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- EMDB-51788: Cryo EM structure of RC-dLH complex model II from Gemmatimonas gr... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51788
タイトルCryo EM structure of RC-dLH complex model II from Gemmatimonas groenlandica
マップデータ
試料
  • 複合体: RC-dLH complex model II from Gemmatimonas groenlandica
    • タンパク質・ペプチド: x 9種
  • リガンド: x 11種
キーワードphotosynthetic bacteria / photosynthesis / reaction cennter light harvesting complex / RC-LH1 / RC-dLH / cryo-EM / Gemmatimonas groenlandica
機能・相同性
機能・相同性情報


organelle inner membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis, light reaction / endomembrane system / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / metal ion binding ...organelle inner membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis, light reaction / endomembrane system / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Photosynthetic reaction centre, cytochrome c subunit / Multihaem cytochrome, PRC subunit superfamily / Photosynthetic reaction centre cytochrome C subunit / Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting protein B beta chain ...Photosynthetic reaction centre, cytochrome c subunit / Multihaem cytochrome, PRC subunit superfamily / Photosynthetic reaction centre cytochrome C subunit / Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, beta domain superfamily / Antenna complex alpha/beta subunit / Light-harvesting complex / Photosynthetic reaction centre, M subunit / Photosynthetic reaction centre, L subunit / Multiheme cytochrome superfamily / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Reaction center protein M chain / Light-harvesting protein / Reaction center protein L chain / Uncharacterized protein / Light-harvesting protein / Light-harvesting protein / Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Gemmatimonas groenlandica (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Gardiner AT / Jing Y / Bina D / Mujakic I / Gardian Z / Kaftan D / Joosten M / Jakobi A / Castro-Hartmann P / Qian P / Koblizek M
資金援助 チェコ, 1件
OrganizationGrant number国
Czech Academy of Sciences19-28778X チェコ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo EM structure of RC-dLH complex model II from Gemmatimonas groenlandica
著者: Gardiner AT / Jing Y / Bina D / Mujakic I / Gardian Z / Kaftan D / Joosten M / Jakobi A / Castro-Hartmann P / Qian P / Koblizek M
履歴
登録2024年10月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月3日-
マップ公開2025年12月3日-
更新2025年12月3日-
現状2025年12月3日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51788.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51788.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.73 Å/pix.
x 600 pix.
= 439.2 Å		0.73 Å/pix.
x 600 pix.
= 439.2 Å		0.73 Å/pix.
x 600 pix.
= 439.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.732 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0687
最小 - 最大-0.22641595 - 0.54656935
平均 (標準偏差)0.0005516693 (±0.012068127)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ600600600
Spacing600600600
セルA=B=C: 439.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_51788_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_51788_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : RC-dLH complex model II from Gemmatimonas groenlandica

全体名称: RC-dLH complex model II from Gemmatimonas groenlandica
要素
  • 複合体: RC-dLH complex model II from Gemmatimonas groenlandica
    • タンパク質・ペプチド: Light-harvesting protein
    • タンパク質・ペプチド: Light-harvesting protein
    • タンパク質・ペプチド: Light-harvesting protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit
    • タンパク質・ペプチド: reaction centre Ht su unit
    • タンパク質・ペプチド: reaction centre Hc sub unit
    • タンパク質・ペプチド: Reaction center protein L chain
    • タンパク質・ペプチド: Reaction center protein M chain
    • タンパク質・ペプチド: reaction centre S sub unit
  • リガンド: BACTERIOCHLOROPHYLL A
  • リガンド: BACTERIOPHEOPHYTIN A
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: MENAQUINONE 8
  • リガンド: FE (III) ION
  • リガンド: (2R,5R,11R,14R)-5,8,11-trihydroxy-5,11-dioxido-17-oxo-2,14-bis(tetradecanoyloxy)-4,6,10,12,16-pentaoxa-5,11-diphosphatriacont-1-yl tetradecanoate
  • リガンド: SPIRILLOXANTHIN
  • リガンド: 1,2-DIDECANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE
  • リガンド: HEME C
  • リガンド: (2~{E},4~{E},6~{E},10~{E},12~{E},14~{E},16~{E},18~{E},20~{E},22~{Z},24~{E},26~{E},28~{E})-23-methanoyl-31-methoxy-2,6,10,14,19,27,31-heptamethyl-dotriaconta-2,4,6,10,12,14,16,18,20,22,24,26,28-tridecaenoic acid
  • リガンド: water

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超分子 #1: RC-dLH complex model II from Gemmatimonas groenlandica

超分子名称: RC-dLH complex model II from Gemmatimonas groenlandica
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #7, #9, #8, #6, #4-#5, #2-#3, #1 / 詳細: a monomer complex
由来(天然)生物種: Gemmatimonas groenlandica (バクテリア)
分子量理論値: 650 KDa

+
分子 #1: reaction centre S sub unit

分子名称: reaction centre S sub unit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: native protein / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gemmatimonas groenlandica (バクテリア)
分子量理論値: 21.641564 KDa
配列文字列: MMLRQDRPRV LSRVSTVVGI GALVAVAMAA RSQGGQQATP PSAPQPPVAA PSAAPAATDS TMQDSTQRAD TTAKADSMLA MPDSMMMQH TAAAPAPQAS AMWPVDPVTG QTIINGEPVV GRVFIMQKTD GTVKLGKWQA QYDGEPTAPE AANVGSSYTV P APEHTRRM ...文字列:
MMLRQDRPRV LSRVSTVVGI GALVAVAMAA RSQGGQQATP PSAPQPPVAA PSAAPAATDS TMQDSTQRAD TTAKADSMLA MPDSMMMQH TAAAPAPQAS AMWPVDPVTG QTIINGEPVV GRVFIMQKTD GTVKLGKWQA QYDGEPTAPE AANVGSSYTV P APEHTRRM RGIMIQSTLW SIDGKRSARE RRHYRPQTTG AALGQQ

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #2: Reaction center protein L chain

分子名称: Reaction center protein L chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: native protein / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gemmatimonas groenlandica (バクテリア)
分子量理論値: 30.54274 KDa
配列文字列: MAMLSFEKKY RVRGGTLIGG DLFDFWFGPF YVGFFGVTTI FFVTLGTLLC VWGAAMGPTW NLWQISIAPP DLKYGLGLAP LREGGLWQI ITLCALGAFG SWALRQAEIS RKLGMGMHIP WAYGGAVLAY ATLVVIRPML LGAWGHGFPY GIFSHLDWVS N VGYQYLHF ...文字列:
MAMLSFEKKY RVRGGTLIGG DLFDFWFGPF YVGFFGVTTI FFVTLGTLLC VWGAAMGPTW NLWQISIAPP DLKYGLGLAP LREGGLWQI ITLCALGAFG SWALRQAEIS RKLGMGMHIP WAYGGAVLAY ATLVVIRPML LGAWGHGFPY GIFSHLDWVS N VGYQYLHF HYNPAHMIAV TFFFTNCLAL AMHGSLILSV TNPKKGTPVG TSETENVFFR DLLGYSIGAI GIHRLGLFLA VG AAVWSAI CIVISGPFWT KGWPEWWNWW LNLPIWR

UniProtKB: Reaction center protein L chain

+
分子 #3: Reaction center protein M chain

分子名称: Reaction center protein M chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: native protein / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gemmatimonas groenlandica (バクテリア)
分子量理論値: 43.396742 KDa
配列文字列: MLEYQNLFTR VQVRTVPEAG IEIDESTGTR YGTGTFSYLA GKFGDAQIGP IYLGWAGVLS LIFGFMAFEI IGLNMWASVG WDPVEFIRQ LPWLALEPPP PQYGLRVPPL AQGGWYLMAG FFLTISILLW WVRVYRRARA LNMGTHLPWA FASAIFLYST F FFQPLLVG ...文字列:
MLEYQNLFTR VQVRTVPEAG IEIDESTGTR YGTGTFSYLA GKFGDAQIGP IYLGWAGVLS LIFGFMAFEI IGLNMWASVG WDPVEFIRQ LPWLALEPPP PQYGLRVPPL AQGGWYLMAG FFLTISILLW WVRVYRRARA LNMGTHLPWA FASAIFLYST F FFQPLLVG SWSEMVPFGI FPHLDWTSAF SIRYGNLYYN PFHALSIAFL YGSAVLFAMH GATILAVARL GGEREIEQIT DR GTAAERS MLFWRWTMGF NATMESIHRW SWWFAVLTTF SGGIGILLTG TVVDNWYLWG VKHGLVAPYP AQNTLTEEQQ QLL RGRYQG TAPDSFPSYV APQPAMMLDS TAMMAPADSM KADSTKVDSA AAPSAPAAAA PPPAKPPAPS VGGKTP

UniProtKB: Reaction center protein M chain

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分子 #4: reaction centre Ht su unit

分子名称: reaction centre Ht su unit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 詳細: a single helix / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gemmatimonas groenlandica (バクテリア)
分子量理論値: 7.771843 KDa
配列文字列:
MQYIDGAQIA LYAFWLFFFG LIIYIRREDK REGYPLESPQ GPREGWPAMP EKKTYIHRPT SGEGTH

+
分子 #5: reaction centre Hc sub unit

分子名称: reaction centre Hc sub unit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 詳細: native protein / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gemmatimonas groenlandica (バクテリア)
分子量理論値: 19.669318 KDa
配列文字列:
MSDIKAVPAD SYNGSALIPT GDPMIDGVGP SSWANRSDTP DMTFHNTAKI VPMRLDPTYS IAKGDPDPRG LPVVAADKQV AGTVIELWV NRAEPQVTYY EVQLTGSERR VMLPAGFVQW PNFGLWGNDK LLVKAITAAQ FANVPALKRD DQITLLEEDM V CAYYAGGH LYAMAERSEP II

+
分子 #6: Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit

分子名称: Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 詳細: native protein / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gemmatimonas groenlandica (バクテリア)
分子量理論値: 40.302758 KDa
配列文字列: MSILRRSIGL VAPLALLSLG ACGDTATDSV QVGYRGTGME QNYDHGDLKK QFAQVKIPTP LPPAGESPPG PLPWQNVQVL NDISVGEFN RTMVAMSTWV AGTGNCAYCH NIANLAADTL PNGKPLYTKL VARRMLQMTR QINGQYSQHV KNTGVTCYTC H MGKPLPNG ...文字列:
MSILRRSIGL VAPLALLSLG ACGDTATDSV QVGYRGTGME QNYDHGDLKK QFAQVKIPTP LPPAGESPPG PLPWQNVQVL NDISVGEFN RTMVAMSTWV AGTGNCAYCH NIANLAADTL PNGKPLYTKL VARRMLQMTR QINGQYSQHV KNTGVTCYTC H MGKPLPNG LWFYSSQTDY LRHYLDRDGA RVVTRDVAPS NANRSSVKQT EWTYALMISQ SRSLGVNCTY CHNTRQFASW KE APPARVT AYHGILMLRD VNQNYLSPLQ PVYPSVRLGT QGDAPKAQCV TCHNGNYKPL YGAQMVKDYP ALWGRADWNG VPF QGLSPK ADTTSAGAAP AAPAAAAPVP AVKRSSARTV PAPTVIGGAV GSPNTPK

UniProtKB: Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit

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分子 #7: Light-harvesting protein

分子名称: Light-harvesting protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 詳細: helix / コピー数: 24 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gemmatimonas groenlandica (バクテリア)
分子量理論値: 6.413583 KDa
配列文字列:
MHRIWQGMDP QIIMSGLGFF LAGLALIIHM WAYSITGWPK YKKAQYNAQT PPTAVR

UniProtKB: Light-harvesting protein

+
分子 #8: Light-harvesting protein

分子名称: Light-harvesting protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / 詳細: helix / コピー数: 40 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gemmatimonas groenlandica (バクテリア)
分子量理論値: 5.183985 KDa
配列文字列:
MMEKGGMTED EARRFHGYFV TGTLGYIIVA AVAHFLAWQW RPWF

UniProtKB: Light-harvesting protein

+
分子 #9: Light-harvesting protein

分子名称: Light-harvesting protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / 詳細: helix / コピー数: 16 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gemmatimonas groenlandica (バクテリア)
分子量理論値: 7.697123 KDa
配列文字列:
MHRIWLMFDP RRVMVAMVGF LAVLALVIHF ILLSSQRYSW IENGTLSAAQ APVGASAPAA AAEMSPLPPG R

UniProtKB: Light-harvesting protein

+
分子 #10: BACTERIOCHLOROPHYLL A

分子名称: BACTERIOCHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 84 / 式: BCL
分子量理論値: 911.504 Da
Chemical component information

ChemComp-BCL:
BACTERIOCHLOROPHYLL A

+
分子 #11: BACTERIOPHEOPHYTIN A

分子名称: BACTERIOPHEOPHYTIN A / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 2 / 式: BPH
分子量理論値: 889.215 Da
Chemical component information

ChemComp-BPH:
BACTERIOPHEOPHYTIN A

+
分子 #12: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 48 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / 可溶化剤*YM

+
分子 #13: MENAQUINONE 8

分子名称: MENAQUINONE 8 / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 3 / 式: MQ8
分子量理論値: 717.116 Da
Chemical component information

ChemComp-MQ8:
MENAQUINONE 8

+
分子 #14: FE (III) ION

分子名称: FE (III) ION / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 1 / 式: FE
分子量理論値: 55.845 Da

+
分子 #15: (2R,5R,11R,14R)-5,8,11-trihydroxy-5,11-dioxido-17-oxo-2,14-bis(te...

分子名称: (2R,5R,11R,14R)-5,8,11-trihydroxy-5,11-dioxido-17-oxo-2,14-bis(tetradecanoyloxy)-4,6,10,12,16-pentaoxa-5,11-diphosphatriacont-1-yl tetradecanoate
タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 2 / 式: CD4
分子量理論値: 1.241633 KDa
Chemical component information

ChemComp-CD4:
(2R,5R,11R,14R)-5,8,11-trihydroxy-5,11-dioxido-17-oxo-2,14-bis(tetradecanoyloxy)-4,6,10,12,16-pentaoxa-5,11-diphosphatriacont-1-yl tetradecanoate

+
分子 #16: SPIRILLOXANTHIN

分子名称: SPIRILLOXANTHIN / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 1 / 式: CRT
分子量理論値: 596.925 Da
Chemical component information

ChemComp-CRT:
SPIRILLOXANTHIN

+
分子 #17: 1,2-DIDECANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE

分子名称: 1,2-DIDECANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 17 / 式: PEX
分子量理論値: 522.632 Da
Chemical component information

ChemComp-PEX:
1,2-DIDECANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE

+
分子 #18: HEME C

分子名称: HEME C / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 4 / 式: HEC
分子量理論値: 618.503 Da
Chemical component information

ChemComp-HEC:
HEME C

+
分子 #19: (2~{E},4~{E},6~{E},10~{E},12~{E},14~{E},16~{E},18~{E},20~{E},22~{...

分子名称: (2~{E},4~{E},6~{E},10~{E},12~{E},14~{E},16~{E},18~{E},20~{E},22~{Z},24~{E},26~{E},28~{E})-23-methanoyl-31-methoxy-2,6,10,14,19,27,31-heptamethyl-dotriaconta-2,4,6,10,12,14,16,18,20,22,24,26,28-tridecaenoic acid
タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 40 / 式: V7N
分子量理論値: 610.865 Da
Chemical component information

ChemComp-V7N:
(2~{E},4~{E},6~{E},10~{E},12~{E},14~{E},16~{E},18~{E},20~{E},22~{Z},24~{E},26~{E},28~{E})-23-methanoyl-31-methoxy-2,6,10,14,19,27,31-heptamethyl-dotriaconta-2,4,6,10,12,14,16,18,20,22,24,26,28-tridecaenoic acid

+
分子 #20: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 38 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8 / 詳細: 10mM Tris-HCl buffer, 20 mM NaCl, pH 8.0
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 詳細: blot time, 3 sec blot force, 3.
詳細in buffer solution with detergent beta-DDM. ~4 mg/ml

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
温度最低: 88.0 K / 最高: 92.0 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 23012 / 平均露光時間: 5.13 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 / 詳細: images were collected in AFIS model
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 165000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

詳細with energy filter slit of 10 eV
粒子像選択選択した数: 935540
詳細: cryosparc blob selection first, then model reference selection for final 3d reconstruction
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.0) / 詳細: CTF collection was performed within cryosparc / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: cryosparc ab-init
詳細: a subset of randomly picked-up particles were used for initial model generation.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1) / 詳細: performed in cryosparc / 使用した粒子像数: 116858
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1) / 詳細: cryosparc Ab-init
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1)
最終 3次元分類クラス数: 2 / 平均メンバー数/クラス: 120000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1)
詳細: This complex has two confirmations. 2 classs 3D classification was used for the final separation of the two confirmation.
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
詳細Initial model was established with coot. The model was fitted into map using chimera. The refinement was performed y the use of Phenix.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 60 / 当てはまり具合の基準: map to model
得られたモデル

PDB-9h22:
Cryo EM structure of RC-dLH complex model II from Gemmatimonas groenlandica

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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