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万見
- PDB-9jk6: Human VANGL1 hexamer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9jk6
タイトルHuman VANGL1 hexamer
要素Vang-like protein 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / VANGL / Planar cell polarity / PCP
機能・相同性
機能・相同性情報


mucociliary clearance / RHOD GTPase cycle / RHOF GTPase cycle / RND1 GTPase cycle / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / RND2 GTPase cycle / RND3 GTPase cycle / RHOV GTPase cycle / RHOB GTPase cycle / pigmentation ...mucociliary clearance / RHOD GTPase cycle / RHOF GTPase cycle / RND1 GTPase cycle / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / RND2 GTPase cycle / RND3 GTPase cycle / RHOV GTPase cycle / RHOB GTPase cycle / pigmentation / RHOC GTPase cycle / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / RHOU GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / RHOH GTPase cycle / RHOG GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / lateral plasma membrane / RAC1 GTPase cycle / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Vang-like protein / Strabismus protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Vang-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Song, Y. / Zhang, Z. / Jian, S. / Zheng, P.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)YFA1302300 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171201 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural basis of human VANGL-PRICKLE interaction.
著者: Yanyi Song / Shuyi Jian / Junlin Teng / Pengli Zheng / Zhe Zhang /
要旨: Planar cell polarity (PCP) is an evolutionarily conserved process for development and morphogenesis in metazoans. The well-organized polarity pattern in cells is established by the asymmetric ...Planar cell polarity (PCP) is an evolutionarily conserved process for development and morphogenesis in metazoans. The well-organized polarity pattern in cells is established by the asymmetric distribution of two core protein complexes on opposite sides of the cell membrane. The Van Gogh-like (VANGL)-PRICKLE (PK) pair is one of these two key regulators; however, their structural information and detailed functions have been unclear. Here, we present five cryo-electron microscopy structures of human VANGL1, VANGL2, and their complexes with PK1 at resolutions of 2.2-3.0 Å. Through biochemical and cell imaging experiments, we decipher the molecular details of the VANGL-PK interaction. Furthermore, we reveal that PK1 can target VANGL-containing intracellular vesicles to the peripheral cell membrane. These findings provide a solid foundation to understand the explicit interaction between VANGL and PK while opening new avenues for subsequent studies of the PCP pathway.
履歴
登録2024年9月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vang-like protein 1
B: Vang-like protein 1
C: Vang-like protein 1
D: Vang-like protein 1
E: Vang-like protein 1
F: Vang-like protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)363,7476
ポリマ－363,7476
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Vang-like protein 1 / Loop-tail protein 2 homolog / LPP2 / Strabismus 2 / Van Gogh-like protein 1


分子量: 60624.523 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VANGL1, STB2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8TAA9
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: VANGL1 hexamer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.35 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21_5207: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 54018 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00518924
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.86725602
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d19.3946978
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.052922
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0073186

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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