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- EMDB-60225: hAE3NTD2TMD with PT5,CLR, and Y01 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60225
タイトルhAE3NTD2TMD with PT5,CLR, and Y01
マップデータ
試料
  • 複合体: the NTD of hAE3 with the TMD of hAE2
    • タンパク質・ペプチド: the NTD of hAE3 with the TMD of hAE2
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: [(2R)-1-octadecanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phospho ryl]oxy-propan-2-yl] (8Z)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate
キーワードTRANSPORT PROTEIN
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Jian L / Zhang Q / Yao D / Wang Q / Xia Y / Qin A / Cao Y
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82272519 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82072468 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: The structural insight into the functional modulation of human anion exchanger 3.
著者: Liyan Jian / Qing Zhang / Deqiang Yao / Qian Wang / Moxin Chen / Ying Xia / Shaobai Li / Yafeng Shen / Mi Cao / An Qin / Lin Li / Yu Cao /
要旨: Anion exchanger 3 (AE3) is pivotal in regulating intracellular pH across excitable tissues, yet its structural intricacies and functional dynamics remain underexplored compared to other anion ...Anion exchanger 3 (AE3) is pivotal in regulating intracellular pH across excitable tissues, yet its structural intricacies and functional dynamics remain underexplored compared to other anion exchangers. This study unveils the structural insights into human AE3, including the cryo-electron microscopy structures for AE3 transmembrane domains (TMD) and a chimera combining AE3 N-terminal domain (NTD) with AE2 TMD (hAE32). Our analyzes reveal a substrate binding site, an NTD-TMD interlock mechanism, and a preference for an outward-facing conformation. Unlike AE2, which has more robust acid-loading capabilities, AE3's structure, including a less stable inward-facing conformation due to missing key NTD-TMD interactions, contributes to its moderated pH-modulating activity and increased sensitivity to the inhibitor DIDS. These structural differences underline AE3's distinct functional roles in specific tissues and underscore the complex interplay between structural dynamics and functional specificity within the anion exchanger family, enhancing our understanding of the physiological and pathological roles of the anion exchanger family.
履歴
登録2024年5月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月31日-
マップ公開2024年7月31日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_60225.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60225.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 281.6 Å		1.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 281.6 Å		1.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 281.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.75
最小 - 最大-4.156135 - 5.276284
平均 (標準偏差)0.001617949 (±0.12450398)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 281.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_60225_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_60225_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : the NTD of hAE3 with the TMD of hAE2

全体名称: the NTD of hAE3 with the TMD of hAE2
要素
  • 複合体: the NTD of hAE3 with the TMD of hAE2
    • タンパク質・ペプチド: the NTD of hAE3 with the TMD of hAE2
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: [(2R)-1-octadecanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phospho ryl]oxy-propan-2-yl] (8Z)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate

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超分子 #1: the NTD of hAE3 with the TMD of hAE2

超分子名称: the NTD of hAE3 with the TMD of hAE2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 105 KDa

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分子 #1: the NTD of hAE3 with the TMD of hAE2

分子名称: the NTD of hAE3 with the TMD of hAE2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 137.4155 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MANGVIPPPG GASPLPQVRV PLEEPPLSPD VEEEDDDLGK TLAVSRFGDL ISKPPAWDPE KPSRSYSERD FEFHRHTSHH THHPLSARL PPPHKLRRLP PTSARHTRRK RKKEKTSAPP SEGTPPIQEE GGAGVDEEEE EEEEEEGESE AEPVEPPHSG T PQKAKFSI ...文字列:
MANGVIPPPG GASPLPQVRV PLEEPPLSPD VEEEDDDLGK TLAVSRFGDL ISKPPAWDPE KPSRSYSERD FEFHRHTSHH THHPLSARL PPPHKLRRLP PTSARHTRRK RKKEKTSAPP SEGTPPIQEE GGAGVDEEEE EEEEEEGESE AEPVEPPHSG T PQKAKFSI GSDEDDSPGL PGRAAVTKPL PSVGPHTDKS PQHSSSSPSP RARASRLAGE KSRPWSPSAS YDLRERLCPG SA LGNPGGP EQQVPTDEAE AQMLGSADLD DMKSHRLEDN PGVRRHLVKK PSRTQGGRGS PSGLAPILRR KKKKKKLDRR PHE VFVELN ELMLDRSQEP HWRETARWIK FEEDVEEETE RWGKPHVASL SFRSLLELRR TIAHGAALLD LEQTTLPGIA HLVV ETMIV SDQIRPEDRA SVLRTLLLKH SHPNDDKDSG FFPRNPSSSS MNSVLGNHHP TPSHGPDGAV PTMADDLGEP APLWP HDPD AKEKPLHMPG GDGHRGKSLK LLEKIPEDAE ATVVLVGCVP FLEQPAAAFV RLNEAVLLES VLEVPVPVRF LFVMLG PSH TSTDYHELGR SIATLMSDKL FHEAAYQADD RQDLLSAISE FLDGSIVIPP SEVEGRDLLR SVAAFQRELL RKRRERE QT KVEMTTRGGY TAPGKELSLE LGGSEATPED DPLRRTGRPF GGLIRDVRRR YPHYLSDFRD ALDPQCLAAV IFIYFAAL S PAITFGGLLG EKTQDLIGVS ELIMSTALQG VVFCLLGAQP LLVIGFSGPL LVFEEAFFSF CSSNHLEYLV GRVWIGFWL VFLALLMVAL EGSFLVRFVS RFTQEIFAFL ISLIFIYETF YKLVKIFQEH PLHGCSASNS SEVDGGENMT WAGARPTLGP GNRSLAGQS GQGKPRGQPN TALLSLVLMA GTFFIAFFLR KFKNSRFFPG RIRRVIGDFG VPIAILIMVL VDYSIEDTYT Q KLSVPSGF SVTAPEKRGW VINPLGEKSP FPVWMMVASL LPAILVFILI FMETQITTLI ISKKERMLQK GSGFHLDLLL IV AMGGICA LFGLPWLAAA TVRSVTHANA LTVMSKAVAP GDKPKIQEVK EQRVTGLLVA LLVGLSIVIG DLLRQIPLAV LFG IFLYMG VTSLNGIQFY ERLHLLLMPP KHHPDVTYVK KVRTLRMHLF TALQLLCLAL LWAVMSTAAS LAFPFILILT VPLR MVVLT RIFTDREMKC LDANEAEPVF DEREGVDEYN EMPMPV

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分子 #2: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL

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分子 #3: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

分子名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: Y01
分子量理論値: 486.726 Da
Chemical component information

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

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分子 #4: [(2R)-1-octadecanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tr...

分子名称: [(2R)-1-octadecanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phospho ryl]oxy-propan-2-yl] (8Z)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate
タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: PT5
分子量理論値: 1.047088 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.35 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 277826
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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