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万見
- EMDB-52290: Cryo-EM structure of apo human separase -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-52290
タイトルCryo-EM structure of apo human separase
マップデータPostprocessed map of apo human separase
試料
  • 複合体: Apo human separase
    • タンパク質・ペプチド: Separin
  • リガンド: ZINC ION
キーワードSeparase / cell cycle / SCC1 / RAD21 / protease / chromosome segregation / Auto-cleavage
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of sister chromatid cohesion / separase / meiotic chromosome separation / mitotic sister chromatid separation / homologous chromosome segregation / establishment of mitotic spindle localization / meiotic spindle organization / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / mitotic sister chromatid segregation / mitotic cytokinesis ...negative regulation of sister chromatid cohesion / separase / meiotic chromosome separation / mitotic sister chromatid separation / homologous chromosome segregation / establishment of mitotic spindle localization / meiotic spindle organization / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / mitotic sister chromatid segregation / mitotic cytokinesis / catalytic activity / cysteine-type peptidase activity / mitotic spindle / Separation of Sister Chromatids / cysteine-type endopeptidase activity / apoptotic process / centrosome / proteolysis / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Peptidase C50, separase / SEPARIN core domain / Separin, protease domain / SEPARIN core domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Yu J / Schmidt S / Botto M / Boland A
資金援助 スイス, 2件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation310030_185235 スイス
Swiss National Science FoundationTMSGI3_211581 スイス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural insights into cohesin cleavage by human separase
著者: Yu J / Schmidt S / Botto M / Ghent CM / Morgan DO / Boland A
履歴
登録2024年12月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月3日-
マップ公開2025年9月3日-
更新2025年9月3日-
現状2025年9月3日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_52290.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_52290.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Postprocessed map of apo human separase
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.98 Å/pix.
x 360 pix.
= 351.324 Å		0.98 Å/pix.
x 360 pix.
= 351.324 Å		0.98 Å/pix.
x 360 pix.
= 351.324 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.9759 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 4.0
最小 - 最大-0.11378788 - 14.834173
平均 (標準偏差)-0.017448006 (±0.3185147)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 351.324 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Unsharpened map of apo human separase

ファイルemd_52290_additional_1.map
注釈Unsharpened map of apo human separase
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Focus-refined map 1 (unsharpened) of apo human separase

ファイルemd_52290_additional_2.map
注釈Focus-refined map 1 (unsharpened) of apo human separase
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Focus-refined map 2 (unsharpened) of apo human separase

ファイルemd_52290_additional_3.map
注釈Focus-refined map 2 (unsharpened) of apo human separase
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Composite map of apo human separase

ファイルemd_52290_additional_4.map
注釈Composite map of apo human separase
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A of apo human separase

ファイルemd_52290_half_map_1.map
注釈Half map A of apo human separase
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B of apo human separase

ファイルemd_52290_half_map_2.map
注釈Half map B of apo human separase
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Apo human separase

全体名称: Apo human separase
要素
  • 複合体: Apo human separase
    • タンパク質・ペプチド: Separin
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Apo human separase

超分子名称: Apo human separase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 230 KDa

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分子 #1: Separin

分子名称: Separin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: separase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 243.151125 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSGDYKDHDG DYKDHDIDYK DDDDKSGPGG SGGSGGGSGG GSGENLYFQG GGSGGSGMRS FKRVNFGTLL SSQKEAEELL PDLKEFLSN PPAGFPSSRS DAERRQACDA ILRACNQQLT AKLACPRHLG SLLELAELAC DGYLVSTPQR PPLYLERILF V LLRNAAAQ ...文字列:
MSGDYKDHDG DYKDHDIDYK DDDDKSGPGG SGGSGGGSGG GSGENLYFQG GGSGGSGMRS FKRVNFGTLL SSQKEAEELL PDLKEFLSN PPAGFPSSRS DAERRQACDA ILRACNQQLT AKLACPRHLG SLLELAELAC DGYLVSTPQR PPLYLERILF V LLRNAAAQ GSPEVTLRLA QPLHACLVQC SREAAPQDYE AVARGSFSLL WKGAEALLER RAAFAARLKA LSFLVLLEDE ST PCEVPHF ASPTACRAVA AHQLFDASGH GLNEADADFL DDLLSRHVIR ALVGERGSSS GLLSPQRALC LLELTLEHCR RFC WSRHHD KAISAVEKAH SYLRNTNLAP SLQLCQLGVK LLQVGEEGPQ AVAKLLIKAS AVLSKSMEAP SPPLRALYES CQFF LSGLE RGTKRRYRLD AILSLFAFLG GYCSLLQQLR DDGVYGGSSK QQQSFLQMYF QGLHLYTVVV YDFAQGCQIV DLADL TQLV DSCKSTVVWM LEALEGLSGQ ELTDHMGMTA SYTSNLAYSF YSHKLYAEAC AISEPLCQHL GLVKPGTYPE VPPEKL HRC FRLQVESLKK LGKQAQGCKM VILWLAALQP CSPEHMAEPV TFWVRVKMDA ARAGDKELQL KTLRDSLSGW DPETLAL LL REELQAYKAV RADTGQERFN IICDLLELSP EETPAGAWAR ATHLVELAQV LCYHDFTQQT NCSALDAIRE ALQLLDSV R PEAQARDQLL DDKAQALLWL YICTLEAKMQ EGIERDRRAQ APGNLEEFEV NDLNYEDKLQ EDRFLYSNIA FNLAADAAQ SKCLDQALAL WKELLTKGQA PAVRCLQQTA ASLQILAALY QLVAKPMQAL EVLLLLRIVS ERLKDHSKAA GSSCHITQLL LTLGCPSYA QLHLEEAASS LKHLDQTTDT YLLLSLTCDL LRSQLYWTHQ KVTKGVSLLL SVLRDPALQK SSKAWYLLRV Q VLQLVAAY LSLPSNNLSH SLWEQLCAQG WQTPEIALID SHKLLRSIIL LLMGSDILST QKAAVETSFL DYGENLVQKW QV LSEVLSC SEKLVCHLGR LGSVSEAKAF CLEALKLTTK LQIPRQCALF LVLKGELELA RNDIDLCQSD LQQVLFLLES CTE FGGVTQ HLDSVKKVHL QKGKQQAQVP CPPQLPEEEL FLRGPALELV ATVAKEPGPI APSTNSSPVL KTKPQPIPNF LSHS PTCDC SLCASPVLTA VCLRWVLVTA GVRLAMGHQA QGLDLLQVVL KGCPEAAERL TQALQASLNH KTPPSLVPSL LDEIL AQAY TLLALEGLNQ PSNESLQKVL QSGLKFVAAR IPHLEPWRAS LLLIWALTKL GGLSCCTTQL FASSWGWQPP LIKSVP GSE PSKTQGQKRS GRGRQKLASA PLSLNNTSQK GLEGRGLPCT PKPPDRIRQA GPHVPFTVFE EVCPTESKPE VPQAPRV QQ RVQTRLKVNF SDDSDLEDPV SAEAWLAEEP KRRGTASRGR GRARKGLSLK TDAVVAPGSA PGNPGLNGRS RRAKKVAS R HCEERRPQRA SDQARPGPEI MRTIPEEELT DNWRKMSFEI LRGSDGEDSA SGGKTPAPGP EAASGEWELL RLDSSKKKL PSPCPDKESD KDLGPRLQLP SAPVATGLST LDSICDSLSV AFRGISHCPP SGLYAHLCRF LALCLGHRDP YATAFLVTES VSITCRHQL LTHLHRQLSK AQKHRGSLEI ADQLQGLSLQ EMPGDVPLAR IQRLFSFRAL ESGHFPQPEK ESFQERLALI P SGVTVCVL ALATLQPGTV GNTLLLTRLE KDSPPVSVQI PTGQNKLHLR SVLNEFDAIQ KAQKENSSCT DKREWWTGRL AL DHRMEVL IASLEKSVLG CWKGLLLPSS EEPGPAQEAS RLQELLQDCG WKYPDRTLLK IMLSGAGALT PQDIQALAYG LCP TQPERA QELLNEAVGR LQGLTVPSNS HLVLVLDKDL QKLPWESMPS LQALPVTRLP SFRFLLSYSI IKEYGASPVL SQGV DPRST FYVLNPHNNL SSTEEQFRAN FSSEAGWRGV VGEVPRPEQV QEALTKHDLY IYAGHGAGAR FLDGQAVLRL SCRAV ALLF GCSSAALAVH GNLEGAGIVL KYIMAGCPLF LGNLWDVTDR DIDRYTEALL QGWLGAGPGA PLLYYVNQAR QAPRLK YLI GAAPIAYGLP VSLRSSLAEE NLYFQSWSHP QFEKGGGSGG GSGGGSWSHP QFEK

UniProtKB: Separin

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分子 #2: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.05 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMHepes2-[4-(2-hydroxyethyl)piperazin-1-yl]ethanesulfonic acid
100.0 mMKClPotassium chloride
0.5 mMTCEPtris(2-carboxyethyl)phosphine
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 1 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3314 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 150000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 4023196 / 詳細: The particles were automatically selected
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.0) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.0)
ソフトウェア - 詳細: Non-uniform refinement was used
使用した粒子像数: 224027
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.0)
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.0)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7nj1


Chain - Chain ID: A / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9hma:
Cryo-EM structure of apo human separase

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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