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- EMDB-5190: West Nile Virus in complex with Fab fragments of the neutralizing... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5190
タイトルWest Nile Virus in complex with Fab fragments of the neutralizing monoclonal antibody CR4354
マップデータCryoEM map of West Nile virus in complex with Fab fragments of the neutralizing antibody CR4354
試料
  • 試料: West Nile virus NY99 complexed with Fab fragments of the neutralizing monoclonal antibody CR4354
  • ウイルス: West Nile virus HNY99
  • タンパク質・ペプチド: CR4354 Fab fragment
キーワードWest Nile Virus / infectious virus / flavivirus / neutralizing antibody / Fab fragment / CR4354 / complex / envelope protein
機能・相同性
機能・相同性情報


flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / double-stranded RNA binding / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity ...flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / double-stranded RNA binding / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / host cell perinuclear region of cytoplasm / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / RNA helicase / symbiont entry into host cell / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / virion membrane / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Flavivirus capsid protein C superfamily / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A ...: / Flavivirus capsid protein C superfamily / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / West Nile virus HNY99
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.7 Å
データ登録者Kaufmann B / Vogt MR / Holdaway HA / Goudsmit J / Chipman PR / Kuhn RJ / Diamond MS / Rossmann MG
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2010
タイトル: Neutralization of West Nile virus by cross-linking of its surface proteins with Fab fragments of the human monoclonal antibody CR4354.
著者: Bärbel Kaufmann / Matthew R Vogt / Jaap Goudsmit / Heather A Holdaway / Anastasia A Aksyuk / Paul R Chipman / Richard J Kuhn / Michael S Diamond / Michael G Rossmann /
要旨: Many flaviviruses are significant human pathogens, with the humoral immune response playing an essential role in restricting infection and disease. CR4354, a human monoclonal antibody isolated from a ...Many flaviviruses are significant human pathogens, with the humoral immune response playing an essential role in restricting infection and disease. CR4354, a human monoclonal antibody isolated from a patient, neutralizes West Nile virus (WNV) infection at a postattachment stage in the viral life-cycle. Here, we determined the structure of WNV complexed with Fab fragments of CR4354 using cryoelectron microscopy. The outer glycoprotein shell of a mature WNV particle is formed by 30 rafts of three homodimers of the viral surface protein E. CR4354 binds to a discontinuous epitope formed by protein segments from two neighboring E molecules, but does not cause any detectable structural disturbance on the viral surface. The epitope occurs at two independent positions within an icosahedral asymmetric unit, resulting in 120 binding sites on the viral surface. The cross-linking of the six E monomers within one raft by four CR4354 Fab fragments suggests that the antibody neutralizes WNV by blocking the pH-induced rearrangement of the E protein required for virus fusion with the endosomal membrane.
履歴
登録2010年4月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2010年11月18日-
マップ公開2010年11月18日-
更新2010年11月18日-
現状2010年11月18日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.8
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 1.8
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  • 原子モデル: PDB-3iyw
  • 表面レベル: 1.8
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  • 原子モデルPDB-3iyw
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5190_1.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5190.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 99.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CryoEM map of West Nile virus in complex with Fab fragments of the neutralizing antibody CR4354
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.7237 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.8 / ムービー #1: 1.8
最小 - 最大-1.43001 - 4.59224
平均 (標準偏差)-0.0000000163666 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-149-149-149
サイズ299299299
Spacing299299299
セルA=B=C: 814.386 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.72369899665552.72369899665552.7236989966555
M x/y/z299299299
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z814.386814.386814.386
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-34-26-72
NX/NY/NZ6953145
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-149-149-149
NC/NR/NS299299299
D min/max/mean-1.4304.592-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : West Nile virus NY99 complexed with Fab fragments of the neutrali...

全体名称: West Nile virus NY99 complexed with Fab fragments of the neutralizing monoclonal antibody CR4354
要素
  • 試料: West Nile virus NY99 complexed with Fab fragments of the neutralizing monoclonal antibody CR4354
  • ウイルス: West Nile virus HNY99
  • タンパク質・ペプチド: CR4354 Fab fragment

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超分子 #1000: West Nile virus NY99 complexed with Fab fragments of the neutrali...

超分子名称: West Nile virus NY99 complexed with Fab fragments of the neutralizing monoclonal antibody CR4354
タイプ: sample / ID: 1000
詳細: complex was formed by incubating infectious virus with Fab (ratio of about 4 Fab fragments per E molecule) at 37degC for 30min, followed by a 2h incubation at RT
集合状態: T1 icosahedron with three E monomers and two Fab per asymmetric unit
Number unique components: 2
分子量理論値: 23 MDa

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超分子 #1: West Nile virus HNY99

超分子名称: West Nile virus HNY99 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: West Nile virus
詳細: The infectious virus (180 molecules of envelope glycoprotein E form outer protein shell of virion) is complexed with Fab fragments of the neutralizing antibody CR4354 (120 Fab molecules per virion)
生物種: West Nile virus HNY99 / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: West Nile virus
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES
分子量理論値: 17 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: E protein shell / 直径: 495 Å / T番号(三角分割数): 1

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分子 #1: CR4354 Fab fragment

分子名称: CR4354 Fab fragment / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: CR4354 Fab fragment
詳細: Fab fragments of the neutralizing monoclonal antibody CR4354 are complexed with West Nile Virus (120 Fab molecules per virion)
コピー数: 120 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 組織: peripheral blood / 細胞: B cells
分子量理論値: 50 KDa
組換発現生物種: mammalian cells (unknown)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 12mM Tris-HCl, 120mM NaCl, 1mM EDTA
グリッド詳細: holey carbon 400 mesh copper grid
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: Vitrification instrument: guillotine-style plunge freezing device
手法: A small vial of ethane is placed inside a larger liquid nitrogen reservoir. The grid holding a few microliters of the sample is held in place at the bottom of a plunger by the means of fine ...手法: A small vial of ethane is placed inside a larger liquid nitrogen reservoir. The grid holding a few microliters of the sample is held in place at the bottom of a plunger by the means of fine tweezers. Once the ethane in the vial is completely frozen, it needs to be slightly melted. When the liquid ethane is ready, a piece of filter paper is then pressed against the sample to blot of excess buffer, sufficient to leave a thin layer on the grid. After a predetermined time, the filter paper is removed, and the plunger is allowed to drop into the liquid ethane. Once the grid enters the liquid ethane, the sample is rapidly frozen, and the grid is transferred under liquid nitrogen to a storage box immersed liquid nitrogen for later use in the microscope.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM300FEG/T
温度平均: 98 K
アライメント法Legacy - 非点収差: live FFT at 200K magnification
詳細low dose imaging
日付2009年9月9日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000
デジタル化 - サンプリング間隔: 6.35 µm / 実像数: 69 / 平均電子線量: 22 e/Å2 / 詳細: scanned images binned 2x2 / Od range: 1 / ビット/ピクセル: 8
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 47244 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.53 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.45 µm / 倍率（公称値）: 45000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

詳細The particles were selected interactively at the computer terminal.
CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 13.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: AUTO3DEM
詳細: final map includes data to 13.0 Ang resolution (FCS at about 0.2 cut-off)
使用した粒子像数: 5006

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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