction / RHOBTB1 GTPase cycle / cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / GMP catabolic process / cellular response to macrophage colony-stimulating factor stimulus / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase / cellular response to cGMP / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / Activation of the phototransduction cascade / positive regulation of vascular permeability / ion binding / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / response to stimulus / negative regulation of vascular permeability / establishment of endothelial barrier / negative regulation of cAMP-mediated signaling / regulation of mitochondrion organization / Ca2+ pathway / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / photoreceptor outer segment membrane / cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of cGMP-mediated signaling / cGMP-mediated signaling / cGMP catabolic process / cGMP binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / regulation of cAMP-mediated signaling / visual perception / cAMP-mediated signaling / synaptic membrane / photoreceptor disc membrane / positive regulation of inflammatory response / cellular response to mechanical stimulus / presynaptic membrane / mitochondrial outer membrane / mitochondrial inner membrane / molecular adaptor activity / mitochondrial matrix / positive regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / signal transduction / protein homodimerization activity / zinc ion binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Retinal cGMP phosphodiesterase, gamma subunit / Retinal cGMP phosphodiesterase, gamma subunit superfamily / Retinal cGMP phosphodiesterase, gamma subunit / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / GAF domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. ...Retinal cGMP phosphodiesterase, gamma subunit / Retinal cGMP phosphodiesterase, gamma subunit superfamily / Retinal cGMP phosphodiesterase, gamma subunit / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / GAF domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain
類似検索 - ドメイン・相同性
GafA domain of cone phosphodiesterase 6C / Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit gamma / cGMP-dependent 3',5'-cyclic phosphodiesterase / Cone cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit alpha' / cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.0 Å
データ登録者Zhang Z / He F / Constantine R / Baker ML / Baehr W / Schmid MF / Wensel TG / Agosto MA
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2015
タイトル: Domain organization and conformational plasticity of the G protein effector, PDE6.
著者: Zhixian Zhang / Feng He / Ryan Constantine / Matthew L Baker / Wolfgang Baehr / Michael F Schmid / Theodore G Wensel / Melina A Agosto /
要旨: The cGMP phosphodiesterase of rod photoreceptor cells, PDE6, is the key effector enzyme in phototransduction. Two large catalytic subunits, PDE6α and -β, each contain one catalytic domain and two ...The cGMP phosphodiesterase of rod photoreceptor cells, PDE6, is the key effector enzyme in phototransduction. Two large catalytic subunits, PDE6α and -β, each contain one catalytic domain and two non-catalytic GAF domains, whereas two small inhibitory PDE6γ subunits allow tight regulation by the G protein transducin. The structure of holo-PDE6 in complex with the ROS-1 antibody Fab fragment was determined by cryo-electron microscopy. The ∼11 Å map revealed previously unseen features of PDE6, and each domain was readily fit with high resolution structures. A structure of PDE6 in complex with prenyl-binding protein (PrBP/δ) indicated the location of the PDE6 C-terminal prenylations. Reconstructions of complexes with Fab fragments bound to N or C termini of PDE6γ revealed that PDE6γ stretches from the catalytic domain at one end of the holoenzyme to the GAF-A domain at the other. Removal of PDE6γ caused dramatic structural rearrangements, which were reversed upon its restoration.
履歴
登録2015年2月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年3月18日-
マップ公開2015年4月22日-
更新2015年9月30日-
現状2015年9月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_6258.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6258.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 51.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3D reconstruction of the complex of the phosphodiesterase of rod photoreceptor cells (PDE6) with Ros-1 Fab (PDE6-Fab). C2 symmetry was imposed during the reconstruction.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.81 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.0 / ムービー #1: 1
最小 - 最大-0.75767982 - 1.83459306
平均 (標準偏差)0.01092006 (±0.10389578)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-120-120-120
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 434.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.811.811.81
M x/y/z240240240
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z434.400434.400434.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-120-120-120
NC/NR/NS240240240
D min/max/mean-0.7581.8350.011

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Bovine rod PDE6 holoenzyme in complex with the Fab fragment from ...

全体名称: Bovine rod PDE6 holoenzyme in complex with the Fab fragment from the ROS-1 monoclonal antibody
要素
  • 試料: Bovine rod PDE6 holoenzyme in complex with the Fab fragment from the ROS-1 monoclonal antibody
  • タンパク質・ペプチド: Rod cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase
  • タンパク質・ペプチド: monoclonal antibody Fab fragment of ROS-1

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超分子 #1000: Bovine rod PDE6 holoenzyme in complex with the Fab fragment from ...

超分子名称: Bovine rod PDE6 holoenzyme in complex with the Fab fragment from the ROS-1 monoclonal antibody
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Two Fab molecules bind to PDE6 / Number unique components: 2
分子量理論値: 320 KDa

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分子 #1: Rod cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase

分子名称: Rod cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: PDE6
詳細: PDE6 holoenzyme contains PDE6a (UniProt P11541), PDE6b (UniProt P23439), and PDE6g (UniProt P04972).
コピー数: 1 / 集合状態: dimer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 別称: bovine / 組織: retina / 細胞: photoreceptor / Organelle: outer segment / 細胞中の位置: disk membrane
分子量理論値: 200 KDa

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分子 #2: monoclonal antibody Fab fragment of ROS-1

分子名称: monoclonal antibody Fab fragment of ROS-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: Fab fragment was purified using immobilized protein L.
コピー数: 2 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 別称: mouse / 組織: Ascites fluid
分子量理論値: 50 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride
グリッド詳細: 400 mesh glow-discharged Quantifoil grids with 2.0 A holes
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 93 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III
手法: Applied 3 uL sample per grid and blotted for 1 second before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2010F
温度最高: 94 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification.
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: FEI
詳細Parallel beam illumination
日付2011年8月8日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
平均電子線量: 15 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 倍率（公称値）: 60000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

詳細Image processing was performed using EMAN. 21,100 particles were manually boxed from ice images and CTF-corrected using Ctfit. Initial models were generated from reference-free class averages and a cylindrical starting model. The two refined models were essentially similar. Three noise-seeded models were generated and used as initial models in the Multirefine procedure. A model (with two Ros-1 Fab bound) with a population of ~15,000 particles emerged and was subjected to further refinement using standard iterative projection matching, class averaging, and Fourier reconstruction.
CTF補正詳細: citfit (EMAN) for each particle
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 11.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN
詳細: A total of 21,100 particles were picked from ice images and CTF-corrected using Ctfit. After an initial 3D model was generated as described for PDE6, three noise-seeded models were generated ...詳細: A total of 21,100 particles were picked from ice images and CTF-corrected using Ctfit. After an initial 3D model was generated as described for PDE6, three noise-seeded models were generated and used as initial models in the Multirefine procedure. A model (with two Ros-1 Fab bound) with a population of ~15,000 particles emerged and was subjected to further refinement using standard iterative projection matching, class averaging, and Fourier reconstruction. The final 3D maps with C2 symmetry were generated from 12,373 particles.
使用した粒子像数: 12373
最終 2次元分類クラス数: 20

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3ibj


Chain - Chain ID: B
ソフトウェア名称: Chimera
詳細The domains were separately fitted by manual docking using Chimera and refined using "Fit in Map" within Chimera. The fitting of GFA(A,B) was confirmed using Folderhunter.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-3jab:
Domain organization and conformational plasticity of the G protein effector, PDE6

PDB-3jbq:
Domain Organization and Conformational Plasticity of the G Protein Effector, PDE6

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

3jwr


Chain - #0 - Chain ID: B / Chain - #1 - Chain ID: D
ソフトウェア名称: Chimera
詳細The domains were fitted by manual docking using Chimera.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-3jab:
Domain organization and conformational plasticity of the G protein effector, PDE6

PDB-3jbq:
Domain Organization and Conformational Plasticity of the G Protein Effector, PDE6

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原子モデル構築 3

初期モデルPDB ID:

3dba


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: Chimera
詳細The domains were separately fitted by manual docking using Chimera and refined using "Fit in Map" within Chimera. The fitting of GFA(A,B) were confirmed using Folderhunter.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-3jab:
Domain organization and conformational plasticity of the G protein effector, PDE6

PDB-3jbq:
Domain Organization and Conformational Plasticity of the G Protein Effector, PDE6

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原子モデル構築 4

初期モデルPDB ID:

12e8


Chain - #0 - Chain ID: H / Chain - #1 - Chain ID: L
ソフトウェア名称: Chimera
詳細The domains were fitted by manual docking using Chimera.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-3jab:
Domain organization and conformational plasticity of the G protein effector, PDE6

PDB-3jbq:
Domain Organization and Conformational Plasticity of the G Protein Effector, PDE6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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