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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5388 | |||||||||
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タイトル | Cryo-electron microscopy and three-dimensional reconstruction of bacteriophage CW02 | |||||||||
マップデータ | EMD-5388 | |||||||||
試料 |
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キーワード | halophage / bacteriophage / bacteriophage HK97 / bacteriophage T7 / T7-like phage / turret / extremophile / Great Salt Lake | |||||||||
機能・相同性 | Phage capsid / Phage capsid family / viral procapsid maturation / T=7 icosahedral viral capsid / viral capsid / identical protein binding / Major capsid protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Bacteriophage CW02 (ファージ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 16.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Shen PS / Domek MJ / Sanz-Garcia E / Makaju A / Taylor R / Culumber M / Breakwell DP / Prince JT / Belnap DM | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Virol / 年: 2012 タイトル: Sequence and structural characterization of great salt lake bacteriophage CW02, a member of the T7-like supergroup. 著者: Peter S Shen / Matthew J Domek / Eduardo Sanz-García / Aman Makaju / Ryan M Taylor / Ryan Hoggan / Michele D Culumber / Craig J Oberg / Donald P Breakwell / John T Prince / David M Belnap / 要旨: Halophage CW02 infects a Salinivibrio costicola-like bacterium, SA50, isolated from the Great Salt Lake. Following isolation, cultivation, and purification, CW02 was characterized by DNA sequencing, ...Halophage CW02 infects a Salinivibrio costicola-like bacterium, SA50, isolated from the Great Salt Lake. Following isolation, cultivation, and purification, CW02 was characterized by DNA sequencing, mass spectrometry, and electron microscopy. A conserved module of structural genes places CW02 in the T7 supergroup, members of which are found in diverse aquatic environments, including marine and freshwater ecosystems. CW02 has morphological similarities to viruses of the Podoviridae family. The structure of CW02, solved by cryogenic electron microscopy and three-dimensional reconstruction, enabled the fitting of a portion of the bacteriophage HK97 capsid protein into CW02 capsid density, thereby providing additional evidence that capsid proteins of tailed double-stranded DNA phages have a conserved fold. The CW02 capsid consists of bacteriophage lambda gpD-like densities that likely contribute to particle stability. Turret-like densities were found on icosahedral vertices and may represent a unique adaptation similar to what has been seen in other extremophilic viruses that infect archaea, such as Sulfolobus turreted icosahedral virus and halophage SH1. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5388.map.gz | 34.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-5388-v30.xml emd-5388.xml | 11.8 KB 11.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_5388_1.jpg | 42.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5388 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5388 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_5388_validation.pdf.gz | 374.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_5388_full_validation.pdf.gz | 374.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_5388_validation.xml.gz | 6.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5388 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5388 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5388.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 68.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | EMD-5388 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.14 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Bacteriophage CW02
全体 | 名称: Bacteriophage CW02 (ファージ) |
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要素 |
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-超分子 #1000: Bacteriophage CW02
超分子 | 名称: Bacteriophage CW02 / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: Sample buffer solution contains 8% NaCl / 集合状態: head and tail phage / Number unique components: 1 |
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-超分子 #1: Bacteriophage CW02
超分子 | 名称: Bacteriophage CW02 / タイプ: virus / ID: 1 / 生物種: Bacteriophage CW02 / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Salinivibrio costicola (バクテリア) / 別称: BACTERIA(EUBACTERIA) |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: gp48 / 直径: 691 Å / T番号(三角分割数): 7 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 3 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 詳細: 1.35 M NaCl, 48 mM MgSO4-7H2O, 1 mM CaCl2, 2 mM Tris-Cl |
グリッド | 詳細: 200 mesh, holey-carbon-coated copper grid |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 手法: Blot for 4 seconds before plunging |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F30 |
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温度 | 最低: 92 K / 最高: 94 K / 平均: 93 K |
日付 | 2009年7月1日 |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000 デジタル化 - サンプリング間隔: 1.57 µm / 実像数: 8695 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 37564 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.2 µm / 倍率(公称値): 39000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | Particles were manually selected using X3D |
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CTF補正 | 詳細: whole micrograph |
最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PFT2,EM3DR2,(PFT3DR) / 使用した粒子像数: 8695 |
最終 角度割当 | 詳細: PFT2 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B / Chain - #2 - Chain ID: C / Chain - #3 - Chain ID: D / Chain - #4 - Chain ID: E / Chain - #5 - Chain ID: F / Chain - #6 - Chain ID: G |
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ソフトウェア | 名称: Chimera |
詳細 | Protocol: Automatic rigid body. C-alpha coordinates pertaining to the HK97-fold were separately fitted as rigid bodies into capsid hexamers or pentamers. |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
得られたモデル | PDB-3j1a: |