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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5360 | |||||||||
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タイトル | New mRNA-tRNA translocation intermediates revealed by cryoEM: Class 3 (unrotated 70S ribosome with P-site tRNA) | |||||||||
マップデータ | Cryo revealed unrotated ribosome with P tRNA (Class 3). | |||||||||
試料 |
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キーワード | ribosome / 70S / unrotated / intermediates / translocation / tRNA | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of cytoplasmic translational initiation / stringent response / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity ...negative regulation of cytoplasmic translational initiation / stringent response / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / translational termination / four-way junction DNA binding / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / regulation of mRNA stability / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / ribosome assembly / positive regulation of RNA splicing / assembly of large subunit precursor of preribosome / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / cytosolic ribosome assembly / DNA endonuclease activity / transcription antitermination / response to reactive oxygen species / translational initiation / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / response to radiation / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit biogenesis / large ribosomal subunit / ribosome biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosome binding / ribosomal large subunit assembly / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / molecular adaptor activity / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Agirrezabala X / Liao HY / Schreiner E / Fu J / Ortiz-Meoz RF / Schulten K / Green R / Frank J | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2012 タイトル: Structural characterization of mRNA-tRNA translocation intermediates. 著者: Xabier Agirrezabala / Hstau Y Liao / Eduard Schreiner / Jie Fu / Rodrigo F Ortiz-Meoz / Klaus Schulten / Rachel Green / Joachim Frank / 要旨: Cryo-EM analysis of a wild-type Escherichia coli pretranslocational sample has revealed the presence of previously unseen intermediate substates of the bacterial ribosome during the first phase of ...Cryo-EM analysis of a wild-type Escherichia coli pretranslocational sample has revealed the presence of previously unseen intermediate substates of the bacterial ribosome during the first phase of translocation, characterized by intermediate intersubunit rotations, L1 stalk positions, and tRNA configurations. Furthermore, we describe the domain rearrangements in quantitative terms, which has allowed us to characterize the processivity and coordination of the conformational reorganization of the ribosome, along with the associated changes in tRNA ribosome-binding configuration. The results are consistent with the view of the ribosome as a molecular machine employing Brownian motion to reach a functionally productive state via a series of substates with incremental changes in conformation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5360.map.gz | 54.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-5360-v30.xml emd-5360.xml | 11.5 KB 11.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_5360_1.gif | 92.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5360 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5360 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_5360_validation.pdf.gz | 329 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_5360_full_validation.pdf.gz | 328.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_5360_validation.xml.gz | 5.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5360 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5360 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4v6sMC 5359C 5361C 5362C 5363C 5364C 4v6nC 4v6oC 4v6pC 4v6qC 4v6rC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5360.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 58.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo revealed unrotated ribosome with P tRNA (Class 3). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.5 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Trp-tRNA-EFTu-GDP-kir-70S ribosome
全体 | 名称: Trp-tRNA-EFTu-GDP-kir-70S ribosome |
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要素 |
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-超分子 #1000: Trp-tRNA-EFTu-GDP-kir-70S ribosome
超分子 | 名称: Trp-tRNA-EFTu-GDP-kir-70S ribosome / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: monomeric / Number unique components: 2 |
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分子量 | 実験値: 2.8 MDa / 理論値: 2.8 MDa |
-超分子 #1: 70S ribosome
超分子 | 名称: 70S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: ALL |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.03 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 詳細: HiFi buffer (50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 70mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.5 mM spermidine, 8mM putrescine, 2 mM DTT, 3.5 mM MgCl2) |
グリッド | 詳細: 200 mesh |
凍結 | 凍結剤: NITROGEN / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 80 K / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot / 手法: blot for 3 seconds |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F30 |
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温度 | 最低: 80.7 K / 最高: 80.7 K / 平均: 80.7 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: objective corrected at 100,000 times magnification Legacy - Electron beam tilt params: no tilt |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: no filter |
詳細 | automated data collection system AutoEMation (CCD mag. 100000x) |
日付 | 2007年5月1日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F415 (4k x 4k) 平均電子線量: 25 e/Å2 |
Tilt angle min | 0 |
Tilt angle max | 0 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 58269 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.26 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 59000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: cartridge / 試料ホルダーモデル: OTHER |
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: defocus groups, Wiener filter |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 13.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: XMIPP, SPIDER / 詳細: Classification using ML3D / 使用した粒子像数: 21000 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: 2i2u |
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ソフトウェア | 名称: MDFF |
詳細 | Protocol: Molecular Dynamics based flexible fitting |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: RMSD, cross correlation |
得られたモデル | PDB-4v6s: |