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- EMDB-60321: 3D structure of Y-50 TCR-TMM-CD1b ternary complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60321
タイトル3D structure of Y-50 TCR-TMM-CD1b ternary complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Ternary complex of Y-50TCR,TMM and CD1b
    • タンパク質・ペプチド: T-cell surface glycoprotein CD1b
    • タンパク質・ペプチド: Beta-2-microglobulin
    • タンパク質・ペプチド: Y-50 TCR alpha
    • タンパク質・ペプチド: Y-50 TCR beta
  • リガンド: TETRACOSYL PALMITATE
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: alpha-D-glucopyranose
  • リガンド: [(2R,3S,4S,5R,6S)-3,4,5,6-tetrakis(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl (2R,3R)-3-oxidanyl-2-tetradecyl-octadecanoate
キーワードIMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


endogenous lipid antigen binding / exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / T cell mediated cytotoxicity / Endosomal/Vacuolar pathway ...endogenous lipid antigen binding / exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / T cell mediated cytotoxicity / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / regulation of iron ion transport / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of iron ion transport / negative regulation of forebrain neuron differentiation / response to molecule of bacterial origin / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / HFE-transferrin receptor complex / MHC class I peptide loading complex / transferrin transport / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / cellular response to iron ion / positive regulation of T cell cytokine production / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / negative regulation of epithelial cell proliferation / cellular response to nicotine / MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / specific granule lumen / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of T cell activation / Interferon gamma signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / T cell differentiation in thymus / sensory perception of smell / Modulation by Mtb of host immune system / tertiary granule lumen / positive regulation of cellular senescence / MHC class II protein complex binding / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / late endosome membrane / protein refolding / ER-Phagosome pathway / early endosome membrane / amyloid fibril formation / protein homotetramerization / adaptive immune response / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / endosome membrane / immune response / endoplasmic reticulum lumen / Amyloid fiber formation / external side of plasma membrane / Golgi membrane / lysosomal membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / Golgi apparatus / structural molecule activity / cell surface / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / : / extracellular exosome / extracellular region / membrane / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC-I family domain / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type ...MHC-I family domain / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
T-cell surface glycoprotein CD1b / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.18 Å
データ登録者Asa M / Hirose M / Nagae M / Yamasaki S / Kato T
資金援助 日本, 1件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: J Clin Invest / 年: 2024
タイトル: A conserved human CD4+ T cell subset recognizing the mycobacterial adjuvant trehalose monomycolate.
著者: Yuki Sakai / Minori Asa / Mika Hirose / Wakana Kusuhara / Nagatoshi Fujiwara / Hiroto Tamashima / Takahiro Ikazaki / Shiori Oka / Kota Kuraba / Kentaro Tanaka / Takashi Yoshiyama / Masamichi ...著者: Yuki Sakai / Minori Asa / Mika Hirose / Wakana Kusuhara / Nagatoshi Fujiwara / Hiroto Tamashima / Takahiro Ikazaki / Shiori Oka / Kota Kuraba / Kentaro Tanaka / Takashi Yoshiyama / Masamichi Nagae / Yoshihiko Hoshino / Daisuke Motooka / Ildiko Van Rhijn / Xiuyuan Lu / Eri Ishikawa / D Branch Moody / Takayuki Kato / Shinsuke Inuki / Go Hirai / Sho Yamasaki /
要旨: Mycobacterium tuberculosis causes human tuberculosis (TB). As mycobacteria are protected by a thick lipid cell wall, humans have developed immune responses against diverse mycobacterial lipids. Most ...Mycobacterium tuberculosis causes human tuberculosis (TB). As mycobacteria are protected by a thick lipid cell wall, humans have developed immune responses against diverse mycobacterial lipids. Most of these immunostimulatory lipids are known as adjuvants acting through innate immune receptors, such as C-type lectin receptors. Although a few mycobacterial lipid antigens activate unconventional T cells, the antigenicity of most adjuvantic lipids is unknown. Here, we identified that trehalose monomycolate (TMM), an abundant mycobacterial adjuvant, activated human T cells bearing a unique αβ T cell receptor (αβTCR). This recognition was restricted by CD1b, a monomorphic antigen-presenting molecule conserved in primates but not mice. Single-cell TCR-RNA-Seq using newly established CD1b-TMM tetramers revealed that TMM-specific T cells were present as CD4+ effector memory T cells in the periphery of uninfected donors but expressed IFN-γ, TNF, and anti-mycobacterial effectors upon TMM stimulation. TMM-specific T cells were detected in cord blood and PBMCs of donors without bacillus Calmette-Guérin vaccination but were expanded in patients with active TB. A cryo-electron microscopy study of CD1b-TMM-TCR complexes revealed unique antigen recognition by conserved features of TCRs, positively charged CDR3α, and long CDR3β regions. These results indicate that humans have a commonly shared and preformed CD4+ T cell subset recognizing a typical mycobacterial adjuvant as an antigen. Furthermore, the dual role of TMM justifies reconsideration of the mechanism of action of adjuvants.
履歴
登録2024年5月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月1日-
マップ公開2025年1月1日-
更新2025年3月26日-
現状2025年3月26日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_60321.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60321.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 274.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.68 Å/pix.
x 416 pix.
= 280.8 Å		0.68 Å/pix.
x 416 pix.
= 280.8 Å		0.68 Å/pix.
x 416 pix.
= 280.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.675 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0271
最小 - 最大-0.0382163 - 0.10486379
平均 (標準偏差)0.000102282545 (±0.0022700957)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ416416416
Spacing416416416
セルA=B=C: 280.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_60321_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_60321_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of Y-50TCR,TMM and CD1b

全体名称: Ternary complex of Y-50TCR,TMM and CD1b
要素
  • 複合体: Ternary complex of Y-50TCR,TMM and CD1b
    • タンパク質・ペプチド: T-cell surface glycoprotein CD1b
    • タンパク質・ペプチド: Beta-2-microglobulin
    • タンパク質・ペプチド: Y-50 TCR alpha
    • タンパク質・ペプチド: Y-50 TCR beta
  • リガンド: TETRACOSYL PALMITATE
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: alpha-D-glucopyranose
  • リガンド: [(2R,3S,4S,5R,6S)-3,4,5,6-tetrakis(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl (2R,3R)-3-oxidanyl-2-tetradecyl-octadecanoate

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超分子 #1: Ternary complex of Y-50TCR,TMM and CD1b

超分子名称: Ternary complex of Y-50TCR,TMM and CD1b / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: T-cell surface glycoprotein CD1b

分子名称: T-cell surface glycoprotein CD1b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 31.00599 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MASEHAFQGP TSFHVIQTSS FTNSTWAQTQ GSGWLDDLQI HGWDSDSGTA IFLKPWSKGN FSDKEVAELE EIFRVYIFGF AREVQDFAG DFQMKYPFEI QGIAGCELHS GGAIVSFLRG ALGGLDFLSV KNASCVPSPE GGSRAQKFCA LIIQYQGIME T VRILLYET ...文字列:
MASEHAFQGP TSFHVIQTSS FTNSTWAQTQ GSGWLDDLQI HGWDSDSGTA IFLKPWSKGN FSDKEVAELE EIFRVYIFGF AREVQDFAG DFQMKYPFEI QGIAGCELHS GGAIVSFLRG ALGGLDFLSV KNASCVPSPE GGSRAQKFCA LIIQYQGIME T VRILLYET CPRYLLGVLN AGKADLQRQV KPEAWLSSGP SPGPGRLQLV CHVSGFYPKP VWVMWMRGEQ EQQGTQLGDI LP NANWTWY LRATLDVADG EAAGLSCRVK HSSLEGQDII LYW

UniProtKB: T-cell surface glycoprotein CD1b

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分子 #2: Beta-2-microglobulin

分子名称: Beta-2-microglobulin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.879356 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MIQRTPKIQV YSRHPAENGK SNFLNCYVSG FHPSDIEVDL LKNGERIEKV EHSDLSFSKD WSFYLLYYTE FTPTEKDEYA CRVNHVTLS QPKIVKWDRD M

UniProtKB: Beta-2-microglobulin

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分子 #3: Y-50 TCR alpha

分子名称: Y-50 TCR alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.14266 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: AQKITQTQPG MFVQEKEAVT LDCTYDTSDQ SYGLFWYKQP SSGEMIFLIY QGSYDEQNAT EGRYSLNFQK ARKSANLVIS ASQLGDSAM YFCAMRRNTG RRALTFGSGT RLQVQPNIQN PDPAVYQLRD SKSSDKFVCL FTDFDSQINV SQSKDSDVYI T DKCVLDMR ...文字列:
AQKITQTQPG MFVQEKEAVT LDCTYDTSDQ SYGLFWYKQP SSGEMIFLIY QGSYDEQNAT EGRYSLNFQK ARKSANLVIS ASQLGDSAM YFCAMRRNTG RRALTFGSGT RLQVQPNIQN PDPAVYQLRD SKSSDKFVCL FTDFDSQINV SQSKDSDVYI T DKCVLDMR SMDFKSNSAV AWSNKSDFTC ANAFNNSIIP EDTFFPS

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分子 #4: Y-50 TCR beta

分子名称: Y-50 TCR beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.191834 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DTEVTQTPKH LVMGMTNKKS LKCEQHMGHR AMYWYKQKAK KPPELMFVYS YEKLSINESV PSRFSPECPN SSLLNLHLHA LQPEDSALY LCASSHLGLA GGIDGTDTQY FGPGTRLTVL EDLKNVFPPE VAVFEPSKAE ISRTQKATLV CLATGFYPPH V ELSWWVNG ...文字列:
DTEVTQTPKH LVMGMTNKKS LKCEQHMGHR AMYWYKQKAK KPPELMFVYS YEKLSINESV PSRFSPECPN SSLLNLHLHA LQPEDSALY LCASSHLGLA GGIDGTDTQY FGPGTRLTVL EDLKNVFPPE VAVFEPSKAE ISRTQKATLV CLATGFYPPH V ELSWWVNG KEVHDGVCTD PQPLKEQPAL NDSRYALSSR LRVSATFWQD PRNHFRCQVQ FYGLSENDEW TQDRAKPVTQ IV SAEAWGR AD

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分子 #5: TETRACOSYL PALMITATE

分子名称: TETRACOSYL PALMITATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: 6UL
分子量理論値: 593.062 Da
Chemical component information

ChemComp-6UL:
TETRACOSYL PALMITATE

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分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 3 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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分子 #7: alpha-D-glucopyranose

分子名称: alpha-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: GLC
分子量理論値: 180.156 Da
Chemical component information

ChemComp-GLC:
alpha-D-glucopyranose

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分子 #8: [(2R,3S,4S,5R,6S)-3,4,5,6-tetrakis(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl (2R,...

分子名称: [(2R,3S,4S,5R,6S)-3,4,5,6-tetrakis(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl (2R,3R)-3-oxidanyl-2-tetradecyl-octadecanoate
タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: A1L2B
分子量理論値: 658.989 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 78.2 K / 最高: 78.2 K
特殊光学系球面収差補正装置: CEOS corrector was used. / エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8533 / 平均露光時間: 3.169 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2.036 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.521 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.06 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 4075153
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.18 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.41) / 使用した粒子像数: 114111
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.41)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.41)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

8xub


Chain - Chain ID: D / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-8zox:
3D structure of Y-50 TCR-TMM-CD1b ternary complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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