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万見
- EMDB-61546: Human VANGL2 hexamer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61546
タイトルHuman VANGL2 hexamer
マップデータ
試料
  • 複合体: VANGL2 hexamer
    • タンパク質・ペプチド: Vang-like protein 2
キーワードVANGL / Planar cell polarity / PCP / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cell migration involved in kidney development / establishment of planar polarity involved in neural tube closure / orthogonal dichotomous subdivision of terminal units involved in lung branching morphogenesis / planar dichotomous subdivision of terminal units involved in lung branching morphogenesis / lateral sprouting involved in lung morphogenesis / dopaminergic neuron axon guidance / serotonergic neuron axon guidance / regulation of establishment of planar polarity / apical cytoplasm / establishment of body hair planar orientation ...cell migration involved in kidney development / establishment of planar polarity involved in neural tube closure / orthogonal dichotomous subdivision of terminal units involved in lung branching morphogenesis / planar dichotomous subdivision of terminal units involved in lung branching morphogenesis / lateral sprouting involved in lung morphogenesis / dopaminergic neuron axon guidance / serotonergic neuron axon guidance / regulation of establishment of planar polarity / apical cytoplasm / establishment of body hair planar orientation / convergent extension involved in axis elongation / muscular septum morphogenesis / kidney morphogenesis / convergent extension involved in neural plate elongation / establishment of planar polarity / cell pole / heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process / inner ear receptor cell stereocilium organization / somatic stem cell division / membranous septum morphogenesis / regulation of synapse pruning / cochlea morphogenesis / post-anal tail morphogenesis / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / glomerulus development / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / non-motile cilium assembly / PCP/CE pathway / regulation of Wnt signaling pathway / apical protein localization / RND1 GTPase cycle / RND2 GTPase cycle / anterior/posterior pattern specification / RND3 GTPase cycle / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / digestive tract morphogenesis / heart looping / somatic stem cell population maintenance / lateral plasma membrane / hair follicle development / Rho protein signal transduction / stress fiber / regulation of actin cytoskeleton organization / Asymmetric localization of PCP proteins / neural tube closure / wound healing / postsynaptic density membrane / cell-cell junction / basolateral plasma membrane / apical plasma membrane / glutamatergic synapse / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Vang-like protein / Strabismus protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Vang-like protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Song Y / Zhang Z / Jian S / Zheng P
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)YFA1302300 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171201 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural basis of human VANGL-PRICKLE interaction.
著者: Yanyi Song / Shuyi Jian / Junlin Teng / Pengli Zheng / Zhe Zhang /
要旨: Planar cell polarity (PCP) is an evolutionarily conserved process for development and morphogenesis in metazoans. The well-organized polarity pattern in cells is established by the asymmetric ...Planar cell polarity (PCP) is an evolutionarily conserved process for development and morphogenesis in metazoans. The well-organized polarity pattern in cells is established by the asymmetric distribution of two core protein complexes on opposite sides of the cell membrane. The Van Gogh-like (VANGL)-PRICKLE (PK) pair is one of these two key regulators; however, their structural information and detailed functions have been unclear. Here, we present five cryo-electron microscopy structures of human VANGL1, VANGL2, and their complexes with PK1 at resolutions of 2.2-3.0 Å. Through biochemical and cell imaging experiments, we decipher the molecular details of the VANGL-PK interaction. Furthermore, we reveal that PK1 can target VANGL-containing intracellular vesicles to the peripheral cell membrane. These findings provide a solid foundation to understand the explicit interaction between VANGL and PK while opening new avenues for subsequent studies of the PCP pathway.
履歴
登録2024年9月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月25日-
マップ公開2024年12月25日-
更新2025年1月22日-
現状2025年1月22日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_61546.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61546.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 400 pix.
= 428. Å		1.07 Å/pix.
x 400 pix.
= 428. Å		1.07 Å/pix.
x 400 pix.
= 428. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-1.526567 - 2.3502972
平均 (標準偏差)-0.00006317864 (±0.03670456)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 428.00003 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Unsharpened map refined with C3 symmetry

ファイルemd_61546_additional_1.map
注釈Unsharpened map refined with C3 symmetry
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_61546_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_61546_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : VANGL2 hexamer

全体名称: VANGL2 hexamer
要素
  • 複合体: VANGL2 hexamer
    • タンパク質・ペプチド: Vang-like protein 2

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超分子 #1: VANGL2 hexamer

超分子名称: VANGL2 hexamer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 350 KDa

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分子 #1: Vang-like protein 2

分子名称: Vang-like protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 60.374074 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GPSRATMDTE SQYSGYSYKS GHSRSSRKHR DRRDRHRSKS RDGGRGDKSV TIQAPGEPLL DNESTRGDER DDNWGETTTV VTGTSEHSI SHDDLTRIAK DMEDSVPLDC SRHLGVAAGA TLALLSFLTP LAFLLLPPLL WREELEPCGT ACEGLFISVA F KLLILLLG ...文字列:
GPSRATMDTE SQYSGYSYKS GHSRSSRKHR DRRDRHRSKS RDGGRGDKSV TIQAPGEPLL DNESTRGDER DDNWGETTTV VTGTSEHSI SHDDLTRIAK DMEDSVPLDC SRHLGVAAGA TLALLSFLTP LAFLLLPPLL WREELEPCGT ACEGLFISVA F KLLILLLG SWALFFRRPK ASLPRVFVLR ALLMVLVFLL VVSYWLFYGV RILDARERSY QGVVQFAVSL VDALLFVHYL AV VLLELRQ LQPQFTLKVV RSTDGASRFY NVGHLSIQRV AVWILEKYYH DFPVYNPALL NLPKSVLAKK VSGFKVYSLG EEN STNNST GQSRAVIAAA ARRRDNSHNE YYYEEAEHER RVRKRRARLV VAVEEAFTHI KRLQEEEQKN PREVMDPREA AQAI FASMA RAMQKYLRTT KQQPYHTMES ILQHLEFCIT HDMTPKAFLE RYLAAGPTIQ YHKERWLAKQ WTLVSEEPVT NGLKD GIVF LLKRQDFSLV VSTKKVPFFK LSEEFVDPKS HKFVMRLQSE TSV

UniProtKB: Vang-like protein 2

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 116915
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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