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- EMDB-56041: TAF15 amyloid filament fold C variant 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-56041
タイトルTAF15 amyloid filament fold C variant 2
マップデータTAF15 fold C variant 2 EM map
試料
  • 組織: TATA-binding protein-associated factor 2N
    • タンパク質・ペプチド: TATA-binding protein-associated factor 2N
キーワードAmyloid Neurodegeneration Frontotemporal lobar degeneration / PROTEIN FIBRIL
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA stabilization / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA splicing ...mRNA stabilization / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA splicing / transcription coregulator activity / mRNA 3'-UTR binding / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
TAF15/EWS/TLS family / Zinc finger domain / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain ...TAF15/EWS/TLS family / Zinc finger domain / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
TATA-binding protein-associated factor 2N
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.82 Å
データ登録者Tetter S / Varghese NR / Ryskeldi-Falcon B
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_1201/25 英国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2026
タイトル: Distinct TAF15 amyloid filament folds define multiple subtypes of FTLD-TAF15.
著者: Stephan Tetter / Nikhil R Varghese / Alexey G Murzin / Wouter De Coster / Marleen Van den Broeck / Sigrun Roeber / Jeffrey T Joseph / Kathy Newell / Rudolf Castellani / Sumit Das / Lee-Cyn ...著者: Stephan Tetter / Nikhil R Varghese / Alexey G Murzin / Wouter De Coster / Marleen Van den Broeck / Sigrun Roeber / Jeffrey T Joseph / Kathy Newell / Rudolf Castellani / Sumit Das / Lee-Cyn Ang / Matthis Synofzik / Jochen Herms / Rosa Rademakers / Bernardino Ghetti / Tammaryn Lashley / Ian R A Mackenzie / Manuela Neumann / Benjamin Ryskeldi-Falcon /
要旨: Neurodegenerative diseases are characterised by the assembly of a limited number of disease-specific proteins into amyloid filaments, which form intracellular inclusions or extracellular deposits in ...Neurodegenerative diseases are characterised by the assembly of a limited number of disease-specific proteins into amyloid filaments, which form intracellular inclusions or extracellular deposits in the central nervous system (CNS). We previously found that amyloid filaments of TATA-binding protein-associated factor 15 (TAF15) characterise a subtype of frontotemporal lobar degeneration with FET protein-immunoreactive inclusions (FTLD-FET), termed atypical FTLD with ubiquitin-positive inclusions (aFTLD-U), which causes early-onset, rapidly progressive behavioural variant frontotemporal dementia (FTD). However, it was not clear if TAF15 proteinopathy was more widespread in neurodegenerative diseases. Two additional FTLD-FET subtypes have been proposed, neuronal intermediate filament inclusion body disease (NIFID) and basophilic inclusion body disease (BIBD), which have more heterogenous clinical presentations including FTD, motor neuron diseases (MND) and movement disorders. Here, we used electron cryo-microscopy (cryo-EM) to determine a total of 32 amyloid filament structures from the brains of 17 individuals encompassing all three proposed subtypes of FTLD-FET and their diverse clinical presentations. All cases were characterised by TAF15 filaments, in the absence of filaments of the other FET proteins, fused in sarcoma (FUS) and Ewing's sarcoma (EWS). All three aFTLD-U cases had the previously-reported TAF15 fold. Unexpectedly, we found four distinct TAF15 folds among 11 NIFID cases. Eight of these cases shared a common fold, while the remaining three were each distinct. Furthermore, we found distinct TAF15 folds for each of the three BIBD cases. Neuropathological reassessment of the neocortical TAF15 inclusion pathology of these cases distinguished the NIFID cases with the common fold from the others. Thus, TAF15 filament structures form the basis of a new, expanded classification of FTLD-FET subtypes. Moreover, we discovered a TAF15 Y38C variant in the filament fold of one of the individuals with BIBD. The structure is unable to incorporate wild-type TAF15, despite the individual being heterozygous, suggesting that this variant drives TAF15 filament assembly. This study provides structural and genetic evidence that TAF15 amyloid filaments underlie the diverse group of neurodegenerative diseases currently termed FTLD-FET, which we therefore rename FTLD-TAF15.
履歴
登録2025年12月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年2月18日-
マップ公開2026年2月18日-
更新2026年2月18日-
現状2026年2月18日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_56041.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_56041.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈TAF15 fold C variant 2 EM map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.65 Å/pix.
x 256 pix.
= 166.4 Å		0.65 Å/pix.
x 256 pix.
= 166.4 Å		0.65 Å/pix.
x 256 pix.
= 166.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.65 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0115
最小 - 最大-0.02269562 - 0.038869284
平均 (標準偏差)0.00020126079 (±0.0027642255)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 166.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_56041_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: TAF15 fold C variant 2 EM half-map 1

ファイルemd_56041_half_map_1.map
注釈TAF15 fold C variant 2 EM half-map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: TAF15 fold C variant 2 EM half-map 2

ファイルemd_56041_half_map_2.map
注釈TAF15 fold C variant 2 EM half-map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : TATA-binding protein-associated factor 2N

全体名称: TATA-binding protein-associated factor 2N
要素
  • 組織: TATA-binding protein-associated factor 2N
    • タンパク質・ペプチド: TATA-binding protein-associated factor 2N

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超分子 #1: TATA-binding protein-associated factor 2N

超分子名称: TATA-binding protein-associated factor 2N / タイプ: tissue / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: TAF15 amyloid filament fold C variant 2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Brain / 組織: Prefrontal cortex

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分子 #1: TATA-binding protein-associated factor 2N

分子名称: TATA-binding protein-associated factor 2N / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Amyloid filament formed by TAF15. Each chain is comprised of TAF15 residues 3-98.
コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 61.909 KDa
配列文字列: MSDSGSYGQS GGEQQSYSTY GNPGSQGYGQ ASQSYSGYGQ TTDSSYGQNY SGYSSYGQSQ SGYSQSYGGY ENQKQSSYSQ QPYNNQGQQ QNMESSGSQG GRAPSYDQPD YGQQDSYDQQ SGYDQHQGSY DEQSNYDQQH DSYSQNQQSY HSQRENYSHH T QDDRRDVS ...文字列:
MSDSGSYGQS GGEQQSYSTY GNPGSQGYGQ ASQSYSGYGQ TTDSSYGQNY SGYSSYGQSQ SGYSQSYGGY ENQKQSSYSQ QPYNNQGQQ QNMESSGSQG GRAPSYDQPD YGQQDSYDQQ SGYDQHQGSY DEQSNYDQQH DSYSQNQQSY HSQRENYSHH T QDDRRDVS RYGEDNRGYG GSQGGGRGRG GYDKDGRGPM TGSSGGDRGG FKNFGGHRDY GPRTDADSES DNSDNNTIFV QG LGEGVST DQVGEFFKQI GIIKTNKKTG KPMINLYTDK DTGKPKGEAT VSFDDPPSAK AAIDWFDGKE FHGNIIKVSF ATR RPEFMR GGGSGGGRRG RGGYRGRGGF QGRGGDPKSG DWVCPNPSCG NMNFARRNSC NQCNEPRPED SRPSGGDFRG RGYG GERGY RGRGGRGGDR GGYGGDRSGG GYGGDRSSGG GYSGDRSGGG YGGDRSGGGY GGDRGGGYGG DRGGGYGGDR GGGYG GDRG GYGGDRGGGY GGDRGGYGGD RGGYGGDRGG YGGDRGGYGG DRSRGGYGGD RGGGSGYGGD RSGGYGGDRS GGGYGG DRG GGYGGDRGGY GGKMGGRNDY RNDQRNRPY

UniProtKB: TATA-binding protein-associated factor 2N

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 36121 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 4.83 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -1.48 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.82 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0.1) / 使用した粒子像数: 2600
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
Segment selection選択した数: 136044 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0.1)
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: De novo initial model helix
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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