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- EMDB-54161: D. melanogaster Augmin TII N-clamp (GST-fusion) bound to a microt... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-54161
タイトルD. melanogaster Augmin TII N-clamp (GST-fusion) bound to a microtubule, well-defined subset of particles
マップデータ
試料
  • 複合体: Microtubule decorated with D. melanogaster N-clamp
    • 複合体: Heterotetrameric Augmin TII N-clamp complex
    • 細胞器官・細胞要素: Microtubule
    • タンパク質・ペプチド: Augmin complex subunit dgt4
    • タンパク質・ペプチド: Augmin complex subunit dgt6
    • タンパク質・ペプチド: Augmin complex subunit msd5,Green fluorescent protein,Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta chain
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin alpha-1A chain
キーワードaugmin / N-clamp / TII / microtubule / branching / nucleation / HAUS / HAUS augmin-like complex subunit / HAUS6 / HAUS7 / HAUS2 / HAUS8 / Dgt6 / Msd5 / Dgt4 / Msd1 / Drosophila melanogaster / complex / CH domain / calponin homology domain / CELL CYCLE / MAP / cell division
機能・相同性
機能・相同性情報


mitotic spindle-templated microtubule nucleation / HAUS complex / mitotic spindle microtubule / motile cilium / regulation of mitotic nuclear division / glutathione transferase / centrosome duplication / glutathione transferase activity / mitotic spindle assembly / glutathione metabolic process ...mitotic spindle-templated microtubule nucleation / HAUS complex / mitotic spindle microtubule / motile cilium / regulation of mitotic nuclear division / glutathione transferase / centrosome duplication / glutathione transferase activity / mitotic spindle assembly / glutathione metabolic process / bioluminescence / mitotic spindle organization / generation of precursor metabolites and energy / kinetochore / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / spindle / neuron migration / spindle pole / mitotic cell cycle / protein-macromolecule adaptor activity / microtubule binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / microtubule / hydrolase activity / cell division / GTPase activity / centrosome / GTP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
HAUS augmin-like complex subunit 6 / HAUS augmin-like complex subunit 6, N-terminal / HAUS augmin-like complex subunit 6 N-terminus / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / : / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. ...HAUS augmin-like complex subunit 6 / HAUS augmin-like complex subunit 6, N-terminal / HAUS augmin-like complex subunit 6 N-terminus / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / : / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Green fluorescent protein, GFP / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Green fluorescent protein / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tubulin alpha-1A chain / Tubulin beta chain / Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme / Green fluorescent protein / Augmin complex subunit dgt6 / Augmin complex subunit msd5 / Augmin complex subunit dgt4
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) / Sus scrofa (ブタ) / Schistosoma japonicum (にほんじゅうけつきゅうちゅう)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.9 Å
データ登録者Wuertz M / Vermeulen BJA / Tonon G / Pfeffer S
資金援助 ドイツ, 9件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)Sch Baden-Wuerttemberg ドイツ
German Research Foundation (DFG)INST 35/1314-1 FUGG ドイツ
German Research Foundation (DFG)INST 35/1503-1 FUGG ドイツ
German Research Foundation (DFG)INST 35/1134-1 FUGG ドイツ
German Research Foundation (DFG)DFG Schi 295/4-4 ドイツ
German Research Foundation (DFG)SCHI 295/11-1 ドイツ
German Research Foundation (DFG)SCHI 295/9-1 ドイツ
German Research Foundation (DFG)DFG PF 963/1-4 ドイツ
German Research Foundation (DFG)DFG PF 963/4-1 ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published / 年: 2025
タイトル: Structural insights into the augmin-microtubule interaction reveal a conserved function of the HAUS6 CH domain in orienting augmin on microtubules
著者: Wuertz M / Tonon G / Vermeulen BJA / Gao Q / Zezlina M / Neuner A / Seidl A / Koenig M / Harkenthal M / Eustermann S / Erhardt S / Lolicato F / Schiebel E / Pfeffer S
履歴
登録2025年6月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月27日-
マップ公開2025年8月27日-
更新2025年8月27日-
現状2025年8月27日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_54161.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.069 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.00846
最小 - 最大-0.012607779 - 0.025806485
平均 (標準偏差)0.00015531038 (±0.0019867958)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 273.664 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Microtubule decorated with D. melanogaster N-clamp

全体名称: Microtubule decorated with D. melanogaster N-clamp
要素
  • 複合体: Microtubule decorated with D. melanogaster N-clamp
    • 複合体: Heterotetrameric Augmin TII N-clamp complex
    • 細胞器官・細胞要素: Microtubule
    • タンパク質・ペプチド: Augmin complex subunit dgt4
    • タンパク質・ペプチド: Augmin complex subunit dgt6
    • タンパク質・ペプチド: Augmin complex subunit msd5,Green fluorescent protein,Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta chain
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin alpha-1A chain

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超分子 #1: Microtubule decorated with D. melanogaster N-clamp

超分子名称: Microtubule decorated with D. melanogaster N-clamp / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

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超分子 #2: Heterotetrameric Augmin TII N-clamp complex

超分子名称: Heterotetrameric Augmin TII N-clamp complex / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

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超分子 #3: Microtubule

超分子名称: Microtubule / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 3 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: Brain

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分子 #1: Augmin complex subunit dgt4

分子名称: Augmin complex subunit dgt4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 12.246828 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
METPPTPTTT TPPSLTTEGT MDDIQYLLHL EAMRRFQEDS RNVKRQVEEQ VRIWLDAKCE YQRDFGRLAR LLKCGALQAA VDAHRVSDV NQVDQAAKDI ASLRSKLGS

UniProtKB: Augmin complex subunit dgt4

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分子 #2: Augmin complex subunit dgt6

分子名称: Augmin complex subunit dgt6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 32.382451 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MDRTIIAPWK AEEKEQSEKL HRKLQGLALV HPLPDELRKL IAWDMFLKPN QVAFVHVMHY LFRLLDPAEF KRRFFWPITD KKSEANFRS STVEYLKHLN EKHQLHWANI KSYLVVMPGG MRFINFLLEF VGFVIQELIK QREKSLGLEA GTPNVSAKVM A RQNAVMKE ...文字列:
MDRTIIAPWK AEEKEQSEKL HRKLQGLALV HPLPDELRKL IAWDMFLKPN QVAFVHVMHY LFRLLDPAEF KRRFFWPITD KKSEANFRS STVEYLKHLN EKHQLHWANI KSYLVVMPGG MRFINFLLEF VGFVIQELIK QREKSLGLEA GTPNVSAKVM A RQNAVMKE YASSYVVNLE ENTALLRDKT QKIRRLMADL SADMGVPEEQ LADDGFLDEF EATAALGVER VITQPTERKF DL EASLCGL KEAIDLFQVK QAENNQSKEA VEKALRGMRV LFD

UniProtKB: Augmin complex subunit dgt6

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分子 #3: Augmin complex subunit msd5,Green fluorescent protein,Glutathione...

分子名称: Augmin complex subunit msd5,Green fluorescent protein,Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: glutathione transferase
由来(天然)生物種: Schistosoma japonicum (にほんじゅうけつきゅうちゅう)
分子量理論値: 76.561094 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: METNVDFSSI SSKLYRKYAQ HVRNLKDVCV SKTVMKPGAF FDSLQQMMEE EAAATTPPRD LSSVADYAEL FKTLEEYPAN LQKMPKKRE LQRTNSTLLR GADESVAMGI NTSNVSLSLT RLEEQRSAVD VYNDFKGFQR KLAKIYDEAA ALDTTESIYK Q KLTQLHGF ...文字列:
METNVDFSSI SSKLYRKYAQ HVRNLKDVCV SKTVMKPGAF FDSLQQMMEE EAAATTPPRD LSSVADYAEL FKTLEEYPAN LQKMPKKRE LQRTNSTLLR GADESVAMGI NTSNVSLSLT RLEEQRSAVD VYNDFKGFQR KLAKIYDEAA ALDTTESIYK Q KLTQLHGF AQQLEKLMPT GLSGENLYFQ GGSAGSAAGS GEFMVSKGEE LFTGVVPILV ELDGDVNGHK FSVSGEGEGD AT YGKLTLK FICTTGKLPV PWPTLVTTLT YGVQCFSRYP DHMKQHDFFK SAMPEGYVQE RTIFFKDDGN YKTRAEVKFE GDT LVNRIE LKGIDFKEDG NILGHKLEYN YNSHNVYIMA DKQKNGIKVN FKIRHNIEDG SVQLADHYQQ NTPIGDGPVL LPDN HYLST QSALSKDPNE KRDHMVLLEF VTAAGITLGM DELYKLEVLM SPILGYWKIK GLVQPTRLLL EYLEEKYEEH LYERD EGDK WRNKKFELGL EFPNLPYYID GDVKLTQSMA IIRYIADKHN MLGGCPKERA EISMLEGAVL DIRYGVSRIA YSKDFE TLK VDFLSKLPEM LKMFEDRLCH KTYLNGDHVT HPDFMLYDAL DVVLYMDPMC LDAFPKLVCF KKRIEAIPQI DKYLKSS KY IAWPLQGWQA TFGGGDHPPK GPHHHHHHHH

UniProtKB: Augmin complex subunit msd5, Green fluorescent protein, Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme

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分子 #4: Tubulin beta chain

分子名称: Tubulin beta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 49.90777 KDa
配列文字列: MREIVHIQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGSYHGDS DLQLERINVY YNEAAGNKYV PRAILVDLEP GTMDSVRSGP FGQIFRPDN FVFGQSGAGN NWAKGHYTEG AELVDSVLDV VRKESESCDC LQGFQLTHSL GGGTGSGMGT LLISKIREEY P DRIMNTFS ...文字列:
MREIVHIQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGSYHGDS DLQLERINVY YNEAAGNKYV PRAILVDLEP GTMDSVRSGP FGQIFRPDN FVFGQSGAGN NWAKGHYTEG AELVDSVLDV VRKESESCDC LQGFQLTHSL GGGTGSGMGT LLISKIREEY P DRIMNTFS VVPSPKVSDT VVEPYNATLS VHQLVENTDE TYCIDNEALY DICFRTLKLT TPTYGDLNHL VSATMSGVTT CL RFPGQLN ADLRKLAVNM VPFPRLHFFM PGFAPLTSRG SQQYRALTVP ELTQQMFDAK NMMAACDPRH GRYLTVAAVF RGR MSMKEV DEQMLNVQNK NSSYFVEWIP NNVKTAVCDI PPRGLKMSAT FIGNSTAIQE LFKRISEQFT AMFRRKAFLH WYTG EGMDE MEFTEAESNM NDLVSEYQQY QDATADEQGE FEEEGEEDEA

UniProtKB: Tubulin beta chain

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分子 #5: Tubulin alpha-1A chain

分子名称: Tubulin alpha-1A chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 50.121266 KDa
配列文字列: MRECISIHVG QAGVQIGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDSFN TFFSETGAGK HVPRAVFVDL EPTVIDEVRT GTYRQLFHP EQLITGKEDA ANNYARGHYT IGKEIIDLVL DRIRKLADQC TGLQGFSVFH SFGGGTGSGF TSLLMERLSV D YGKKSKLE ...文字列:
MRECISIHVG QAGVQIGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDSFN TFFSETGAGK HVPRAVFVDL EPTVIDEVRT GTYRQLFHP EQLITGKEDA ANNYARGHYT IGKEIIDLVL DRIRKLADQC TGLQGFSVFH SFGGGTGSGF TSLLMERLSV D YGKKSKLE FSIYPAPQVS TAVVEPYNSI LTTHTTLEHS DCAFMVDNEA IYDICRRNLD IERPTYTNLN RLIGQIVSSI TA SLRFDGA LNVDLTEFQT NLVPYPRAHF PLATYAPVIS AEKAYHEQLS VAEITNACFE PANQMVKCDP RHGKYMACCL LYR GDVVPK DVNAAIATIK TKRTIQFVDW CPTGFKVGIN YEPPTVVPGG DLAKVQRAVC MLSNTTAIAE AWARLDHKFD LMYA KRAFV HWYVGEGMEE GEFSEAREDM AALEKDYEEV GVDSVEGEGE EEGEEY

UniProtKB: Tubulin alpha-1A chain

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

緩衝液pH: 6.8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 40.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: Synthetic reference provided under https://github.com/moores-lab/MiRPv2/tree/main/data/protofilament_sorting_references
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0) / 使用した粒子像数: 117870
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9rpd:
D. melanogaster Augmin TII N-clamp (GST-fusion) bound to a microtubule, well-defined subset of particles

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る