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万見
- EMDB-5235: Structure of the Drosophila apoptosome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5235
タイトルStructure of the Drosophila apoptosome
マップデータmap of the Drosophila apoptosome
試料
  • 試料: Drosophila apoptosome (double ring)
  • タンパク質・ペプチド: Drosophila Apaf-1 like protein
キーワードDrosophila apoptosome / apoptosis / programmed cell death
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of humoral immune response / positive regulation of glial cell apoptotic process / Formation of apoptosome / salivary gland histolysis / positive regulation of compound eye retinal cell programmed cell death / melanization defense response / sarcosine catabolic process / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / Regulation of the apoptosome activity / central nervous system formation ...negative regulation of humoral immune response / positive regulation of glial cell apoptotic process / Formation of apoptosome / salivary gland histolysis / positive regulation of compound eye retinal cell programmed cell death / melanization defense response / sarcosine catabolic process / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / Regulation of the apoptosome activity / central nervous system formation / chaeta development / sperm individualization / apoptosome / autophagic cell death / Neutrophil degranulation / S-adenosylmethionine cycle / CARD domain binding / programmed cell death / triglyceride homeostasis / dendrite morphogenesis / response to starvation / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / response to gamma radiation / ADP binding / neuron cellular homeostasis / positive regulation of apoptotic process / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
APAF-1 helical domain / APAF-1 helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Apaf-1 related killer DARK
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.9 Å
データ登録者Yuan S / Yu X / Topf M / Ludtke SJ / Akey CW
引用ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: Structure of the Drosophila apoptosome at 6.9 å resolution.
著者: Shujun Yuan / Xinchao Yu / Maya Topf / Loretta Dorstyn / Sharad Kumar / Steven J Ludtke / Christopher W Akey /
要旨: The Drosophila Apaf-1 related killer forms an apoptosome in the intrinsic cell death pathway. In this study we show that Dark forms a single ring when initiator procaspases are bound. This Dark-Dronc ...The Drosophila Apaf-1 related killer forms an apoptosome in the intrinsic cell death pathway. In this study we show that Dark forms a single ring when initiator procaspases are bound. This Dark-Dronc complex cleaves DrICE efficiently; hence, a single ring represents the Drosophila apoptosome. We then determined the 3D structure of a double ring at ∼6.9 Å resolution and created a model of the apoptosome. Subunit interactions in the Dark complex are similar to those in Apaf-1 and CED-4 apoptosomes, but there are significant differences. In particular, Dark has "lost" a loop in the nucleotide-binding pocket, which opens a path for possible dATP exchange in the apoptosome. In addition, caspase recruitment domains (CARDs) form a crown on the central hub of the Dark apoptosome. This CARD geometry suggests that conformational changes will be required to form active Dark-Dronc complexes. When taken together, these data provide insights into apoptosome structure, function, and evolution.
履歴
登録2010年9月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2010年12月9日-
マップ公開2011年7月7日-
更新2014年7月23日-
現状2014年7月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-4v4l
  • 表面レベル: 0.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5235_1.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5235.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 89 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈map of the Drosophila apoptosome
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.72 Å/pix.
x 288 pix.
= 495.36 Å		1.72 Å/pix.
x 288 pix.
= 495.36 Å		1.72 Å/pix.
x 288 pix.
= 495.36 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.72 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.8 / ムービー #1: 0.8
最小 - 最大-1.28431416 - 3.61963797
平均 (標準偏差)0.0321025 (±0.20919579)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-144-144-144
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 495.36002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.721.721.72
M x/y/z288288288
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z495.360495.360495.360
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-62-62-62
NX/NY/NZ125125125
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-144-144-144
NC/NR/NS288288288
D min/max/mean-1.2843.6200.032

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Drosophila apoptosome (double ring)

全体名称: Drosophila apoptosome (double ring)
要素
  • 試料: Drosophila apoptosome (double ring)
  • タンパク質・ペプチド: Drosophila Apaf-1 like protein

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超分子 #1000: Drosophila apoptosome (double ring)

超分子名称: Drosophila apoptosome (double ring) / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: Sample assembled in low salt buffer (20 mM HEPES pH 7.5, 10 mM KCl, 1.5 mM MgCl2, 1 mM EDTA, 1 mM EGTA, 1 mM DTT) at about 0.5 mg per ml with dATP
集合状態: hexadecamer of Dark molecules / Number unique components: 1
分子量理論値: 2.5 MDa

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分子 #1: Drosophila Apaf-1 like protein

分子名称: Drosophila Apaf-1 like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Dark / コピー数: 16 / 集合状態: hexadecamer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
別称: fruit fly / 細胞中の位置: cytosol
分子量理論値: 160 KDa
組換発現生物種: sf21 insect cells (unknown) / 組換プラスミド: pFastBac

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
詳細: 20mM HEPES, 10mM KCl, 1.5mM MgCl2, 1mM EDTA, 1mM EGTA, 1mM DTT
グリッド詳細: thin carbon film covered holey grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 77 K / 装置: OTHER
詳細: Vitrification instrument: FEI Vitrobot. blotting at room temperature with sample at room temperature
手法: Blot for 2-2.5s before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
温度最低: 93 K / 最高: 100 K / 平均: 93 K
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 200,000 times magnification
詳細actual magnification at the ccd 87000, camera pixel size 15um, 1.72 angstrom per pixel, data collected semi-automatically with EMTools
日付2009年9月15日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GENERIC TVIPS (4k x 4k)
実像数: 1100 / 平均電子線量: 20 e/Å2
詳細: the frames were 4096 x 4096 tiffs collected with the TVIPS CCD
電子線加速電圧: 160 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 50000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder
試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細actual class number 1353
CTF補正詳細: each image
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN2
詳細: Projection matching was done with Fourier ring correlation, model-based masking and SSNR weighting over an 80-6 angstrom resolution range. The final refinement steps used an angular step of 2. ...詳細: Projection matching was done with Fourier ring correlation, model-based masking and SSNR weighting over an 80-6 angstrom resolution range. The final refinement steps used an angular step of 2.5 degrees and each of the 48,000 particles was matched to the best two projection classes (1353). In total, 45,000 particles were used in the final reconstruction and the 3D map was amplitude corrected then Gaussian low-pass filtered with a Fourier half-width of 0.12.
使用した粒子像数: 48271
最終 2次元分類クラス数: 1000

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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