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- EMDB-52708: Enterobacteriaphage PRD1 - P12 protein filament in complex with p... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-52708
タイトルEnterobacteriaphage PRD1 - P12 protein filament in complex with poly(dT) ssDNA
マップデータPrimary map
試料
  • 複合体: P12 filament bound to poly(dT) ssDNA
    • タンパク質・ペプチド: Single-stranded DNA-binding protein
    • DNA: ssDNA poly(dT), 80mer
キーワードSSB / Protein primed replication / Protein filament / Homooligomer / ssDNA-binding / REPLICATION
機能・相同性nucleotide binding / DNA binding / Single-stranded DNA-binding protein
機能・相同性情報
生物種Enterobacteria phage PRD1 (ファージ) / synthetic construct (人工物)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Degen M / Traeger KL / Hiller S
資金援助 スイス, 1件
OrganizationGrant number国
Swiss Nanoscience Institute スイス
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2025
タイトル: Structural basis for cooperative ssDNA binding by bacteriophage protein filament P12.
著者: Lena K Träger / Morris Degen / Joana Pereira / Janani Durairaj / Raphael Dias Teixeira / Sebastian Hiller / Nicolas Huguenin-Dezot /
要旨: Protein-primed DNA replication is a unique mechanism, bioorthogonal to other known DNA replication modes. It relies on specialised single-stranded DNA (ssDNA)-binding proteins (SSBs) to stabilise ...Protein-primed DNA replication is a unique mechanism, bioorthogonal to other known DNA replication modes. It relies on specialised single-stranded DNA (ssDNA)-binding proteins (SSBs) to stabilise ssDNA intermediates by unknown mechanisms. Here, we present the structural and biochemical characterisation of P12, an SSB from bacteriophage PRD1. High-resolution cryo-electron microscopy reveals that P12 forms a unique, cooperative filament along ssDNA. Each protomer binds the phosphate backbone of 6 nucleotides in a sequence-independent manner, protecting ssDNA from nuclease degradation. Filament formation is driven by an intrinsically disordered C-terminal tail, facilitating cooperative binding. We identify residues essential for ssDNA interaction and link the ssDNA-binding ability of P12 to toxicity in host cells. Bioinformatic analyses place the P12 fold as a distinct branch within the OB-like fold family. This work offers new insights into protein-primed DNA replication and lays a foundation for biotechnological applications.
履歴
登録2025年2月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月19日-
マップ公開2025年3月19日-
更新2025年3月19日-
現状2025年3月19日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_52708.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_52708.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Primary map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 360 pix.
= 295.2 Å		0.82 Å/pix.
x 360 pix.
= 295.2 Å		0.82 Å/pix.
x 360 pix.
= 295.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0595
最小 - 最大-0.44134465 - 0.5889039
平均 (標準偏差)0.00003586459 (±0.012084629)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 295.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: DeepEMhancer output of primary Map

ファイルemd_52708_additional_1.map
注釈DeepEMhancer output of primary Map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map B

ファイルemd_52708_half_map_1.map
注釈Half_Map_B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map A

ファイルemd_52708_half_map_2.map
注釈Half_Map_A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : P12 filament bound to poly(dT) ssDNA

全体名称: P12 filament bound to poly(dT) ssDNA
要素
  • 複合体: P12 filament bound to poly(dT) ssDNA
    • タンパク質・ペプチド: Single-stranded DNA-binding protein
    • DNA: ssDNA poly(dT), 80mer

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超分子 #1: P12 filament bound to poly(dT) ssDNA

超分子名称: P12 filament bound to poly(dT) ssDNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage PRD1 (ファージ)

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分子 #1: Single-stranded DNA-binding protein

分子名称: Single-stranded DNA-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage PRD1 (ファージ)
分子量理論値: 16.671012 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MEIVSKLTLK TIGAQPKPHS VKENTALASI YGRVRGKKVG QSTFGDFIKF EGEFEGVNIA TGEVFRSGAL ILPKVLESLL AGAVDGENT VDFAVEIWAK PSEKGNTGYE YGVKPLIEPA ASDELAALRN QVKAALPAPA AAGEAAAEAK PAAKAKAKAE A

UniProtKB: Single-stranded DNA-binding protein

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分子 #2: ssDNA poly(dT), 80mer

分子名称: ssDNA poly(dT), 80mer / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 24.290438 KDa
配列文字列: (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT) ...文字列:
(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 8.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 48.7 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.39 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 27.461 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 19.184 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.75 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1) / 使用した粒子像数: 463309
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

9gfq

最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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