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- EMDB-62541: B. bacteriovorus MaeB holo form -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-62541
タイトルB. bacteriovorus MaeB holo form
マップデータ
試料
  • 複合体: Malic enzyme B from Bdellovibrio bacteriovorus strain SSB218315 holo form
    • タンパク質・ペプチド: NADP-dependent malic enzyme
  • リガンド: NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
キーワードoxidoreductase / cryo-EM / allostery / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


malic enzyme activity / malate metabolic process / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / acyltransferase activity / NAD binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
NAD(P)-dependent malic enzyme / Malic enzyme, NAD-binding domain, bacterial type / : / Phosphate acetyltransferase, domain 2 / Phosphate acetyltransferase, domain 1 / Phosphate acetyl/butaryl transferase / Phosphate acetyl/butaryl transferase / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, NAD-binding ...NAD(P)-dependent malic enzyme / Malic enzyme, NAD-binding domain, bacterial type / : / Phosphate acetyltransferase, domain 2 / Phosphate acetyltransferase, domain 1 / Phosphate acetyl/butaryl transferase / Phosphate acetyl/butaryl transferase / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, NAD-binding / Malic enzyme, N-terminal domain superfamily / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, NAD binding domain / Malic enzyme, NAD binding domain / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP-dependent malic enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Bdellovibrio bacteriovorus (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Sassa M / Yamato H / Tanino H / Fukuda Y / Inoue T
資金援助 日本, 1件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Malic enzymes from different bacteria evolved distinct effector binding sites showing the same allosteric regulation mechanism
著者: Sassa M / Yamato H / Tanino H / Fukuda Y / Inoue T
履歴
登録2024年11月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月3日-
マップ公開2025年12月3日-
更新2025年12月3日-
現状2025年12月3日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_62541.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_62541.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 512 pix.
= 424.96 Å		0.83 Å/pix.
x 512 pix.
= 424.96 Å		0.83 Å/pix.
x 512 pix.
= 424.96 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.12
最小 - 最大-0.5844707 - 0.8802654
平均 (標準偏差)-0.00009229396 (±0.015341877)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 424.96 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_62541_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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マスク #2

ファイルemd_62541_msk_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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マスク #3

ファイルemd_62541_msk_3.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_62541_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_62541_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Malic enzyme B from Bdellovibrio bacteriovorus strain SSB218315 h...

全体名称: Malic enzyme B from Bdellovibrio bacteriovorus strain SSB218315 holo form
要素
  • 複合体: Malic enzyme B from Bdellovibrio bacteriovorus strain SSB218315 holo form
    • タンパク質・ペプチド: NADP-dependent malic enzyme
  • リガンド: NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE

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超分子 #1: Malic enzyme B from Bdellovibrio bacteriovorus strain SSB218315 h...

超分子名称: Malic enzyme B from Bdellovibrio bacteriovorus strain SSB218315 holo form
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Bdellovibrio bacteriovorus (バクテリア)

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分子 #1: NADP-dependent malic enzyme

分子名称: NADP-dependent malic enzyme / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bdellovibrio bacteriovorus (バクテリア)
分子量理論値: 84.36593 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: METKTETKTG TTNFDQEALL YHQQGKPGKI EVISSKPCAT EKDLSLAYSP GVAAPCKAIA KDPAKVYDYT AKGNLVAVIS NGTAVLGLG NIGPAAGKPV MEGKGILFKQ FAGIDVFDIE VAATDVDTFC NAVRVLEPTF GGINLEDIKA PECFEIEERL K KEMNIPVF ...文字列:
METKTETKTG TTNFDQEALL YHQQGKPGKI EVISSKPCAT EKDLSLAYSP GVAAPCKAIA KDPAKVYDYT AKGNLVAVIS NGTAVLGLG NIGPAAGKPV MEGKGILFKQ FAGIDVFDIE VAATDVDTFC NAVRVLEPTF GGINLEDIKA PECFEIEERL K KEMNIPVF HDDQHGTAIV SGAALLNACS ITNRKMEDMR IVVNGAGASA NSCAKIFIAL GARRENIIMC DSQGVIYKGR TA GMNKYKE YFASETEART LTEALRGADV FVGLSVAGAL TPEMLKDMAK DPIIFAMANP EPEITPDKAR AARPDAIIAT GRS DYPNQV NNVLGFPSIF RGALDTRSTQ INEEMKLAAV HALAKLARMD VPDKVSATYG GKSFKFGRDY LIPKPFDTRV LLWV APEVA KAAMKSGVAT RAIEDWDQYR ESLEAQQGPS KVFIRSAINR VHQNSEANGG ELPRIVFPEG TSTKVLKALA TLVEE RICQ PILLGYPERV KEKIKALDIP LLNDVQIVHP SSHPKYFSFV EKLYSLRQRK GINLGEAERL MADPNYFAAM MVNMGE ADG MVSGSSINYA DAVRPILQTI GTYKEGIPAG LNFVLLEDKF LVLADTTVNF NPSAEQCAQI ALQAAKIVEY FGIEPRV AM LSYSNFSGAE GTPRKMKKAA EIARTLRPDL MIEGDMQADT AVNPEIMERL FPFSGLKGGA NVLVFPNLES SNIAYKLI Q QIGKAEVIGP FLTGVRRSAN VLQRTTTVDG IVNSVVFTAL EAQFIKDALK ARGKK

UniProtKB: NADP-dependent malic enzyme

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分子 #2: NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE

分子名称: NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: NAP
分子量理論値: 743.405 Da
Chemical component information

ChemComp-NAP:
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
1.0 mMMgCl2sodium magnesium
3.0 mMNADP+Nicotinamide adenine dinucleotide phosphate
20.0 mMHEPES
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.007 kPa / 詳細: 20 mA current
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: 3 microliters droplet, 3 seconds delay before blotting, 3 seconds blot, 0 second delay before plunging..

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 200
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9099 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: The AlphaFold3 predicted model was used as a startup model.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D3 (2回x3回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.59 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 449060
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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