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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5977 | |||||||||
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タイトル | Structures of yeast 80S ribosome-tRNA complexes in the rotated and non-rotated conformations (Class I - 2 tRNA in non-rotated conformation) | |||||||||
![]() | Reconstruction of a yeast 80S ribosome in the classical state with 2 tRNA bound. (Class I) | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Svidritskiy E / Brilot AF / Koh CS / Grigorieff N / Korostelev AA | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of yeast 80S ribosome-tRNA complexes in the rotated and nonrotated conformations. 著者: Egor Svidritskiy / Axel F Brilot / Cha San Koh / Nikolaus Grigorieff / Andrei A Korostelev / ![]() 要旨: The structural understanding of eukaryotic translation lags behind that of translation on bacterial ribosomes. Here, we present two subnanometer resolution structures of S. cerevisiae 80S ribosome ...The structural understanding of eukaryotic translation lags behind that of translation on bacterial ribosomes. Here, we present two subnanometer resolution structures of S. cerevisiae 80S ribosome complexes formed with either one or two tRNAs and bound in response to an mRNA fragment containing the Kozak consensus sequence. The ribosomes adopt two globally different conformations that are related to each other by the rotation of the small subunit. Comparison with bacterial ribosome complexes reveals that the global structures and modes of intersubunit rotation of the yeast ribosome differ significantly from those in the bacterial counterpart, most notably in the regions involving the tRNA, small ribosomal subunit, and conserved helix 69 of the large ribosomal subunit. The structures provide insight into ribosome dynamics implicated in tRNA translocation and help elucidate the role of the Kozak fragment in positioning an open reading frame during translation initiation in eukaryotes. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 161.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 16.1 KB 16.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() ![]() | 60.3 KB 4.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3j78MC ![]() 5976C ![]() 3j77C C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 42.0 Data #1: Frealign input particle stack [picked particles - multiframe - processed]) |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of a yeast 80S ribosome in the classical state with 2 tRNA bound. (Class I) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.05 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : 80S ribosome bound to mRNA containing Kozak sequence and to two tRNA
全体 | 名称: 80S ribosome bound to mRNA containing Kozak sequence and to two tRNA |
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要素 |
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-超分子 #1000: 80S ribosome bound to mRNA containing Kozak sequence and to two tRNA
超分子 | 名称: 80S ribosome bound to mRNA containing Kozak sequence and to two tRNA タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: Sample was monodisperse. / Number unique components: 3 |
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分子量 | 実験値: 3.5 MDa |
-超分子 #1: 80S ribosome
超分子 | 名称: 80S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: ALL |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 実験値: 3.5 MDa |
-分子 #1: transfer RNA
分子 | 名称: transfer RNA / タイプ: rna / ID: 1 / Name.synonym: tRNA / 詳細: tRNA fmet / 分類: TRANSFER / Structure: OTHER / Synthetic?: No |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 25 KDa |
-分子 #2: mRNA
分子 | 名称: mRNA / タイプ: rna / ID: 2 / 分類: OTHER / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 5 KDa |
配列 | 文字列: AAAAAUGUAA AAAA |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 1.2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 20 mM Tris-HCl, 50 mM NH4Cl, 20 mM MgCl2, 0.3 U/uL RNasin |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: FEI VITROBOT MARK II |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 倍率(補正後): 133333 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
日付 | 2013年1月2日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON I (4k x 4k) デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm / 実像数: 4754 / 平均電子線量: 30 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
CTF補正 | 詳細: CTFFIND3, FREALIGN per micrograph |
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最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.3 Å / 解像度の算出法: OTHER ソフトウェア - 名称: EMAN2, IMAGIC, FREALIGN, RSAMPLE, CTFFIND3 使用した粒子像数: 23163 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: ![]() 3u5b |
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ソフトウェア | 名称: Chimera, CNS |
詳細 | 3U5B, 3U5C, 3U5D, and 3U5E were combined prior to fitting. tRNAs and mRNA were modeled using individual tRNAs and mRNA from the crystal structure (3I9B) of the classical-state 70S ribosome. The structure of rpL1 was obtained by homology modeling from PDB ID 3J3B. |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: cross-correlation |
得られたモデル | ![]() PDB-3j78: |
-原子モデル構築 2
初期モデル | PDB ID: ![]() 3u5c |
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ソフトウェア | 名称: Chimera, CNS |
詳細 | 3U5B, 3U5C, 3U5D, and 3U5E were combined prior to fitting. tRNAs and mRNA were modeled using individual tRNAs and mRNA from the crystal structure (3I9B) of the classical-state 70S ribosome. The structure of rpL1 was obtained by homology modeling from PDB ID 3J3B. |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: cross-correlation |
得られたモデル | ![]() PDB-3j78: |
-原子モデル構築 3
初期モデル | PDB ID: ![]() 3u5d |
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ソフトウェア | 名称: Chimera, CNS |
詳細 | 3U5B, 3U5C, 3U5D, and 3U5E were combined prior to fitting. tRNAs and mRNA were modeled using individual tRNAs and mRNA from the crystal structure (3I9B) of the classical-state 70S ribosome. The structure of rpL1 was obtained by homology modeling from PDB ID 3J3B. |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: cross-correlation |
得られたモデル | ![]() PDB-3j78: |
-原子モデル構築 4
初期モデル | PDB ID: ![]() 3u5e |
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ソフトウェア | 名称: Chimera, CNS |
詳細 | 3U5B, 3U5C, 3U5D, and 3U5E were combined prior to fitting. tRNAs and mRNA were modeled using individual tRNAs and mRNA from the crystal structure (3I9B) of the classical-state 70S ribosome. The structure of rpL1 was obtained by homology modeling from PDB ID 3J3B. |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: cross-correlation |
得られたモデル | ![]() PDB-3j78: |
-原子モデル構築 5
初期モデル | PDB ID: ![]() 3i9b Chain - #0 - Chain ID: 1 / Chain - #1 - Chain ID: C / Chain - #2 - Chain ID: D |
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ソフトウェア | 名称: Chimera, CNS |
詳細 | 3U5B, 3U5C, 3U5D, and 3U5E were combined prior to fitting. tRNAs and mRNA were modeled using individual tRNAs and mRNA from the crystal structure (3I9B) of the classical-state 70S ribosome. The structure of rpL1 was obtained by homology modeling from PDB ID 3J3B. |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: cross-correlation |
得られたモデル | ![]() PDB-3j78: |
-原子モデル構築 6
初期モデル | PDB ID: ![]() 3j3b |
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ソフトウェア | 名称: Chimera, CNS |
詳細 | 3U5B, 3U5C, 3U5D, and 3U5E were combined prior to fitting. tRNAs and mRNA were modeled using individual tRNAs and mRNA from the crystal structure (3I9B) of the classical-state 70S ribosome. The structure of rpL1 was obtained by homology modeling from PDB ID 3J3B. |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: cross-correlation |
得られたモデル | ![]() PDB-3j78: |